Taste sensitivity to sugars plays an essential role in the initiation of feeding behavior. In Drosophila melanogaster, recent studies have identified several gustatory receptor (Gr) genes required for sensing sweet compounds. However, it is as yet undetermined how these GRs function as taste receptors tuned to a wide range of sugars. Among sugars, fructose has been suggested to be detected by a distinct receptor from other sugars. While GR43A has been reported to sense fructose in the brain, it is not expressed in labellar gustatory receptor neurons that show taste response to fructose. In contrast, the Gr64a-Gr64f gene cluster was recently shown to be associated with fructose sensitivity. Here we sought to decipher the genes required for fructose response among Gr64a-Gr64f genes. Unexpectedly, the qPCR analyses for these genes show that labellar expression levels of Gr64d and Gr64e are higher in fructose low-sensitivity flies than in high-sensitivity flies. Moreover, gustatory nerve responses to fructose in labellar sensilla are higher in Gr64d and Gr64f mutant lines than in mutant flies of the other Gr64a-Gr64f genes. These data suggest the possibility that deletion of GR64D or GR64F may indirectly induce enhanced fructose sensitivity in the labellum. Finally, we conclude that response to fructose cannot be explained by a single one of the Gr64a-Gr64f genes.
Kim, Min-Sun;Park, Esther;Song, Ari;Im, Minji;Park, Hyung-Doo;Cho, Sung Yoon;Jin, Dong-Kyu
Journal of The Korean Society of Inherited Metabolic disease
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v.18
no.3
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pp.99-106
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2018
Mucolipidosis type III (pseudo-Hurler polydystrophy) is a mucolipids degrading disorder caused by a mutation in the GNPTAB gene and is inherited by autosomal recessive. It is diagnosed by examining highly concentrated mucolipids in blood and the diagnosis can be confirmed by genetic testing. Mucolipidosis type III is a rare and progressive metabolic disorder. Its initial signs and symptoms usually occur around 3 years of age. Clinical manifestations of the disease include slow growth, joint stiffness, arthralgia, skeletal abnormalities, heart valve abnormalities, recurrent respiratory infection, distinctive facial features, and mild intellectual disability. Here, we are presenting two siblings of mucolipidosis type III, a 4-year-old female and a 2 years and 7 months old male with features of delayed growth and coarse face. The diagnosis was confirmed by [c.2715+1G>A(p.Glu906Leufs*4), c.2544del(p.Glu849Lysfs*22)] mutation in targeted gene panel sequencing. In this case, c.2544del is a heterozygote newly identified mutation in mucolipidosis type III and was not found in the control group including the genome aggregation database. And it is interpreted as a pathogenic variant considering the association with phenotype. Here, we report a Korean mucolipidosis type III patients with novel mutations in GNPTAB gene who have been treated since early childhood. Owing to recent development of molecular genetic techniques, it was possible to make early diagnosis and treatment with pamidronate was initiated appropriately in case 1. In addition to these supportive therapies, efforts must be made to develop fundamental treatment for patients with early diagnosis of mucolipidosis.
Goszczynski, Daniel Estanislao;Mazzucco, Juliana Papaleo;Ripoli, Maria Veronica;Villarreal, Edgardo Leopoldo;Rogberg-Munoz, Andres;Mezzadra, Carlos Alberto;Melucci, Lilia Magdalena;Giovambattista, Guillermo
Journal of Animal Science and Technology
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v.58
no.4
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pp.14.1-14.9
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2016
Background: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma (PPARG), CCAAT/enhancer binding protein alpha (CEBPA) and retinoid X receptor alpha (RXRA) are nuclear transcription factors that play important roles in regulation of adipogenesis and fat deposition. The objectives of this study were to characterise the variability of these three candidate genes in a mixed sample panel composed of several cattle breeds with different meat quality, validate single nucleotide polymorphisms (SNPs) in a local crossbred population (Angus - Hereford - Limousin) and evaluate their effects on meat quality traits (backfat thickness, intramuscular fat content and fatty acid composition), supporting the association tests with bioinformatic predictive studies. Results: Globally, nine SNPs were detected in the PPARG and CEBPA genes within our mixed panel, including a novel SNP in the latter. Three of these nine, along with seven other SNPs selected from the Single Nucleotide Polymorphism database (SNPdb), including SNPs in the RXRA gene, were validated in the crossbred population (N = 260). After validation, five of these SNPs were evaluated for genotype effects on fatty acid content and composition. Significant effects were observed on backfat thickness and different fatty acid contents (P < 0.05). Some of these SNPs caused slight differences in mRNA structure stability and/or putative binding sites for proteins. Conclusions: PPARG and CEBPA showed low to moderate variability in our sample panel. Variations in these genes, along with RXRA, may explain part of the genetic variation in fat content and composition. Our results may contribute to knowledge about genetic variation in meat quality traits in cattle and should be evaluated in larger independent populations.
