• 한국작물학회:학술대회논문집
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• 한국작물학회 2022년도 추계학술대회
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• pp.28-28
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• 2022

This paper presents the first genome assemblies of Philippine mangoes that provide valuable reference for varietal improvement and genomic studies on mango and related fruit crops. WE sequenced whole genomes of3 species, Mangifera odorata (Huani), Mangifera altissima (Paho), and Mangifera indica 'Carabao' (Sweet Elena). 'Carabao' is the major export variety of the Philippines; Paho is identified as vulnerable by the IUCN Red List of Threatened Species; Huani has fruit sap acrid which is the primary defense mechanism against insects and birds. We used Falcon, a diploid aware -de novo assembler to assemble SMRT generated long-read sequences. Falcon-unzip was employed to phase the output assembly producing larger contig sets (primary contigs) and shorter contigs corresponding to haplotypes (haplotigs). Assembly statistics were generated by comparing the assembly to a reference genome, Tommy Atkins, using Quality Assessment Tool (QUAST). Moreover, the extent of duplication and completeness of gene content was measured using Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO). Draft assemblies with high duplications were processed using Purge Haplotigs and Purge Dups to lessen duplications with minimal impact on genome completeness. De novo assemblies of Huani, Paho and 'Carabao' were then generated with primary contig sizes of 463.64 Mb, 508.95 Mb and 401.51 Mb respectively. These draft assemblies of Huani, Paho and 'Carabao' showed 96.90%, 95.17% and 99.07% complete BUSCOs respectively which is comparable to 'Tommy Atkins' genome (98.6%). Using two mango transcriptome data (pooled RNA-seq from different mango varieties and tissues), 91-96% or 24-30 million reads were successfully mapped back for each generated assembly indicating high degree of completeness. The results obtained demonstrated the highly contiguous, phased, and near complete genome assembly of three Philippine mango species for structural and functional annotation of gene units, especially those with economic importance.

• 한국식품과학회지
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• 제47권2호
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• pp.191-197
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• 2015

본 연구는 국내에서 주로 판매되고 있는 망고 품종의 이화학적 특성과 망고의 휘발성 향기성분의 화합물 조성을 비교하였다. 품종이 다른 대만 산 애플 망고와 필리핀 산 카라바오 망고의 조회분을 제외한 일반성분은 대부분 유의한 차이를 보였고, 수분과 조지방은 애플 망고에서 높았으며, 조단백과 탄수화물은 카라바오 망고에서 높았다. 유리당 함량은 두 품종에서 sucrose, fructose, glucose의 순으로 높게 검출되었으나 함량에서는 유의적 차이를 보였다. 그러나 maltose, lactose, galactose는 검출되지 않았다. SPME 추출법으로 확인된 휘발성 향기성분은 대만 산 애플 망고, 필리핀 산 카라바오 망고에서 각각 56종, 59종을 확인할 수 있었고, 휘발성 향기성분을 분석한 함량은 각각 59.45, 37.25%이 추출되었다. 휘발성 향기성분의 종류 및 함유량에서 테르펜류 및 그 유도체의 종류 및 함유량 모두가 높았고 ester류 화합물이 다음으로 높았으며 함유량에서는 품종에 따라 차이를 보였다. 테르펜류와 그 유도체 함유량은 대만 산 애플 망고에서 94.42%로 높게 나타나는 특징을 보였고, 필리핀 산 카라바오 망고에서는 63.79%로 차이를 보였다. 필리핀 산 카라바오 망고는 acetic acid, hexanoic acid, octanoic acid, palmitic acid 등의 acid류 화합물이 품종이 다른 대만 산 애플 망고의 휘발성 향기성분과 비교하여 종류 및 함유량에서 높게 나타나는 특징을 보였다. 대만 산, 필리핀 산 망고 모두에서 ${\delta}$-3-carene의 함량이 각각 17.78, 8.11%로 확인되어 동정된 화합물 중 가장 높은 함량을 보였다. 대만 산애플 망고의 경우 ${\alpha}$-copaene, ${\alpha}$-guaiene, germacrene D, ${\alpha}$-bulnesene, ${\gamma}$-gurjunene 등이, 필리핀 산 카라바오 망고는 ${\beta}$-myrcene, ${\alpha}$ 및 ${\beta}$-phellandrene, ${\alpha}$-terpinolene, cis-3-hexenyl butyrate 등이 특징적인 화합물로 확인되어 이는 품종에 따른 망고 향기성분의 특징을 구분하는데 기여할 것으로 생각된다.