Accurate methods for the identification of closely related species or breeds in raw and processed meats must be developed in order to protect both consumers and producers from mislabeling and fraud. This paper describes the development of DNA markers for the discrimination and improvement of Korean native pig (KNP) meat. The KIT gene is related to pig coat color and is often used as a candidate marker. A 538 bp fragment comprising intron 19 of the pig KIT gene was amplified by PCR using specific primers, after which the PCR amplicons of a number of meat samples from KNP and three major improved breeds (Landrace, Duroc and Yorkshire) were sequenced in order to find a nucleotide region suitable for PCR-RFLP analysis. Sequence data showed the presence of two nucleotide substitutions, g.276G>A and g.295A>C, between KNP and the improved pig breeds. Digestion of KIT amplicons with AccII enzyme generated characteristic PCR-RFLP profiles that allowed discrimination between meats from KNP and improved pig. KNP showed three visible DNA bands of 264/249, 199, and 75 bp, whereas DNA bands of 249, 199, and 90 bp were detected in the three improved pig breeds. Therefore, the 75 bp DNA fragment was specific only to KNP, whereas the 90 bp DNA fragment was specific to the improved breeds. The breed-specific DNA markers reported here that target the KIT gene could be useful for the identification of KNP meat from improved pig meats, thus contributing to the prevention of falsified breed labeling.
Objectives: Mercury is a hazardous organ-specific environmental contaminant. It exists in a wide variety of physical and chemical states, each of which has unique characteristics for the target organ specificity. Exposure to mercury vapor and to organic mercury compounds specifically affects the CNS, while the kidney is the target organ for inorganic Hg compounds. Methods: In this study, mercury chloride $(HgCl_2)$ was studied in a renal derived cell system, i.e., the tubular epithelial Madin-Darby canine kidney (MDCK) cell line, which has specific sensitivity to the toxic effect of mercury. MDCK cells were cultured for 6-24 hr in vitro in various concentrations (0.1-100 M) of $HgCl_2$, and the markers of apoptosis or cell death were assayed, including DNA fragmentation, caspase-3 activity andwestern blotting of cytochrome c. The influence of the metal on cell proliferation and viability were evaluated by the conventional MTT test. Results: The cell viability was decreased in a time and concentration dependent fashion: decreases were noted at 6, 12 and 24 hr after $HgCl_2$, exposure. The increases of DNA fragmentation were also observed in the concentrations from 0.1 to 10 M of $HgCl_2$ at 6 hr after exposure. However, we could not observe DNA fragmentation in the concentrations more than 25 M because the cells rapidly proceeded to necrotic cell death. The activation of caspase-3 was also observed at 6 hr exposure in the $HgCl_2$ concentrations from 0.1 to 10 M. The release of cytochrome c from the mitochondria into the cytosol, which is an initiator of the activation of the caspase cascade, was also observed in the $HgCl_2-treated$ MDCK cells. Conclusions: These results suggest that the activation of caspase-3 was involved in $HgCl_2-induced$ apoptosis. The release of cytochrome c from the mitochondria into the cytosol was also observed in the $HgCl_2-treated$ MDCK cells. These findings indicate that in MDCK cells, $HgCl_2$ is a potent inducer of apoptosis via cytochrome c release from the mitochondria.
Md. Samiul Haque;Md. Khalesur Rahman;Mohammad Saiful Islam;Myung-Jo You
Parasites, Hosts and Diseases
/
제62권2호
/
pp.226-237
/
2024
Ticks, blood-sucking ectoparasites, spread diseases to humans and animals. Haemaphysalis longicornis is a significant vector for tick-borne diseases in medical and veterinary contexts. Identifying protective antigens in H. longicornis for an anti-tick vaccine is a key tick control strategy. Enolase, a multifunctional protein, significantly converts D-2-phosphoglycerate and phosphoenolpyruvate in glycolysis and gluconeogenesis in cell cytoplasm. This study cloned a complete open reading frame (ORF) of enolase from the H. longicornis tick and characterized its transcriptional and silencing effect. We amplified the full-length cDNA of the enolase gene using rapid amplification of cDNA ends. The complete cDNA, with an ORF of 1,297 nucleotides, encoded a 432-amino acid polypeptide. Enolase of the Jeju strain H. longicornis exhibited the highest sequence similarity with H. flava (98%), followed by Dermacentor silvarum (82%). The enolase motifs identified included N-terminal and C-terminal regions, magnesium binding sites, and several phosphorylation sites. Reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) analysis indicated that enolase mRNA transcripts were expressed across all developmental stages of ticks and organs such as salivary gland and midgut. RT-PCR showed higher transcript levels in syn-ganglia, suggesting that synganglion nerves influence enolase's role in tick salivary glands. We injected enolase double-stranded RNA into adult unfed female ticks, after which they were subsequently fed with normal unfed males until they spontaneously dropped off. RNA interference significantly (P<0.05) reduced feeding and reproduction, along with abnormalities in eggs (no embryos) and hatching. These findings suggest enolase is a promising target for future tick control strategies.
