• 제목/요약/키워드: copy detection

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총기 흔적흔에서의 low copy number(LCN) DNA 검출에 관한 연구 (Research on the detection of LCN DNA from traces on firearms)

  • 전충현;박성우
    • 분석과학
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    • 제24권1호
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    • pp.51-59
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    • 2011
  • 유전자 감식은 다양한 범죄현장에서 발견되는 생체시료의 분석을 통해 신원을 식별하는 중요한 법과학적 수사과정으로 자리 잡았다. 최근에는 범인이 사용했던 펜, 뺑소니 차량에서의 핸들, 기어, 각종 버튼스위치 등에 남겨져 있는 touch evidence-type sample로 알려져 있는 low copy number (LCN) DNA에서의 A-STR분석을 위해 의뢰되는 감정물들이 증가하는 추세에 있다. 본 연구에서는 총기의 뭉개진 지문 등에 남겨져 있는 touch evidence-type의 LCN DNA를 추출하고 유전자형의 분석 성공률을 확인하고 자 하였다. 4종류의 총기(M16, K1A, COLT 45 권총, M29 리볼버)를 각각 격발한 후 총기별로 4곳의 부위에서 시료를 채취한 다음 LCN DNA의 추출을 위해 Microkit과 $Prepfiler^{TM}$ 등 2종류의 시약을 이용하여 DNA 검출량과 유전자형 분석 성공률을 비교 분석하였다. 분석결과 $Prepfiler^{TM}$가 Microkit에 비해 평균 1.7배 DNA검출량이 많았으며, 유전자형 분석 성공률에 있어서도 Microkit은 0%인데 비해 $Prepfiler^{TM}$에서는 평균 24.9%의 성공률을 보였으며, K1A의 손잡이 부위에서 50.6%의 성공률을 나타냈다.

트랜잭션 캐쉬 일관성을 유지하기 위한 지연 로킹 기법의 성능 평가 (Performance Evaluation of Deferrd Locking for Maintaining Transactional Cache Consistency)

  • 권혁민
    • 한국정보처리학회논문지
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    • 제7권8호
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    • pp.2310-2326
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    • 2000
  • 데이터전송(data-shipping)모델에 근간을 둔 클라이언트-서버(client-server)DBMS는 트랜잭션간 캐슁(inter-transaction caching)을 허용함에 의해 클라이언트의 자원을 효율적으로 이용할 수 있다. 그거나 트랜잭션간 캐슁을 허용하면 각 클라이언트는 데이터베이스의 일부분을 동적으로 캐슁할 수 있기 때문에 트랜잭션 캐쉬 일관성 유지(transactional cache consistency maintenance : TCCM)기법의 필요성을 야기한다. 지연 로킹(deferred locking: DL)기법은 주사본 로킹 기법에 근간을 둔 새로운 검사기반의 TCCM 기법이다. DL에서는 클라이언트에 캐슁된 데이터의 유효성 검사를 위한 메시지 부담을 줄이기 위하여 다수의 로크 요청과 데이터전송 요청을 단일 메시지로 구성하였다. 모의실험을 통하여, DL 기법과 검사기반기법중 가장 대표적인 적응적 낙관적 동시성 제어 기법과 캐슁 두단계 로킹 기법과의 성능을 비교하였다. DL 기법은 다른 검사기반 기법과 비교하여 적당한 수준의 트랜잭션 철회율을 보이며 성능도 우수하다.

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혹명나방저항성 GM 벼의 분자생물학적 특성 및 특이 마커를 이용한 검정 (Molecular biological characteristics and analysis using the specific markers of leaf folder-resistant GM rice)

  • 신공식;이시명;임선형;우희종;조현석;이경렬;이명철;권순종;서석철
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제36권2호
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    • pp.115-123
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    • 2009
  • In recent years, several genetically modified (GM) crops have been developed worldwide through the recombinant DNA technology and commercialized by various agricultural biotechnological companies. Commercialization of GM crops will be required the assesment of risks associated with the release of GM crops. In advance of the commercial release of GM crops, developer should submit the several information on GM crops for approval. In this study, we carried out to provide the molecular data for the risk assessment of GM rice containing insect-resistant gene, modified Cry1Ac (CryIAc1). Through the molecular analysis with CryIAc1 induced GM rice, we confirmed the steady integration and expression of transgene, the transgene copy number, the adjacent region sequences of inserted gene into rice genome, and the transgene stability in progenies. For the qualitative PCR detection methods, specific primer pairs were designed on the basis of integration sequences, and construct- and event-specific detection markers were developed for leaf folder-resistant rice, Cr7-1 line. From these results, we demonstrated that the molecular data and the PCR detection methods of leaf folderresistant GM rice could be acceptable to conduct the biosafety and environment risk assessment.

