• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제33권12호
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• pp.1595-1605
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• 2023

Dehydroquinate dehydratase (DHQD) catalyzes the conversion of 3-dehydroquinic acid (DHQ) into 3-dehydroshikimic acid in the mid stage of the shikimate pathway, which is essential for the biosynthesis of aromatic amino acids and folates. Here, we report two the crystal structures of type II DHQD (CgDHQD) derived from Corynebacterium glutamicum, which is a widely used industrial platform organism. We determined the structures for CgDHQD^WT with the citrate at a resolution of 1.80Å and CgDHQD^R19A with DHQ complexed forms at a resolution of 2.00 Å, respectively. The enzyme forms a homododecamer consisting of four trimers with three interfacial active sites. We identified the DHQ-binding site of CgDHQD and observed an unusual binding mode of citrate inhibitor in the site with a half-opened lid loop. A structural comparison of CgDHQD with a homolog derived from Streptomyces coelicolor revealed differences in the terminal regions, lid loop, and active site. Particularly, CgDHQD, including some Corynebacterium species, possesses a distinctive residue P105, which is not conserved in other DHQDs at the position near the 5-hydroxyl group of DHQ. Replacements of P105 with isoleucine and valine, conserved in other DHQDs, caused an approximately 70% decrease in the activity, but replacement of S103 with threonine (CgDHQD^S103T) caused a 10% increase in the activity. Our biochemical studies revealed the importance of key residues and enzyme kinetics for wild type and CgDHQD^S103T, explaining the effect of the variation. This structural and biochemical study provides valuable information for understanding the reaction efficiency that varies due to structural differences caused by the unique sequences of CgDHQD.

• 한국식품과학회지
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• 제26권5호
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• pp.500-506
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• 1994

한우육(1등급), 유우육, 교잡종우육 및 호주산 수입우육의 등심부위를 구입하여 각종의 쇠고기 품질을 비교, 평가하기 위하여 연도, 다즙성 및 풍미에 관련되는 성분을 분석함과 아울러 관능검사를 실시하였다. 풍미에 관련되는 화학적 성분들로서는 비단백태질소, 핵산물질, 지방산, 유리아미노산 등을 분석하였고 쇠고기의 연도 측정을 위해 Hydroxyproline, 보수력, 근내지방함량 분석 및 Instron을 이용한 연도측정을 하였다. 또한 쇠고기의 기호성 및 풍미특성을 비교, 평가하기 위해 주관적 평가방법인 삼점검사와 정량적 묘사분석을 수행하였다. 풍미에 관련되는 비단백태질소, 핵산물질, 지방산, 유리아미노산 등을 분석한 결과, 비단백태질소는 한우육이 가장 낮아 도살후 저장기간이 가장 짧은 것으로 판단되며, 핵산물질은 한우육이 가장 높았다. 유리아미노산 함량은 한우육이 가장 낮았으나 염기성 아미노산과 방향족 아미노산의 상대적 비율은 가장 높았던 반면, 황함유 아미노산의 함량은 수입육이 가장 높았다. TBA가(價)는 한우육이 가장 낮았고, 지방산의 구성을 볼 때 한우육의 불포화지방산 비율은 수입우육이나 유우육보다 높았으나 교잡종우육과는 비슷하였다. 연도는 Instron을 이용한 경도측정에서 수입우육과 교잡종우육이 한우육과 유우육보다 질긴 것으로 나타났으며, 콜라젠 함량은 유우육이 가장 높았고 한우육이 가장 낮았다. 다즙성을 부분적으로 반영하는 보수력은 한우육이 가장 높았고 아울러 pH도 가상 높았다. 근내지방함량도 한우육이 가장 높아 다즙성이 우수한 것으로 판단되었다. 관능검사 결과, triangle test에서는 한우육과 수입우육, 한우육과 교잡종우육, 수입우육과 교잡종우육간의 차이를 관능검사요원들이 구별하였다. 그러나 정량적 묘사분석 결과 다즙성을 제외하고는 냄새, 풍미, 연도에서 품종간 차이가 발견되지 않았다. 한우의 비휘발성 풍미성분은 다른 쇠고기 시료에 비해 높은 경향을 나타냈음에도 불구하고 주관적 기호성 평가에서는 유의차를 나타내지 못했다. 이것은 한국인들이 아직 쇠고기 품질 특성에 대한 객관적 평가기준을 인식하지 못하고 있어 여러가지 쇠고기간의 비교평가는 할 수 있지만, 개별 쇠고기에 대한 절대평가는 제대로 할 수 없다는 것을 보여준다.

