• 제목/요약/키워드: Vector Analysis

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EZH2-Mediated microRNA-139-5p Regulates Epithelial-Mesenchymal Transition and Lymph Node Metastasis of Pancreatic Cancer

  • Ma, Jin;Zhang, Jun;Weng, Yuan-Chi;Wang, Jian-Cheng
    • Molecules and Cells
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    • 제41권9호
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    • pp.868-880
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    • 2018
  • Pancreatic cancer (PC) is one of the most aggressive cancers presenting with high rates of invasion and metastasis, and unfavorable prognoses. The current study aims to investigate whether EZH2/miR-139-5p axis affects epithelial-mesenchymal transition (EMT) and lymph node metastasis (LNM) in PC, and the mechanism how EZH2 regulates miR-139-5p. Human PC and adjacent normal tissues were collected to determine expression of EZH2 and miR-139-5p, and their relationship with clinicopathological features of PC. Human PC cell line was selected, and treated with miR-139-5p mimics/inhibitors, EZH2 vector or shEZH2 in order to validate the regulation of EZH2-mediated miR-139-5p in PC cells. Dual-luciferase report gene assay and chromatin immunoprecipitation assay were employed to identify the relationship between miR-139-5p and EZH2. RT-qPCR and Western blot analysis were conducted to determine the expression of miR-139-5p, EZH2 and EMT-related markers and ZEB1/2. Tumor formation ability and in vitro cell activity were also analyzed. Highly-expressed EZH2 and poorly-expressed miR-139-5p were detected in PC tissues, and miR-139-5p and EZH2 expressions were associated with patients at Stage III/IV, with LNM and highly-differentiated tumors. EZH2 suppressed the expression of miR-139-5p through up-regulating Histone 3 Lysine 27 Trimethylation (H3K27me3). EMT, cell proliferation, migration and invasion were impeded, and tumor formation and LNM were reduced in PC cells transfected with miR-139-5p mimics and shEZH2. MiR-139-5p transcription is inhibited by EZH2 through up-regulating H3K27me3, thereby down-regulation of EZH2 and up-regulation of miR-139-5p impede EMT and LNM in PC. In addition, the EZH2/miR-139-5p axis presents as a promising therapeutic strategy for the treatment of PC.

수도권 주택가격 결정요인 변화 연구 (Variation of Determinant Factor for Seoul Metropolitan Area's Housing and Rent Price in Korea)

  • 이경애;박상학;김용순
    • 토지주택연구
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    • 제4권1호
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    • pp.43-54
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    • 2013
  • 본 연구는 글로벌 금융위기 이후 침체양상을 지속하고 있는 수도권 주택시장과 관련하여, 금융위기 이후 주택가격 결정요인의 변화를 벡터오차수정(VAR)모형을 통해 분석하였다. 글로벌 금융위기가 발생한 2008년 3분기를 기준으로 이전과 현재까지로 거시경제변수와 주택가격변수간의 동태적 관계를 보기 위해 충격반응도와 분산분해 분석을 실시하였다. 분석결과를 정리하면 먼저 수도권 주택매매가격의 경우 금융위기 이후에 전세가격과 주택매매가격 자체의 변화에 의해 더 영향을 받는 것으로 나타난 반면, 금융위기 이전에 주택매매가격에 미치는 영향력이 큰 것으로 나타났던 종합주가지수와 국고채 수익률은 금융위기 이후 영향력이 사라진 것으로 나타났다. 한편, 수도권 주택전세가격의 경우 금융위기 이전과 이후 모든 기간에서 다른 변수들보다 주택매매가격과 주택전세가격 자체의 영향력이 크게 나타난 가운데, 금융위기 이전에는 종합주가지수와 생산자물가가 영향을 미치고 실질GDP는 별다른 영향을 주지 못했다면, 금융위기 이후에는 역으로 실질GDP의 영향력이 크게 나타났고 생산자물가와 종합주가지수는 별다른 영향을 미치지 못하는 것으로 분석되었다. 이와 같이 경제불안의 지속으로 인해 수도권 주택매매 및 전세가격은 실질GDP와 같은 실물경기에 더 크게 영향을 받게 된 것으로 판단된다. 따라서 최근의 주택가격의 하락은 유럽재정위기 등으로 인해 지속되고 있는 국내경제 불확실성을 감안할 때 회복세는 크게 제한될 것으로 보이며, 향후 주택경기를 활성화시키기 위해서는 금융 및 공급규제 완화 등의 대책보다는 경제활성화를 통한 구매력 제고에 집중할 필요가 있을 것이다.

