• 분석과학
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• 제6권4호
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• pp.383-390
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• 1993

지방족 카르복실산류, 방향족화합물류 및 알킬벤젠류에 대하여 역상 HPLC에서의 용출예측 방법을 검토하였다. 용출 파라미터로서 분자 크기를 나타내는 Van der Waasls 부피와 log k'와의 상관성을 검토한 결과, 양호한 직선성을 얻을 수 있었다. 용리액의 조성을 변화시키면서 또는 분리컬럼 온도를 변화시키면서 지방족 카르복실산류, 방향족화합물류 및 알킬벤젠류에 대하여 검토한 결과, acetonitrile이 log k'와 Van der Waals 부피와의 상관성이 가장 좋았다. 본 방법을 이용하여 역상 HPLC system에서 Van der Waasls 부피가 40~250 사이의 유기화합물들의 용출을 예측할 수 있었다. 각 용매의 용출력 세기는 methanol

• 대한화학회지
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• 제46권6호
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• pp.545-549
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• 2002

고분자액체에 대한 이론들은 많은 경우 cell, hole, free volume 또는 lattice 등의 개념에 근거를 두고 있다. 여기에 van der Waals 포텐셜이나 Lennard-Jones 6-12포텐셜 또는 이를 개선한 형태의 포텐셜을 보통 사용되고 있다. 본 연구에서는 고분자 액체를 설명?求?성공적인 이론으로 알려져 있는 격자유체이론에서 불연속적 격자를 고전적으로 연속적으로 격자로까지 확장한 연속격자유체이론과 Flory의 상태방정식이론을 개선한 Dee-Walsch의 Cell 이론에 각각 Mie(p,6)포텐셜을 적용하여 반발포텐셜항의 지수 p에 따른 PVT 값을 계산하여 실험값과 비교를 하였다. 또한 격자유체이론, Flory의 상태방정식이론, 섭동법을 이용한 Cho-Sanchez 이론의 계산값과도 비교를 하였다. 계산결과를 통하여 고분자액체에 대한 포텐셜로 Van der Waals 포텐셜, Lennaed-Jones 6-12 포텐셜, Mie(p,6)포텐셜들을 비교하였다.

• 대한화학회지
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• 제44권6호
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• pp.587-591
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• 2000

고분자액체의 상태방정식을 구하기 위하여 많은 이론들이 제안되어 왔다. 이론들의 대부분은 cell, hole, free volume 또는 lattice 등의 개념에 근거를 두고 있다. 가장 성공적인 이론중의 하나로 평가받고 있는 것이 free volume의 개념을 근거로 한 Flory의 상태방정식 이론이다. 본 연구에서는 Flory 이론에서 사용한 van der Waals 포텐셜을 수정하여 새로운 상태방정식을 만들었다. 계산결과 새로운 상태방정식은 Flory 이론보다 PVT 실험값과 더 잘 일치함을 알 수 있었다.

• 약학회지
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• 제53권5호
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• pp.281-285
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• 2009

The retention of solutes in reversed-phase high-performance liquid chromatography depends on their hydrophobicity. Although the retention behaviors of alkyl benzenes have been reported so far, quite a few authors have mentioned the retention behavior of alkyl benzenes with plural hydrophobicity parameters. In this sense, we were interested in the retention behaviors of alkyl benzenes having benzene moiety and increasing alkyl chain. In this study, we therefore investigated the retention behavior of alkyl benzenes in reversed-phase high-performance liquid chromatography in order to obtain information concerning the effects of the aromatic moiety and the carbon chain on the retention mechanism by comparing their capacity factor (k') in relation to the carbon chain length. The eluent acetonitrile ($CH_3CN$) showed high selectivity on alkyl benzenes, showing the high difference of capacity factor (${\Delta}log\;k'$) between toluene and octyl benzene. Indeed, the ${\Delta}log\;k'$ of 80% $CH_3CN$ represented 1.42- and 4.25-times longer than 90% MeOH and 60% THF, respectively. The hydrophobicity parameters, van der Waals volume, bond constant, partition constant, $\pi$-energy effect and enthalpy were evaluated with the capacity factor (k') of alkyl benzenes eluted on 80% CH3CN, 90% MeOH and 60% THF, respectively. The best eluent for predicting retention behavior of alkyl benzenes was 90% MeOH ($R^2$ 0.999). The three parameters, van der Waals volume, bond constant and partition constant were well coincident to log k' by increasing alkyl benzenes. However, $\pi$-energy effect and enthalpy were severely disagreeable. Taken together, van der Waals volume, bond constant and partition constant were a reliable parameters to predict the retention behaviors of alkyl benzenes on reversed-phase column.