• Applied Biological Chemistry
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• 제17권1호
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• pp.63-80
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• 1974

한국산유자(韓國産柚子)의 화학적성분(化學的成分)을 일반성분(一般成分)과 특수성분(特殊成分)으로 구분(區分)하여 일반성분(一般成分)이 관(關)하여는 시기별변화(時期別變化)를 특수성분(特殊成分)은 성숙기유자(成熟期柚子)에 관(關)하여 amino acid vitamin C, 유리당(遊離糖), 유기산(有機酸), 향성분(香成分)등을 분석(分析)하여 시기별성분(時期別成分) 변화(變化)가 식물생리(植物生理)에 미치는 영향(影響)과 식품(食品)의 효과적(效果的) 이용(利用)에 관(關)한 검토결과(檢討結果)는 다음과 같이 요약(要約)된다. 1. 과피(果皮)와 과육(果肉)의 시기별분석결과(時期別分析結果)는 과피율(果皮率)과 과육율(果肉率)를 비교(比較)할때 전자(前者)가 더 크며 지역적(地域的)으로 볼때는 과피율(果皮率)은 도서부(島嶼部)가 내륙지(內陸地)보다 더 크다. 2. 일반성분(一般成分)에 있어서 과피(果皮)에서는 3기(期)까지 수분함량(水分含豊)의 증가(增加)를 보이고 기후(其後) 일정상태(一定狀態)를 유지(維持)하며 조지방(粗脂肪), 섬유질(纖維質), 회분(灰分), 총산(總酸), 가용성무질소물(可溶性無蜜素物)등은 3기(基)까지 감소(減少)하며 환원당(還元糖)은 급증(急增)하고 섬유질(纖維質)과 총산(總酸)은 계속감소(繼續減少)를 보인다. 과육(果肉)에서는 3기(期)까지 수분(水分), 환원당(還元糖)이 증가(增加)하고 조지방(粗脂肪), 섬유질(纖維質), 회분(灰分), 조단백질(粗蛋白質), 가용성무질소물(可溶性無窒素物)등은 3기(期)까지 감소(減少)한다. 3 Vitamin C의 함량(含量)은 과육(果肉) 보다 과피(果皮)에 많고 일본산유자(日本産柚子) 보다 한국산유자(韓國産柚子)에 더 많었다. 4. 유리당(遊離糖)은 xylose, fructose, glucose, sucrose등 4종(種)이 분리검출(分離檢出)되었고 과육(果肉)보다 과피(果皮)에 더 많이함유(含有)되어 있었다. 5. 휘발성유기산(揮發性有機酸)의 함량(含量)은 과육(果肉)보다 과피(果皮)에 더 많고 과피(果皮)에 acetic acid, formic acid, n-valet acid등 3종(種)과 과육(果肉)에 formic acid, acetic acid, propionicacid 등 3종(種)이 분리(分離)되었다. 6. 비휘발성유기산(非揮發性有機酸)의 함량(含量)은 과피(果皮)보다 과육(果肉)에 더 많고 과피(果皮)에 citric acid, glutaric acid, malic acid tartaric acid, oxalic acid, malonic acid, succinic acid와 unknown 1종(種)등 8종(種)이 분리검출(分離檢出)되었고 과육(果肉)에서는 citric acid, malic acid, succinic acid, oxalic acid, glutaric acid, malonic acid등 6종(種)이 분리확인(分離確認)되있다. 7. 향성분(香成分)의 정유중성부(精油中性部)에서 D-limonene, ${\alpha}-pinone$, p-cymene의 3종(種)과 unknown 7종(種)등 10종(種)이 분리검색(分離檢索)되었고 함량(含量)으로 보아 D-limonene이 유자(柚子)의 주향성분(主香成分)인 것으로 생각된다. 8. 식품(食品)의 효율적이용(效率約利用)은 과피(果皮)와 과육(果肉)을 공(共)히 쓸수 있고 미숙과(未熟果)는 citric acid제조용(製造用), 성숙과(成熟果)는 과중제조원료(果汁製造原料)로 쓸수 있다는 것이 상기(上記) 연구결과(硏究結果)에의(依)하여 확인(確認)되었다.