Identification and Expression of the cym, cmt, and tod Catabolic Genes from Pseudomonas putida KL47: Expression of the Regulatory todST Genes as a Factor for Catabolic Adaptation

  • Lee Kyoung;Ryu Eun-Kyeong;Choi Kyung-Soon;Cho Min-Chul;Jeong Jae-Jun;Choi Eun-Na;Lee Soo-O;Yoon Do-Young;Hwang In-Gyu;Kim Chi-Kyung
    • Journal of Microbiology
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    • 제44권2호
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    • pp.192-199
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    • 2006
  • Pseudomonas putida KL47 is a natural isolate that assimilates benzene, 1-alkylbenzene $(C_1-C_4)$, biphenyl, p-cumate, and p-cymene. The genetic background of strain KL47 underlying the broad range of growth substrates was examined. It was found that the cym and cmt operons are constitutively expressed due to a lack of the cymR gene, and the tod operon is still inducible by toluene and biphenyl. The entire array of gene clusters responsible for the catabolism of toluene and p-cymene/p-cumate has been cloned in a cosmid vector, pLAFR3, and were named pEK6 and pEK27, respectively. The two inserts overlap one another and the nucleotide sequence (42,505 bp) comprising the cym, cmt, and tod operons and its flanking genes in KL47 are almost identical (>99 %) to those of P. putida F1. In the cloned DNA fragment, two genes with unknown functions, labeled cymZ and cmtR, were newly identified and show high sequence homology to dienelactone hydrolase and CymR proteins, respectively. The cmtR gene was identified in the place of the cmtI gene of previous annotation. Western blot analysis showed that, in strains F1 and KL47, the todT gene is not expressed during growth on Luria Bertani medium. In minimal basal salt medium, expression of the todT gene is inducible by toluene, but not by biphenyl in strain F1; however, it is constantly expressed in strain KL47, indicating that high levels of expression of the todST genes with one amino acid substitution in TodS might provide strain KL47 with a means of adaptation of the tod catabolic operon to various aromatic hydrocarbons.

대두 원형질체와 형질전환된 담배에서의 대두 glycinin 유전자 Gy2 promoter의 발현조절 기작 (Analysis of the Glycinin Gy2 Promoter Activity in Soybean Protoplasts and Transgenic Tobacco Plants)

  • 김수정;이지영;김정호;최양도
    • Applied Biological Chemistry
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    • 제38권5호
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    • pp.387-392
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    • 1995
  • 대두 glycinin 유전자의 조직 특이적이고 분화 발달 특이적인 발현 조절 메카니즘을 연구하기 위하여 Gy2 유전자의 5' upstream 부위 염기서열을 조사한 결과, glycinin 유전자의 발현을 조절하는 인자로 여겨지는 여러 가지 조절 인자들을 발견하였다. 진핵세포 유전자에 공통적으로 존재하는 TATA box와 AGGA box가 존재하고, 종자 저장 단백질에서 공통적으로 발견되는 embryo factor binding sequence, RY repeat CACA sequence, ${\beta}$-conglycinin enhancer 와 유사한 sequence 등이 발견되었다. 이러한 조절 요소들이 Gy2 유전자의 발현 조절에 미치는 영향을 알아보기 위해 Gy2유전자의 5' upstream부위를 Exo III nuclease와 여러가지 제한효소를 이용하여 일련의 deletion mutants를 제조한 후 GUS 유전자와 결합시켰다. 이들 여러가지 chimeric constructs를 대두 원형질체에 전입하고 원형질체로부터 추출물을 분리하여 GUS 활성을 조사한 결과, $-28l{\sim}-223$ 혹은 $-l70{\sim}-122$ 부위를 포함하였을 경우 활성이 감소하였고, $-223{\sim}-170$ 혹은 $-l22{\sim}-16$ 부위를 포함하였을 경우 활성이 높게 나타났다. 이러한 Gy2 유전자의 이중적인 발현 양상은 glycinin 유전자의 발현조절에 음성 조절 요소와 양성 조절 요소가 관여하고있다는 사실을 제시해 주고 있다. 또한 이들 여러가지 chimeric constructs로 형질 전환된 담배의 종자와 잎에서 GUS활성을 조사한 결과, CaMV promoter를 포함하는 chimeric construct는 종자와 잎에서 모두 활성을 나타냈으나, Gy2 Promoter를 포함하는 chimeric constructs는 종자에서만 GUS 활성을 나타내고 잎에서는 활성이 나타나지 않는 조직 특이적인 발현 양상을 나타내었다.

