• 제목/요약/키워드: data heterogeneity

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Effects of Differential Distribution of Microvessel Density, Possibly Regulated by miR-374a, on Breast Cancer Prognosis

  • Li, Jian-Yi;Zhang, Yang;Zhang, Wen-Hai;Jia, Shi;Kang, Ye;Tian, Rui
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제14권3호
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    • pp.1715-1720
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    • 2013
  • Background: The discovery that microRNAs (miRNAs) regulate proliferation, invasion and metastasis provides a principal molecular basis of tumor heterogeneity. Microvessel distribution is an important characteristic of solid tumors, with significant hypoxia occurring in the center of tumors with low blood flow. The distribution of miR-374a in breast tumors was examined as a factor likely to be important in breast cancer progression. Methods: Breast tissue samples from 40 patients with breast cancer were classified into two groups: a highly invasive and metastatic group (HIMG) and a low-invasive and metastatic Group (LIMG). Samples were collected from the center and edge of each tumor. In each group, six specimens were examined by microRNA array, and the remaining 14 specimens were used for real-time RT-qPCR, Western blot and immunohistochemical analyses. Correlation analysis was performed for the miRNAs and target proteins. Follow-up was carried out during 28 months to 68 months after surgery, and survival data were analyzed. Results: In the LIMG, the relative content of miR-374a was lower in the center of the tumor than at its edge; in the HIMG, it was lower at the edge of the tumor, and miR-374a levels were lower in breast cancer tissues than in normal tissues. There was no difference between VEGF-A and VCAM-1 mRNA levels at the edge and center of the tumor; however, we observed a significant difference between VEGF-A and VCAM-1 protein expression levels in these two regions. There was a negative correlation between miR-374a and target protein levels. The microvessel density (MVD) was lower in the center of the tumor than at its edge in HIMG, but the LIMG vessels were uniformly distributed. There was a significant positive correlation between MVD and the number of lymph node metastases (Pearson correlation, r=0.912, P<0.01). The median follow-up time was 48.5 months. LIMG had higher rate of disease-free survival (100%, P=0.013) and longer median survival time (66 months) than HIMG, which had a lower rate of 75% and shorter median survival time (54 months). Conclusions: Our data demonstrated miR-374a to be differentially distributed in breast cancer; VEGF-A and VCAM-1 mRNA had coincident distribution, and the distribution of teh respective proteins was uneven and opposite to that for the miR-374a. These data might explain the differences in the distribution of MVD in breast cancer and variation in breast cancer prognosis.

신장 및 간 기능별 약물용량조절에 관한 국내외 약물문헌정보 비교 (Comparative Analysis of Drug Information Resources for Dose Adjustment in terms of Renal and Hepatic Function)

  • 류지현;경은정;이희영;오민아;김은영
    • 한국임상약학회지
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    • 제22권3호
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    • pp.220-227
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    • 2012
  • Kidney and liver are the major organs of metabolism and excretion of drugs. Renal and Hepatic impairment may affect the pharmacokinetics/pharmacodynamics and the safety of drugs. Adjusting the dosage based on organ function is the essential role of pharmacists. However, differences have been noted on the recommended dosage among the literatures. We compared and analyzed the recommendations of 4 literature sources which are commonly used for dosage adjustment. From April, 2011 to August, 2011, we selected data on recommendations for dosage adjustment for impaired renal and hepatic function of 100 drugs through a protocol. We analyzed the definition terms of renal and hepatic impairment, recommendations for dosage adjustment, evidenced references in four literature sources: Korean National Formulary (KNF), American Hospital Formulary System Drug Information (AHFS), Micromedex (MM) and Drug Prescribing of Renal Failure (DPRF). We further examined the data homogeneity by comparing how drugs that required no adjustment according to one source were categorized by the other. Sources use different definition terms among themselves except DRPF. Presence or absence of evidenced references about renal/hepatic functional states are KNF (0%/0%), AHFS (78%/62.6%), MM (87.5%/65.6%) and DPRF (93.2%/no recommendation) respectively. Recommendations of specific dosage and dosing interval are KNF (24%/13%), AHFS (39.6%/12.1%), MM (50%/17.7%), and DPRF (55.4%/no recommendation) respectively. Regarding the data homogeneity, the differences were remarkable. Drugs with no adjustment according to AHFS were categorized to be adjusted/ contraindicated by KNF, MM, DPRF and the values were (44%/5.6%), (22%/0%), and (36%/0%) in renal function, (39%/6.5%), (19%/3.2%), and (no recommendation/no recommendation) in hepatic function respectively. Our study shows remarkable definite variation in definitions and recommendations about definition terms, information of dosage and interval, presence or absence of evidenced references. Especially for KNF, quantitative recommendations on dosages and dosing intervals should be made in the near future. To maximize the drug effect and safety and to minimize the heterogeneity of the literature sources, reviewing at least two sources are suggested when recommending the proper dosage adjustment based on organ function.

