• 제목/요약/키워드: endangered fish

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분석조건별 담수어류의 환경 DNA 메타바코딩 효율 비교: 필터, 추출 키트, 프라이머 조합 및 PCR 방법 (Efficiency Comparison of Environmental DNA Metabarcoding of Freshwater Fishes according to Filters, Extraction Kits, Primer Sets and PCR Methods)

  • 김근식;김근용;윤주덕
    • 생태와환경
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    • 제54권3호
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    • pp.199-208
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    • 2021
  • 메타바코딩을 이용한 환경 DNA 분석은 검출 감도가 높아 어류의 생물다양성 평가 및 멸종위기종의 검출에 유용한 기술이다. 이번 연구는 메타바코딩을 이용해 우리나라 담수어류를 대상으로 높은 검출 효율을 보일 수 있는 적합한 분석방법을 확인하기 위해 4가지 분석조건별, 즉 필터(cellulose nitrate filter, glass fiber filter), 추출 키트(DNeasy® Blood & Tissue Kit, DNeasy® PowerWater Kit), 프라이머 조합(12S rDNA, 16S rDNA) 그리고 PCR 방법(conventional PCR, touchdown PCR)로 나타나는 Operational Taxonomic Units(OTUs) 수와 종 조성을 비교하였다. Glass fiber filter와 DNeasy® Tissue & Blood Kit를 이용해 추출한 시료는 12S rDNA와 16S rDNA 프라이머 조합에서 담수어류 OTUs가 가장 많이 검출되었다. 모든 분석조건 중 프라이머 조합에서만 조기어강(Class Actinopterygii) 평균 OTUs 수에서 통계적으로 유의한 차이를 보였고(Non-parametric Wilcoxon Signed Ranks Test, p=0.005), 담수어류 평균 OTUs 수는 유의하지 않았다. 종 조성 비교 결과 역시 프라이머 조합에서 유의한 차이를 보였고(PERMANOVA, Pseudo-F=6.9489, p=0.006), 나머지 분석조건에서는 유의한 차이를 보이지 않았다. NMDS 분석 결과 종 조성은 유사도 65% 기준에서 프라이머 조합에 따라 묶였고, 16S rDNA 프라이머 세트는 주로 멸종위기종인 모래주사(Microphysogobio koreensis), 꼬치동자개(Pseudogobio brevicorpus)가 기여하였고, 12S rDNA 프라이머 세트는 주로 일반종인 피라미(Zacco platypus), 꺽지(Coreoperca herzi) 등이 기여한 것으로 나타났다. 본 연구는 국내 하천에서 채취한 시료에 대한 메타바코딩을 이용한 종 다양성 분석의 기초정보를 제공한다.

A Study on the Fish Community and Various Guilds to Stream Order in Geum River Watershed

  • Lee, Su-Ho;Lee, Jae-Hoon;Han, Jeong-Ho;An, Kwang-Guk
    • 생태와환경
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    • 제43권4호
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    • pp.503-512
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    • 2010
  • This study was conducted to evaluate fish fauna, species composition, and various guilds against stream orders along with analysis of fish community structure and diversity in Geum River watershed from 2005 to 2007. The total number of fish collected was 4,216 representing 12 families with 56 species. Zacco platypus was the most abundant fish species with 26% in relative abundance (RA). Korean endemic species were 24 species including Zacco koreanus, Microphysogobio yaluensis, Gobiobotia nakdongensis, and Iksookimia koreensis, etc. We also collected endangered fish species such as G. nakdongensis, Liobagrus obesus, and Pseudopungtungia nigra, etc., and their new distribution sites were found in the survey, providing some sites of the fish conservation and protection. Fish tolerance and trophic guilds analysis showed that the proportion of sensitive species, intermediate species, and tolerant species were 33.4%, 29.3%, and 37.3%, respectively and omnivores and insectivores were 48.1 % and 38.4%, respectively. Analysis of site-base study indicated that tolerant species and omnivore species were high in some polluted tributary streams (i.e., Gap and Miho stream) and sensitive and insectivore species were low. In the functional relations, expressed as simple linear regression equations, of stream order on fish metric attributes, showed that the number of species and the number of individuals increased as the stream order increases. This phenomenon was explained by greater availability of stable water volume, rich food, and higher physical habitat capacity. Such guild compositions and stream order characteristics of the river influenced the community structures, based on species diversity, dominance and evenness index in the study. This study may be used as important data in the future for comparisons of fish fauna and compositions before and after two weir (dam) constructions in the middle of Geum River by the government.