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환경서비스업과 물류서비스업의 예측 및 인과성 검정 (Prediction and Causality Examination of the Environment Service Industry and Distribution Service Industry)

  • 선일석;이충효
    • 유통과학연구
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    • 제12권6호
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    • pp.49-57
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    • 2014
  • Purpose - The world now recognizes environmental disruption as a serious issue when regarding growth-oriented strategies; therefore, environmental preservation issues become pertinent. Consequently, green distribution is continuously emphasized. However, studying the prediction and association of distribution and the environment is insufficient. Most existing studies about green distribution are about its necessity, detailed operation methods, and political suggestions; it is necessary to study the distribution service industry and environmental service industry together, for green distribution. Research design, data, and methodology - ARIMA (auto-regressive moving average model) was used to predict the environmental service and distribution service industries, and the Granger Causality Test based on VAR (vector auto regressive) was used to analyze the causal relationship. This study used 48 quarters of time-series data, from the 4th quarter in 2001 to the 3rd quarter in 2013, about each business type's production index, and used an unchangeable index. The production index about the business type is classified into the current index and the unchangeable index. The unchangeable index divides the current index into deflators to remove fluctuation. Therefore, it is easy to analyze the actual production index. This study used the unchangeable index. Results - The production index of the distribution service industry and the production index of the environmental service industry consider the autocorrelation coefficient and partial autocorrelation coefficient; therefore, ARIMA(0,0,2)(0,1,1)4 and ARIMA(3,1,0)(0,1,1)4 were established as final prediction models, resulting in the gradual improvement in every production index of both types of business. Regarding the distribution service industry's production index, it is predicted that the 4th quarter in 2014 is 114.35, and the 4th quarter in 2015 is 123.48. Moreover, regarding the environmental service industry's production index, it is predicted that the 4th quarter in 2014 is 110.95, and the 4th quarter in 2015 is 111.67. In a causal relationship analysis, the environmental service industry impacts the distribution service industry, but the distribution service industry does not impact the environmental service industry. Conclusions - This study predicted the distribution service industry and environmental service industry with the ARIMA model, and examined the causal relationship between them through the Granger causality test based on the VAR Model. Prediction reveals the seasonality and gradual increase in the two industries. Moreover, the environmental service industry impacts the distribution service industry, but the distribution service industry does not impact the environmental service industry. This study contributed academically by offering base line data needed in the establishment of a future style of management and policy directions for the two industries through the prediction of the distribution service industry and the environmental service industry, and tested a causal relationship between them, which is insufficient in existing studies. The limitations of this study are that deeper considerations of advanced studies are deficient, and the effect of causality between the two types of industries on the actual industry was not established.

도심 무선채널의 실측데이터를 이용한 적응 섹터 셀 시스템의 성능분석 (A Performance Analysis of an Adaptive Sector Cell System using the Measured Urban Wireless Channel Data)

  • 고학림;박병훈;이종헌
    • 융합신호처리학회논문지
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    • 제9권1호
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    • pp.24-30
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    • 2008
  • 본 논문에서는 섹터의 트래픽 부하를 균일하게 유지시킴으로써 기지국 시스템의 전체 용량을 효과적으로 활용하기 위한 적응섹터 씬 시스템의 성능을 실제 이동통신 채널환경에서 측정한 채널 데이터를 이용하여 분석하였다. 측정은 채널 환경이 다른 여러 지점에서 1.95GHz의 QPSK 신호를 전송하였고, 높은 건물이 많은 대도시 환경의 건물옥상에 $8{\times}4$ 배열 안테나를 설치하여 전송된 신호를 수신하였다. 또한 수신된 데이터를 분석하여 각 사용자 신호의 도달각 분산 및 시간지연 분산과 전체 사용자에 대한 공간 분포 확률을 추정하였으며, 이를 결합하여 실제의 전파 환경과 유사한 벡터 채널 모델링을 제안하였다. 우리는 제안한 공간 분포 모델링을 이용하여 적응 섹터 셀 시스템 사용 시의 호 차단율의 개선정도를 분석하였으며, 컴퓨터 모의실험 결과 적응 섹터 셀 시스템의 호 차단율이 고정 섹터 셀 시스템의 비해 크게 낮음을 알 수 있었다. 그리고 고정 섹터 셀 시스템의 경우에는 사용자 신호의 공간 분포 밀집도가 높을수록 호 차단율이 크게 증가하는데 비해, 적응 섹터 셀 시스템의 경우 호 차단율의 변화는 크지 않음을 알 수 있었다.

