• Genomics & Informatics
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• 제21권1호
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• pp.3.1-3.10
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• 2023

Characterization as well as prediction of the secondary and tertiary structure of hypothetical proteins from their amino acid sequences uploaded in databases by in silico approach are the critical issues in computational biology. Severe acute respiratory syndrome-associated coronavirus (SARS-CoV), which is responsible for pneumonia alike diseases, possesses a wide range of proteins of which many are still uncharacterized. The current study was conducted to reveal the physicochemical characteristics and structures of an uncharacterized protein Q6S8D9_SARS of SARS-CoV. Following the common flowchart of characterizing a hypothetical protein, several sophisticated computerized tools e.g., ExPASy Protparam, CD Search, SOPMA, PSIPRED, HHpred, etc. were employed to discover the functions and structures of Q6S8D9_SARS. After delineating the secondary and tertiary structures of the protein, some quality evaluating tools e.g., PROCHECK, ProSA-web etc. were performed to assess the structures and later the active site was identified also by CASTp v.3.0. The protein contains more negatively charged residues than positively charged residues and a high aliphatic index value which make the protein more stable. The 2D and 3D structures modeled by several bioinformatics tools ensured that the proteins had domain in it which indicated it was functional protein having the ability to trouble host antiviral inflammatory cytokine and interferon production pathways. Moreover, active site was found in the protein where ligand could bind. The study was aimed to unveil the features and structures of an uncharacterized protein of SARS-CoV which can be a therapeutic target for development of vaccines against the virus. Further research are needed to accomplish the task.

• 한국식품과학회지
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• 제31권2호
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• pp.527-534
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• 1999

솔잎의 제조방법별 열수추출물(HPNP, CPNP, FPN)의 항산화성을 검토하기 위하여 in vitro상에서 실험을 수행하였다. 각 추출물들의 지방산화 억제능을 측정한 결과, $Fe^{2+}$이온 첨가구에서는 HPNP와 FPN이 $Fe^{2+}$ 이온 binding능력이 우수하였으나, CPNP는 오히려 지방산화를 촉진하였고, $Fe^{3+}$이온 첨가구에서는 $Fe^{3+}$이온 binding능력은 없는 것으로 나타났다. 활성 산소종 존재 하에서 솔잎추출물의 첨가가 지방산화에 미치는 영향은 활성산소종보다 지방산화도가 오히려 높게 나타났으며, 가장 낮은 값을 나타낸 FPN도 $KO_2$보다 높게 나타나 포집능력은 없는 것으로 나타났다. 지방산화를 촉진하는 iron 함량은 ferrous iron과 total iron 모두 CPNP가 가장 높게 나타났고, 다음으로 HPNP, FPN순으로 나타났다. 항산화제인 ascorbic acid함량은 FPN, HPNP, CPNP 순으로 나타났다. 산화성 활성 free radical에 전자를 공여하여 산화를 억제시키는 척도인 전자공여능은 HPNP, CPNP, FPN순이었고, HPNP의 전자공여능이 가장 높은 것으로 나타났다. Speroxide dismutase (SOD) 유사활성을 측정한 결과 HPNP, CPNP, FPN순으로 나타나 SOD 유사활성능은 HPNP가 가장 우수하였다. 솔잎추출물을 각기 다른 pH에서 측정한 아질산염 분해능은 반응용액의 pH가 낮을수록 아질산염 분해능이 높게 나타났고 특히, pH 1.2에서 높은 분해능을 나타내었다.

• 콘크리트학회논문집
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• 제29권4호
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• pp.389-397
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• 2017

시멘트내 $C_3A$상과 $C_4AF$상은 염소이온과 반응하여 프리델염을 생성한다. 프리델염은 구조체에서 염소를 포함하기 때문에 염소이온의 흡착에 매우 중요하다. 외부에서 염소이온이 침투하면, 칼슘 알루미네이트 수화물은 염소이온을 고정하므로, $C_3A$상과 $C_4AF$상 및 AFm상의 염소 흡착 거동을 고찰하는 것은 고정화 현상을 이해하는데 매우 중요하다. 한편, 흡착 등온은 시멘트와 프리델염의 상호관계에서 정량적인 지식을 제공할 뿐만 아니라 그 상호관계의 특성을 이해하는데 매우 중요하다. 본 연구의 목적은 $C_3A$상, $C_4AF$상 및 AFm상의 염소이온 흡착 거동을 고찰하는데 있다. $C_3A$상과 $C_4AF$상의 흡착등온은 이론적 화학당량보다 다소 낮았으며 Langmuir 흡착등온식으로 표현할 수 있었다. AFm상의 흡착등온은 이론적 화학당량보다 매우 낮았으며, Freundlich 흡착등온식으로 표현하였다. 또한 흡착등온 모델에서 온도의 영향 매개변수를 실험범주내에서 온도의 함수로 제안하였다.