메타데이터 기반의 연구성과정보 검색시스템의 개념적 설계 (Conceptual Design of Metadata based Research Results Information Retrieval System)

  • 박동진;이상태;최기석
    • 정보관리연구
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    • 제37권2호
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    • pp.1-20
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    • 2006
  • 최근 연구성과정보의 원활한 교환 및 유통은 연구생산성 향상에 가장 핵심적인 요인으로 인식되고 있다. 그래서 국가적으로 그리고 각 연구기관에서는 연구성과정보 서비스를 위한 시스템을 계획하거나 구축 중에 있다. 그러나 연구정보들은 서로 다른 형태로 분산되어 있으며, 연구정보를 기술하는 방식에 있어서도 기관별 그리고 연구자 개인별로 많은 차이가 있어서 연구성과정보의 통합에 있어서 많은 제약이 있다. 따라서 본 연구는 시맨틱 웹 기술을 도입하여 연구성과정보의 메타데이터에 대한 상호운용성을 제고하는 방안을 제시함으로써 궁극적으로 연구성과정보의 통합을 지원하고자 한다. 특히 과학기술정보표준화위원회에서 제시한 연구성과정보 메타데이터 표준(안)을 기초로 개발되는 온톨로지는 용어들에 대한 구조적인 그리고 의미적인 통합을 가능하게 하며, RDF/RDFS를 이용한 메타데이터 지식표현은 정보 서비스의 검색과 유통에 있어서 지능적인 서비스를 가능하게 한다. 또한 본 연구를 통하여 제시한 시스템의 개념적 구조는 시맨틱 웹 기반의 검색시스템 개발에 있어서 주요 기능, 구성요소, 적용기술 및 상세 설계의 방향을 제시한다. 본 연구에서 제안한 메타데이터를 통한 시스템의 통합방식은 기존의 연구성과정보 시스템의 서비스 영역을 확대할 뿐 아니라, 더욱 정교해진 지능적인 검색 서비스도 가능하게 한다.

메타데이타 인터페이스를 이용한 분산된 반구조적 문서 검색을 위한 질의처리 알고리즘 설계 및 구현 (Design and frnplernentation of a Query Processing Algorithm for Dtstributed Semistructlred Documents Retrieval with Metadata hterface)

  • 최귀자;남영광
    • 한국정보과학회논문지:소프트웨어및응용
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    • 제32권6호
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    • pp.554-569
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    • 2005
  • 반구조적 분산 문서에서는 구조 정보가 제공되지 않고, 자료 구조에 대한 엄격한 형식이 없기 때문에 질의 처리 시스템을 정형화하고 구현하기 어렴다. 이질적이고 이구조적인 반구조적 문서의 요소를 정확하게 검색하기 위해서는 한 요소가 1:1, 1:N, W:1과 같이 서로 다른 매핑 형태를 취하면서 동시에 여러 요소에 매핑되는 다중 매핑을 처리할 수 있어야 하며, 지역문서의 태그를 파싱하여 구조적인 정보를 얻고 경로 트리를 생성해야 한다. 본 논문에서는 분산된 시스템에 존재하는 이질적인 반구조적 자료나 문서에 대한 동시 다중 매핑을 완벽히 지원하고, 문서 자체를 파싱하여 구조적 정보를 얻을 수 있도록 통합 질의와 검색을 수행하기 위한 추상적인 질의 처리 알고리즘을 설계하고 메타데이타 인터페이스를 이용하여 구현하였다. 이 알고리즘은 전역질의를 기반으로 지역질의를 생성하기 위해서 메타데이타 정보를 이용하여 노드들 사이의 매핑, 매핑 종류에 따른 데이타의 변환, 경로교체 및 노드 사이의 이질성을 해결하기 위한 알고리즘으로 제시하였다. 전역스키마와 지역스키마에 대한 매핑과 함수에 의한 데이타의 변환 및 경로교체는 사용자에 의해 구축된 메타데이타 인터페이스인 DDXMI(for Distributed Documents XML Metadata Interface)를 기반으로 하여 구현되었으며, 같은 이름을 갖지만 다른 의미를 갖는 자료나 노드에 대한 검색은 노드를 구분할수 있는 노드가 가지고 있는 자식정보를 이용하여 노드 구분 조건절을 생성하여 구현하였다. XML 질의언어로 Quilt를 사용하였으며, OEM 모델로 제시한 세 개의 서로 다른 반구조적 레스토랑 안내 문서에서구현한 결과를 보였다. 프로토타입 시스템은 윈도우즈 환경에서 Java와 JavaCC 컴파일러를 이용하여 개발하였다.