• 한국약용작물학회지
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• 제6권1호
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• pp.21-27
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• 1998

본(本) 실험(實驗)은 자생지(自生地)의 야생(野生)더덕이 가지는 고방향성(高芳香性)의 특성(特性)을 노지재배시(露地栽培時) 재배(栽培)더덕에서도 고방향성(高芳香性)을 갖는 재배기술(栽培技術)을 확립(確立)하기 위하여 몇가지 유기물(有機物)을 시용(施用)하여 더덕의 주요성분(主要成分), 유리(遊離)아미노산(酸) 및 식물정유(植物精油), 향기성분(香氣成分)의 변화(變化)를 검토(檢討)한 결과(結果)는 다음과 같다. 1. 위장(萎長)은 자생지토양(自生地土壤)보다 볏짚퇴비(堆肥)와 활엽수퇴비(闊葉樹堆肥) 시용구(施用區)에서 가장 길었고 엽장(葉長), 엽폭(葉幅) 등(等)은 침엽수(針葉樹)/이끼 堆肥(퇴비) 시용구(施用區)에서 가장 컸다. 2. 조단백질(粗蛋白質) 함량(含量)은 자생지(自生地) 토양(土壤)보다 침엽수(針葉樹) 이끼퇴비(堆肥)와 계분(鷄糞)톱밥 퇴비(堆肥) 시용구(施用區)에서는 낮은 반면에 산야초(山野草) 퇴비(堆肥), 활엽수(闊葉樹) 퇴비(堆肥) 및 볏집 퇴비(堆肥)에서는 높은 함량(含量)을 나타내었고 무기성분(無機成分)인 K와 Mg은 전반적으 볏짚 퇴비(堆肥)와 침엽수(針葉樹) 이끼퇴비(堆肥) 시용구(施用區)에서 높은 함량(含量)을 보였으나, Fe, Mn, Zn, Cu 등(等) 미량원소(微量元素)는 유기물(有機物) 종류간(種類間)에 일정(一定)한 경향(傾向)이 없었다. 3. 유리(遊離) 아미노산(酸) 함량(含量)에서 arginine은 다른 유리(遊離) 아미노산(酸)보다 매우 높았고 활엽수(開葉樹) 퇴비(堆肥) 시용구(施用區)에서 18.99mg으로 가장 높은 함량(含量)을 보였다. 4. 유기물(有機物) 종류(種類)에 따른 식물정유(植物精油) 함량(含量)은 침엽수(針葉樹)/이끼 퇴비(堆肥) 시용구(施用區)에서 는 0.008%로 가장 높은 수율(收率)을 나타내어 자생지(自生地) 유기물(有機物) 자원(資源)과 가장 유사(類似)한 것으로 판단(判斷) 되었다. 5. 더덕 뿌리의 향기성분(香氣成分)을 GC/MS에 의해 분석(分析)한 결과(結果) 총 48종이 확인(確認)되었고 1-hexanol, cis-3-hexenol, trans-2-hexanol 등(等)이 높은 함양(含量)을 보였다. 유기물(有機物) 종류간(種類間)에는 침엽수(針葉樹)/이끼 퇴비(堆肥)에서 주요(主要) 향기성분(香氣成分)인 1-hexanol이 78.62, cis-3-hexenol이 36.65. trans-2-hexanol이 120.41 peak area%를 나타내었으며 이는 향기(香氣)가 높은 자생지(自生地) 토양(土壤)의 1-hexanol이 74.47, cis-3-hexenol이 44.21, trans-2-hexanol이 147.33 peak area%인 것과 유사(類似)하게 높았다.