Wadeable stream에서 하천차수에 따라 보(weir)가 어류군집에 미치는 영향 (The Impact of Weirs on Fish Assemblage according to Stream Order in Wadeable Stream)

  • 김정희;윤주덕;박상현;백승호;이혜진;김규진;장민호
    • 생태와환경
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    • 제53권2호
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    • pp.148-155
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    • 2020
  • 본 연구는 wadeable stream (1차~4차 하천)을 대상으로 보의 유·무에 따른 어류군집의 차이를 분석하였다. 하천의 규모에 따른 차이를 분석하기 위해서 하천차수로 구분하여 보의 유·무가 어류군집에 영향을 미치는지를 파악하였으며, 3차와 4차 하천에서 어류군집의 차이가 확인되었다(P<0.005, PERMANOVA). 보의 유·무에 따라 총 출현 종수, 총 출현 개체수, 종 풍부도와 같은 요인들이 차이를 나타냈으며, 외래종, 고유종, 보호종 개체수의 경우 차이를 나타내지 않았다. SIMPER 분석을 통해서 어류군집 차이에 주로 기여하는 종을 분석한 결과 해당 차수의 하천에 우점적으로 나타나는 피라미(Zacco platypus), 참갈겨니(Zacco koreanus), 돌고기(Pungtungia herzi)와 같은 보편종으로 확인되었다(contribution>5%). 이들 종은 모두 보가 있는 지점에서 평균 상대풍부도가 높게 나타났으며, 보로 인해 변화된 환경이 이들 종에 대해서 주요 서식처를 제공하는 것으로 판단되었다. 본 연구는 전국 범위에서 보가 어류군집에 미치는 영향을 분석하여 경향성을 제시하였으며, 이러한 결과는 향후 보의 관리를 위한 연구에 효과적으로 활용할 수 있을 것이다.

멸종위기종 모래주사 Microphysogobio koreensis의 난발생 및 초기생활사 (Embryonic Development and Early Life History of the Endangered Species Microphysogobio koreensis (Pisces: Cyprinidae))

  • 김치홍;윤승운;김재구;김현태;박종성;박종영
    • 한국어류학회지
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    • 제24권3호
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    • pp.160-166
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    • 2012
  • 멸종위기 담수어인 모래주사의 종 보존을 위한 기초자료를 얻기 위해 난발생 및 초기생활사를 연구하였다. 2012년 5월 1일 전북 임실에서 포획된 성어를 이용하여 인공 수정시켰으며, 수정란은 구형의 분리침성란에 난경은 $1.8{\pm}0.14mm$였다. $23^{\circ}C$의 수온에서 29시간 후에 부화하였으며, 부화 직후 전기자어의 크기는 $2.2{\pm}0.48mm$였다. 부화 후 4일째 난황을 모두 흡수하여 후기자어기에 진입하였으며, 전장은 $3.6{\pm}0.55mm$였다. 20일이 지나자 지느러미 기조수가 정수가 되어 치어기로 이행하였으며, 전장은 $6.5{\pm}0.77mm$였다. 부화 후 60일이 지나자 두부와 체측에 나타나는 반문이 성어와 유사해졌으며, 전장은 $24.4{\pm}1.71mm$에 달하였다. 모래주사의 난발생 과정 및 초기생활사를 모래무지아과 어류들과 비교한 결과 수정란의 부화시간은 비교적 빨랐으며 부화 직후 전기자어의 크기도 작았다.

인공사육에 의한 멸종위기종 꼬치동자개(Pseudobagrus brevicorpus)의 성장과 성성숙 특성 (Characteristics on Growth and Sexual Maturation of an Endangered Fish, Stumpy Bullhead (Pseudobagrus brevicorpus), from Korea by Artificial Rearing)

  • 양상근;강언종;김광석;방인철
    • 환경생물
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    • 제27권4호
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    • pp.369-374
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    • 2009
  • 멸종위기에 처한 꼬치동자개(Pseudobagrus brevicorpus)의 보전과 복원을 위한 기초 자료를 제공하기 위하여 인공사육 환경에서 사육된 종묘에서 친어까지의 성장과 성성숙 특징들을 조사하였다. 부화 후 698일의 인공사육 기간 동안 전장과 체중은 각각 $89.22{\pm}10.29mm$$70.93{\pm}7.68g$로 성장하였고, 전장 (TL)과 체중(BW)의 관계는 $BW=5{\times}10^{-5}\;TL^{2.678}$ ($R^2=0.995$)로 나타났으며, 생존율은 74.2%였다. 암컷과 수컷의 성비는 1 (암컷, 471) : 1 (수컷, 473)이었다. 부화 후 663일째에 암컷의 전장과 체중은 각각 $78.38{\pm}0.92\;mm$$6.38{\pm}0.20\;g$로 나타나 수컷의 $87.44{\pm}1.07mm$$8.43{\pm}0.31g$에 비해 높았으나, 비만도는 암컷이 수컷에 비해 유의적으로 값을 보였다(P<0.05). 암컷 1마리당 포란수는 평균 734개(508~867개)였고, 난경은 0.04~1.65mm의 범위를 보였다. 인공 사육된 친어는 만 2년이 되던 6월 초순에 인간 융모성 고나도트로핀(human chorionic gonadotropin: HCG)을 주사한 후 1~2일 사이에 산란이 가능하였고, 부화된 개체는 평균 216마리(113~338마리)였다.

