• 제목/요약/키워드: differential coding

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Cloning and Expression of Bovine Polyadenylate Binding Protein 1 cDNA in Mammary Tissues

  • Kim, J.H.;Jeon, D.H.;Choi, Y.J.;Baik, M.G.
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제14권6호
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    • pp.771-776
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    • 2001
  • A pregnant-induced clone was identified by differential screening from a cDNA library of bovine mammary gland. The clone was identified as a cDNA encoding a polyadenylate binding protein 1 (PABP). The cDNA clone had a total length of 1,911 nucleotides coding for 636 amino acids. The nucleotide sequence of the bovine PABP was 95% and 94% identical to those of human and mouse species, respectively. Comparison of the deduced amino acid sequences of bovine PABP with those of human species showed 100% identity. Induction of the PABP mRNA was observed in bovine mammary tissues at pregnant 7 and 8 months compared to virgin, lactating and involuted states. Expression of the PABP gene was examined in mammary epithelial HC11 cells at proliferating, differentiated and apoptotic conditions. The mRNA levels of PABP gene were similar between proliferating and differentiated cells, but expression levels were very low in apoptotic cells compared to other conditions. Results demonstrate that the PABP gene is induced during pregnancy at which stage mammary epithelial cells are actively proliferating.

Cloning and mRNA Expression Analysis of the Gene Encoding Phenylalanine Ammonia-Lyase of the Ectomycorrhizal Fungus Tricholoma matsutake

  • Yoon, Hyeokjun;You, Young-Hyun;Kim, Ye-Eun;Kim, Young Ja;Kong, Won-Sik;Kim, Jong-Guk
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제23권8호
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    • pp.1055-1059
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    • 2013
  • The ectomycorrhizal fungus Tricholoma matsutake grows symbiotically with Pinus densiflora. Phenylalanine ammonia-lyase (E.C. 4.3.1.24) catalyzes the conversion of L-phenylalanine to trans-cinnamic acid. The role of fungal phenylalanine ammonia-lyase, however, has not been clear until now. In this study, the gene encoding phenylalanine ammonia-lyase (PAL), which was isolated from T. matsutake, was cloned and characterized. The PAL gene (tmpal) consists of 2,160 nucleotides, coding for a polypeptide containing 719 amino acid residues. The deduced amino acid sequence of tmpal from T. matsutake shows high identity (70%) with that from Laccaria bicolor. Comparative analysis of the PAL genes among T. matsutake and other species of the class Agaricomycetes showed that both active sites and binding sites were significantly conserved among these genes. The transcriptional analysis of the PAL gene revealed a differential gene expression pattern depending on the developmental stages (mycelium, primordium, stipe, pileus, and gills) of T. matsutake. These results suggest that the PAL gene in T. matsutake plays an important role in multiple physiological functions.

AT-DMB 시스템에서 채널추정을 이용한 기본계층 수신 성능 향상기법 (Improving the Base-Layer BER performance at AT-DMB using a Channel Estimation)

  • 방극준
    • 전자공학회논문지 IE
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    • 제49권2호
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    • pp.46-51
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    • 2012
  • AT-DMB 시스템의 신호 전송은 향상계층은 채널등화를 거친 Coherent Detection을 사용하지만 기본계층은 T-DMB와 마찬가지로 차동변복조를 사용한다. 본 논문에서는 이와같은 구조에서 어차피 향상계층 수신을 위하여 사용되는 채널추정 결과를 기본계층에 적용하여 기본계층의 수신성능을 향상시킬 수 있음을 보여준다. 제안하는 방법은 AT-DMB 수신단의 차동복조앞단에서 수신신호에 채널등화를 적용한 후 수신신호 성상도를 가장 가까운 ${\pi}$/4-shift DQPSK 성상도점으로 집중화시킨 후 차동복조를 적용함으로서 코딩을 적용하지 않은 상태에서 AWGN $10^{-4}BER$ 기준으로 약 2dB 성능향상을 얻을 수 있음을 보였다.

Sequencing and Characterization of Divergent Marbling Levels in the Beef Cattle (Longissimus dorsi Muscle) Transcriptome

  • Chen, Dong;Li, Wufeng;Du, Min;Wu, Meng;Cao, Binghai
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제28권2호
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    • pp.158-165
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    • 2015
  • Marbling is an important trait regarding the quality of beef. Analysis of beef cattle transcriptome and its expression profile data are essential to extend the genetic information resources and would support further studies on beef cattle. RNA sequencing was performed in beef cattle using the Illumina High-Seq2000 platform. Approximately 251.58 million clean reads were generated from a high marbling (H) group and low marbling (L) group. Approximately 80.12% of the 19,994 bovine genes (protein coding) were detected in all samples, and 749 genes exhibited differential expression between the H and L groups based on fold change (>1.5-fold, p<0.05). Multiple gene ontology terms and biological pathways were found significantly enriched among the differentially expressed genes. The transcriptome data will facilitate future functional studies on marbling formation in beef cattle and may be applied to improve breeding programs for cattle and closely related mammals.