유비쿼터스 환경에서 어플리케이션의 의미 상호운용성을 위한 메타데이터 레지스트리 기반의 프레임워크 구현 (Implementation of the Metadata Registry-based Framework for Semantic Interoperability of Application in Ubiquitous Environment)

  • 김정동;정동원;김진형;백두권
    • 한국시뮬레이션학회논문지
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    • 제16권1호
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    • pp.11-19
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    • 2007
  • 유비쿼터스 환경에서의 어플리케이션은 다양한 센서 정보를 수집하고 센서로부터 받은 정보를 활용한다. 최근 유비쿼터스환경을 위한 에너지 관리, 프로토콜 표준화, 센서필드의 독립성, 그리고 보안과 관련한 많은 연구들이 이슈화 되었다. 특히, 센서필드에 독립적인 정보의 활용은 다양한 센서필드에서 센서의 유용성을 극대화 하는 중요한 문제 중 하나이다. 그러나 기존의 프레임워크에서는 센서필드의 데이터 요소들 간에 이질성이 발생하기 때문에 이상적인 유비쿼터스 환경을 위해서는 적당하지 못하다. 기존의 어플리케이션은 센서필드에 의존적이며, 기존 유비쿼터스 컴퓨팅 환경에서의 센서들은 센서필드 내의 어플리케이션에 의존적이다. 다시 말해, 기존의 어플리케이션은 특정 센서필드의 정보만을 이용한다. 이러한 제약성을 극복하기 위해 하드웨어 또는 소프트웨어적인 많은 문제들은 반드시 해결 되어야 한다. 이 논문에서는 유비쿼터스 환경에서 메타데이터 레지스트리 기반의 프레임워크 (UbiMDR)의 설계와 구현을 제안한다. 이 프레임워크는 유비쿼터스 환경에서 어플리케이션 또는 다양한 센서필드 사이의 데이터 의미상호운용성을 제공한다. 또한 데이터 상호운용성의 정확성을 검증하기 위해 기존의 유비쿼터스 프레임워크와 제안하는 프레임워크인 UbiMDR을 비교평가 한다.

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패널 토빗모형을 이용한 청년채용비율 결정요인 분석 (The determinants of the youth employment rate using panel tobit model)

  • 박성익;류장수;김종한;조장식
    • Journal of the Korean Data and Information Science Society
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    • 제28권4호
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    • pp.853-862
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    • 2017
  • 본 연구에서는 고용노동부의 공공기관 및 지방공기업의 청년고용현황 조사, 국회의 공공기관 고용현황 조사, 알리오 (www.alio.go.kr) 및 클린아이 (www.cleaneye.go.kr) 등 4개의 데이터를 이용하여 공공기관 및 지방공기업의 청년채용비율 결정요인을 분석하였다. 종속변수인 기관별 청년채용 비율은 청년채용 여부와 청년채용비율의 크기에 대한 두 가지의 정보를 포함하고 있다. 즉 종속변수 가 일정한 영역에서만 관찰되는 중도자료를 갖는 형태로서 통상적 최소제곱추정은 편의가 발생할 뿐만 아니라, 일치추정량을 제공하지 못한다. 이런 문제점을 극복하기 위해 본 연구에서는 합동 토빗모형과 패널 토빗모형을 활용하였다. 분석결과를 요약하면 다음과 같다. 먼저, 합동 토빗모형에 비해서 패널 토빗모형이 통계적으로 유의함을 알 수 있었고, 2011년에 비해서 2014년과 2015년의 청년채용 비율이 증가하였음을 알 수 있다. 그리고 지방공공기관에 비해서 공기업의 청년채용비율이 유의하게 높았으며, 평균 보수액이 증가할수록 청년채용비율이 통계적으로 유의하게 낮음을 알 수 있다. 마지막으로, 신입직원의 평균보수액이 증가할수록, 정원대비 정규직비율이 증가할수록 청년채용비율이 유의하게 증가하였음을 알 수 있다.

