• 대한두경부종양학회지
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• 제24권1호
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• pp.33-42
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• 2008

Head and neck squamous cell carcinoma(HNSCC) is notorious for its poor outcome and increasing incidence. But, the studies of cytogenetic analysis in HNSCC are relatively rare, because of difficulties in culturing solid tumor cells and complexity in chromosomal DNA abberations associated with the lesions. The purpose of this study is to evaluate the location of chromosomal aberrations in Korean HNSCC cell lines (SNU-1041, 1066, and 1076) with comparative genomic hybridization(CGH) and array based CGH(array-CGH). Chromosomal gains of 3q23-q27, 5p13-p15.3, 7p21-pter, 8q11.2-q12, 8q21.1-qter, 9q22-q34, 16q22-q24, and 20q11.2-qter, as well as chromosomal losses on 3p10-p14 were found in all 3 SNU cell lines. Losses on 3p15- p23, 4q22-q27, 4q31.3-qter, 6q14-q15, 7q31-q34, 8p12-pter, 18q21-q23, and 21q11.2-q12 were observed in 2 of 3 cell lines. In array-CGH, many genes were altered including gains of PIK3CA, MYC, EVI1, MAD1L1 genes and losses of SERPIN genes. These aberrations of gene and chromosome coincide with other results of study, generally. These data about the patterns of chromosomal aberrations could be a basic step for understanding more detailed genetic events in the carcinogenesis and also provide information for diagosis and treatment in HNSCC.

• 한국정보과학회논문지:정보통신
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• 제36권5호
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• pp.413-424
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• 2009

센서 네트워크는 많은 센서 노드들이 환경 정보를 수집하는 이벤트 기반의 네트워크 시스템이다. 에너지를 효율적으로 사용하기 위해, 센싱 주기를 길게 하며 특정한 이벤트가 발생한 경우에는 짧은 주기로 센싱하여 전송한다. 이러한 센서 네트워크 환경에서 지역적인 이벤트 발생은 네트워크의 혼잡을 야기하여 중요한 정보의 손실이 일어날 수 있으며, 과다한 전송 모듈의 사용으로 네트워크의 수명이 단축될 수 있다 본 논문에서는 지역적인 이벤트가 발생하여 네트워크 트래픽이 증가할 때, 트래픽이 집중된 노드의 트래픽을 분산하기 위한 유전자 알고리즘 기반의 흔잡 제어 기법(CCGA)을 제안한다. CCGA는 트래픽이 집중된 노드의 자식 노드들로부터 주변 노드들의 정보를 수집하고 유전자 알고리즘을 수행하여 포워딩노드를 선택하고 트래픽을 분산시킨다. CCGA의 유전자 알고리즘은 주변 노드들의 데이터 전송률을 염색체로 표현하였다. 이벤트 발생 지역 주변노드들의 데이터 전송률이 고르게 분포될 수 있도록 이벤트 발생지역 노드들의 전송률 평균과 표준편차를 이용한 적합도 함수를 설계하였다. 실험을 통하여 CCGA 알고리즘이 센서 노드들의 데이터 전송률을 균등하게 유지시키며 이러한 결과가 특정 노드의 전력 소모 집중을 방지함을 보인다. 이러한 결과는 센서 네트워크의 신뢰성 있는 데이터 전송을 보장하며 센서 네트워크의 수명 연장에 기여한다.

• 한국육종학회지
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• 제41권3호
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• pp.342-345
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• 2009

"화원2호"는 종간교잡을 통해 화성벼의 근동질계통을 육성하고자 '97년 화성벼와 O. rufipogon을 교배하고, 계속적인 여교배와 MAS를 병행 실시하여 CR121-1-1 계통을 선발하였다. 생산력검정 시험 결과 조사된 형질 중 천립중, 출수기, 간장, 수당립수 등에서 화성벼와 차이를 보이는 화성벼 근동질계통으로, 품종보호원 출원 조건에 부합하여 "화원2호"로 명명하고 품종보호원을 출원하였다. 화원 2호는 중간모본 혹은 분자연구를 위한 재료로서도 유용할 것이다. 1. 출수기는 보통기재배에서 8월 16일로 "화성벼보다 6일 정도 늦은 중만생종 품종이다. 2. 천립중은 24.4 g으로 "화성벼"보다 1.9 g 정도 증가하였으며 간장, 수당립수 등에서도 화성벼와 차이를 보였다. 3. 흰잎마름병에는 이병성이며, 줄무늬잎마름병에는 저항성이다. 5. 도정 특성, 아밀로스 함량은 화성벼와 비슷한 수준이다. 6. "화원 2호"의 정조수량은 '05~'06년 2개년간 실시한 생산력검정 시험에서 평균 7.68 MT/ha로 "화성벼" 대비 114% 수준이었다.

