• 대한유전성대사질환학회지
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• 제22권2호
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• pp.58-62
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• 2022

폼페병(PD, Pompe disease), 2형 당원축적병(Glycogen storage disease type II)은 보통염색체 열성 질환으로 용해소체 효소인 acid maltase (acid α-glucosidase, GAA) 결핍으로 인한 대사근육병이다. 한 종류의 효소 결핍에 의한 질환이지만, GAA의 결핍정도와 유전자형에 따라 임상양상이 다르게 나타난다. 발병 시기에 따라 크게 영아형 폼페병(infantile onset Pompe disease, IOPD), 성인형 폼페병(late onset Pompe disease, LOPD)으로 나눌 수 있다. 저자들은 신생아기 때 호흡곤란증후군을 진단받고 치료받은 후 잠시 혈중 CK 증가가 확인되었으나 다른 임상증상 없이 경과 관찰 후 호전되었고, LSD 스크리닝 검사 결과 상 GAA 수치가 0.58 umol/h/L로 감소되어 있음을 확인한 1례에 대해 보고하고자 한다. 해당 환아를 PD 의증으로 고려하여 시행한 GAA enzyme essay 상 total GAA level은 16.2 nmol/2hr/mg protein, GAA with acarbose level은 2.0 nmol/2hr/mg protein, acarbose/total level의 비율은 12.0%로 낮은 수치를 확인하였다. 환아의 유전자 검사 상 exon #4에서 두개의 likely pathogenic heterozygous mutation인 c.752C>T (p.Ser251Leu), c.761C>T (p.Ser254Leu), exon #12에서 heterozygous mutation인 c.1726G>A (p.Gly576Ser), exon #15에서 heterozygous mutation인 c.2065G>A (p.Glu689 Lys)이 확인되었다. 환아의 7세 오빠는 유전자 검사에서 정상으로 확인되었고, 아버지는 환아에서 동일하게 확인된 exon #12에서 heterozygous mutation인 c.1726G>A(p.Gly576Ser), exon #15에서 heterozygous mutation인 c.2065G>A (p.Glu689Lys)이, 어머니에서는 exon #4에서 두 개의 likely pathogenic heterozygous mutation인 c.752C>T (p.Ser251Leu), c.761C>T (p.Ser254Leu)가 확인되었다. Pathogenic한 유전자 두개가 있으면 보통 환자로 인식될 수 있으나 이 환아에서처럼 pathogenic한 유전자 두 개가 있더라도 cis 형태로 하나처럼 움직인 경우 PD 환자가 아니라 carrier 일 수 있다는 것을 경험한 증례였다. 이에 PD 환아의 유전검사 결과를 해석할 시 pathogenic variant 유전자가 두 개일지라도 혹시 cis 형태로 하나의 유전자인지를 확인하여, pseudodeficiency나 potential LOPD carrier일 수 있는 점을 고려하며 여러 임상 양상을 취합하여 진료를 시행하는 것이 필요하다.

• 대한소아치과학회지
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• 제43권3호
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• pp.299-305
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• 2016

본 연구는 서울대학교 치과병원 소아치과에 내원한 부분 무치증 환자를 대상으로 질환의 원인이 될 수 있는 돌연변이를 규명하고, 그 역할에 대하여 고찰하고자 하였다. 다수의 영구치 결손을 주소로 서울대학교 치과 병원에 내원 한 7세 여아와 어머니를 대상으로 구강검진 및 파노라마 방사선 촬영을 진행하였다. 연구 동의서를 받고, 유전자 검사를 위한 채혈을 시행하였다. PAX9 유전자의 모든 exon에 대해 특이적인 primer를 이용하여 중합효소 연쇄반응을 시행하였으며, 해당 산물을 정제하고 염기서열분석을 진행하였다. 결과는 NCBI Gene Bank와 대조하여 해당 영역의 돌연변이를 조사하였다. 7세 환아는 총 11개의 영구치 결손이 관찰되었으며, 어머니는 총 19개의 영구치 결손이 관찰되었다. 치아 결손 외에 손톱, 모발, 피부, 땀샘과 연관 된 다른 결함은 관찰되지 않았다. 유전자 분석 결과, PAX9의 exon 2 영역에서 nonsense mutation(c.184G>T, $p.Glu62^*$)을 확인하였으며, 대상자 모두에서 이형접합 돌연변이로 관찰되었다. 해당 돌연변이의 결과로 exon 2 내에서 전사 종결이 일어나게 되며, 발현 된 단백질은 정상 단백질에 비하여 280개의 아미노산이 짧은 상태로 발현된다고 추측할 수 있다. 결손된 부분은 paired box domain 및 DNA binding site 등 해당 단백질의 기능에 있어서 필수적인 영역을 포함하고 있으므로, 부분 무치증을 유발했을 가능성이 높다. 또는 해당 돌연변이의 전사체가 nonsense-mediated decay system(NMD system)에 의하여 분해됨으로써 haploinsufficiency를 유발하여 부분 무치증의 원인으로 작용했을 것으로 사료된다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제14권5호
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• pp.3309-3314
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• 2013