바이모달 분포형태 랜덤 불균질 매질에 의한 메탄하이드레이트층 모델화 (Random heterogeneous model with bimodal velocity distribution for Methane Hydrate exploration)

  • Kamei Rie;Hato Masami;Matsuoka Toshifumi
    • 지구물리와물리탐사
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    • 제8권1호
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    • pp.41-49
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    • 2005
  • 이 연구에서는 메탄 하이드레이트 부존 지역의 속도 분포를 구하기 위해서 무작위 불균질 모델을 개발하였다. P 파 물리검층 자료는 von Karman 유형의 자기상관함수와 비가우스 확률 분포를 가진다. 속도 분포는 수백 m/s의 차이가 나는 두 개의 정점(peak)들을 갖는다. 이중모드 속도 분포를 가진 무작위 불균질 매질의 모델은 normal spectral-based generation 방법에 의해 만들어진, 가우스 속도 분포를 갖는 매질의 사상을 통해 만들어졌다. 또한 타원 자기상관 함수를 이용하여 무작위 매질에 자기상관 길이의 이방성을 첨가하였다. 유사 P 파 속도 검층기록은 현장자료의 특징을 잘 구현해냈다. 이 모델을 두 개의 탄성파 전파 수치 모형에 적용하였다. 두 개의 다른 주파수 대역의 송신신호들에 의해 만들어진 합성 반사 단면도들을 통해 이중모드 분포를 가진 무작위 모델의 속도 변화가 파의 산란에 영향을 줌으로써 BSR의 주파수 의존성의 원인이 됨을 알 수 있다. 합성 시추공간 단면도는 현장자료에서 보여지는 심한 감쇠가 산란에 의한 부가적인 진폭 감쇠에 의한 것임을 보여주고 있다. 결론적으로 이중모드 분포를 가진 무작위 불균질성은 하이드레이트 부존층 모델링의 핵심이고, 이를 통해 하이드레이트 부존 지역의 탄성파 단면도들에서 관찰되는 주파수 의존성과 산란현상에 대해 설명할 수 있다.

수압파쇄와 오버코어링 자료를 활용한 한국응력지도 2020 (Korea Stress Map 2020 using Hydraulic Fracturing and Overcoring Data)

  • 김한나;신중호;박찬;송원경;박의섭;정용복;천대성;배성호;최성웅;장찬동;민기복
    • 터널과지하공간
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    • 제31권3호
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    • pp.145-166
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    • 2021
  • 지난 40여 년간 국내에서 수압파쇄법 및 오버코어링법을 이용하여 실제로 측정된 전국 1,400여개의 현지응력 실측자료를 통합하여 데이터베이스를 구축하고, 세계응력지도 프로젝트에서 제안한 가이드라인에 따라 한국응력지도 2020을 제작하였다. 이와 함께 세부 자료로 전국 각 지역별 현지응력 측압계수와 최대수평응력 방향 분포도를 제시하였다. 한반도 전역에서의 최대수평응력 방향은 북동에서 남동 방향으로 나타났고, 현지응력의 크기도 비교적 분산폭이 넓은 분포양상을 보였다. 이는 천부 심도에서 개별 측정 지역의 지형이나 암질 등과 같은 국지적 특성을 크게 반영한 것으로 보이며, 산악지형, 파쇄대의 암질변화, 광산 채굴과 지하공동의 유무, 단층대 지질구조 등이 암반 응력에 영향을 미친 사례들에 대해 조사해 보았다.

Impact of the Liver Imaging Reporting and Data System on Research Studies of Diagnosing Hepatocellular Carcinoma Using MRI