Detection of Gene Amplification by Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification in Comparison with In Situ Hybridization and Immunohistochemistry

  • Tabarestani, Sanaz;Ghaderian, Sayyed Mohammad Hossein;Rezvani, Hamid
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제16권17호
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    • pp.7997-8002
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    • 2015
  • Gene amplification is an important mechanism in the development and progression of cancer. Currently, gene amplification status is generally determined by in situ hybridization (ISH). Multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) is a PCR-based method that allows copy number detection of up to 50 nucleic acid sequences in one reaction. The aim of the present study was to compare results for HER2, CCND1, MYC and ESR1 gene amplification detected by MLPA with fluorescent in situ hybridization (FISH) and chromogenic in situ hybridization (CISH) as clinically approved methods. Tissue samples of 170 invasive breast cancers were collected. All were ER positive. Tissue samples had previously been tested for HER2 using immunohistochemistry. Amplification of the selected genes were assessed using MLPA, FISH and CISH and results were compared. HER2 MLPA and ISH results were also compared with HER2 immunohistochemistry (IHC) which detects protein overexpression. Amplification of HER2, CCND1, MYC and ESR1 by MLPA were found in 9%, 19%, 20% and 2% of samples, respectively. Amplification of HER2, CCND1, MYC and ESR1 by FISH was noted in 7%, 16%, 16% and 1% of samples, respectively. A high level of concordance was found between MLPA/FISH (HER2: 88%, CCND1: 88%, MYC: 86%, ESR1: 92%) and MLPA/CISH (HER2: 84%). Of all IHC 3+ cases, 91% were amplified by MLPA. In IHC 2+ group, 31% were MLPA amplified. In IHC 1+ group, 2% were MLPA amplified. None of the IHC 0 cases were amplified by MLPA. Our results indicate that there is a good correlation between MLPA, IHC and ISH results. Therefore, MLPA can serve as an alternative to ISH for detection of gene amplification.

LDPC와 BIBD를 이용한 공모된 멀티미디어 핑거프린트의 검출 (Detection of Colluded Multimedia Fingerprint using LDPC and BIBD)

  • 이강현
    • 전자공학회논문지CI
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    • 제43권5호
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    • pp.68-75
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    • 2006
  • 멀티미디어 핑거프린팅은 각각의 유저에게 배포되어지는 디지털 콘텐츠마다 고유한 정보를 가지게 만듦으로써 불법적으로 콘텐츠를 배포하는 사용자로부터 멀티미디어 콘텐츠를 보호한다. 또한, 핑거프린팅 기법은 대칭적이나 비대칭적인 기법과 달리 사용자만이 핑거프리트가 삽입된 데이터를 알 수 있고 데이터가 재배포되기 전에는 사용자의 익명성이 보장되는 기법이다. 본 논문에서는 공모자 검출과 에러 신호의 정정을 위하여 LDPC(Low Density Parity Check) 알고리즘을 이용한 멀티미디어 핑거프린트의 검출 알고리즘을 제안한다. 제안된 알고리즘은 LDPC 블록, 홉필드 망, 그리고 불법공모방지코드 생성 알고리즘으로 구성되어 있다. BIBD(Balanced Incomplete Block Design) 기반의 불법공모방지코드는 평균화 선형 공모공격(평균, AND, OR)에 대해 100% 공모코드 검출이 이루어졌으며, LDPC 블럭은 AWGN 0dB까지 에러비트를 정정할 수 있음을 확인하였다.

Lifetime Escalation and Clone Detection in Wireless Sensor Networks using Snowball Endurance Algorithm(SBEA)