Seung-Yul Lee;Tae Jeong Oh;Sungwhan An;Seung-Hoon Lee
한국발생생물학회지:발생과생식
/
제28권2호
/
pp.37-45
/
2024
This study aimed to elucidate the potential of Homeobox A11 (HOXA11) as a therapeutic target and a diagnostic methylation marker for cervical cancer. Gene expression analysis using cDNA microarray in cervical cancer cell lines revealed significantly reduced expression of the HOXA11 gene. Subsequent investigation of HOXA11 promoter methylation in samples from normal individuals and invasive cervical cancer patients showed over 53.2% higher methylation in cancer scrapes compared to normal scrapes. Furthermore, overexpression of HOXA11, which is downregulated in cervical cancer, strongly suppressed cell growth in cervical cancer cell lines, HeLa and HT3. Additionally, we performed transferase dUTP nick end labeling assay and confirmed that the inhibition of cervical cancer cell proliferation occurred via apoptosis. Mechanistically, overexpression of HOXA11 led to mitochondrial apoptosis characterized by PARP cleavage due to increased c-Myc and enhanced cytochrome C secretion into the cytoplasm. These findings suggest that HOXA11 could potentially serve as a methylation marker for diagnosing cervical cancer and as a novel therapeutic target for its treatment.
Gopal, Dhayaalini Bala;Lim, Chua Ang;Khaithir, Tzar Mohd Nizam;Santhanam, Jacinta
한국미생물·생명공학회지
/
제45권4호
/
pp.358-364
/
2017
Asymmetric PCR preferentially amplifies one DNA strand for use in DNA hybridization studies. Linear-After-The-Exponential-PCR (LATE-PCR) is an advanced asymmetric PCR method which uses innovatively designed primers at different concentrations. This study aimed to optimise LATE-PCR parameters to produce single-stranded DNA of Candida spp. and Aspergillus spp. for detection via probe hybridisation. The internal transcribed spacer (ITS) region was used to design limiting primer and excess primer for LATE-PCR. Primer annealing and melting temperature, difference of melting temperature between limiting and excess primer and concentration of primers were optimized. In order to confirm the presence of single-stranded DNA, the LATE-PCR product was hybridised with digoxigenin labeled complementary oligonucleotide probe specific for each fungal genus and detected using anti-digoxigenin antibody by dot blotting. Important parameters that determine the production of single-stranded DNA in a LATE-PCR reaction are difference of melting temperature between the limiting and excess primer of at least $5^{\circ}C$ and primer concentration ratio of excess primer to limiting primer at 20:1. LATE-PCR products of Candida albicans, Candida parapsilosis, Candida tropicalis and Aspergillus terreus at up to 1:100 dilution and after 1 h hybridization time, successfully hybridised to respective oligonucleotide probes with no cross reactivity observed between each fungal genus probe and non-target products. For Aspergillus fumigatus, LATE-PCR products were detected at 1:10 dilution and after overnight hybridisation. These results indicate high detection sensitivity for single-stranded DNA produced by LATE-PCR. In conclusion, this advancement of PCR may be utilised to detect fungal pathogens which can aid the diagnosis of invasive fungal disease.
The application of recombinant DNA technology has been remarkable and nearly replaced commonly used traditional methods. Traditional industrial microbiology long depended on the discovery of valuable strains and mutagenesis of such strains to improve its secretion capacity of enzymes and secondary metabolites on the industrial scale. Commodities included industrial enzymes and biopharmaceuticals. The purpose of genome manipulation by the crossing of different strains or genetic recombination of naked DNA to the genome is of increased production of valuable metabolites. We optimized a transformation method to either for removal of innate genes, introduction of heterologous genes, or combination of both. We have been used selected whole or partial genes to manipulate target fungi toward the development of strains overproducing invaluable proteins. We have also used the whole genome sequence information of fungal genomes in public databases and functional genomics approach to select genes to manipulate and eventually contributing greatly to the development of overproducing industrial strains overproducing proteins or secondary metabolites. I will briefly review 1) filamentous fungi as a host for production of recombinant proteins and secondary metabolites, 2) markets of industrial metabolites, 3) a new approach to manipulate up to five genes at the same time in the system that ProxEnrem uses.