AFLP 분석에 의한 멸종위기어류 미호종개, Iksookimia choii의 유전 다양성 (Genetic Diversity of an Endangered Fish, Iksookimia choii (Cypriniformes), from Korea as Assessed by Amplified Fragment Length Polymorphism)

  • 이일로;이윤아;신현철;남윤권;김우진;방인철
    • 생태와환경
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    • 제41권1호
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    • pp.98-103
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    • 2008
  • 우리나라 멸종위기종 미호종개 3집단(갑천, 백곡천, 지천)의 유전 다양성 및 유전적 구조를 AFLP분석을 통해 조사하였다. 3종의 primer조합형을 이용한 AFLP분석에서 각 집단으로부터 106, 107, 104개의 밴드가 생성되었으며, 집단 내 다형 밴드의 출현 빈도는 3개 집단에서 $21.5\sim24.5%$로 유사하게 나타났고, 이형접합율$(0.067\sim0.084)$및 유전적 다양도$(0.076\sim0.087)$는 매우 낮은 값을 보였다. 집단간 유전적 거리 및 유전적 상동성 분석 역시 유사한 결과를 나타내어 본 연구에서 분석한 미호종개 3개 집단은 유전적으로 매우 밀접한 근연관계를 나타내었다. 비록 pairwise Fst 값은 매우 낮았지만 3집단은 유전적 분화가 진행되고 있었다. 본 연구는 미호종개의 유전적 다양성 및 분화에 대해 처음으로 보고된 연구이며, 미호종개의 보존을 위한 유전적 기초 정보를 제공해 준다.

멸종위기종 남방동사리의 분포와 서식처 특성 (Distribution and Habitat Characteristics of Odontobutis obscura, Endangered Species)

  • 박상현;김정희;백승호;조현빈
    • 생태와환경
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    • 제54권2호
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    • pp.79-86
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    • 2021
  • 본 연구는 환경부 멸종위기야생생물 1급으로 지정되어 있는 남방동사리의 분포와 서식지 특성을 확인하였다. 조사는 남방동사리의 주요 서식지로 알려져 있는 산양천 수계(산양천, 구천천, 유입 지천)에서 이루어졌으며, 2016년 4월과 8월에 현장조사가 이루어졌다. 조사 결과 산양천 하류 S1~S3 지점을 제외한 전체 지점에서 남방동사리의 서식이 확인되었다. 서식 범위가 유입지천의 최상류에서 염도의 영향을 받지 않는 산양천 최하류까지이며, 남방동사리가 1차담수어이기 때문에 염도가 서식에 가장 큰 제한요인이었다. 이외 서식처 및 산란처로 활용되는 하상구조가 중요한 요인으로 확인되었으며, 서식이 확인된 모든 지점에서 작은돌(cobble) 크기 이상이 50% 이상을 차지하였다. 남방동사리의 상세한 분포지역이 본 연구에서 처음 보고가 될 정도로 국내 서식하는 남방동사리에 대한 연구가 매우 부족하다. 따라서, 이러한 남방동사리의 보호 전략을 마련하기 위해서는 남방동사리의 생리, 생태에 대한 과학적인 연구가 이루어질 필요성이 있다.

금강 수계 지천의 어류군집 구조 및 멸종위기종 미호종개 Cobitis choii와 흰수마자 Gobiobotia naktongensis의 서식현황 (Community Structure of Fish and Inhabiting Status of Endangered Species, Cobitis choii and Gobiobotia naktongensis in the Ji Stream, a Tributary of the Geum River Drainage System of Korea)

