• 제목/요약/키워드: exclusion effect

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A Whole Genome Association Study to Detect Single Nucleotide Polymorphisms for Carcass Traits in Hanwoo Populations

  • Lee, Y.-M.;Han, C.-M.;Li, Yi;Lee, J.-J.;Kim, L.H.;Kim, J.-H.;Kim, D.-I.;Lee, S.-S.;Park, B.-L.;Shin, H.-D.;Kim, K.-S.;Kim, N.-S.;Kim, Jong-Joo
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제23권4호
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    • pp.417-424
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    • 2010
  • The purpose of this study was to detect significant SNPs for carcass quality traits using DNA chips of high SNP density in Hanwoo populations. Carcass data of two hundred and eighty nine steers sired by 30 Korean proven sires were collected from two regions; the Hanwoo Improvement Center of National Agricultural Cooperative Federation in Seosan, Chungnam province and the commercial farms in Gyeongbuk province. The steers in Seosan were born between spring and fall of 2006 and those in Gyeonbuk between falls of 2004 and 2005. The former steers were slaughtered at approximately 24 months, while the latter steers were fed six months longer before slaughter. Among the 55,074 SNPs in the Illumina bovine 50K chip, a total of 32,756 available SNPs were selected for whole genome association study. After adjusting for the effects of sire, region and slaughter age, phenotypes were regressed on each SNP using a simple linear regression model. For the significance threshold, 0.1% point-wise p value from F distribution was used for each SNP test. Among the significant SNPs for a trait, the best set of SNP markers were selected using a stepwise regression procedure, and inclusion and exclusion of each SNP out of the model was determined at the p<0.001 level. A total of 118 SNPs were detected; 15, 20, 22, 28, 20, and 13 SNPs for final weight before slaughter, carcass weight, backfat thickness, weight index, longissimus dorsi muscle area, and marbling score, respectively. Among the significant SNPs, the best set of 44 SNPs was determined by stepwise regression procedures with 7, 9, 6, 9, 7, and 6 SNPs for the respective traits. Each set of SNPs per trait explained 20-40% of phenotypic variance. The number of detected SNPs per trait was not great in whole genome association tests, suggesting additional phenotype and genotype data are required to get more power to detect the trait-related SNPs with high accuracy for estimation of the SNP effect. These SNP markers could be applied to commercial Hanwoo populations via marker-assisted selection to verify the SNP effects and to improve genetic potentials in successive generations of the Hanwoo populations.

감귤 돌연변이체의 인간 암세포 증식 억제와 자연사멸 증강효과 (Anticancer Effect of Citrus Fruit Prepared by Gamma Irradiation of Budsticks)

  • 김지혜;김민영
    • 생명과학회지
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    • 제25권9호
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    • pp.1051-1058
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    • 2015
  • 본 연구에 평가된 감귤 돌연변이는 기존 궁천조생 품종에서 유래된 방사선 돌연변이체로 선행 연구에서 다양한 생리활성 및 기능성 성분이 함유되어 있다는 것을 보고한 이래로, 감귤 돌연변이의 항암 제제로써 활용 가능성을 검증하였다. 여러 암종(HCT116, 인간대장암세포; A375, 인간흑색종세포; Hela, 인간자궁경부암세포; MCF-7, 인간유방암세포; A549, 인간폐암세포; HepG2, 인간간암세포)을 대상으로 감귤 돌연변이의 항암 활성을 기존 궁천조생 품종(방사선 무처치군)과 비교 분석한 결과 그 효용 가치가 높게 나타났을 뿐 아니라 자연사멸 유도 메커니즘을 탐색하였을 때 감귤 돌연변이에 의해 야기된 apoptosis에 IAP family의 발현 저해와 NO pathway 증강에 따라 세포 고사가 촉진됨을 확인할 수 있었다. 또한 감귤 돌연변이가 정상 세포에 대한 독성을 유발하지 않는 것으로 나타나, 암세포 선택성이 높은 chemopreventive 및 chemotherapeutic agent로 개발 가능할 것으로 예상되며 이를 위해 향후 보다 정밀한 자연사멸의 분자생물학적 기전 규명이 수반되어야 할 것으로 사료된다.