  • Yura Ahn;Sang Hyun Choi;Jong Keon Jang;So Yeon Kim;Ju Hyun Shim;Seung Soo Lee;Jae Ho Byun
    • Korean Journal of Radiology
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    • 제23권5호
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    • pp.529-538
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    • 2022
  • Objective: Since its introduction in 2011, the CT/MRI diagnostic Liver Imaging Reporting and Data System (LI-RADS) has been updated in 2014, 2017, and 2018. We evaluated the impact of CT/MRI diagnostic LI-RADS on liver MRI research methodology for the diagnosis of hepatocellular carcinoma (HCC). Materials and Methods: The MEDLINE, EMBASE, and Cochrane databases were searched for original articles reporting the diagnostic performance of liver MRI for HCC between 2011 and 2019. The MRI techniques, image analysis methods, and diagnostic criteria for HCC used in each study were investigated. The studies were classified into three groups according to the year of publication (2011-2013, 2014-2016, and 2017-2019). We compared the percentage of studies adopting MRI techniques recommended by LI-RADS, image analysis methods in accordance with the lexicon defined in LI-RADS, and diagnostic criteria endorsed by LI-RADS. We compared the pooled sensitivity and specificity between studies that used the LI-RADS and those that did not. Results: This systematic review included 179 studies. The percentages of studies using imaging techniques recommended by LI-RADS were 77.8% for 2011-2013, 85.7% for 2014-2016, and 84.2% for 2017-2019, with no significant difference (p = 0.951). After the introduction of LI-RADS, the percentages of studies following the LI-RADS lexicon were 0.0%, 18.4%, and 56.6% in the respective periods (p < 0.001), while the percentages of studies using the LI-RADS diagnostic imaging criteria were 0.0%, 22.9%, and 60.7%, respectively (p < 0.001). Studies that did not use the LI-RADS and those that used the LIRADS version 2018 showed no significant difference in sensitivity and specificity (86.3% vs. 77.7%, p = 0.102 and 91.4% vs. 89.9%, p = 0.770, respectively), with some difference in heterogeneity (I2 = 94.3% vs. 86.7% in sensitivity and I2 = 86.6% vs. 53.2% in specificity). Conclusion: LI-RADS imparted significant changes in the image analysis methods and diagnostic criteria used in liver MRI research for the diagnosis of HCC.

MODIS 지표면 온도 자료와 지구통계기법을 이용한 지상 기온 추정 (Estimation of Near Surface Air Temperature Using MODIS Land Surface Temperature Data and Geostatistics)

  • 신휴석;장은미;홍성욱
    • Spatial Information Research
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    • 제22권1호
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    • pp.55-63
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    • 2014
  • 수문학, 기상학 및 기후학 등에서 필수적인 자료중의 하나인 지상기온 자료는 최근 보건, 생물, 환경 등의 다양한 분야로까지 활용영역이 확대되고 있어 그 중요성이 커지고 있으나 지상관측을 통한 지상기온자료의 취득은 시공간적인 제약이 크기 때문에 실측된 기온자료는 시공간 해상도가 낮아 높은 해상도가 요구되는 연구 분야에서는 활용성에 큰 제약을 갖게 된다. 이를 극복하기 위한 하나의 대안으로 상대적으로 높은 시공간 해상도를 가지고 있는 위성영상자료에서 얻을 수 있는 지표면온도 자료를 이용하여 지상기온을 추정하는 많은 연구들이 수행되어 왔다. 본 연구는 이러한 연구의 일환으로써 기상청에서 제공하고 있는 AWS(Automatic Weather Station)에서 취득된 2010년 지상 온도 자료(AWS data)를 바탕으로 대표적인 지표면 온도자료인 MODIS Land Surface temperature(LST data:MOD11A1)와 지상기온에 영향을 미칠 수 있는 Land Cover Data, DEM(digital elevation model) 등의 보조 자료와 함께 다양한 지구통계 기법들을 이용하여 남한 지역의 지상기온을 추정하였다. 추정 전 2010년 전체(365일) LST자료와 AWS자료와의 차이에 대한 RMSE(Root Mean Square Error)값의 계절별 피복별 분석결과 계절에 따른 RMSE값의 변동계수는 0.86으로 나타났으나 피복에 따른 변동계수는 0.00746으로 나타나 계절별 차이가 피복별 차이보다 큰 것으로 분석 되었다. 계절별 RMSE 값은 겨울철이 가장 낮은 것으로 나타났으며 AWS자료와 LST자료와 보조자료를 이용한 선형 회귀분석결과에서도 겨울철의 결정 계수가 가장 높은 0.818로 나타났으며, 여름철의 경우에는 0.078로 나타나 계절별 차이가 매우 크게 나타났다. 이러한 결과를 바탕으로 지구통계 기법들의 대표적인 방법론인 크리깅 방법 중 일반적으로 많이 사용되고 있는 정규 크리깅, 일반 크리깅, 공동 크리킹, 회귀 크리깅을 이용하여 지상기온을 추정한 후 모델의 정확도를 판단할 수 있는 교차 검증을 실시한 결과 정규 크리깅과 일반 크리깅에 의한 RMSE 값은 1.71, 공동 크리깅과 회귀 크리깅에 의한 RMSE 값은 각각 1.848, 1.63으로 나타나 회귀 크리깅 방법에 의한 추정의 정확도가 가장 높은 것으로 분석되었다.