  • 고명훈;문신주;이상준;방인철
    • 생태와환경
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    • 제45권4호
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    • pp.356-367
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    • 2012
  • 본 연구는 금강 지류인 충남 청양군 지천의 어류군집 및 멸종위기종 미호종개와 흰수마자의 서식현황을 파악하기 위하여 2011년 조사를 실시하였다. 지천 상류(St. 1~St. 4)는 하천형이 Aa-Bb형 또는 Bb형이고 하상구조는 자갈과 돌의 비율이 높았으며 10~23종의 어류가 서식하였고, 중류(St. 5~St. 7)는 하천형이 Bb형이고 하상구조는 돌과 큰돌의 비율이 높았으며 16~23종의 어류가 서식하였으며, 하류(St. 8~St. 10)는 하천형이 Bb-Bc형이고 하상구조는 모래의 비율이 높았으며 20~29종의 어류가 서식하였다. 전체 출현한 어종은 모두 9과 44종이었고, 우점종은 피라미 Zacco platypus (37.2%), 아우점종은 돌고기 Pungtungia herzi (5.8%)와 모래무지 Pseudogobio esocinus (5.5%)였으며, 그 다음으로 납자루 Acheilognathus lanceolatus (5.3%)와 참갈겨니 Z. koreanus (5.2%), 참마자 Hemibarbus longirostris (4.9%), 긴몰개 Squalidus gracilis majimae (3.5%) 등의 순으로 우세하게 출현하였다. 출현종 중 고유종은 16종(36.4%)으로 비교적 높게 나타났고, 멸종위기종은 미호종개와 흰수마자 2종이, 외래어종은 배스 Micropterus salmoides 1종이 출현하였다. 지점들 간의 군집유사도를 분석한 결과 상류(St. 1~St. 4)와 중류(St. 5~St. 7), 하류(St. 8~St. 10)로 나누어지고, 우점도는 하류로 갈수록 대체로 낮아지는 반면, 다양도와 균등도, 종풍부도 하류로 갈수록 대체로 높아지는 경향을 보였다. 하류에서 출현한 멸종위기종 미호종개와 흰수마자의 서식현황을 정밀조사한 결과, 두 종 모두 하상이 모래인 곳에 집단을 형성하여 서식하고 있어 주목되었다.

Fish Fauna and Guild Compositions in Geum River Watershed

  • Lee, Eui-Haeng;Kim, Hyun-Mac;Lee, Jae-Kwan;Byeon, Myeong-Seop;An, Kwang-Guk
    • 생태와환경
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    • 제41권4호
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    • pp.490-498
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    • 2008
  • This study was to analyze fish composition and ecological indicator characteristics from eight sampling sites of Geum River, October 2007. Total number of family and species sampled were 9 and 40. The most dominant family was Cyprinidae (27 species, 85%), and then followed by Cobitidae, Odomtobutidae, and Gobiidae. Constancy values of Zacco platypus and Zacco temminckii were 1.00 and 0.30, respectively, and the relative abundance of Acheilognathus koreensis and Pseudogobio esocinus were greater than 5% of the total. The number of Korean endemic species sampled in this Geum River study was 7 family 19 species, which is 47.5% of total 40 species, and endangered species of Pseudopungtungia nigra and Gobiobotia brevibarba were only 0.5% of the total and these species were only distributed within the upstream regions. Exotic species, Micropterus salmoides, which is known as large-mouth bass, were observed in two sites of G3 and G7. Analytical results of fish community showed that community dominance index was 0.19, which is low, and the species evenness index (0.74), diversity index (2.03), and richness index (3.00) appeared high. These results indicate that structure of fish community is stable in the Geum River. According to various guilds analysis, the relative abundance of tolerant and omnivores at all sites were 40% and 47% of the total, respectively. This monitoring data may contribute changes of fish fauna and compositions in relation to habitat modifications and chemical water quality degradations in the future.

Assessment of Physical Habitat and the Fish Community in Korea Stream

  • Hur, Jun Wook;Joo, Jin Chul;Choi, Byungwoong
    • Ecology and Resilient Infrastructure
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    • 제9권1호
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    • pp.59-67
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    • 2022
  • The purpose of this study is to provide essential data necessary to assess ecological flow requirements by understanding habitat conditions for fish species through monitoring an ecological environment in the Korea stream (Dal Stream) and building related database. On-site surveys were conducted for identifying ecological and habitat conditions at the four monitoring sites. Fish sampling was carried out at the selected four sites (St.) during the period ranging from September, 2008 to September, 2009. At the four sampling sites, we measured water surface elevation, depth and velocity at the cross-sections. Optimal Ecological Flowrates (OEFs) were estimated using the Habitat Suitability Index (HSI) established for four fish species Zacco koreanus (St.1), Pungtungia herzi (St.2), Coreoleuciscus splendidus (St.3), and Zacco platypus (St.4) selected as icon species using the Physical HABitat SIMulation system (PHABSIM). Eighteen species (56.3%) including Odontobutis interrupta, Coreoperca herzi and C. splendidus were found endemic out of the 32 species in eight families sampled during this study period. The endangered species was collected Acheilognathus signifier, Pseudopungtungia tenuicorpa and Gobiobotia macrocephala, and this relative abundance was 9.4%. The most frequently found one was Z. platypus (31.3%) followed by C. splendidus (17.6%) and Z. koreanus (15.7%). The estimated IBI values ranged from 27.3 to 34.3 with average being 30.3 out of 50, rendering the site ecologically poor to fair health conditions. For C. splendidus (St.3), the dominant fish species in the stream, the favored habitat conditions were estimated to be 0.3-0.5 m for water depth, 0.4-0.7 m/s for flow velocity and sand-cobbles for substrate size, respectively. An OEFs of 8.5 m3/s was recommended for the representative fish species at the St.3.