Park, Jae-Sook;Lim, Sung-Hyun;Sim, Sang-Jun;Chae, Hee-Yeop;Yoon, Hyun-C.;Yang, Sang-Sik;Kim, Byung-Woo
Journal of Microbiology and Biotechnology
/
제16권12호
/
pp.1968-1976
/
2006
Recombinant E. coli ACV 1003 (recA:: lacZ) was used to measure low concentrations of DNA-damaging chemicals, which produce $\beta$-galactosidase via an SOS regulon system. Very low $\beta$-galactosidase activities of less than 0.01 unit/ml, $\beta$-galactosidase produced through an SOS response corresponding to the 10 ng/ml (ppb) of DNA damaging chemicals in the environment, can be rapidly determined by using an alternative interferometric biosensor with optically flat thin films of porous silicon rather than by the conventional time-consuming Miller's enzyme assay as well as the ELISA method. fu order to enhance the sensitivity in the interferometry, it needs to obtain more uniform distribution and higher biolinking efficiency, whereas interferometric sensing is rapid, cheap, and advantageous in high throughput by using a multiple-well-type chip. In this study, pore size adjusted to 60 nm for the target enzyme $\beta$-galactosidase to be bound on both walls of a Si pore and a calyx crown derivative was apllied as a more efficient biolinker. Furthermore, anti-$\beta$-galactosidase was previously functionalized with the biolinker for the target $\beta$-galactosidase to be specifically bound. When anti-$\beta$-galactosidase was bound to the calyx-crown derivative-linked surface, the effective optical thickness was found to be three times as high as that obtained without using anti-$\beta$-galactosidase. The resolution obtained was very similar to that afforded by the time-consuming ELISA method; however, the reproducibility was still unsatisfactory, below 1 unit $\beta$-galactosidase/ml, owing to the microscopic non-uniform distribution of the pores in the etched silicon surface.
C11, a chloride-containing VK3 analog, acts as a mediator of programmed cell death in SK-Hep-1 cell lines, but its molecular mechanisms linked to cell death are not understood. In this study, we investigated the expression of p21 gene and its relationship to apoptosis induced by C11. In SK -hep-1 cells, the addition of C11 resulted in time-dependent growth suppression and DNA fragmentation characteristics of apoptosis. p21 protein was induced during this process, while the protein level of p53 was not changed at the same condition. This apoptotic cell death with p21 induction was also observed in the Hep3B cells lacking functional p53 after treatment of C11. These results suggest that C11-induced apoptosis is associated with up-regulation of p21 protein in p53-independent pathway. Next, in order to confirm whether the p53-independent p21 induction is required for C11-induced apoptosis, we introduced the p21 gene into Hep3B. Overexpression of p21 did not affect the expression of the bcl-2 gene, but DNA fragmentation and PARa cleavage were significantly increased. These data indicate that p21 is involved in C11-induced apoptosis. Although Bcl-2 has been implicated to interfere with an essential signaling molecule involved in the apoptosis pathway, its molecular mechanism and target molecule are poorly understood. To determine the effects of bcl-2 overexpression on apoptosis and to investigate whether BcI-2 interfers with the p53-independent p21 pathway, we transfected the bcl-2 expression vector into SK - Hep-1 cels. Overexpression of Bcl-2 prevented C11-induced apoptosis. Taken together, C11-induced apoptosis is regulated by p52-independent p21 pathway and bcl-2 may inhibit functional activity of p21, therebe may inhibit the C11-induced apoptosis.ptosis.
Salmonella typhi is frequent causes of foodborne illness and its detection is important for monitoring disease progression. In this study, by using general PCR and novel LAMP (Loop Mediated Isothermal Amplification) assay, we evaluated the usefulness of LAMP assay for detection of Salmonella typhi. In this LAMP assay, forward inner primer (FIP) and back inner primer (BIP) was specially designed for recognizing target invA gene. Target DNA was amplified and visualized as ladder-like pattern of bands on agarose gel within 60 min under isothermal conditions at $65^{\circ}C$. When the sensitivity and reproducibility of LAMP were compared to general PCR, there was no difference of reproducibility but sensitivity of LAMP assay was more efficient than PCR (the detection limit of LAMP assay was 30 fg, while the PCR assay was 3 pg). These results indicate that the LAMP assay is a potential and valuable means for detection of Salmonella typhi, especially for its rapidity, simplicity and low cost.
A major step towards understanding of the genetic basis of an organism is the complete sequence determination of all genes in target genome. The nucleotide sequence encoded in the genome contains the information that specifies the amino acid sequence of every protein and functional RNA molecule. In principle, it will be possible to identify every protein resposible for the structure and function of the body of the target organism. The pattern of expression in different cell types will specify where and when each protein is used. The amino acid sequence of the proteins encoded by each gene will be derived from the conceptional translation of the nucleotide sequence. Comparison of these sequences with those of known proteins, whose sequences are sorted in database, will suggest an approximate function for many proteins. This mini review describes the development of new sequencing methods and the optimization of sequencing strategies for whole genome, various cDNA and genomic analysis.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.