뇌졸중 환자의 상지 경직 감소와 기능 향상을 위한 국소 진동자극의 효과에 대한 체계적 고찰 (Effectiveness of Focal Muscle Vibration on Upper Extremity Spasticity and Function for Stroke Patients : A Systematic Review)

  • 원경아;박지혁
    • 재활치료과학
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    • 제7권3호
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    • pp.23-33
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    • 2018
  • 목적 : 본 연구는 국외 학술지를 대상으로 한 체계적 문헌고찰 연구를 통해 경직을 가지고 있는 뇌졸중 환자를 대상으로 진동자극의 효과를 제시하는 데에 목적이 있다. 연구방법 : 전자 데이터베이스인 NDSL과 RISS를 사용하여 2009년 4월부터 2017년 10월까지의 논문을 검색하였다. 주요 검색 용어로 'Vibration therapy', 'Focal vibration ', 'Somatosensory', 'Upper limb'와 'Spasticity after stroke를 사용하였다. 선정기준과 배제기준을 통해 최종적으로 6개의 논문이 선정하였다. 결과 : 국소 진동자극의 효과를 알아보기 위한 중재방법으로는 진동자극만을 적용한 중재부터 과제기반 진동자극 중재부터 다양하였다. 중재효과를 알아보기 위해 경직, 상지기능, 일상생활동작 평가도구가 사용되었다. 국소 진동자극은 뇌졸중 환자의 경직 감소와 상지기능에 긍정적인 영향이 있는 것으로 나타났으며, 대뇌피질의 활성화에도 유의미한 효과가 있는 것으로 나타났다. 결론 : 본 연구를 통해 치료사들은 국소 진동자극 적용에 필요한 정보 및 근거를 찾을 수 있을 것이다. 하지만 다양한 국소 진동자극의 적용 방법으로 인해 효율적인 진동수, 진폭의 크기 및 진동을 적용할 위치를 확인하는 데에는 어려움이 있었다. 향후 국내연구에서는 국소 진동자극의 효과를 극대화 할 수 있는 체계적인 중재 프로토콜에 대한 연구가 필요하다.

유역치수계획을 위한 대안수립: 영산강 유역의 사례연구 (Alternatives Development for Basin-wide Flood Mitigation Planning: A Case Study of Yeongsan River Basin)

  • 이충성;심명필;이상원
    • 한국수자원학회논문집
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    • 제43권6호
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    • pp.507-516
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    • 2010
  • 본 연구는 기존에 공학적 분석에 주로 치중하였던 대안수립 방법을 개선하여 경제적 측면에서 최적사업규모를 고려하는 방법을 제시하기 위한 것이다. 이를 위해서 치수사업을 투입과 산출에 의한 생산활동으로 정의하고 투입과 산출조합들을 최적화하는 방식의 대안수립 방안을 제시하였다. 본 논문은 제시된 방법론에 대한 사례연구로서 영산강유역 치수계획을 위한 대안들을 최적사업규모 결정을 통해 수립하였다. 최적사업규모 결정 결과, 최적대안의 순편익이 대안 내의 대규모 단위사업안들의 순편익에 의해 좌우되는 경향이 나타났다. 이러한 문제로 인해 상대적으로 소규모의 단위사업안들은 그 효과가 과소평가되어 최적대안으로부터 제외될 소지가 있으며, 결과적으로 이들로부터 보호받는 잠재적 피해지역들이 치수사업에서 소외될 수 있다. 따라서 피해지역별로 선택적인 홍수방어를 위해서는 단위사업안들을 홍수방어 범위에 따라 전역적 홍수방어대책과 지역적 홍수방어대책으로 분류할 필요가 있는 것으로 사료된다.

Determination of human breast cancer cells viability by near infrared spectroscopy

