Chloroplast genomes of two morphologically similar species, Viola selkirkii and V. ulleungdoensis, were compared. For this comparison, three individuals of V. selkirkii from Ulleung-do Island (UE), Jeju-do Island (JJ), and Hwacheon-gun (HC) and one of V. ulleungdoensis from UE were collected. According to chloroplast genome sequencing of V. selkirkii and V. ulleungdoensis, their genomes were found to contain 156,774-157,454 and 157,575 bp, respectively, and a total of 111 genes. In the comparison of the three V. selkirkii individuals, V. selkirkii obtained in UE was distinguished from those of the other regions of HC and JJ, and in the comparison of the three V. selkirkii individuals and one V. ulleungdoensis individual, V. selkirkii obtained from UE and V. ulleungdoensis were distinguished from the species in the other regions. In addition, a phylogenetic analysis revealed that 32 taxa of Viola formed a monophyletic group (bootstrap support [BS] = 100). The four Viola individuals used in this study (three V. selkirkii and one V. ulleungdoensis) formed a monophyletic group (BS = 100), which was further divided into two subclades. One subclade comprised V. selkirkii found in UE and V. ulleungdoensis, whereas the other subclade comprised V. selkirkii found in HC and JJ. These results support the view of prior studies that V. selkirkii growing in UE and V. ulleungdoensis are the same species.
울릉도에서 제비꽃속의 신종인 울릉제비꽃(Viola ulleungdoensis M. Kim & J. Lee)을 새로이 발견하여 기재하였다. 분자생물학적인 결과는 울릉제비꽃이 근연종들과 구별되는 신종임을 지지해 주었다. 울릉제비꽃은 무경종이고 측화판 기부에 털이 없으며 엽병과 화경에 털이 없어 뫼제비꽃과 유사하다. 그러나 울릉제비꽃은 부정아가 없고 개화 후 잎이 커지며 식물체가 크고 저지대에서 자라는 반면에, 뫼제비꽃은 부정아가 있고 개화 후 잎이 커지지 않으며 식물체가 작고 고지대에서 자라 두 종이 뚜렷하게 차이가 난다.
뫼제비꽃(Viola selkirkii)의 엽록체 DNA 염기서열을 차세대염기서열분석법(NGS)을 이용하여 분석하였다. 재료는 강원도 화천군 일산과 제주도 한라산의 2개체를 사용하였다. 분석결과, 염기서열의 길이는 일산의 뫼제비꽃이 156,774 bp (GC content: 36.30%), 한라산의 뫼제비꽃이 157,451 bp(GC content: 36.30%)로 한라산 개체가 길게 분석되었다. 구간별로 LSC(Large single copy)지역은 한라산 개체(85,950 bp)가 일산 개체(85,930 bp)보다 20 bp 길었으며, SSC(Small single copy)지역은 한라산 개체(17,261 bp)보다 일산 개체가 17,982 bp로 길게 분석되었다. IR(Inverted repeat)지역은 한라산 개체가 27,120 bp로 일산 개체(26,431 bp)보다 길게 분석되었다. 이러한 염기서열 길이의 차이는 종내 개체 간 빈번하게 발생하는 현상으로 IGS와 intron 구간에서 확인 된 단순반복서열의 일부 누락과 IR지역 내의 수축과 확장에 의한 것으로 판단된다. 뫼제비꽃 2개체의 엽록체 게놈을 구성하는 유전자 수는 총 111개로 동일하였으며, protein coding gene 77개, tRNA(transfer RNA) gene 30개, 그리고 rRNA (ribosomal RNA) gene 4개로 구성되어 있었다. 이는 기 발표된 엽록체 DNA 전체 염기서열이 밝혀진 제비꽃속 (Viola) 종류들과 동일한 결과이다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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