• 한국육종학회지
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• 제41권3호
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• pp.338-341
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• 2009

"화원1호"는 종간교잡을 통해 화성벼의 근동질계통을 육성하고자 '97년 화성벼와 O. rufipogon을 교배하고, 계속적인 여교배와 MAS(Marker aided selection)를 병행 실시하여 CR101-1-1 계통을 선발하였다. 생산력검정 시험 결과 조사된 형질 중 천립중을 제외한 기타 형질에서는 화성벼와 유사한 근동질계통이었으며, 품종보호원 출원 조건에 부합하여 "화원1호"로 명명하고 품종보호원을 출원하였다. 1. 출수기는 보통기재배에서 8월 10일로 "화성벼와 동일한 중생종 품종이다. 2. 천립중은 23.4 g으로 "화성벼"보다 무겁다. 3. 흰잎마름병에는 이병성이며, 줄무늬잎마름병에는 저항성이다. 5. 도정 특성, 아밀로스 함량은 화성벼와 비슷한 수준이다. 6. "화원 1호"의 정조수량은 '05~'06년 2개년간 실시한 생산력검정 시험에서 평균 7.43 MT/ha로 "화성벼" 대비 110% 수준이었다.

• 한국육종학회지
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• 제43권5호
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• pp.464-469
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• 2011

벼 줄무늬잎마름병 저항성 유전자 및 연관 DNA 마커 탐색을 위하여 줄무늬잎마름병에 저항성인 통일형 품종인 신광 벼 이용 여교잡 집단을 육성하였다. 줄무늬잎마름병 저항성 유전자에 대한 QTL을 분석한 결과 11번 염색체에 위치하는 SSR 마커 RM6897이 탐색되었으며 전체 표현형 변이의 44.2%를 설명하였다. DNA 마커 RM6897은 여교잡 집단에서 생물검정과 유전자형이 일치하였다. 또한 자포니카 품종들에서 저항성 27품종과 감수성 23품종에 대해 구분이 가능하였다. 따라서 신광벼 유래의 줄무늬잎마름병 저항성원 및 분자마커는 자포니카 품종의 바이러스 저항성 향상에 효율적으로 활용될 것으로 기대된다.

• 미생물학회지
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• 제54권4호
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• pp.456-459
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• 2018

Olsenella 속 균주들은 척추동물의 구강, 반추위 및 분변 등에서 분리된 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 건강한 한국인 분변으로부터 Olsenella sp. KGMB 04489 균주를 분리하였으며 PacBio Sequel 플랫폼을 이용하여 Olsenella sp. KGMB 04489 균주의 유전체서열을 분석하였다. 유전체는 G + C 구성 비율이 65.5%이고, 1,838개의 유전자와 rRNA 13개, tRNA 52개로 구성되었으며, 염색체의 크기는 2,108,034 bp였다. 또한, 유전체 분석 결과를 통해 가수분해효소와 항생제 합성 및 내성과 관련된 다양한 유전자를 발견하였다.

