• 한국해양바이오학회지
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• 제7권2호
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• pp.42-51
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• 2015

The community structure of cultivable bacteria associated with the marine sponge, Petrosia corticata, collected from Jeju Island in summer (September) of 2012 and winter (January) of 2013, were compared by the PCR-ARDRA method. Bacterial strains were cultured for 4 days at $26^{\circ}C$ on Zobell medium and marine agar medium. After PCR amplification of 16S rRNA gene of individual strains, the restriction enzymes MspI and HaeIII were used to make restriction patterns. As a result, 24 ARDRA patterns from the summer sponge and 20 ARDRA patterns from the winter sponge were obtained. The sequencing result of 1-3 selected strains from each pattern showed over 98% similarities with the known sequences from the public database. At the phylum level, the bacterial community structures of both sponges (summer and winter) were identical qualitatively and composed of 4 phyla : Proteobacteria, Actinobacteria, Bacteroidetes, and Firmicutes. Alphaproteobacteria accounted for 42.5% of total in summer sponge and 25.2% in winter, decreasing in the winter sample. Gammaproteobacteria accounted for 27.5% of total in summer sponge and 35.2% in winter, increasing in the winter sample. At the genus and species level, summer sponge had more diverse bacterial communities than winter sponge. Actinobacteria, Bacteroidetes, and Firmicutes increased in the winter sample.

• Journal of Species Research
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• 제7권2호
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• pp.151-160
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• 2018

Seven bacterial strains, 15J4M-1, 15J13-8, 16MFM10, 15J1-8, SR1-5-4, 15J13-6, and 15J8-11 assigned to the phylum Actinobacteria, Bacteroidetes, and Firmicutes were isolated from soil samples collected from Jeju, Korea. Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequence revealed that strains 15J4M-1, 15J13-8, 16MFM10, 15J1-8, SR1-5-4, 15J13-6, and 15J8-11 were most closely related to Bacillus selenatarsenatis $SF-1^T$ (with 99.4% similarity), Brevibacterium luteolum $CF87^T$ (99.5%), Carnobacterium iners CCUG $62000^T$ (99.6%), Exiguobacterium profundum $10C^T$ (99.3%), Larkinella insperata LMG $22510^T$ (99.3%), Pseudokineococcus lusitanus CECT $7306^T$ (99.4%), and Spirosoma endophyticum $EX36^T$ (99.3%), respectively. This is the first report of these seven species in Korea.

• 미생물학회지
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• 제48권4호
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• pp.328-331
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• 2012

울릉도 연안의 심해(1500 m)에 서식하는 미생물의 다양성을 조사하였다. Ultramembrane filter를 사용하여 해양미생물을 여과한 다음 미생물군집 DNA를 정제하여 16S rDNA를 증폭하였다. Pyrosequencing 방법으로 염기서열을 분석한 결과 총 13,029 reads를 얻었으며, 이중에 54.1%가 uncultured bacteria, 23.4%가 alphaproteobacteria, 22.3%가 gammaproteobacteria이었고 flavobacteria, actinobacteria, epsilonproteobacteria 등이 0.2%이내에서 분포하고 있었다. 울릉도 지역의 해양심층수에서 배양이 가능한 것으로 알려진 미생물로서는 alphaproteobacteria의 Rhodobacteraceae과 (family), gammaproteobacteria의 Alteromonadaceae, Halomonadaceae, Piscirickettsiaceae과가 주로 분포하였다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제14권1호
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• pp.205-211
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• 2004

A 16S rDNA clone library was generated to investigate the bacterial diversity in tidal flat sediment in Ganghwa Island, Republic of Korea. A total of 103 clones were sequenced and analyzed by comprehensive phylogenetic analyses. No clones were identical to any of known 16S rRNA sequences in public databases. Sequenced clones fell into thirteen lineages of the domain Bacteria: the alpha, beta, gamma, delta, and epsilon Proteobacteria, Actinobacteria, CFB group, Chloroflexi, Acidobacteria, Planctomycetes, Verrucomicrobia, and known uncultured candidate divisions (OP11, BRC1, KSB1, and WS1). Two clones were not associated with any known bacterial divisions. The majority of clones belonged to the gamma and delta Proteobacteria (46.7%). Clones of Actinobacteria were distantly related to known taxa. It is evident from 16S rDNA-based community analysis that the bacterial community in tidal flat sediment is remarkably diverse and unique among other marine environments examined so far.