Spleen tyrosine kinase (SYK) is a non-receptor type cytoplasmic protein and a known tumor suppressor gene in breast cancer. Polymorphisms in SYK have been reported to be associated with cell invasion/cell morality and an increased risk of cancer development. In this case control study, all exons of the SYK gene and its exon/ intron boundaries were amplified in 200 breast cancer cases and 100 matched controls and then analyzed by single stranded conformational polymorphism. Amplified products showing altered mobility patterns were sequenced and analyzed. Twelve variations were identified in exonic and intronic regions of DNA encoding SH2 domain and kinase domain of the SYK gene. All of these mutations are novel. Among them, 5 missense mutations were observed in exon 15 while one missense mutation was found in exon 8. In addition to these mutations, six mutations were also identified in intronic regions. We found a significant association between SYK mutations and breast cancer and observed that Glu241Arg, a missense mutation is associated with an increase risk of ~7 fold (OR=6.7, 95% CI=1.54-28.8), Thr581Pro (missense mutation) is associated with increased risk of ~16 fold (OR=15.5, 95%CI=2.07-115.45) and 63367 T>G (missense mutation) is associated with increased risk of ~13 fold (OR=12.8, 95%CI=1.71-96.71) for breast cancer. Significant associations were observed for each of these variations with both late menopause (p<0.01) and early menarche (p<0.005) cases when compared to controls. Our findings suggest that the polymorphic gene SYK may contribute to the development of breast cancer in at least the Pakistani population. This study provides an insight view of SYK which may provide a significant finding for the pharmaceutical and biotechnology industry.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제24권7호
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• pp.1019-1025
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• 2011

Toll-like receptors (TLRs) play an important role in the recognition of invading pathogens and the modulation of innate immune responses in mammals. The TLR4 and TLR7 are well known to recognize the bacterial lipopolysaccharide (LPS) and single stranded (ssRNA) ligands, respectively and play important role in host defense against Gram-negative bacteria and ssRNA viruses. In the present study, coding exon fragments of these two TLRs were identified, cloned, sequenced and analyzed in terms of insertion-deletion polymorphism, within bovine TLRs 4 and 7, thereby facilitating future TLR signaling and association studies relevant to bovine innate immunity. Comparative sequence analysis of TLR 4 exons revealed that this gene is more variable, particularly the coding frame (E3P1), while other parts showed percent identity of 95.7% to 100% at nucleotide and amino acid level, respectivley with other Bos indicus and Bos taurus breeds from different parts of the world. In comparison to TLR4, sequence analysis of TLR7 showed more conservation among different B. indicus and B. taurus breeds, except single point mutation at 324 nucleotide position (AAA to AAM) altering a single amino acid at 108 position (K to X). Percent identity of TLR7 sequences (all 3 exons) was between 99.2% to 100% at nucleotide and amino acid level, when compared with available sequence database of B. indicus and B. taurus. Simple Modular Architecture Research Tool (SMART) analysis showed variations in the exon fragments located in the Leucine Rich Repeat (LRR) region, which is responsible for binding with the microbial associated molecular patterns and further, downstream signaling to initiate anti-microbial response. Considering importance of TLR polymorphism in terms of innate immunity, further research is warranted.