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Bacillus thuringiensis 살충성 결정단백질 유전자(cry II A)의 형질전환 식물 제작 (Generation of Transgenic Plant (Nicotiana tabacum var. Petit Havana SR1) harboring Bacillus thuringiensis Insecticidal Crystal Protein Gene, cry II A)

  • 이정민;류종석;권무식
    • 식물조직배양학회지
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    • 제24권5호
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    • pp.305-311
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    • 1997
  • Bacillus thuringiensis는 그람 양성 토양 세균으로 포자형성시 결정화된 내포체를 형성하는데, 이 내포체를 구성하는 결정단백질은 각 곤충에 대하여 특이적인 독성을 나타낸다. 살충성 결정단백질 중 Cry II A 결정단백질은 인시류와 쌍시류 곤충에 모두 특이적으로 작용한다. 결정단백질은 살충제로서 불안정하고 포장에서 지속성이 낮은 단점을 가지고 있으므로, 본 연구에서는 Cry II A 결정단백질 유전자가 형질전환된 담배 식물을 제작하고자 하였다. cry IIA 유전자가 삽입된 벡터를 대장균에 형질전환한 후, 알칼리 용액에 대한 용해도의 차이를 이용하여 Cry II A 결정단백질(70 kDa)을 분리하였고, 분리한 Cry II A 결정단백질을 trypsin 처리하여 활성화된 Cry II A (50 kDa)를 확인하였다. 식물 형질전환을 위하여 두 개의 CaMV 35S promoters에 의해 발현이 조절되는 식물 발현 벡터에 cry II A 유전자를 클로닝 하였다. 이 식물 발현 벡터를 Agrobacterium을 이용한 엽편형질 전환을 통해 담배(N. tabacum var. Petit Havana SRI)에 형질전환 시켰으며, 재분화 과정을 거쳐 여섯 개체의 형질전환 식물체를 얻었다. Southern blot을 통하여 분석한 결과 세 개체 내에 cry II A 유전자가 존재하였는데, 한 개체에는 하나의 cry II A 유전자가, 또 한 개체에는 두 개의 cry II A 유전자가, 다른 한 개체에는 잘려진 형태의 cry II A 유전자가 존재함을 확인할 수 있었다. 본 연구를 통하여 얻어진 cry II A 형질전환 식물체는 살충성 검정 등을 거친 후 내충성 식물 생산 및 후대 유전 양상 분석을 위한 기초 자료로 이용될 수 있을 것이다.

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Agrobacterium tumefaciens에 의한 양황철나무의 형질전환(形質轉換) 요인(要因) (Factors Effecting Agrobacterium Mediated Transformation and Regeneration of Populus nigra × P. maximowiczii)

  • 박용구;신동원;김정희
    • 한국산림과학회지
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    • 제79권3호
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    • pp.278-284
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    • 1990
  • 우리나라에서 육성(育成)한 교잡종(交雜種)인 양황철나무에 대해 A. tumefaciens strain 6044(pGA472)에 대한 감염력(感染力)을 조사(調査)하였다. 침으로 자극(刺戟)한 양황철나무 잎에서 callus유발은 MS-2, 4-D 0.5 mg/l-BA 0.1 mg/l 배지에서 높게 나타났으며, 줄기는 MS-2, 4-D 0.1 mg/l-BA 0.2 mg/l 배지에서 많이 발생하였다. 형질전환(形質轉換)에 사용(使用)한 A. tumefaciens strain 6044는 AB 액체배지에서 OD 0.5 일때 접종하였는데 이때 박테리아의 농도(濃度)는 1ml당 $4{\times}10^8$개 였다 기내배양(器內培養)한 양황철나무옆에 대한 kanamycin 감수성(感受性)을 조사(調査)한 결과(結果) 10 mg/l에서 심한 생장(生長) 장애(障碍) 현상(現象)을 나타내어 식물체(植物體) 재분화(再分化)가 일어나지 않았다. 침으로 자극한 양황철나무 잎은 A. tumefaciens 6044와 공배양(共培養)한 후 carbenicillin 300 mg/l와 cefotaxime 200 mg/l에서 엽표면에 붙어 있는 박테리아를 제거하였다. 공배양(共培養)한 잎은 kanamycin 10 mg/l가 첨가된 배지(培地)에서 재분화(再分化)되었으며, 줄기 재분화율(再分化率)은 약 10%에 달했다.