• Applied Biological Chemistry
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• 제17권3호
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• pp.149-176
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• 1974

팔종(八種)의 치환(置換) diphenyl ether 제초제(除草劑)를 Rayonet 광화학(光化學) 반응기(反應器)를 사용(使用)한 모조환경조건하(模造環境條件下)에서 용액상(溶液相) 광분해(光分解)시켜 그 분해산물(分解産物)에 관(關)하여 연구(硏究)하였다. 시료(試料)로 사용(使用)된 화합물(化合物)들은 300 nm에서 광화학반응(光化學反應)을 일으키기에 충분(充分)한 energy를 흡수(吸收)하였으며 분해산물(分解産物)은 tlc, glc, ir, ms, 그리고 nmr 등(等)에 의(依)하여 확인(確認)하였다. 그 결과(結果)를 요약(要約)하면 C-6989의 용액상(溶液相) 광분해(光分解) : p-nitrophenol이 다량(多量) 생성(生成)됨을 보아 ether결합(結合)의 결렬이 주반응(主反應)이며 치환기(置換基) $NO_2{\rightarrow}NH_2$의 광화학적(光化學約) 환원반응(還元反應)과 $CF_3{\rightarrow}COOH$의 산화반응(酸化反應)도 관찰되었다. p-Nitrophenol의 수중(水中) 광분해(光分解) : quinone(0.28%), hydroquinone(0.66%) 및 p-aminophenol(0.42%)과 비교적(比較的) 소량(少量)의 미지화합물(未知化合物)이 생성(生成)됨을 확인(確認)하였고 모화합물(母化化合物)은 대부분(大部分) 작용(作用)을 받지 않은 채로 존재(存在)하였다. 이들 분해산물(分解産物)의 형성기구(形成機構)는 $n{\rightarrow}{\pi}^*$ 및 여기(勵起)를 거친 nitro-nitrite재배열(再配列) 및 자유기(自由基)에 의(依)한 수소탈취(水素脫取)를 통(通)한 광환원(光還元)으로 추측(推測)되었다. Nitrofen의 용액상(溶液相) 광분해(光分解) : n-hexane중(中)에서는 $NO_2$기(基)의 광환원(光遷元)이 주반응(主反應)이었고 수용액(水溶液) 중(中)에서는 광환원(光遷元) 및 hydroxylation이 ether결합(結合) 결렬 보다 현저하였다. hydroxide ion에 의한 친핵적(親核的) 치환(置換), hydroxyl기(基) 및 소량(少量)이긴 하지만 수소(水素)에 의한 염소(鹽素)의 치환(置換)도 다소 관찰되었다. MO-338의 용액상(溶液相) 광분해(光分解) : n-hexane용액중(中) nitro기(基)의 광환원(光遷元) 반응(反應)과 수용액중(水溶液中)에서의 광환원(光遷元) 및 hydroxylation이 주반응(主反應)이었으며 hydroxyl기(基)와 수소(水素)에 의(依)한 염소(鹽素)의 치환(置換) 및 ether결합(結合)의 결렬도 볼 수 있었다. n-Hexane과 cyclohexane중(中)에서의 MC-4379, MC-3761, MC-5127, MC-6063 및 MC-7181의 광분해(光分解) : nitro기(基)의 광환원반응(光還元反應)과 수소(水素)에 의(依)한 halogen의 치환반응(置換反應)이 주(主)로 일어났다. MC-4379의 수중(水中) 광분해(光分解) : ether결합(結合)의 결렬, hydroxyl기(基)에 의한 carboxymethyl기(基)의 치환(置換), hydroxylation, hydroxyl기(基)에 의한 nitro기(基)의 치환(置換)이 주(主)로 일어났고 광환원(光還元) 및 광염소화반응(光鹽素化反應)도 약간 일어났다. MC-3761의 수중(水中) 광분해(光分解) : ether결합(結合)의 결렬, hydroxyl기(基)에 의한 carboxymethyl기(基)의 치환(置換) 및 hydroxylation이 수반되는 광환원(光還元)이 주반응(主反應)이었다. MC-5127의 수중(水中) 광분해(光分解) : 수소(水素)에 의한 carboxyethyl기(基)의 치환(置換)이 현저 하였고 ether결합(結合)의 결렬, 광환원(光還元) 및 탈염소화반응(脫鹽素化反應)도 약간 관찰되었으며 decarboxyethylation은 decarxy-methylation보다 용이함을 볼 수 있었다. MC-6063의 수중(水中) 광분해(光分解) : ether결합(結合)의 결렬과 탈염소화반응(脫鹽素化反應)이 주(主)로 관찰되었다. MC-7181의 수중(水中) 광분해(光分解) : 수소(水素)에 의한 carboxymethyl기(基)의 치환(置換)과 monodechlorination이 현저하였고 ether결합(結合) 결렬과 hydroxylation도 약간 일어났다. 3-Carboxymethyl-4-nitrophenol의 수중(水中) 광분해(光分解) : 방향족(芳香族) ester에서 흔히 볼 수 있는 광유도(光誘導) Fries rearrangement는 이 화합물(化合物)의 carboxymethyl기(基)에서는 볼 수 없었고 $nitro{\to}nitroso$반응(反應)이 주(主)로 일어났다.