• 생물정신의학
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• 제10권1호
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• pp.80-84
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• 2003

Objective : Bipolar disorder is known to have strong genetic background and cellular immune activation. Based on the hypothesis that abnormalities of normal inhibitory control of T cell immunity can contribute to the pathophysiology of bipolar disorder, we investigated the relationship between the first exon at position +49(A/G) polymorphism of cytotoxic T lymphocyte antigen 4(CTLA4) gene and bipolar disorder. Method : Among the Korean patients diagnosed as bipolar disorder according to DSM-IV, 90 patients without serious medical illness, neurologic illness, hormonal disorder, or concomitant mental illness were selected. The normal control group consisted of 149 age-and sex-matched subjects without current or past history of autoimmune diseases or mental disorder. DNA was extracted from whole blood and the exon 1 region of CTLA-4 gene was amplified by polymerase chain reaction. Gene typing was performed using single strand conformation polymorphism. Results : There were no significant differences in genotype frequencies of G/G, G/A, and A/A between the patients with bipolar disorder and the control group(48.9% vs 46.3%, 44.4% vs 39.6%, and 6.7% vs 14.1%, respectively). There were no significant differences in allelic frequencies of G and A between the patients with bipolar disorder and the control group(71.1% vs 66.1%, and 28.9% vs 33.9%, respectively). Conclusion : This study did not show the association of exon 1 polymorphism of CTLA-4 gene with bipolar disorder.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제49권10호
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• pp.1111-1115
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• 2006

유전성 췌장염은 비교적 젊은 연령에서 다른 이유 없이 반복적으로 급성 췌장염으로 나타나는데 나이가 들면서 만성 췌장염으로 이행된다. 동일 가계 내에 2세대 이상에 걸쳐서 3명 이상의 췌장염 환자가 있을 때 진단이 가능하며 이와 관련된 유전자로 trypsinogen을 만드는 PRSS1 유전자 변이(R122H, N29I)가 가장 대표적으로 알려져 있다. 저자들은 3세부터 반복적인 췌장염으로 입원 치료를 했던 15세 환아와 반복적 췌장염을 앓은 환아모, 환아 동생을 대상으로 CT 유전자의 exon 2, 3의 염기 서열을 분석하여 환아와 환아모에서 국내 처음으로 N29I 변이를 경험하였기에 보고하는 바이다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제19권10호
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• pp.1409-1414
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• 2006

The objective of this study was to screen single nucleotide polymorphisms (SNPs) of the chicken lipoprotein lipase gene (LPL), using 545 F1 hybrids developed from $4{\times}4$ diallel crossing of four chicken breeds, and to analyze the associations between polymorphisms of the LPL and chicken fat deposition traits. PCR-SSCP was used to detect SNPs in LPL. Fifteen sets of primers were designed to amplify DNA fragments covering the 5'flanking and coding regions of LPL. It showed that there existed 5 polymorphic loci in the 5'flanking region and coding region, respectively. Association analysis was carried out between 10 polymorphic loci and intermuscular fat width, abdominal fat weight, and thickness of subcutaneous fat using ANCOVA, respectively. The results indicated that, in the 5'flanking region, the loci d and e significantly affected thickness of subcutaneous fat (p<0.05), abdominal fat weight (p<0.01) and subcutaneous fat (p<0.05), while in the coding region, synonymous mutation in exon 8 was significantly associated with intermuscular fat width (p<0.05), however, the non-synonymous mutations in exon 7 and exon 9 did not show statistically significant effects on fat deposition traits in this study.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제16권12호
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• pp.4869-4872
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• 2015

Background: Mutations of the FMS-like tyrosine kinase-3 (FLT3) receptor gene may promote proliferation via activation of multiple signaling pathways. FLT3-internal tandem duplication (FLT3-ITD) is the most common gene alteration found in patients diagnosed with acute myeloid leukaemia (AML) and has been associated with poor prognosis. Materials and Methods: We performed mutational analysis of exons 14-15 and 20 of the FLT3 gene in 54 AML patients using PCR-CSGE (conformational sensitive gel electrophoresis) followed by sequencing analysis to characterise FLT3 mutations in adult patients diagnosed with AML at Hospital USM, Kelantan, Northeast Peninsular Malaysia. Results: FLT3 exon 14-15 mutations were identified in 7 of 54 patients (13%) whereas no mutation was found in FLT3 exon 20. Six ITDs and one non-ITD mutation were found in exon 14 of the juxtamembrane (JM) domain of FLT3. FLT3-ITD mutations were associated with a significantly higher blast percentage (p-value = 0.008) and white blood cell count (p-value = 0.023) but there was no significant difference in median overall survival time for FLT3-ITD+/FLT3-ITD- within 2 years (p-value = 0.374). Conclusions: The incidence of FLT3-ITD in AML patients in this particular region of Malaysia is low compared to the Western world and has a significant association with WBC and blast percentage.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제49권4호
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• pp.453-465
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• 2000

