• 제목/요약/키워드: common eelgrass

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Identification of Two Novel Amalgaviruses in the Common Eelgrass (Zostera marina) and in Silico Analysis of the Amalgavirus +1 Programmed Ribosomal Frameshifting Sites

  • Park, Dongbin;Goh, Chul Jun;Kim, Hyein;Hahn, Yoonsoo
    • The Plant Pathology Journal
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    • 제34권2호
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    • pp.150-156
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    • 2018
  • The genome sequences of two novel monopartite RNA viruses were identified in a common eelgrass (Zostera marina) transcriptome dataset. Sequence comparison and phylogenetic analyses revealed that these two novel viruses belong to the genus Amalgavirus in the family Amalgaviridae. They were named Zostera marina amalgavirus 1 (ZmAV1) and Zostera marina amalgavirus 2 (ZmAV2). Genomes of both ZmAV1 and ZmAV2 contain two overlapping open reading frames (ORFs). ORF1 encodes a putative replication factory matrix-like protein, while ORF2 encodes a RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain. The fusion protein (ORF1+2) of ORF1 and ORF2, which mediates RNA replication, was produced using the +1 programmed ribosomal frameshifting (PRF) mechanism. The +1 PRF motif sequence, UUU_CGN, which is highly conserved among known amalgaviruses, was also found in ZmAV1 and ZmAV2. Multiple sequence alignment of the ORF1+2 fusion proteins from 24 amalgaviruses revealed that +1 PRF occurred only at three different positions within the 13-amino acid-long segment, which was surrounded by highly conserved regions on both sides. This suggested that the +1 PRF may be constrained by the structure of fusion proteins. Genome sequences of ZmAV1 and ZmAV2, which are the first viruses to be identified in common eelgrass, will serve as useful resources for studying evolution and diversity of amalgaviruses.

남해군 삼동면 연안 어류의 월별 종조성 변화 (Seasonal Variation in Fish Species Composition in the Coastal Water of Samdong-myeon, Namhae, Korea)

  • 김준섭;이용득;이승환;박준수;곽우석
    • 한국어류학회지
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    • 제30권1호
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    • pp.55-64
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    • 2018
  • 남해 삼동면 연안의 사질과 잘피밭의 어류군집을 비교하기 위해서 2011년 3월부터 2012년 2월까지 소형 beam trawl과 지인망을 이용하여 어류를 매월 채집하였다. 두 곳의 조사지점에서 공통으로 출현한 종은 총 19종이었다. 실고기, 풀해마, 가시망둑, 돌팍망둑, 감성돔, 베도라치, 문절망둑, 줄망둑, 날개망둑, 살망둑, 두줄망둑, 문치가자미, 복섬 등이 공통으로 출현하였고, 이 중 실고기, 풀해마, 가시망둑, 베도라치, 복섬은 잘피밭에서, 돌팍망둑, 감성돔, 문절망둑, 줄망둑, 날개망둑, 살망둑, 두줄망둑, 문치가자미는 사질연안에서 주로 출현하였다. 실비늘치와 해마, 볼락, 농어, 독가시치는 잘피밭에서만 출현하였고, 풀반지, 숭어, 쑤기미, 양태, 쥐노래미, 알롱횟대, 꼼치, 동갈양태, 댕기망둑은 사질에서만 출현하였다. 채집된 어류 대부분은 소형어나 유어로 남해 연안의 잘피밭과 사질연안이 이들 어류의 성육장의 역할을 하는 것으로 생각된다. 출현 종수는 2011년 8~9월에, 개체수는 2011년 8월이 가장 높았다. 생체량은 2011년 4월과 9월에 가장 높았다. 대체적으로 겨울철에는 출현 종수, 개체수 및 생체량이 모두 낮았다. 개체수 및 생체량은 사질연안에 비하여 모두 잘피밭에서 높았으며, 사질연안에서는 잘피밭을 선호하는 어류들이 다수 출현하였지만, 잘피밭에서는 사질연안을 선호하는 어종이 거의 출현하지 않았다.

진동만 잘피발과 인근 잘피가 없는 해역의 어류군집 비교 (Comparisons of Fish Assemblages Associated with Eelgrass Bed and Adjacent Unvegetad Habitat in Jindong Bay)

  • 곽석남;허성회;최창근
    • 한국어류학회지
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    • 제18권2호
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    • pp.119-128
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    • 2006
  • 진동만 다구리 잘피밭과 인근 잘피가 없는 해역의 어류군집을 비교하기 위해서 2002년 1월부터 12월까지 소형 빔 트롤을 이용하여 어류를 매월 채집하였다. 조사기간 동안 우점하였던 쥐노래미, 감성돔, 농어, 베도라치, 흰베도라치, 주둥치, 문절망둑, 그리고 실양태가 우점하였다. 특히 감성돔과 농어는 잘피밭에서 문절망둑과 실양태는 잘피가 없는 해역에서 많이 출현하였다. 청보리멸, 산호해마, 복섬 및 돌팍망둑, 실고기, 흰꼬리볼락 및 볼락 등은 잘피밭에서만, 양태 및 날개망둑 등은 잘피가 없는 해역에서만 출현하였다. 본 조사해역에서 출현한 어류는 대부분이 소형 어종이거나 대형 어종의 유어들로 구성되어 있어서, 잘피밭이 작은 크기의 어종들에게 좋은 성육장의 역할을 하고 있었다. 어류군집은 뚜렷한 계절변동을 보였는데, 출현 종수는 2002년 5월에, 출현 개체수는 2002년 4월에서 7월 사이에 아주 높았다. 한편 생체량은 2002년 4월과 7월에 가장 높은 수치를 나타내었다. 대체적으로 겨울철에는 출현 종수, 개체수 및 생체량이 모두 낮았다. 잘피밭과 잘피가 없는 인근해역의 어류 군집을 비교해보면, 출현 종수, 개체수 및 생체량이 모두 잘피밭에서 높게 나타났다. 이와 같은 결과는 잘피밭은 잘피가 밀생되어 있어서 먹이 이용 가능성 및 포식자로부터 보호받을 수 있는 서식처의 특성에 의한 것으로 주요 우점종의 체장분포에서도 두 서식처간의 차이가 뚜렷하게 나타났다.