• 생명과학회지
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• 제20권8호
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• pp.1193-1200
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• 2010

상수리 잎을 먹고 자라는 야생견사곤충의 일종인 작잠의 저장단백질인 아릴포린 유전자의 cDNA를 클로닝하고 발육경과에 따른 유전자발현의 양상을 조사 검토하였다. 작잠의 아릴포린 유전자의 cDNA는 2,112 bp의 ORF(open reading frame)를 포함하여 2,234 bp임을 밝혔다. 작잠 아릴포린 유전자의 cDNA염기서열로부터 아미노산 서열을 검토한 결과 방향족 아미노산인 페닐알라닌(phenylalanine)과 티로신(tyrosine)의 성분이 높은 아미노산 서열구조를 보였으며 ORF로부터 계산한 단백질의 분자량은 83,439 Da 이었다.작잠 아릴포린 저장단백질의 아미노산서열을 다른 곤충의 서열과 그 상동성을 비교 분석한 결과 세크로피아잠(H. cecropia)과는 78%, 담배나방의 알파단량체(M. sexta-$\alpha$ subunit)와는 71%, 담배나방의 베타단량체(M. sexta $\beta$-subunit)와는 62% 그리고 가잠(B. mori)과는 64%의 아미노산서열 상동성을 각각 보였다. 또, Northern blot analysis에서 유충 5령기의 중장, 중부 실샘, 후부 실샘에서는 아릴포린 유전자가 발현되지 않고 오로지 지방체 조직에서만 아릴포린 유전자가 발현되었음을 확인하였다. 아릴포린 유전자는 특히 종령인 5령 유충의 초기에 발현강도가 높았으며 중, 후기로 갈수록 그 강도가 감소하였다. 하지만 번데기시기에는 흔적 정도의 해당 mRNA가 검출되었으며, 이와 같이 검출된 mRNA는 불활성화된 것으로 추정된다. 이상의 결과에서 작잠 아릴포린 유전자의 cDNA가 클로닝되었으며, 이 유전자는 유충기특이적 발현 및 지방체 조직특이적 발현양상을 보인 점이 본 연구에서 확인되었다.

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제33권5호
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• pp.1707-1714
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• 2012

Grb2 is an adapter protein involved in the signal transduction and cell communication. The Grb2 is responsible for initiation of kinase signaling by Ras activation which leads to the modification in transcription. Ligand based pharmacophore approach was applied to built the suitable pharmacophore model for Grb2. The best pharmacophore model was selected based on the statistical values and then validated by Fischer's randomization method and test set. Hypo1 was selected as a best pharmacophore model based on its statistical values like high cost difference (182.22), lowest RMSD (1.273), and total cost (80.68). It contains four chemical features, one hydrogen bond acceptor (HBA), two hydrophobic (HY), and one ring aromatic (RA). Fischer's randomization results also shows that Hypo1 have a 95% significant level. The correlation coefficient of test set was 0.97 which was close to the training set value (0.94). Thus Hypo1 was used for virtual screening to find the potent inhibitors from various chemical databases. The screened compounds were filtered by Lipinski's rule of five, ADMET and subjected to molecular docking studies. Totally, 11 compounds were selected as a best potent leads from docking studies based on the consensus scoring function and critical interactions with the amino acids in Grb2 active site.