• 한국수산과학회지
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• 제55권5호
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• pp.612-624
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• 2022

A novel Gram-positive, motile, non-spore forming aerobic marine bacterium, designated 107-1^T was isolated from tidal mud collected in Gyehwa-do, South Korea. Cells of strain 107-1^T were short rod or coccoid, oxidase negative, catalase positive and grew at 10-40℃ (with optimum growth at 25-30℃). It utilized menaquinones MK-7 and 8 as its respiratory quinones and its major fatty acids were anteiso-C_15:0 (37.9%), iso-C_16:0 (14.9%), and iso-C_14:0 (10.8%). Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequences revealed a distinct clade containing strain 107-1^T and close species Planococcus ruber CW1^T(98.52% sequence similarity), P. faecalis KCTC 33580^T(97.67%), P. kocurii ATCC 43650T(97.48%), P. donghaensis DSM 22276T(97.47%), and P. halocryophilus DSM 24743T(97.37%). Strain 107-1^T contains one circular chromosome (3,513,248bp in length) with G+C content of 44.6 mol%. Estimated ranges for genome to genome distance, average nucleotide identity, and average amino acid identity comparing strain 107-1^T with close taxa were 20.3-34.8%, 77.9-86.9%, and 73.6-92.8%, respectively. Based on polyphasic analysis, strain 107-1^T represents a novel species belonging to the genus Planococcus.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제16권15호
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• pp.6627-6632
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• 2015

Background: We conducted a study exploring the clinical safety and efficacy of decitabine in patients with acute myeloid leukemia (AML) and myelodysplastic syndromes (MDS), combined with a complex karyotype. Materials and Methods: From April 2009 to September 2013, a total of 35 patients with AML/MDS combined with a complex karyotype diagnosed in the First Affiliated Hospital of Soochow University were included for retrospective analysis. All patients were treated with decitabine alone ($20mg/m^2$ daily for 5 days) or combination AAG chemotherapy (Acla 20mg qod*4d, Ara-C $10mg/m^2$ q12h*7d, G-CSF $300{\mu}g$ qd, the dose of G-CSF adjusted to the amount in blood routinely). Results: In 35 patients, 15 exhibited a complete response (CR), and 6 a partial response (PR), the overall response rate (CR+PR) being 60% (21 of 35). Median disease-free survival was 18 months and overall survival was 14 months. In the 15 MDS patients with a complex karyotype, the CR rate was 53.3% (8 of 15); in 20 AML patients with complex karyotype, the overall response rate was 65% (13 of 20). The response rate of decitabine alone (22 cases) was 56.5% (13 of 22), while in the combination chemotherapy group (13 cases), the effective rate was 61.5% (8 of 13)(P>0.05). There are 15 patients with chromosome 7 aberration, after treatment with decitabine, 7 CR, 3 PR, overall response rate was 66.7% (10 of 15). Of 18 patients with 3 to 5 kinds of chromosomal abnormalities, 66.7% demonstrated a response; of 17 with more than 5 chromosomal abnormalities, 52.9% had a response. In the total of 35 patients, with one course (23 patients) and ${\geq}$two courses (12 patients), the overall response rate was 40.9% and 92.3% (P<0.05). Grade III to IV hematological toxicity was observed in 27 cases (75%). Grade III to IV infections were clinically documented in 7 (20%). Grades I to II non-hematological toxicity were infections (18 patients), haematuria (2 patients), and bleeding (3 patients). With follow-up until September 2013, 7 patients were surviving, 18 had died and 10 were lost to follow-up. In the 6 cases who underwent allogeneic hematopoietic stem cell transplantation (HSCT) all were still relapse-free survivors. Conclusions: Decitabine alone or combination with AAG can improve outcome of AML/MDS with a complex karyotype, there being no significant difference decitabine in inducing remission rates in patients with different karyotype. Increasing the number of courses can improve efficiency. This approach with fewer treatment side effects in patients with a better tolerance should be employed in order to create an improved subsequent chance for HSCT.

• 대한핵의학회지
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• 제33권1호
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• pp.94-99
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• 1999