중간 전송율에서 적응 포스트 필터링을 이용한 음성용 SBC의 성능 향상 (Performance Enhancement of SBC for Voice Signal Using Adaptive Postfiltering at the Medium Bit Rate)

  • 김원구;이남걸;윤대희;차일환
    • 한국통신학회논문지
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    • 제17권2호
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    • pp.121-131
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    • 1992
  • 포스트 필터링(adaptive postfiltering)을 수신단의 마지막에세 수행 하였다. 첫째는, SBC 시스템의 대역 필터를 QMF(Quadrature Mirror Filter) 대신 GQMF(Generalized QMF)를 사용하여 성능을 향상시켰고, 둘째는, 각 대역에 적응 비트 할당을 함으로써 음질의 향상뿐 아니라 variable rate 부호화할 수도 있었다. 세번째로는 APCM(Adaptive Plulse Code Modulation)과 ADPCM(Adaptive Differential Pulse Code Modulation)을 부호화기로 사용하여 각각의 성능을 평가 한 결과, SB-APCM 의 성능이 우수하였다.또한, 수신단의 마지막에서 적응 포스트 필터링을 수행하여 부호화된 음성의 음질을 개선할 수 있었다. 본 논문에서는 두가지의 적응 포스트 필터링 기법을 제안하였는데 낮은 복잡성을 가지고도 부호화된 음성에서 상당량의 잡음 감쇄를 이룰 수 있었다.

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Numerical nonlinear bending analysis of FG-GPLRC plates with arbitrary shape including cutout

  • Reza, Ansari;Ramtin, Hassani;Yousef, Gholami;Hessam, Rouhi
    • Structural Engineering and Mechanics
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    • 제85권2호
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    • pp.147-161
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    • 2023
  • Based on the ideas of variational differential quadrature (VDQ) and finite element method (FEM), a numerical approach named as VDQFEM is applied herein to study the large deformations of plate-type structures under static loading with arbitrary shape hole made of functionally graded graphene platelet-reinforced composite (FG-GPLRC) in the context of higher-order shear deformation theory (HSDT). The material properties of composite are approximated based upon the modified Halpin-Tsai model and rule of mixture. Furthermore, various FG distribution patterns are considered along the thickness direction of plate for GPLs. Using novel vector/matrix relations, the governing equations are derived through a variational approach. The matricized formulation can be efficiently employed in the coding process of numerical methods. In VDQFEM, the space domain of structure is first transformed into a number of finite elements. Then, the VDQ discretization technique is implemented within each element. As the last step, the assemblage procedure is performed to derive the set of governing equations which is solved via the pseudo arc-length continuation algorithm. Also, since HSDT is used herein, the mixed formulation approach is proposed to accommodate the continuity of first-order derivatives on the common boundaries of elements. Rectangular and circular plates under various boundary conditions with circular/rectangular/elliptical cutout are selected to generate the numerical results. In the numerical examples, the effects of geometrical properties and reinforcement with GPL on the nonlinear maximum deflection-transverse load amplitude curve are studied.

Sequential Polyadenylation to Enable Alternative mRNA 3' End Formation

  • Yajing Hao;Ting Cai;Chang Liu;Xuan Zhang;Xiang-Dong Fu
    • Molecules and Cells
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    • 제46권1호
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    • pp.57-64
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    • 2023
  • In eukaryotic cells, a key RNA processing step to generate mature mRNA is the coupled reaction for cleavage and polyadenylation (CPA) at the 3' end of individual transcripts. Many transcripts are alternatively polyadenylated (APA) to produce mRNAs with different 3' ends that may either alter protein coding sequence (CDS-APA) or create different lengths of 3'UTR (tandem-APA). As the CPA reaction is intimately associated with transcriptional termination, it has been widely assumed that APA is regulated cotranscriptionally. Isoforms terminated at different regions may have distinct RNA stability under different conditions, thus altering the ratio of APA isoforms. Such differential impacts on different isoforms have been considered as post-transcriptional APA, but strictly speaking, this can only be considered "apparent" APA, as the choice is not made during the CPA reaction. Interestingly, a recent study reveals sequential APA as a new mechanism for post-transcriptional APA. This minireview will focus on this new mechanism to provide insights into various documented regulatory paradigms.