• 콘크리트학회논문집
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• 제14권5호
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• pp.789-795
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• 2002

개정된 콘크리트 표준시방서에 허용된 양의 염화물 이온 및 제염되지 않은 해사를 잔골재로 사용할 경우 콘크리트 배합시 혼입될 염화물 이온의 거동과 고정화율을 평가하기 위해 시멘트 페이스트 내 세공용액을 추출하여 분석한 실험을 통해 얻은 결론은 다음과 같다. 1 재령에 따른 세공용액 내 염화물 이온 농도는 수화 진행에 따라 수화생성물에 흡착되는 염화물량의 증가로 재령이 증가하면서 감소하는 것으로 나타났으며, 세공용액 내 측정 염화물량을 고정화되지 않은 염화물로 보고 혼합수의 농도와 비교할 경우 재령 49일의 고정화율은 64~90%였다. 2. 증발수량으로 측정한 세공용액량을 기준으로 시멘트 내 염화물 고정화율을 산정한 결과 염화물 혼입량이 시멘트 중량의 0.046~0.16%로 비교적 적은 PI~P3의 경우 염화물 고정화율이 91.8~93.5%에 이르나 염화물 혼입량이 시멘트 중량의 0.3% 인 P4의 경우 89.1 %로 낮아지며, 시멘트 중량에 대해 0.617%의 염화물이 혼입된 PS는 혼입된 염화물 중 77%만이 고정화되었다. 3. 시멘트 중량에 대한 염화물 고정화율은 혼입량에 따라 0.015~0.475%로 나타났다. 이 중 시멘트 중량에 대해 0.091% 이상의 염화물 이온이 혼입될 경우 염화물 혼입량이 2배씩 증가함에도 염화물 고정화량은 1.7~l.8배 증가하고 있어 시멘트 중량에 대한 고정화율도 혼입량이 증가할수록 낮아졌다. 4. 염화물 혼입량이 증가함에 따라 염화물의 고정화율은 증가하지만 고정화되지 못하고 세공용액 중에 남아있는 염화물의 절대량도 크게 증가하였다.

• Journal of Pharmaceutical Investigation
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• 제40권3호
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• pp.175-180
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• 2010

Albumin-modification has been viewed as one of the most effective ways of extending the short in vivo lifetimes of peptide drugs by delaying glomerular filtration. In this study, we describe a new type 2 anti-diabetic exendin-4 (Ex4) peptide derivative with significant binding ability to human serum albumin (HSA). This exendin-4 derivative consists of a 4-branched polyethylene glycol $(PEG)_{5k}$ (Mw: 20 kDa) modified with three stearylamines ($C_{18}-NH_2$) and one exendin-4 on its branches. PEG and stearylamine were selected to provide functionality to increase molecular size and bind to albumin, respectively. This derivative ($3C_{18}-4PEG_{5k}$-Ex4) was shown to have larger molecular size (Ca. 152 kDa) than actual (25.0 kDa) when subjected to size-exclusion chromatography, and the fluorescein-tagged $3C_{18}-4PEG_{5k}$-Ex4 displayed significant binding to the HSA-immobilized Sepharose CL-4B resin using confocal laser scanning microscopy. Furthermore, $3C_{18}-4PEG_{5k}$-Ex4 was found to have acceptable anti-hyperglycemic efficacy via three consecutive oral glucose tolerance testings (OGTT) in fasted type 2 diabetic db/db mice. The $HD_{total}$ value ($57.6{\pm}12.3%$) of $3C_{18}-4PEG_{5k}$-Ex4 at a 50 nmol/kg dose was 2-fold greater than that ($31.0{\pm}8.7%$) of native exendin-4 in non-fasted db/db mice. Especially, the blood glucose levels in the mice group treated with $3C_{18}-4PEG_{5k}$-Ex4 did not rebound to ~150 mg/dL until 24 h after the injection, which obviously shows the extended hypoglycemia. We believe that this derivative has great pharmaceutical potential as a novel long-acting type 2 anti-diabetic injection treatment.

• 대한핵의학회지
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• 제25권1호
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• pp.37-45
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• 1991