• 미생물학회지
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• 제50권4호
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• pp.376-380
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• 2014

경상북도 영덕군과 포항시에 위치한 해수욕장 주변에서 생활하수나 생활쓰레기 등의 환경조건이 해변모래에 서식하는 미생물 분포에 어떤 영향을 미치는지를 조사하기 위하여, 10월 중순에 12곳의 해변모래를 채취하여 16S rRNA 유전자를 pyrosequencing 방법으로 분석하였다. 해수 부근의 청결한 모래에는 Acidobacteria, 담수 부근의 모래에는 Proteobacteria, 생활하수 부근의 모래에는 Cyanobacteria, 해변공원 부근의 모래에는 Bacteroidetes 그룹이 20-90% 정도로 높게 분포하였고, 생활하수가 해수와 합해지는 해변모래에서는 Actinobacteria, Chlorobi, Deferribacteres, Deinococcus-thermus, Firmicutes, Gemmatimonadetes, Nitrospirae, Verrucomicrobia 그룹이 1-5% 정도로 낮게 분포하였다.

• 미생물학회지
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• 제55권3호
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• pp.278-279
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• 2019

Actinobacteria 문 Beutenbergiaceae 과에 속하는 Miniimonas arenae KCTC $19750^T$는 해양모래에서 분리되었다. 본 연구에서는 KCTC $19750^T$의 비완전 유전체를 보고한다. 본 유전체는 3,402,690 bp의 크기와 73.6%의 평균 G + C 함량을 지니고 있으며, 2,947개의 단백질 코딩 유전자, 2개의 ribosomal RNA 및 44개의 transfer RNA로 구성되어 있다. 또한, 삼투압과 관련된 유전자를 포함하고 있다. 본 유전체 서열의 가용성은 Miniimonas 속의 유일한 구성원으로KCTC $19750^T$에 대한 더 많은 이해를 제공할 것이다.

• Journal of Species Research
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• 제11권4호
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• pp.310-320
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• 2022

As a subset study to discover indigenous prokaryotic species in Korea, we isolated 20 bacterial strains and assigned them to the phyla Actinobacteria, Bacteroidota, Firmicutes, and Proteobacteria. From the high 16S rRNA gene sequence similarity (≥98.7%) and formation of a robust phylogenetic clades, we determined that each strain belonged to independent, predefined bacterial species. There are no official reports of these 20 species in Korea; therefore, 7 strains of the Actinobacteria, 2 strain of the Bacteroidota, 3 strains of the Firmicutes, and 8 strains of the Firmicutes are described in Korea for the first time. Gram reaction, colony and cell morphology, basic biochemical characteristics, and isolation sources are also described in the species description section.

• 한국수자원학회:학술대회논문집
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• 한국수자원학회 2022년도 학술발표회
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• pp.139-139
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• 2022

Nature-based solutions (NBS) involved conservation or rehabilitation of natural ecosystems or the creation of natural processes in modified or artificial ecosystems to mimic natural processes for the improved management of water (UN-Water, 2018). This study investigated the relationship between microbial presence and survival to the pollutant treatment performance of seven different stormwater NBS managing urban stormwater runoff. In this study, seven different stormwater nature-based solution (NBS) was investigated to identify the relationship of microbial community to the pollutant removal performance of stormwater NBS. Based on this study, Proteobacteria was found to be the most dominant microorganism for all stormwater NBS and IS followed by Acidobacteria and Actinobacteria. Acidobacteria, Actinobacteria, Chloroflexi, Gemmatimonadetes, WS3, and AF234118_p were found to have high positive correlation to most pollutant removal efficiency of different stormwater NBS (r-value: 0.62 to 0.68). Using Proteobacteria and Acidobacteria count in stormwater NBS, equations predicting pollutant removal performance were also developed and may be used in minimizing the cost for stormevent monitoring to identify the pollutant removal performance of stormwater NBS.