  • Isoda, Hiroko;Emura, Koji;Tsenkova, Roumiana;Maekawa, Takaaki
    • 한국근적외분광분석학회:학술대회논문집
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    • 한국근적외분광분석학회 2001년도 NIR-2001
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    • pp.4105-4105
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    • 2001
  • Near infrared spectroscopy (NIRS) was employed to qualify and quantify on survival, the injury rate and apoptosis of the human breast cancer cell line MCF-7 cells. MCF-7 cells were cultured in RPMI medium supplemented with 10% FCS in a 95% air and 5% CO2 atmosphere at 37$^{\circ}C$. For the viable cells preparation, cells were de-touched by 0.1% of trypsin treatment and washed with RPMI supplemented with 10% FCS medium by centrifugation at 1000 rpm for 3min. For the dead cells preparation, cells were de-touched by a cell scraper. The cells were counted by a hemacytometer, and the viability was estimated by the exclusion method with frypan blue dye. Each viable and dead cells were suspended in PBS (phosphate bufferred saline) or milk at the cell density desired. For the quantitative determination of cell death by measuring the LDH (lactate dehydrogenase) activity liberated from cells with cell membrane injuries, LDH-Cytotoxic Test Wako (Wako, Pure Pharmaceutical Co. Ltd., Japan) was used. We found that NIRS measurement of MCF-7 cells at the density range could evaluate and monitor the different characteristics of living cells and dead cells. The spectral analysis was performed in two wavelength ranges and with 1,4, 10 mm pathlength. Different spectral data pretreatment and chemometrics methods were used. We applied SIMCA classificator on spectral data of living and dead cells and obtained good accuracy when identifying each class. Bigger variation in the spectra of living cells with different concentrations was observed when compared to the same concentrations of dead cells. PLS was used to measure the number of cells in PBS. The best model for measurement of dead cells, as well as living cells, was developed when raw spectra in the 600-1098 nm region and 4 mm pathlength were used. Smoothing and second derivative spectral data pretreatment gave worst results. The analysis of PLS loading explained this result with the scatter effect found in the raw spectra and increased with the number of cells. Calibration for cell count in the 1100-2500 nm region showed to be very inaccurate.

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Vanadate 처리가 종양세포의 방사선 감수성에 미치는 영향 (Enhanced Radiosensitivity of Tumor Cells Treated with Vanadate in Vitro)

  • 이명자;이원영
    • Radiation Oncology Journal
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    • 제12권2호
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    • pp.129-141
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    • 1994
  • Intracellular ions which have a major role in cellular function have been reported to affect repair of radiation damage. Recently it has been reported that ouabain sensitizes A549 tumor cellls but not CCL-120 normal cells to radiation. Ouabain inhibits the $Na^+-K^+$-pump rapidly thus it increases intracellular Na concentration, Vanadate which is distributed extensively in almost all living organisms is known to be a $Na^+-K^+$-ATPase inhibitors, This study was performed to see any change in radiosensitivity of tumor cell by vanadate and any role of $Na^+-K^+$ATPase in radiosensitization. Experiments have been carried out by pretreatment with vanadate in human cell line(A549, JMG) and mouse cell line(L1210, spleen). For the cell survival MTT assay was performed for A549 and JMC cells and frypan blue dye exclusion test for L120, and spleen cells. Measurements of $Na^+-K^+$-ATPase activity in control, vanadate treated cell, radiation treated cell (9 Gy for A549 and JMG, 2 Gy for L1201, spleen), and combined $10^{-6}M$ vanadate and radiation treated cells were done. The results were summerized as fellows. 1. L1210 cell was most radiosensitive, and spleen cell and JMG cell were intermediate, and A549 cell was least radiosensitive. 2. Mininum or no cytotoxicity was seen with vanadate below concentration of $10^{-6}M$. 3. In A549 cells there was a little change in radiosensitivity with treatment of vanadate. However radiation sensitization was shown in low dose level of radiation i. e. 2- Gy. In JMG cells no change in radiosensitivity was noted. Both L1210 and spleen cell had radiosensitization but change was greater in tumor cell. 4. $Na^+-K^+$-ATPase activity was inhibited significantly in tumor cell by treatment of vanadate. 5. Radiaiton itself inhibited $Na^+-K^+$-ATPase activity of tumor cell with high $Na^+-K^+$-ATPase concention. Increase in radiosensitivity by vanadate was closely associated with orginal $Na^+-K^+$-ATPase contents. From the above results vanadate had little cytotoxicity and it sensitized tumor cells to radiation. Inhibitory effect of vanadate on $Na^+-K^+$-ATPase activity might be one of the contributing factors for radiosensitization to tumor cells which has greater enzyme activity than that of normal cell. It was suggested vanadate could be used as a potential radiosensitizer for tumor cells.