  • Sathya, V.;Kannan, Dr. S.
    • KSII Transactions on Internet and Information Systems (TIIS)
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    • 제16권4호
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    • pp.1224-1248
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    • 2022
  • In various sensor network applications, such as climate observation organizations, sensor nodes need to collect information from time to time and pass it on to the recipient of information through multiple bounces. According to field tests, this information corresponds to most of the energy use of the sensor hub. Decreasing the measurement of information transmission in sensor networks becomes an important issue.Compression sensing (CS) can reduce the amount of information delivered to the network and reduce traffic load. However, the total number of classification of information delivered using pure CS is still enormous. The hybrid technique for utilizing CS was proposed to diminish the quantity of transmissions in sensor networks.Further the energy productivity is a test task for the sensor nodes. However, in previous studies, a clustering approach using hybrid CS for a sensor network and an explanatory model was used to investigate the relationship between beam size and number of transmissions of hybrid CS technology. It uses efficient data integration techniques for large networks, but leads to clone attacks or attacks. Here, a new algorithm called SBEA (Snowball Endurance Algorithm) was proposed and tested with a bow. Thus, you can extend the battery life of your WSN by running effective copy detection. Often, multiple nodes, called observers, are selected to verify the reliability of the nodes within the network. Personal data from the source centre (e.g. personality and geographical data) is provided to the observer at the optional witness stage. The trust and reputation system is used to find the reliability of data aggregation across the cluster head and cluster nodes. It is also possible to obtain a mechanism to perform sleep and standby procedures to improve the life of the sensor node. The sniffers have been implemented to monitor the energy of the sensor nodes periodically in the sink. The proposed algorithm SBEA (Snowball Endurance Algorithm) is a combination of ERCD protocol and a combined mobility and routing algorithm that can identify the cluster head and adjacent cluster head nodes.This algorithm is used to yield the network life time and the performance of the sensor nodes can be increased.

불법 동영상 검출을 위한 효율적인 동영상 정합 방법 (Efficient video matching method for illegal video detection)

  • 최민석
    • 디지털융복합연구
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    • 제20권1호
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    • pp.179-184
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    • 2022
  • 정보통신 기술의 발전으로 디지털 콘텐츠의 생산과 유통이 급격히 증가하고 있으며 이와 함께 불법적인 복제 컨텐츠의 유통도 증가하여 여러 문제를 야기하고 있다. 컨텐츠의 불법적인 유통을 막기 위하여 DRM(Digital Rights Management) 기반의 접근 방법을 이용할 수 있지만, 이미 복제되어 유통되는 상황에서는 복제된 컨텐츠를 검색하여 검출하는 방법이 요구된다. 본 논문에서는 동영상 콘텐츠의 내용에 기반한 복제 검출 방법을 제안한다. 제안된 방법은 동영상에서 추출된 비주얼 리듬을 이용하여 동영상을 장면 단위로 분할하고, 분할된 각 장면의 재생 시간과 색상 특징값을 계층적으로 적용하여 대용량 데이터베이스에서 빠르고 효율적으로 복제 동영상 검출이 가능하다. 실험을 통하여 제안된 방법이 다양한 복제 변형에 대하여 안정적 검출이 가능함을 보였다.

등온 증폭법을 이용한 결핵균의 빠른 검출 시스템 개발 (Detection of Mycobacterium Tuberculosis by Loop-Mediated Isothermal Amplification Assay)

  • 안영창;남윤형;박수민;조민호;서재원;윤일규;박용현;장원철
    • 대한화학회지
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    • 제52권3호
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    • pp.273-280
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    • 2008
  • 결핵은 전 세계적으로 심각한 공중보건문제로 남아있다. 최근에는 결핵의 발병률이 증가하고 있는 추세이며 이에 따른 결핵의 정확한 조기치료와 심각한 부작용, 그리고 전염을 방지하기 위해서는 신속하고 정확한 결핵의 진단이 절실하게 필요하다. 본 연구에서는 결핵유전자를 빠르게 검출하는데 있어서 등온증폭법이 가지고 있는 높은 특이성과 신속성에 대하여 평가하였다. 결핵 DNA의 순차적 10배위 정량희석 DNA를 사용하였으며 일반PCR 방법과 등온증폭법의 실험방법의 검출한계, 민감성, 특이성, 재현성을 비교하였다. 그 결과 등온 증폭법은 빠른 증폭 시간과 높은 민감성, 높은 특이성을 가지고 있었으며 병원이나 연구실, 진단 검사실 등에서 결핵유전자를 빠르고 정확하게 진단할 수 있는 유용한 방법이 될 수 있을 것이다.

Comparative genomic hybridization 기법을 이용한 인체 구강암의 유전자 변화에 대한 연구 (GENETIC ALTERATIONS OF HUMAN ORAL CANCERS USING COMPARATIVE GENOMIC HYBRIDIZATION)