• 미생물학회지
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• 제55권3호
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• pp.268-273
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• 2019

장 내에 존재하는 microbiome은 생활환경, 나이와 섭취하는 음식물에 따라 변하게 된다. 본논문에서는 모유를 섭취한 영아와 분유를 섭취한 영아들에 대한 장내미생물 군집의 변화를 비교하였다. 미생물의 군집변화를 차세대 염기서열 분석기법을 이용하여 분석하였으며 총 80개의 영아 분변을 통해 미생물 군집변화를 확인하였다. 모유그룹(BIG)과 분유그룹(FIG-A, FIG-B, FIG-C)간의 장내세균의 군집을 비교한 결과 BIG에서는 Actinobacteria 문이 전체 군집의 $74.22{\pm}3.48%$로 우점을 차지하였다. 분유그룹의 Actinobacteria 문을 비교하였을 때 FIG-A는 $73.46{\pm}4.12%$였지만 FIG-B와 FIG-C는 $66.52{\pm}5.80%$와 $68.88{\pm}4.33%$로 BIG와 FIG-A에 비해 낮은 비율을 보였다. 속(genus) 수준에서 살펴보면 Bifidobacterium이 전체 미생물군집에서 가장 높은 비율로 분포하고 있었으며 BIG가 $73.09{\pm}2.31%$로 가장 높았고 FIG-A, FIG-B 및 FIG-C는 각각 $72.25{\pm}4.93%$, $63.81{\pm}6.05%$ 및 $67.42{\pm}5.36%$를 차지하였다. Bifidobacterium 종의 경우 모든 그룹에서 Bifidobacterium longum이 우점을 차지하고 있었으며 BIG와 FIG-A가 전체 군집의 $68.77{\pm}6.07%$와 $66.85{\pm}5.80%$를 차지하였다. 이에 반해 FIG-B와 FIG-C는 각각 $58.94{\pm}6.20%$와 $61.86{\pm}5.31%$로 BIG와 FIG-A보다 낮은 비율로 분포하는 것을 분석하였다. FIG-A가 섭취한 분유는 Bifidobacterium의 선택적 증식이 우수하다고 알려진 갈락토올리고당, 갈락토실락토스, 시너지올리고당, 비피도올리고 및 장내균총개선소재를 혼합한 5-Bifidus factor 복합물이 포함되어 있다. 이와 같은 5-Bifidus factor라는 유산균에 대한 증식능이 우수한 프리바이오틱스를 혼합하였기 때문에 모유를 섭취한 영아의 장내에 존재하는 Bifidobacterium 속의 군집과 유사하게 나타난 것으로 판단된다.

• 환경생물
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• 제28권4호
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• pp.223-230
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• 2010

제주도 연안해역 4개 지역(한림, 애월, 신촌, 함덕) 해수의 온도, 염분농도, 용존산소량(DO), 화학적 산소요구량(COD), 부유물질(SS), 암모니아성 질소($NH_3-N$), 질산성 질소($NO_3-N$) 및 아질산성 질소($NO_2-N$)와 같이 다양한 이화학적 특성을 확인하였다. 해수의 평균 온도는 $26.23{\sim}28.6^{\circ}C$, 염분농도는 31.4~32.88‰, pH는 8.15~8.35, COD는 0.48~0.91 mg $L^{-1}$, DO는 6.78~6.87 mg $L^{-1}$로 나타났다. 해수에서 분리된 해양방선균은 총 52종으로 제주시 동부지역(A, B)에서는 24균주, 서부지역(C, D)은 28균주가 분리되었다. 분리된 해양방선균은 16S rRNA 염기서열 분석을 이용하여 최종적으로 동정되었으며, 염기서열 정보를 기초로하여 유사도(similarity)를 조사하였다. 분리된 방선균의 16S rRNA 염기서열 분석을 통하여 계통 분류학적으로 어떤 division에 속하는지를 확인하여 본 결과 제주도 제주시 동부지역(Site A, B) 해양에서 분리된 방선균 24균주는 Gram positive bacteria (division)/Actinobacteria (class)/Actinomycetales (order)/Streptomy-cineae (suborder)/Streptomycataceae (family)/Streptomyces(genus)에 22 균주, Actinomycetales (order)/Streptosporangineae (suborder)/Nocardiopsaceae (family)/Nocardiopsis (genus)에 2 균주가 분리되었다. 제주시 서부지역(Site C, D) 해양에서 분리된 방선균 28균주는 Gram positive bacteria (division)/Actinobacteria (class)/Actinomycetales (order)/Streptomycineae (suborder)/Streptomycataceae (family)/Streptomyces (genus)에 27균주, Actinomycetales (order)/Streptosporangineae (suborder)/Nocardiopsaceae (family)/Nocardiopsis (genus)에 1균주가 분리되었다.