• 대한화장품학회지
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• 제38권3호
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• pp.263-273
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• 2012

최근 연구에서 잠재적 피부 색소침착 경감제로서 파라-쿠마린산(PCA)의 주목되는 특성이 발견되었다. 본 연구의 목적은 이 물질의 자외선 차단 효과를 탐구하는 것이다. 자외선에 노출된 HaCaT 세포의 생존율에 대한 PCA의 영향을 in vitro에서 조사하고, 자외선 흡수 스펙트럼이 유사한 방향성 아미노산 대사물들의 작용과 비교하였다. In vivo시험으로는 PCA 크림(1.5 %)과 크림 베이스를 SKH-1 무모 쥐의 등 피부에 도포하고 UVB에 의한 염증 반응으로 나타나는 피부색(홍반) 및 두께 변화(부종)를 측정하였다. 크림 도포-자외선 조사는 2일 간격으로 총 12회 반복하였다. HaCaT 세포를 UVB에 노출시켰을 때 광량 의존적으로 세포 생존율이 감소하였다. 자외선 노출(10 mJ $cm^{-2}$)에 의한 세포 생존율감소는 100 ${\mu}M$의 PCA, cinnamic acid, urocanic acid, 그리고 indole acrylic acid에 의해 각각 39, 27, 39, 31 %가 억제되었다. 무모 쥐의 등 부위에 도포된 PCA크림(10 ${\mu}g\;cm^{-2}$)은 자외선(150 mJ $cm^{-2}$)-노출 피부의 색 지수, 즉 $L^*$, $a^*$ 및 $b^*$ 값, 그리고 두께의 변화를 각각 59, 50, 58, 53 %씩 억제하였다. 본 연구의 결과는 PCA의 멜라닌 생성 억제 작용을 밝힌 선행 연구와 함께 PCA가 자외선에 노출된 피부의 색소 이상 침착과 염증 반응을 막아줄 수 있음을 시사하였다.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제24권3호
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• pp.211-216
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• 2009

4,4'-diaminodiphenylmethane (4,4'-MDA)는 일차방향족아민 (primary aromatic amino, PAA)류의 일종으로, 최근 유럽에서는 RASFF를 통하여 나일론 재질의 주방용 국자, 주걱 등에서 4,4'-MDA 이행 사례를 보고하고 있어 국내 유통 합성수지제 조리기구 중 4,4'-MDA 이행량 실태를 조사하였다. 4,4'-MDA의 분석을 위하여 0.3 ppb의 정량한계 및 87.6% 이상의 우수한 회수율을 나타내는 LCMS/MS를 이용한 분석방법을 확립하였다. 식품유사용매 물, 4% 초산, 20% 에탄을 및 n-헵탄에 대하여 4,4'-MDA 이행여부를 조사한 결과, 4% 초산 및 20% 에탄올인 경우에는 분석대상 100 품목 중 나일론 재질 14 품목에서, 물인 경우에는 나일론 재질 11 품목에서 식품유사용매로 4,4'-MDA가 이행되는 것으로 나타났으나, n-헵탄을 사용한 경우에는 1개 품목에서만 미량의 4,4'-MDA가 이행되었다. 이중 유럽연합 기준인 0.01 ppm을 초과하는 제품은 2품목이었다.

• Applied Microscopy
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• 제32권4호
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• pp.411-419
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• 2002

사람의 위암 조직을 미세구조와 metallothionein (MT)에 대한 면역 조직 및 세포화학적 방법으로 조사하였던 바, 다음과 같은 결과를 얻어냈다. 위암 세포들은 핵 세포질비가 정상세포에 비해 크고, 불규칙한 핵과 이질염색질의 분포가 증가하였으며, 세포질내에서 유리리보솜의 분포가 뚜렷이 증가하였다. 면역 조직 및 세포화학적 방법으로 MT의 발현을 조사하였던 결과, 이 단백질은 위암조직의 암세포에서 반응성이 높게 나타났으며, 주로 핵 부위에 집중되는 경향을 보였으며, 특히 이질염색질과 인 부위에서 면역 금입자들이 주로 분포하는 것으로 관찰되었다. 이러한 결과들은 위암 세포의 미세구조가 미분화세포들이 나타내는 일반적인 특징과 비교되었으며, 위암 세포에서 MT가 증가하는 현상은 이 단백질이 세포질에서 합성되어 핵내로 수송된 후, 세포 증식을 위한 전사과정에 관여할 것임을 시사하는 것이다.