연구배경 : 폐암의 발생과정은 다양한 유전자 이상과 여러 가지경로 이상을 포함한 다단계 과정이다. 암유전자의 활성화나 종양억제유전자의 불활성화, 그리고 결과적인 유전적 불안정성의 증가는 폐암의 발암과정에서 일어나는 주요한 사건이며 임상적으로 폐암이 진단되기까지 10내지 20여 가지의 유전적 변화가 축적되는 것으로 알려져 있다. 본 연구에서 저자들은 비소세포폐암에서 종양억제유전자인 p53과 FHIT의 돌연변이, FHIT 유전자의 전사체 이상 여부를 확인하고 종양억제유전자부근에 위치하는 극소위성의 유전적 변화를 관찰하였다. 대상 및 방법 : 비소세포폐암으로 진단된 후 외과적 적출술을 시행받은 환자 29명의 생검조직과 그에 대응하는 동일인의 정상조직을 대상으로 하였다. p53과 FHIT의 돌연변이 여부는 PCR-SSCP, DNA 염기분석으로 확인하였고 D3S1285, D9S171, TP53에서 극소위성 불안정성과 이형접합성 상실은 PCR로 확인하였다. FHIT 유전자의 전사체 이상 여부 확인을 위해서는 RT-PCR을 사용하였다. 결과 : 1) p53 유전자의 2예에서 관찰되었고 모두 exon 5에서 1개의 염기가 치환되는 점돌연변이였다. 2) 극소위성 불안정성은 D3S1285와 D9S171에서 각각 2예, 1예, 이형접합성 상실은 D3S1285, D9S171, TP53에서 각각 3예, 4예, 7예가 관찰되었다. 3) FHIT 유전자의 변이는 11예에서 관찰되었으며 이중 6예는 exon 8의 codon 98에서 염기서열이 CAT가 CAC로 바뀌는 잠재적 치환이었다. 4) FHIT 유전자의 전사체 이상은 $\beta$-actin이 제대로 발현되는 15예중 4예에서 관찰되었으며 exon 6-9의 결실로 확인되었다. 결론 : 이상으로 비소세포폐암 발생에 p53, FHIT 유전자의 변이, 극소위성 불안정성과 이형접합성 상실 등 다양한 분자유전학적 기전이 복합적으로 작용할 것으로 생각되며 이번 연구에서 조사된 유전적 이상의 빈도는 앞서 발표된 서양의 연구결과와 대체적으로 일치한다. 특히 극소위성의 분석은 편평세포암에서 종양표지자로서의 역할이 기대된다. 이런 발암과정에 대한 이해는 예방, 진단 및 치료적 접근을 발전시키는데 도움을 줄 수 있을 것이고 향후 이들에 관한 가능적 연구들이 수행되어야 할 것이다.

• 대한화학회지
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• 제47권5호
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• pp.460-465
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• 2003

p53 유전자의 변이는 다양한 인체암 중 가장 일반적인 유전자적 변화로 알려져 있으며, 양성에서 악성 대장암으로 전이되는 과정에서 연관이 있는 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 PCR-SSCP와 DHPLC를 이용하여 대장암 환자의 조직에서 p53 유전자의 엑손 5-8에서 돌연변이를 분석하였다. SSCP에서는 50개의 샘플중 엑손 5에서 C13109>T 형태의 돌연변이가 7례가(14%) 발견되었고, DHPLC에서는 C13109>T 7례와 C13202>A, C13204>G 형태의 돌연변이 2례, 모두 9례의(18%) 변이가 검출되었다. DHPLC 분석법을 이용하여 SSCP에서 발견하지 못했던 2례(4%)의 변이를 더 발견하였다. 최종적으로 염기서열분석법을 통해 위의 결과를 확인하였고, p53 돌연변이 검출법으로 SSCP보다 DHPLC가 더 감도가 좋고 효과적인 검출법임을 확인하였다.