목적: 조사선량별로 인체 말초혈액 림프구에서 염색체 손상은 중기염색체 분석법으로, 그리고 세포고사는 annexin V를 이용한 유세포계측법으로 정량화하여 서로 비교해 봄으로써, 인체 말초혈액 림프구가 조사선량에 따라 세포사망에 이르는 과정을 밝혀보고자 하였다. 대상 및 방법: 염색체 이상을 동반하는 질환이 없는 건강한 자원자 10명(남자 6명, 여자 4명, 연령범위 $23{\sim}41세$)을 대상으로 하였으며, 이들로부터 혈액을 채혈하여 실험에 이용하였다. 채혈한 혈액으로부터 림프구를 분리하여 0.18, 2, 5, 10, 20. 25 Gy를 조사하였으며, 방사선을 조사하지 않은 림프구를 대조군으로 하였다. 방사선에 조사된 실험군과 대조군을 각각 중기염색체 분석법과 유세포계측법으로 검사하였으며, 중기염색체 분석법에서는 600개의 림프구로부터 불안정 염색체인 2중심염색체와 반지모양 염색체의 수를 계수하였고, 유세포 계측법에서는 세포막의 변화는 annexin V에 결합된 FITC의 섭취로, 그리고 세포핵의 변화는 PI의 섭취로 보았다. 실험군 간의 차이는 ANOVA 검사로, 그리고 두 검사법간의 상관관계는 Pearson의 상관검사로 알아보았다. 결과: 방사선을 조사하지 않은 세포군에서도 불안정 염색체가 $0.5{\pm}0.53$개 관찰되었으며, 실험군에서는 조사선량의 증가에 따라 불안정 염색체의 숫자가 유의하게 증가되었다(p<0.001). 조사선량의 증가에 따라 초기 세포고사는 증가하다가 다시 감소하는 양상을 보이나, 후기 세포고사는 조사선량에 따라 증가하는 양상을 보였다. 중기염색체 분석에서 보이는 불안정 염색체의 수와 Ydr, Qdr 값은 초기 세포고사와는 유의한 상관관계를 보이지 않고, 후기 세포고사와는 매우 유의한 상관관계를 보이고 있었다(p<0.01). 결론: 조사선량에 따른 불안정 염색체의 증가는 유세포계측법으로 검사한 세포핵의 변화와 밀접한 상관관계를 가지고 있었다. 반면 세포막의 변화는 염색체 손상과 관계가 없었으며, 조사선량의 증가에 비례하여 증가하지도 않았다.

• 한국식품저장유통학회지
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• 제18권4호
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• pp.604-611
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• 2011

본 연구에서는 국산 포도로부터 분리된 효모들 중 와인 발효 적성이 우수한 균주들을 선정하여 ITS-I-5.8S-ITS II DNA 염기서열 분석과 분자생물학적인 방법을 통하여 동정하였고 발효환경 내성을 알아보았다. 분리 효모들의 ITS I-5.8S-ITS II 영역을 PCR로 증폭한 결과 약 800bp의 DNA가 증폭됨을 확인하였다. 이 DNA를 제한효소 HaeIII로 처리한 경우 모두 약 400bp의 DNA band 확인되었고, Hinf I로 처리한 경우에는 약 350 bp와 300 bp의 DNA band를 나타내었다. 분리된 4 균주의 염색체 DNA를 PFGE로 확인한 결과 MM10, WW108 그리고 SS89(SS812 동일)가 서로 다른 3가지 염색체 패턴을 나타내었다. ITS I-5.8S-ITS II DNA 염기서열을 분석한 결과 모두 S. cerevisiae CBS 4054 표준균주와 97% 이상의 상동성을 나타내어 매우 가까운 근연관계에 있음을 알 수 있었다. 근린결합분석을 이용한 phylogenetic 분석을 통하여 분리 균주인 MM10, SS89, SS812 그리고 WW108 균주는 S. cerevisiae CBS 4054 표준 균주와 계통 유연관계에서 매우 가까운 위치에 있는 것을 확인할 수 있었다. 동정된 4종의 야생효모 중 200 ppm의 아황산 함유 배지에서 MM10과 WW108 균주는 24시간대에서 6% 미만의 생육 저해률을 보였다. 또한 $30^{\circ}C$ 배양온도에서 30% 포도당을 함유하는 YPD 배지에서 36시간대에서 가장 높은 성장을 나타내었으며, 특히 SS89 균주는 660 nm에서의 흡광도가 약 40에 가까운 수치를 나타내었다. 배양온도 $40^{\circ}C$에서는 모든 효모군이 10~15의 수치를 나타내어 낮은 성장을 나타내었다. 알코올(8%, v/v)을 함유하는 YPD 배지에서 배양초기에는 내성이 약하였으나 배양이 진행되면서 적응을 하기 시작하고 24시간대에서 가장 낮은 생육 저해률을 보였다.