Differential Display PCR을 이용한 사과 자가적과성 연관 유전자 탐색 (Identifying Genes Related with Self-thinning Characteristics in Apple by Differential Display PCR)

  • 김세희;허성;신일섭;김정희;조강희;김대현;황정환
    • 한국육종학회지
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    • 제42권5호
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    • pp.565-573
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    • 2010
  • 사과의 경우 한 과총에 5개의 꽃이 피는데 그 중 한 가운데의 중심화가 먼저 개화하여 과일로 발달하고 주위의 측과 4개는 스스로 낙과되는 현상을 자가적과성이라고 한다. 적과는 인위적으로 과실의 숫자를 줄여 잎 수와 과실 수의 균형을 맞추는 작업으로 과실의 크기를 증가시키고, 수세, 수형을 유지시켜 안정적인 생산에 도움을 준다. 노동력 절감을 위해 인간에게 유용하게 사용될 수 있는 특성이 자가적과성인데, 자가적과성 품종의 사과에서 측과는 만개 후 30일 이내에 떨어지고 중심과만 남아서 성숙하게 된다. 51개의 사과 품종으로부터 비자가적과성 그룹 20종, 6월 생리적 낙과 그룹 16종, 자가적과성 그룹 15종을 분류하였다. 대표적인 자가적과성 품종인 Aori #9 로부터 중심과와 측과에서 다르게 발현이 되는 유전자들을 DD-PCR 방법으로 확인하였다. 중심과에서 30개의 clones 과 측과에서 24개의 clones을 선발하여 염기서열을 분석하였다. 주로 측과에서 발현되는 유전자들은 pathogenesis, senescence, temperature stress, protein degradation, fruit browning, sorbitol metabolism에 관여하는 유전자들과 높은 상동성을 나타내고, 중심과에서 발현되는 유전자들의 염기서열을 분석해 보면 anthocyanin의 up-regulation이나 flavonol 생합성, ethylene 생합성에 관여하는 유전자들이 분포한다. Cytochrome P450 유전자의 발현양상을 보기 위해 Real time PCR 분석을 한 결과 중심과보다 측과에서 발현량이 높게 나타났다. 중심과와 측과에서 다르게 발현되는 유전자들의 실제 발현양상을 분석하기 위해 Real time PCR을 이용해서 상대정량을 분석할 계획이며 분자수준에서의 자가적과를 조절하는 기작에 대한 앞으로의 연구는 생력 재배가 가능한 품종 육성의 육종 소재 개발에 활용될 수 있을 것이다.

장애아동을 그룹홈에 입소시킨 어머니의 양육경험 (Nurturing Experience of Mothers of Children with Disabilities Admitted to a Group-Home)

  • 황연화;임종호
    • 한국콘텐츠학회논문지
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    • 제16권8호
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    • pp.257-267
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    • 2016
  • 본 연구는 장애아동을 그룹홈에 입소시킨 어머니의 양육경험 과정에 관한 질적연구이다. 연구 대상은 장애아동을 그룹홈에 입소시킨 어머니 8명이며, 연구방법으로는 심층면접 조사를 실시하였다. 개방코딩 결과 총 34개의 개념과 28개의 하위범주, 13개의 범주가 도출되었다. 이러한 범주들을 종합하여 '양육한계 봉착에 처한 후 그룹홈 입소로 관계 회복'을 핵심범주로 선택하였다. 실천 전략은 어머니의 양육단계에 따른 심리상담을 제공해야 하고, 장애아동 아버지들을 위한 프로그램을 제안하며, 학령기 비장애자녀에 대한 지원 방안이 모색되어야 하고, 대상자의 욕구에 적합한 차별화된 장애인시설이 필요하다. 정책적 차원에서는 돌봄 크레딧을 통해 장애아동 가족의 빈곤 문제의 최소화, 고운맘카드의 활용과 초기 의료사회복지적인 개입 필요, 시설순회학급 설치 확대, 성년후견제도 활용과 소득분위에 따른 장애아동 양육수당의 차등적 지급 등이 고려되어야 함을 제언하였다.

영상 압축센싱을 위한 블록기반 변환영역 측정 부호화 (Block-Based Transform-Domain Measurement Coding for Compressive Sensing of Images)

  • ;;;;박영현;전병우
    • 한국통신학회논문지
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    • 제39A권12호
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    • pp.746-755
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    • 2014
  • 압축센싱은 신호의 성긴 (Sparse) 성질을 활용하여 Nyquist 표본화율 보다 낮은 측정 율만으로도 신호의 완벽 복원이 가능하다는 측면에서 새로운 샘플링 기술로 주목 받고 있다. 블록기반의 압축센싱 기술을 사용하여 영상을 샘플링 하는 경우, 측정신호 영역에서도 공간 영역의 유사도가 보존되므로, 본 논문에서는 블록기반 압축센싱 기술을 사용하여 획득한 자연영상의 측정 신호에 대한 새로운 부호화 기술을 제안한다. 측정신호 간 유사성을 제거하기 위해 이산 웨이블릿 변환(DWT)을 적용한 후, 각 DWT 계수에 적절한 양자화를 수행한다. 이를 통해, 측정 신호 내의 중복성을 제거하고, 측정 신호의 비트 율 또한 절약할 수 있었다. 실험 결과, 기존의 블록기반 평활 Projected Landweber 알고리즘에 스칼라 양자화를 적용한 방법, DPCM 방법을 적용한 방법, 그리고 Multihypothesis 기반 블록기반 평활알고리즘에 DPCM을 적용한 방법과 비교할 때, 제안방법의 PSNR이 각각 최대 4dB, 0.9dB, 그리고 2.5dB 더 높은 성능을 보이는 것을 확인 할 수 있었다.