  • 이명렬;심광섭;이영수;우순섭;공구
    • Journal of the Korean Association of Oral and Maxillofacial Surgeons
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    • 제26권3호
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    • pp.245-253
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    • 2000
  • The development and progression of oral cancer is associated with an accumulation of multiple genetic alterations through the multistep processes. Comparative genomic hybridization(CGH), newly developed cytogenetic and molecular biologic technique, has been widely accepted as a useful method to allow the detection of genetic imbalance in solid tumors and the screening for chromosome sites frequently affected by gains or losses in DNA copy number. The authors examined 19 primary oral squamous cell carcinomas using CGH to identify altered chromosome regions that might contain novel oncogenes and tumor suppressor genes. Interrelationship between these genetic aberrations detected and major oncogenes and tumor suppressor genes previously recognized in carcinogenesis of oral cancers was studied. 1. Changes in DNA copy number were detected in 14 of 19 oral cancers (78.9%, mean: 5.58, range: $3{\sim}13$). High level amplification was present in 4 cases at 9p23, $12p21.1{\sim}q13.1$, 3q and $8q24{\sim}24.3$. Fourteen cases(78.9%, mean: 3.00, range: $1{\sim}8$) showed gains of DNA copy number and 12 cases(70.5%, mean: 2.58, range: $1{\sim}9$) revealed losses of DNA copy number. 2. The most common gains were detected on 3q(52.6%), 5p(21.0%), 8q(21.0%), 9p(21.0%), and 11q(21.0%). The losses of DNA copy number were frequently occurred at 9p(36.8%), 17q(36.8%), 13q(26.3%), 4p(21.0%) and 9p(21.0%). 3. The minimal common regions of gains were repeatedly observed at $3q24{\sim}26.7$, $3q27{\sim}29$, $1q22{\sim}31$, $5p12{\sim}13.3$, $8q23{\sim}24$, and 11q13.1-13.3. The minimal common regions of losses were detected at $9q11{\sim}21.3$, 17p31, $13q22{\sim}34$, and 14p16. 4. In comparison of CGH results with tumor stages, the lower stage group showed more frequent gain at 3q, 5q, 9p, and 14q, whereas gains at 1q($1q22{\sim}31$) and 11q($11q13.1{\sim}13.3$) were mainly detected in higher stage group. The loss at $13q22{\sim}34$ was exclusively detected in higher stage. The results indicate that the most frequent genetic alterations in the development of oral cancers were gains at $3q24{\sim}26.3$, $1q22{\sim}31$, and $5p12{\sim}13.3$ and losses at $9q11{\sim}21.3$, 17p31, and 13q. It is suggested that genetic alterations manifested as gains at $3q24{\sim}26.3$, $3q27{\sim}29$, $5p12{\sim}13.3$ and 5p are associated with the early progression of oral cancer. Gains at $1q22{\sim}31$ and $11q13.1{\sim}13.3$ and loss at 13q22-34 could be involved in the late progression of oral cancers.

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유통식육에서의 톡소포자충 검출을 위한 유전자검사법 개발 (Real-time PCR assay for the Detection of Toxoplasma gondii in Retail Meats: Proof-of-concept Study)

  • 윤한성;서수환;곽효선;주인선
    • 한국식품위생안전성학회지
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    • 제32권3호
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    • pp.199-205
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    • 2017
  • 인수공통 감염증의 하나인 톡소포자충의 검출을 위해서는 대부분은 ELISA 법이 사용 되고 있으나, 충체가 사멸된 후에도 양성반응이 나타나는 등 사용에 제한이 있다. 반면 유전자 검출법은 현재 감염상태를 확인 할 수 있기 때문에 식중독 원인조사 등에 적합하다고 판단되어 이를 활용하여 본 연구를 진행하였다. 톡소포자충의 유전정보를 통해 529 repeat region의 염기서열을 얻고, 프라이머 및 TaqMan 프로브를 설계하여 real-time PCR을 이용한 검출법을 개발하였다. 검출한계(lower limit of detection) 및 적정곡선을 확인한 결과 10 genomic DNA copy가 검출한계로 확인되었고, 정량을 위한 곡선은 $10^1{\sim}10^6$ DNA copies까지 0.999의 $R^2$ 값을 나타내었다. 개발된 검출법의 증폭효율을 비교하기 위해 B1 gene 타겟 프라이머 세트와 타입별 검출한계를 비교한 결과, type 1, 2, 3 톡소포자충에서 같거나 더 나은 검출한계를 보였다. 또한 식품에서 주로 분리되는 식중독 세균 14종 및 원충 3종에 대해 특이도를 비교한 결과, 모두 음성으로 나타났다. 개발된 검출법을 식육검체에 적용하였을 때 type 1, 2, 3에서 모두 원활한 검출결과를 보여 증폭방해물질이 존재하지 않은 것으로 확인되었다. 본 연구를 통해 개발된 유전자검출법은 국내 유통 중인 식육에서 인수 공통감염 원충의 하나인 톡소포자충의 감염 여부를 확인하는 사전적 모니터링의 방법으로 활용될 예정이다.