• 정보처리학회논문지A
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• 제19A권4호
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• pp.169-174
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• 2012

본 논문에서는 주어진 단백질 분자에 대해 3차원 보로노이 다이어그램을 계산하는 알고리즘을 제안한다. 분자는 반경이 서로 다른 구의 집합으로 표현되며, 각 구의 반경은 원자의 반데르바스 (van der Waals) 반경에 대응한다. 보로노이 다이어그램은 3차원 공간을 복셀(voxel)의 집합으로 분할한 뒤, 보로노이 다이어그램을 포함하는 복셀을 보수적으로 추출함으로써 구성된다. 분자의 계층적 성질을 이용하여 BVH(bounding volume hierarchy)를 구성하고, CUDA 프로그래밍을 통하여 그래픽 하드웨어 가속을 활용함으로써 계산 시간 효율성을 높인다. 공간이 최대 $2^{24}$개의 복셀로 분할될 경우, 단일 코어 CPU로 구현하는 알고리즘에 비해 계산 속도가 323배 가량 향상 되었다.

• Applied Biological Chemistry
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• 제46권4호
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• pp.280-284
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• 2003

농업용 살균제와 살충제로서의 활용성 진단과 예측평가 자료로 사용하기 위하여 상용화 된 살균제 133품목과 살충제 152품목의 활성 성분들에 대하여 소수성(LogP), 쌍극자능율(DM), HOMO 및 LUMO 에너지, molar refractivity(MR), polarizability(Pol), van der Waals 분자 표면적 및 부피(Vol), 분자량 및 수화 에너지(hydralion energy) 등, 10 가지의 다양한 물리-화학 파라미터들을 계산하였다. 그리고 살균제와 sterol 생합성 저해제 (DMI: demethylation inhibitor) 및 살충제와 acetylcholine esterase 저해제(AChE)이 가지는 특정한 물리-화학 파라미터들의 범위 값을 설정하였다. 그 결과에 기초하여 다양한 화합물들이 작물 보호제로서 살균제와 살충제로의 활용 가능성이 예측될 것으로 판단되었다.

• 대한화학회지
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• 제57권5호
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• pp.540-546
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• 2013

van der Waals식의 자유부피항, 강체구형입자에 대한 Carnahan-Starling식, 용액의 논랜덤 혼합을 고려한 Wilson식, NRTL식과 본 연구자의 식등을 사용하여 기체에 대한 여러 개의 새로운 상태방정식을 만들었다. 이 식들을 이용하여 순수 기체에 대한 압축인자를 계산하였고 이를 실험적인 Nelson-Obert 압축인자도표와 비교하였다. 분자의 논랜덤 분포를 고려하여 유도된 상태방정식들이 랜덤분포를 가정한 상태방정식보다 더 좋은 결과가 나왔다. 이를 통하여 분자의 논랜덤 분포가 상태방정식에 상당한 영향을 미친다는 것을 알 수 있다.

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제17권2호
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• pp.147-152
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• 1996

To see the quantitative relationship between the structures of the C-7 substituted quinolones and their antibacterial activities, theoretical parameters such as the molecular van der Waals volume, surface area and some electrostatic parameters based on the molecular electrostatic potential, which represent lipophilicity, and some quantum mechanical parameters are introduced as descriptors. The sixteen substituted quinolone derivatives and twenty bacteria are used for the study. It is found that the QSARs of C-7 substituted quinolones are obtained for eleven bacteria and our descriptors are more useful for Gram positive organisms than negative ones. It is also shown that molecular surface area (or molecular Waals volume) of the C-7 substituent and net charge of C-7 atom of the quinolones are the descriptors of utmost importance.

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제34권6호
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• pp.1643-1650
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• 2013

A non linear QSAR model was constructed on a series of 57 xanthone and curcuminoide derivatives as ${\alpha}$-glucosidase inhibitors by back-propagation neural network method. The neural network architecture was optimized to obtain a three-layer neural network, composed of five descriptors, nine hidden neurons and one output neuron. A good predictive determination coefficient was obtained (${R^2}_{Pset}$ = 86.7%), the statistical results being better than those obtained with the same data set using a multiple regression analysis (MLR). As in the MLR model, the descriptor MATS7v weighted by Van der Waals volume was found as the most important independent variable on the ${\alpha}$-glucosidase inhibitory.

• BMB Reports
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• 제28권4호
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• pp.363-367
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• 1995

E. coli methionyl-tRNA synthetase is one of the class I tRNA synthetases. The Tryptophane residue at the position 461 located in the C-terminal domain of the enzyme is a key amino acid for the interaction with the anticodon of $tRNA^{Met}$. W461 was replaced with other amino acids to determine the chemical requirement for the interaction with the anticodon of $tRNA^{Met}$. Saturation mutagenesis at the position 461 generated a total of 12 substitution mutants of methionyl-tRNA synthetase. All the mutants showed the same in vivo stability as the wild-type enzyme, suggesting that the amino acid substitutions did not cause severe conformational change of the protein The mutants containing tyrosine, phenylalanine, histidine and cysteine substitutions showed in vivo activity while all the other mutants did not. The comparison of the in vitro aminoacylation activities of these mutants showed that aromatic ring structure, Van der Waals volume and hydrogen bond potential of the amino acid residue at the position 461 are the major determinants for the interaction with the anticodon of $tRNA^{Met}$.