Infarct size is a major determinant of prognosis after acute myocardial infarction. Up to date, however, clinically available tests to estimate this size have not been sufficiently accurate. Twelve lead electrocardiogram and wall motion abnormality measurement are not quantitative, and creatine phophokinase (CPK) measurement is inaccurate in the presence of reperfusion or right ventricular infarction. Methods have been developed to localize and size acute myocardial infarcts with agents that are selectively sequestered in areas of myocardial damage, but previously used agents have lacked sufficient specificity. Antibodies that bind specifically only to damaged myocardial cells may resolve this problem and provide an accurate method for noninvasively measuring infarct size. We determined the accuracy with which infarcted myocardial mass can be measured using single photon emission computed tomography (SPECT) and radiolabeled antimyosin antibodies. Seven patients with acute myocardial infarction and one stable angina patient were injected with 2 mCi of Indium-111 labeled antimyosin antibodies. Planar image and SPECT was performed 24 hours later. None of the patients had history of prior infarcts, and none had undergone reperfusion techniques prior to the study, which was done within 4 days of the attack. Planar image showed all infarct patients to have postive uptakes in the cardiac region. The location of this uptake correlated to the infarct site as indicated by electrocardiography in most of the cases. The angina patient, however, showed no such abnormal uptake. Infarct size was determined from transverse slices of the SPECT image using a 45% threshold value obtained from a phantom study. Measured infarct size ranged from 40 to 192 gr. There was significant correlation between the infarct size measured by SPECT and that estimated from serial measurements of CPK (r=0.73, p<0.05). These date suggest that acute myocardial infarct size can be accurately measured from SPECT Indium-111 antimyosin imaging. This method may be especially valuable in situations where other methods are unreliable, such as early reperfusion technique, right ventricular infarct or presence of prior infarcts.

• 한국구조물진단유지관리공학회 논문집
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• 제17권6호
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• pp.88-94
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• 2013

시멘트 내 6가 크롬은 피부질환이나 암을 유발할 수 있는 유해한 인체에 유해한 이온으로 잘 알려져 있다. 본 연구에서는 사람에게 영향을 주는 시멘트 내 6가 크롬의 정량적 분석을 하고자 시멘트 및 시멘트 경화체 내 6가 크롬의 고정화에 대해 평가하였다. 국내에서 생산되는 일반 포틀랜드 시멘트 3종과 플라이애쉬, 고로슬래그 미분말, 실리카퓸을 사용하여 수용성 및 산가용성 6가 크롬을 분광광도법으로 측정하였다. 측정결과, 시멘트 내 수용성 6가 크롬의 농도는 10.5-18.9 mg/kg-cement 범위였으며 혼화재료 내 수용성 6가 크롬의 양은 매우 적게 측정되었다. 시멘트 내 산가용성 6가 크롬의 농도는 172.4-318.2 mg/kg-cement 범위로 측정되었으며 수용성 6가 크롬에 비해 증가하였다. 그러나 크롬의 pH에 의존적인 용해 특성에 따라 용매의 pH가 저감된다고 하여 산가용성 6가 크롬의 농도가 항상 크게 측정되지는 않았다. 시멘트 수화 후 수용성 6가 크롬은 2.0 mg/kg-cement 정도로 감소하였으며 이는 크롬산-에트링게이트 생성에 의한 결과임을 확인할 수 있었다.

• 한국식품과학회지
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• 제27권5호
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• pp.716-723
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• 1995

갈조류인 한국산 곰피(Ecklonia stolonifera)에서 fucoidan을 추출 정제하여 분자 구조적 특성을 조사하고 항혈액 응고 활성을 측정하였다. 건조곰피 20.0kg을 $100^{\circ}C$에서 2시간동안 2회 열수 추출하고 ethanol로 침전시켜 crude fucoidan 151.1g을 얻었다. Crude fucoidan을 염화칼슘과 cetyl pyridium chloride(CPC)로서 정제하여 Fucoidan-1을 얻었고 수율은 35.2%였다. 이 Fucoidan-1을 여러조건하에서 DEAE-Toyopearl 650 M 이온교환 chromatography법을 이용하여 정제한 결과 cellulose acetate 막 전기영동상에서 하나의 band를 나타내는 순도가 높은 곰피 Fucoidan-5을 얻었으며 dextran을 표준품으로 gel filtration chromatography를 행한 결과 분자량은 21,000∼23,000이었다. 곰피 Fucoidan-5의 구성당은 fucose 35.7%와 galactose 4.3%이였고, fucose와 황산기의 mole 비는 약 1 : 1이었다. 적외선 흡수 spectrum 에서 $1240\;cm^{-1}$와 $850\;cm^{-1}$ 부근에서 흡수가 확인되었으며 비선광도가 $-127.2^{\circ}$인 것으로 보아 황산기는 주로 ${\alpha}-L-fucose$의 4번 위치의 탄소에 결합되어 있는 것으로 추정할 수 있었다. 또한 곰피 Fucoidan-5를 methyl화하여 가수분해하고 methyl alditol acetate를 만든 후 gas chromatography를 행한 결과 Fucoidan-5는 주로 황산기를 C4에 가진 fucose가 ${\alpha}l-2$결합 또는 ${\alpha}l-3$결합으로 이루어진 다당류임을 추정할 수 있었다. 곰피 Fucoidan-5의 항 thrombin 활성은 heparin(140 units/mg)의 약 1.4배이었다. 이상의 결과에서 CPC법과 이온교환 chromatography법을 사용하여 갈조류인 곰피로부터 분리 정제한 곰피 Fucoidan-5는 순도가 높은 fucoidan임을 알 수 있었고 수율은 28.1%였다.