Epidermal cells produce a panel of antioxidants as well as cytokines after UVB irradiation, which counteract reactive oxygen species, however, how these antioxidants might regulate melanogenesis is unclear. An important constituent of the cellular antioxidant buffering system which controls the redox state of proteins is thioredoxin (TRX), a 13-kD protein that catalyzes thiol-disulfide exchange reactions, regulates activation of transcription factors, and possesses several other biological functions similar to cytokines. TRX suppressed the UVB-induced production and secretion of $\alpha$-melanocyte stimulating hormone ($\alpha$-MSH) and of adrenocorticotropic hormone (ACTH), and also suppressed proopiomelanocortin (POMC) mRNA expression by normal human keratinocyte (KC)s. Further, L-cysteine, N-acetyl-cysteine, $\alpha$-tocopheryl ferulate showed suppressive effect on UVB-induced POMC mRNA expression. However, TRX released from UVB-irradiated KCs stimulated melanogenesis by up-regulating MSH receptor expression and its binding activity in melanocyte (MC)s. UVB-induced KC derived cytokines such as IL1, IL6, and ET1 upregulated MSH-receptor binding ability as well as MCl-R mRNA expression in cultured normal human MCs. MCl-R has a tendency to be upregulated by UVB-induced KC-derived cytokines as well as by direct UVB irradiation. These results suggest that antioxidants such as TRX suppresses UVB induction of POMC, but in the case of MCl-R, this gene can be mainly in the trend of upregulation by UVB-induced KC-derived factors including TRX.
John N. Weinstein;Timothy G. Myers;Patrick M. O′Connor;Stephen H. Friend;Albert J. Fornace Jr;Kurt W. Kohn;Tito Fojo;Susan E. Bates;Lawrence V. Rubinstein;N. Leigh Anderson;John K. Buolamwini;Wiliam W. van Osdol;Anne P. Monks;Dominic A. Scudiero;Edward A. Sausville;Daniel W. Zaharevitz;Barry Bunow;Vellarkda N. Viswanadhan;Georage S. Johnson;Robert E. Wittes;Kennety D. Paull
Proceedings of the Korean Society for Bioinformatics Conference
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2001.08a
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pp.139-149
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2001
Since 1990, the National Cancer Institute(NCI) has screened more than 60.000 compounds against a panel of 60 human cancer cell lines. The 50-percent growth-inhibitory concentration (GI$_{50}$) values encode unexpectedly rich, detailed information on mechanisms of drug action and drug resistance. Each compound's pattern is like a fingerprint, essentially unique among the many billions of distinguishable possibilities. These activity patterns are being used in conjunction with molecular structural features of the tested agents to explore the NCI's database of more than 460, 000 compounds, and they are providing insight into potential target molecules and modulators of activity in the 60 cell lines. For example, the information is being used to search for candidate anticancer drugs that are not dependent on intact p53 suppressor gene function for their activity. It remains to be seen how effective this information-intensive strategy will be at generating new clinically active agents.s.
Kim, Hyun-Il;Park, Kyoung-Phil;Park, Chan-Hee;Cho, Hyun-Ah;Yang, Ho-Suk;Hahn, Tae-Wook
Korean Journal of Veterinary Research
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v.49
no.1
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pp.39-44
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2009
Transmission of avian viruses both bird-to-bird and from birds to non-avian species is a major health concern. Newcastle disease virus (NDV) is an economically important avian virus that poses substantial risks to the poultry industry. Rapid and sensitive diagnostic methods, such as the enzymelinked immunosorbent assay (ELISA), are required to track such infections. To develop an ELISA for detecting anti-NDV antibody in avian sera, the nucleocapsid protein (NCP) gene of the NDV La Sota strain was cloned and expressed in Escherichia coli and the 513-amino acid recombinant NCP was purified by Ni-NTA affinity chromatography. To evaluate its ability to replace NDV whole virus antigen as a coating antigen, NCP-coated and whole NDV-coated ELISAs were tested and compared using a panel of NDV positive antisera from chickens. Results using purified NCP were highly correlated with those obtained using whole NDV (r= 0.927), demonstrating that recombinant NCP expressed in Escherichia coli is a suitable substitute antigen for whole NDV in a diagnostic ELISA.