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솔수염하늘소(Monochamus alternatus) 성충의 형태 측정과 암수 구분 (Adult Morphological Measurements: An Indicator to Identify Sexes of Japanese Pine)

  • 이상명;정영진;김동수;최광식;김영걸;박정규
    • 한국응용곤충학회지
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    • 제43권1호
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    • pp.85-89
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    • 2004
  • 2001년부터 2002년까지 소나무재선충의 매개체인 솔수염하늘소 성충의 생체중과 체장, 체폭, 두폭, 더듬이의 길이 및 색깔 등을 조사하였다. 소나무재선충에 감염되어 고사된 소나무를 일정한 길이로 잘라 우화망실 안에 두고 우화하는 솔수염하늘소 성충을 채집하여 조사하였다. 분산분석결과 생체중, 체장, 체폭의 측정치는 암컷이 수컷보다 높았고, 두폭은 암수간에 차이가 없었으며, 촉각의 길이는 수컷이 더 길었다. 암컷(n=563)과 수컷(n=601)의 평균 생체중은 각각 0.305g과 0.277g, 체장은 20.97mm와 19.93mm 체폭은 6.52mm 와 6.18mm, 두폭은 3.78 mm와 3.70mm, 촉각의 길이는 31.19mm와 45.49mm이었다. 촉각의 길이나 체장과 촉각 길이의 비율은 암수간에 중복되는 범위가 많아서 이것을 기준으로 암수를 구분할 수는 없었다. 그러나 성충(n=4,033) 촉각의 털 색깔을 조사한 결과, 예외 없이 암컷 촉각의 모든 편절 마디의 기부쪽 절반 정도가 회백색의 미모로 덮여 있으나, 수컷 촉각의 편절 마디는 전체적으로 흑갈색의 미모로 덮여 있었기 때문에, 이 특징으로 암수를 쉽게 구분할 수 있었다.

Daisdzein이 Benzo(k)fluoranthene에 의한 CYP1B1 유전자조절 작용에 미치는 영향 (Effect of Daisdzein on the Benzo(k)fluoranthene Regulated CYP1B1 Gene Expression)

  • 서미정;김여운;신윤용
    • 한국환경성돌연변이발암원학회지
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    • 제24권4호
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    • pp.198-205
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    • 2004
  • Cytochrome P4501B1(CYP1B1) is known to be inducible by xenobiotic compounds such as policyclic aromatic hydrocarbon(PAH) and dioxins such as 2,3,7,8-tetrachloro-dibenzo-p-dioxin(TCDD). And these induction of CYP1B1 is also regulated by many categories of chemicals. In order to investigate the effects of several chemicals on CYP1B1 gene expression in Hepa-I and MCF-7 cells, 5' flanking DNA of human CYP1B1 was cloned into pGL3 basic vector containing luciferase gene, and then transfected into these cells. After treatment of chemicals, the luciferase activity was measured. CYP1B1 enzyme metabolize PAHs and estradiol. CYP1B1 metabolize estradiol to 4-hydrozyestradiol that is considered as carcinogenic metabolite. Recent industrialized industrialized society, human has been widely been exposed to widespread environmental contaminants such as PAHs(polycyclic aromatic hydrocarbon) that are originated from the imcomplete combustion of hydrocarbons. PAHs are known to be ligands of the AhR(aryl hydrocarbon receptor). Induction of cytochrome P4501B1(CYP1B1) in cell culture is widely used as a biomarker for PAHs. Therefore we have studied the effect of PAHs in the human breast cancer cells MCF-7 to evaluate bioactivity of PAHs. We have used the United State of America EPA selected 13 different PAHs, PAHs mixtures and extracts from environmental samples to evaluate the bioassay system. We examined effects of PAHs on the CYP1B1-luciferase reporter gene and CYP1B1 mRNA level. Benzo(k)fluoranthene and dibenzo(a, h)anthracene showed strong response to CYP1B1 promoter activity stimulation, and also CYP1B1 mRNAs increase in MCF-7 cells in a concentration-dependent manner. RT-PCR analysis indicated that PAHs significantly up-regulate the level of CYP1B1 mRNA. Some flavonoids such as genistein, daidzein, chrysin, naringenin and morin were also investigeted. These flavonoids decreased B(k)F infuced luciferase activity at low concentration. But, these flavonoids exhibited stimulatory effect at high concentration.

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