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글루타르알데하이드 고정 소심 낭막에서의 내피세포 증식에 대한 글루탕산 및 파라벤용액의 효과 (Effect of L-Glutamic Acid and Paraben Solution on the Endothelial Cell Proliferation in the Glutaraldehyde- Fixed Bovine Pericardium)

  • 김범식;이문환;유세영;김원곤
    • Journal of Chest Surgery
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    • 제29권1호
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    • pp.7-13
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    • 1996
  • The conventional glutaraldehyde (GA) fixation method of tissue valves is considered to be responsible for accelerated valve degeneration. The release of toxic GA from the valve tissue is believed to limit endothelial cell (EC) ingrowth. Removal of toxic GA by reaction with L-glutamic acid and storage in a Paraben solution may offer good EC growth. To investigate the conditions for endothelialization of tissue valves, the growth properties of ECs on the conventionally and alternatively treated pericardial tissue were compared. Conventional preparation included zero-pressure fixation for 72 hours in phosphated-buffered saline (PBS) solution containing 0.5% GA at 4$^{\circ}C$ and storage into PBS containing 0.2% GA(group I). Alternatively treated pericardial tissues were divided into three postfixation treatment groups : (1) storage in PBS solution containing Paraben(group II), (2) treatment with PBS containing 8$^{\circ}C$ L-glutamic acid(PH 7.35) and storage in PBS solution containing Paraben (g oup III), (3) treatment with L-glutamic acid dissolved in distilled water (PH 3.5) (group IV). Pericardial tissue were transferred into the 24-well plate after storage for 4 weeks. ECs were harvested enzymatically from the bovine pulmonary artery and grown to confluence on culture flask surfaces. Detached ECs by trypsin were incubated into the each well of the 24-well plate including test pericardial tissues. Cells were detached by trypsin, 1, 2, 3, 5, 7 days after incubation and counted on the hemacytometer. Cell viability test was performed by frypan-blue exclusion method. Acute cell death in the group I were found even after prolonged washing. The group II showed prolonged cell survival compared with the group I. Both group III and group IV showed better cell growth than group II. There was no statistically significant difference between group III and group IV method in terms of EC growth. This results suggest that treatment by L-glutamic ac id and storage in a Paraben solution be a promising approach for improvement of durability of GA-treated tissue valves.

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아연광산 인근지역 야생식물중의 중금속 함량 조사 (Survey on Heavy Metals Contents in Native Plant near Old Zinc - Mining Sites)

  • 정기채;김복진;한상국
    • 한국환경농학회지
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    • 제12권2호
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    • pp.105-111
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    • 1993
  • 경상북도 울진군 북면 덕구동과 칠곡군 동명면 덕명동에 소재한 2개 아연광산 인근 지역에서 채취한 토양과 야생식물체중의 Cd, Cu, Zn의 함량을 조사한 결과는 다음과 같다. 1. 생육기간에 따른 야생식물체중 중금속함량은 Cd는 다년생, 월년생, 1년생의 순위로, Cu는 1년생, 다년생, 월년생의 순위로 낮았으며, Zn은 다년생, 월년생, 1년생 모두 비슷하였다. 2. 중금속함량이 가장 높은 야생식물은 Cd의 경우 고비(다년생)였으며, Cu의 경우는 쇠뜨기(월년생), Zn의 경우는 고마리(1년생)이었지만, 조사된 식물체중 Cd, Cu, Zn 각 함량이 다 높았던 것은 고마리였다. 3. 야생식물의 과별 중금속함량은 Cd는 고사리과에서, Cu는 속새과에서, Zn는 마디풀과에서 가장 높았다. 4. 고마리와 망초의 식물체 부위별로 Cd 와 Zn의 함량은 잎, 줄기, 뿌리의 순위로 낮았는데 반하여, Cu는 뿌리, 잎, 줄기의 순위로 낮았다. 5. 토양중 Cd, Cu, Zn의 평균함량(범위)은 칠곡지역에선 1.27($0.45{\sim}2.75$)ppm, 12.04($3.00{\sim}33.20$)ppm, 64.28($8.14{\sim}209.79$)ppm 이었으며, 울진지역에선 3.30($0.50{\sim}9.52$)ppm, 72.93($47.75{\sim}118.35$)ppm, 194.04($41.37{\sim}520.96$)ppm이었다. 6. 토양중의 중금속(Cd, Cu, Zn 등) 함량과 식물체중 중금속 함량간에는 유의성은 없었으나, 정의 상관관계를 보였다. 7. 고비, 고마리, 쇠뜨기 등은 중금속(Cd, Cu, Zn)의 흡수력이 큰 야생식물로서 중금속 및 Zn 오염토양에서 중금속 제거에 효과가 클 것으로 사료된다.