잘피밭에 서식하는 부착해조류 군집의 종조성 및 계절변동 (Seasonal Variations in Species Composition and Biomass of Epiphytic Algal Community in an Eelgrass (Zostera marina) Bed)

  • 곽석남
    • 해양환경안전학회지
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    • 제15권3호
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    • pp.173-177
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    • 2009
  • 진동만 잘피밭에서 서식하는 대형 부착해조류는 총 3종이었으며, 출현종은 갈조류의 Scytosiphon lomentaria, Colpomenia sp., 그리고 홍조류의 Gracilaria sp., 으로 구성되어 있었다. 한편 미세 부착해조류는 Cocconeis scutellum와 Cocconeis placentula가 우점하였다. 잘피에 부착하여 서식하는 부착해조류의 현존량은 계절 변동이 뚜렷하게 나타났다. 대형 부착해조류는 2003년 11월에 3.3 g $DW/m^2$, 미세 부착해조류는 2003년 6월에 43,153 $cells/m^2$를 보이며 가장 높게 나타났다. 다른 해역의 잘피밭(광양만, 동대만 및 앵강만)과 비교해보면, 본 조사해역의 잘피밭에서 서식하는 부착해조류의 종 다양성 및 현존량이 매우 낮게 나타나 특이하였다. 이와 같은 결과는 잘피밭의 물리학적인 환경특성(예를 들면 조류 및 유속), 잘피 자체의 생물학적인 특성, 그리고 수질의 악화에 기인하였다.

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섬진강 하구에 자생하는 잘피의 분포 현황 및 생태적 특성 (Spatial Distribution and Ecological Characteristics of Zostera marina and Zostera japonica in the Seomjin Estuary)

  • 김정배;박정임;최우정;이재성;이근섭
    • 한국수산과학회지
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    • 제43권4호
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    • pp.351-361
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    • 2010
  • Among common estuarine submerged plants, seagrasses are the most extensively studied due to their ecological importance in estuarine ecosystems. Seagrass meadows are important biological habitats for a wide variety of marine animals and plants. They are a source of organic carbon for commercially important animals. Furthermore, seagrasses act as nutrient filters in estuarine and coastal marine ecosystems. As such, mapping the distribution of seagrass beds is important for management and conservation strategies. In order to survey the seagrass distribution within the Seomjin Estuary, We directly observed seagrass beds in Kwangyang and Hadong using SCUBA. The distribution area, species composition, morphology, density, biomass and productivity of seagrass meadows were examined. Seagrass meadows were distributed in the intertidal and subtidal zones of the Galsa tidal flats, and in the subtidal zone of the neighboring POSCO area. Patches of Zostera japonica was found at patches at the Galsa tidal flats intermediate point. The total estimated seagrass distribution area of the Seomjin Estuary was $1.84\;km^2$. Of the total, $1.83\;km^2$ was Zostera marina (eelgrass) and $0.01\;km^2$ was Zostera japonica (dwarf eelgrass). Zostera japonica was found in intertidal zones. Zostera marina was found from the intertidal to subtidal zones at a 2 m mean sea level (MSL) depth. The leaf productivity of Zostera marina was $4.47g\;DW\;m^{-2}\;day^{-1}$. The annual production of eelgrass was $1,632\;g\;DW\;m^{-2}\;yr^{-1}$, which corresponds to $731g\;C\;m^{-2}\;yr^{-1}$. The total production of eelgrass was $3,002\;tons\;DW\;yr^{-1}$, which corresponds to $1,343\;tons\;C\;yr^{-1}$.

통영 장평리 잘피밭에 출현하는 복섬(Takifugu niphobles)의 위내용물 조성 (Diet composition of grass puffer, Takifugu niphobles in the eelgrass bed of Jangpyeong-ri, Tongyeong)

  • 최희찬;박종혁;남기문;백근욱
    • 수산해양기술연구
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    • 제54권2호
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    • pp.138-145
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    • 2018
  • The diet composition of Takifugu niphobles was studied with 587 specimens collected in the eelgrass bed of Jangpyeong-ri, Tongyeong, Korea, using a seine net, monthly from May 2016 to April 2017. The standard length (SL) of the specimens ranged from 0.7 to 9.0 cm. The stomach contents analysis indicated that T. niphobles consumed mainly amphipods (%IRI: 91.0 %). In addition, T. niphobles fed on small quantities of copepods, polychaetes, insects, bivalves and crabs. T. niphobles consumed mainly amphipods over all size class. Smaller individuals (less than 4 cm SL) fed mainly on amphipods and copepods. The proportion of copepods decreased, as body size increased, whereas the consumption of polychaetes increased gradually. The seasonal variation in the diet composition of T. niphobles was significant. Amphipods were most common prey in all seasons. Copepods decreased from summer to spring gradually whereas the consumption of polychaetes increased in autumn.