X-linked hypophosphatemic rickets is caused by loss-of-function mutations in PHEX, which encodes a phosphate-regulating endopeptidase homolog. We report a 26-year-old man with X-linked hypophosphatemic rickets who showed decreased serum phosphate accompanied by bilateral genu valgum and short stature. He had received medical treatment with vitamin D (alfacalcidol) and phosphate from the age of 3 to 20 years. He underwent surgery due to valgus deformity at the age of 14 and 15. Targeted gene panel sequencing for Mendelian genes identified a nonsense mutation in PHEX (c.589C>T; p.Gln197Ter) and a mosaic pattern where only 38% of sequence reads showed the variant allele. This mutation was not found in his mother, who had a normal phenotype. This is a case of a sporadic nonsense mutation in PHEX and up to date, this is the first case of a mosaic mutation in PHEX in Korea.
Ataxia-telangiectasia (AT; OMIM 208900) is a rare autosomal recessive inherited progressive neurodegenerative disorder, with onset in early childhood. AT is caused by homozygous or compound heterozygous mutations in ATM (OMIM 607585) on chromosome 11q22. The average prevalence of the disease is estimated at 1 of 100,000 children worldwide. The prevalence of AT in the Republic of Korea is suggested to be extremely low, with only a few cases genetically confirmed thus far. Herein, we report a 5-year-old Korean boy with clinical features such as progressive gait and truncal ataxia, both ankle spasticity, dysarthria, and mild intellectual disability. The patient was identified as a compound heterozygote with two novel genetic variants: a paternally derived c.5288_5289insGA p.(Tyr1763*) nonsense variant and a maternally derived c.8363A>C p.(His2788Pro) missense variant, as revealed by next-generation sequencing and confirmed by Sanger sequencing. Based on claims data from the Health Insurance Review and Assessment Service Republic of Korea, we calculated the prevalence of AT in the Republic of Korea to be about 0.9 per million individuals, which is similar to the worldwide average. Therefore, we suggest that multi-gene panel sequencing including ATM should be considered early diagnosis.
X-linked dominant hypophosphatemic rickets are the most common form of familial hypophosphatemic rickets resulting from hypophosphatemia caused by renal phosphate wasting, which in turn is a result of loss-of-function mutations in PHEX. Herein, we report a 39-year-old female with short stature and skeletal deformities and 12-month-old asymptomatic daughter. The female has a history of multiple surgical treatments because of lower limb deformities. Her biochemical findings revealed low serum phosphorus levels with elevated serum alkaline phosphatase activity and normal serum calcium levels, suggesting presence of hypophosphatemic rickets. To identify the molecular causes, we used a multigene testing panel and found a mutation, c.667dup (p.Asp223GlyfsTer15), in PHEX gene. To the best of our knowledge, this is a novel mutation. A heterozygous form of the same variant was detected in daughter, who showed no typical symptoms such as bow legs, frontal bossing, or waddling gate, but presented early signs of impaired mineralization in both X-ray and biochemical findings. The daughter was initiated onto early medical treatment with oral phosphate supplementation and an active vitamin D analog. Because the daughter was genetically diagnosed based on a family history before the onset of symptoms, appropriate medical management was possible from early infancy.
A disintegrin-like and metalloprotease (reprolysin type) with thrombospondin type 1 motif (ADAMTS1) plays a critical role in follicular rupture and represents a major advance in the proteolytic events that control ovulation. In this study, a 9,026-bp DNA sequence containing the full coding region, all 8 introns and part of the 5'and 3' untranslated region of the porcine ADAMTS1 gene was obtained. Analysis of the ADAMTS1 gene using the porcine radiation hybrid panel indicated that pig ADAMTS1 is closely linkage with microsatellite marker S0215, located on SSC13q49. The open reading frame of its cDNA covered 2,844 bp and encoded 947 amino acids. The coding region of porcine ADAMTS1 as determined by sequence alignments shared 85% and 81% identity with human and mouse cDNAs, respectively. The deduced protein contained 947 amino acids showing 85% sequence similarity both to the human and mouse proteins, respectively. Comparative sequencing of three pig breeds revealed one single nucleotide polymorphism (SNP) within exon 7 of which a G-C substitution at position 6006 changes a codon for arginine into a codon for proline. The substitution was situated within a PvuII recognition site and developed as a PCR-RFLP marker for further use in population variation investigations and association analysis with litter size. Allele frequencies of this SNP were investigated in seven pig breeds/lines. An association analysis in a new Qingping female line suggested that different ADAMTS1 genotypes have significant differences in litter size (p<0.01).
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[게시일 2004년 10월 1일]
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