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소아환자를 위한 음악: 무작위 임상연구의 체계적인 문헌고찰 (Music for Pediatric Patients in Medical Settings: A Systematic Review of Randomized Controlled Trials)

  • 이진형
    • 인간행동과 음악연구
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    • 제10권2호
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    • pp.1-33
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    • 2013
  • 본 연구는 소아환자대상 최근의 음악치료 및 음악을 사용한 임상연구들에 대한 체계적인 문헌고찰(Systematic Review)을 위해 실시되었다. 이를 위해 13개 데이터베이스를 이용하여 2000년부터 2012년 사이에 영어로 발표 된 무작위 임상 및 교차설계 연구들을 자료로 수집하였고, 최초 검색 되었던 1023개의 논문 중 선정 및 제외기준에 따라 영어문헌 15건을 선별하였다. 선별 결과 연구 대상자는 1개월에서 만 18세까지의 아동 및 청소년으로 11명에서 150명 까지 표본크기가 다양했으며 전체 연구 참여자는 987명으로 집계되었다. 선별된 연구들은 음악요법 및 음악치료 연구로 분류되어 전반적인 유형, 연구절차와 방법론, 임상접근법, 측정도구 및 연구결과에 대해 체계적으로 분석되었다. 총 7건의 음악요법과 8건의 음악치료로 분류된 연구들은 7개영역의 종속변수를 36종류의 측정도구를 사용하여 측정하였는데 음악의 임상적 사용에 있어 음악의 선택, 종류 및 임상접근방법에 큰 차이가 있음이 나타났다. 연구절차와 방법론의 분석 결과 다수의 연구들이 주요 연구절차에 대한 기술이 충분치 않고 특히 무작위배정(Randomization), 배정순서 은폐(Allocation Concealment), 이중 또는 부분은폐(double or partial blinding) 및 참여자 감소율(Attrition Rate)과 같은 방법론적 표준에 미치지 못함이 도출되었다. 전반적인 연구결과가 통계적으로 유의하거나 긍정적 결과가 보고된 바 있으나, 연구 방법론적 문제들과 임상접근법들의 이질성으로 인해 그 결과가 편향에 의해 오염되거나 신뢰성에 문제가 있음을 확인할 수 있다. 그 결과 음악이 소아 환자들의 신체 및 사회 심리적 필요를 다루는 도구로 임상적 가치가 있음을 제안할 수는 있지만 이에 대한 과학적인 근거로서는 절차와 접근법이 보다 엄격하고 균일하여 추후 재현이 가능한 연구들이 다수 요구됨을 알 수 있다.

김밥의 자가품질검사 항목설정의 합리화 방안 (Ways to Improve the Efficiency of the Self Quality Inspection Analysis for RTE Kimbab)

  • 김선아;임송수
    • 산경연구논집
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    • 제10권9호
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    • pp.37-43
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    • 2019
  • 이 논문은 즉석섭취식품으로 분류되는 김밥용 김에 관한 자가품질검사의 개선안을 제시하였다. 김밥용 김에 적용하는 검사항목 중 장염비브리오균은 3가지 측면에서 적합하지 않다. 첫째, 선행연구 가운데 김밥용 김에서 장염비브리오균을 발견한 사례가 전무하다. 둘째, 전수조사 성격의 자가품질검사 부정합 내역(2015~16년)에 김밥용 김이 적시된 적이 없다. 셋째, 국제기준인 CODEX 규정은 해조류에 장염비브리오균 검사 의무를 부여하지 않는다. 끝으로, 수출용 김과 조미김 및 기타 수산물가공품 유형에 해당 검사가 면제된다. 이에 따라 김밥용 김에 대한 장염비브리오균 검사의무의 면제는 타당하며 그에 따른 경제적 이득은, 특히 영세업체에 클 것으로 추정된다. 2018년 3월 중 총 75곳의 자가품질 검사기관에 대한 전화 및 서류조사 결과 업체당 수수료 절약 규모는 업체당 연평균 13만 원에 이를 것으로 산출하였다. 또한, 검사의 투명성과 효율을 제고하기 위해서는 검사기관 간 수수료의 조화가 필요할 것으로 판명되었다.