• 제목/요약/키워드: VP7 gene sequencing

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국내에서 분리된 소 로타바이러스의 VP7 유전자 크로닝 및 염기서열 분석 (Cloning and nucleotide sequence analysis of VP7 genes of bovine rotaviruses isolated in Korea)

  • 강신영;전성진;장경옥;박용하;김원용
    • 대한수의학회지
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    • 제37권2호
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    • pp.367-374
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    • 1997
  • Bovine rotaviruses(A, 288, 55086 strains) isolated from fecal samples in Korea were propagated onto MA104 cells and were confirmed tentatively as G6, G8, and G10, respectively, by RFLP analysis. Full-length VP7 gene of these isolates was amplified by reverse transcriptase polymerase chain reaction(RT-PCR) using VP7 specific primers and cloned into TA vector. Nucleotide and deduced amino acid sequences of VP7 genes of the isolates were determined and compared with those of bovine rotavirus reference strains(NCDV; G6, UK; G6, Cody I-801; G8 and B223; G10). A, 288 and 55086 isolates showed high degree of nucleotide sequence homology with NCDV and UK(93% and 94%), Cody I-801(86%) and B223(97%), respectively, However, they showed 71~74% of nucleotide sequence homlogy with bovine rotavirus reference strains which belong to different serotypes. From the results of deduced amino acid sequence homology analysis, three isolates showed 94~96% of homology with the same serotype reference strains but 80~84% of homology with the different serotype reference strains. Three bovine rotavirus isolates, A, 288 and 55086 strains, were confirmed as G6, G8, and G10, respectively, by nucleotide and deduced amino acid sequence analysis.

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급성 호흡기 감염으로 입원한 소아에서 분리된 보카바이러스의 계통분석 (Phylogenetic Analysis of Human Bocavirus in Hospitalized Children with Acute Respiratory Tract Infection in Korea)

  • 안종균;최성열;김동수;김기환
    • Pediatric Infection and Vaccine
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    • 제19권2호
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    • pp.71-78
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    • 2012
  • 목적: 보카바이러스는 2005년 소아의 비인두 흡입물에서 처음으로 발견된 호흡기 바이러스로서 현재 전세계적으로 발견되고 있고 국내에서도 보카바이러스 호흡기 감염증이 보고되고 있다. 이번 연구는 중합효소 연쇄 반응(PCR)을 이용한 보카바이러스의 분리 및 유전자 분석을 통하여 2010년 국내에서 유행하였던 보카바이러스의 계통 및 유전적 변이를 알아보고자 하였다. 방법: 2010년 1월부터 2010년 12월까지 세브란스 어린이병원에 하기도 감염증으로 입원한 소아에서 비인두 흡입 검체를 채취하였다. 다중 중합효소 연쇄 반응을 이용하여 12종의 바이러스에 대한 분자진단이 이루어졌고 이 중 보카바이러스 양성인 검체에 대하여 보카바이러스 1-4형에 특이적인 VP1/2 유전자 염기서열을 기반으로 하는 시발체를 이용한 중합효소 연쇄 반응을 시행하여 얻은 증폭산물의 염기서열분석을 확인하여 계통 분석을 시행하였다. 결과: 전체 953명의 소아 중 141명(14.8%)에서 보카바이러스가 검출되었고, 61.7%에서 다른 바이러스와의 중복감염을 보였다. 염기서열분석 결과 모두 보카바이러스 1형으로 확인되었고 보카바이러스 2, 3, 4형은 검출되지 않았다. 검출된 모든 보카바이러스의 염기서열들은 98% 이상의 염기유사도를 보였다. 결론: 2010년 국내에서 유행한 보카바이러스 호흡기 감염은 유전학적으로 모두 보카바이러스 1형에 의한 것이었고, 동정된 균주들은 높은 염기유사도를 보였다. 아직까지 국내에서 보카바이러스의 변이는 미미한 상태이지만 향후 보카바이러스 호흡기 감염의 유행시 지속적인 유전자형의 추적관찰이 필요하다.

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부산지역에서 분리된 엔테로바이러스의 유행양상 분석 및 유전자형 연구 (Genetic Characterization for Human Enterovirus Isolated from Busan Region in Korea)

  • 김남호;민상기;박은희;박연경;권순목;진성현
    • 생명과학회지
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    • 제20권6호
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    • pp.907-913
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    • 2010
  • 부산지역에서 2007년부터 2009년까지 3년 동안 임상적으로 HEV 의심 환자 검체 총 2,743건(대변 1,503건, 뇌척수액 1,213건, 인후도찰물 27건)의 검체 중 240건(8.7%)에서 HEV가 검출되었다. 연도별로는 2007년에는 HEV 감염의심 환자 검체 1,001건에서 86건(8.6%)에서 HEV가 분리되었고, 2008년의 경우 979건 중 85건(8.7%), 2009년 763건 중 69건(9.0%)이 분리되었다. 본 연구에 사용된 검체 2,743건 중 1,315건이 6월부터 9월까지 4개월간 의뢰되어 전체 의뢰건수의 48.0%를 차지하였다. HEV는 5월부터 분리율이 증가하기 시작해서 6월(15.5%), 7월(15.8%), 8월(15.3%)에 높게 나타나 HEV 분리가 하절기에 집중되어 나타난 것을 확인할 수 있었다. 검사건수 별 양성률은 남자 9.5%, 여자 8.7%로 성별에 따른 분리율의 차이를 찾기는 어려웠으며, 대부분 10세 이하의 연령에서 바이러스가 분리되었다. 분리된 HEV 분리주들에 대하여 VP1 region sequencing을 통하여 HEV의 유전형을 확인하여 HEV-A와 HEV-B 두 종류의 유전자형이 부산지역에서 유행하였음을 확인하였다. HEV-A의 부산지역 분리주 31주를 이용하여 상동성 비교분석을 실시한 결과 분리주 31주 사이에 21.8~100%의 상동성을 보였으며, HEV-B의 부산지역 분리주 41주를 이용하여 상동성 비교분석을 실시한 결과 분리주 41주 사이에 56.0~100%의 상동성 보여 최근 3년간 부산지역에 분리된 HEV 혈청형들 사이에 상동성의 차이를 보이는 결과를 확인 할 수 있었으며, 이를 볼 때 부산지역에서 유행하는 HEV 내에 상당한 정도의 유전자 변이를 추정해 볼 수 있었다.

소아청소년기 중추신경 감염의 주요 원인으로서 Human Parechovirus의 의의 (Human Parechovirus as an Important Cause of Central Nervous System Infection in Childhood)

  • 정현주;최은화;이환종
    • Pediatric Infection and Vaccine
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    • 제23권3호
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    • pp.165-171
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    • 2016
  • 목적: Human parechovirus (HPeV)는 영아에서 중추신경계 감염 및 패혈증의 주요한 원인의 하나로 최근에 새로이 주목받고 있는 바이러스이다. 그러나, 영아 이후 시기에 발병하는 HPeV 감염에 대한 연구나 보고는 거의 없다. 본 연구는 소아기 전 연령대에 걸친 HPeV의 국내 유병률 및 그 임상적 특징을 알아보고자 하였다. 방법: 2013년 1월부터 2014년 7월까지 발열 혹은 수막염 의심 증상으로 서울대학교병원에 내원하여 뇌척수액 검사를 시행 받은 소아의, 보호자 서면 동의를 얻어 수집한 잉여 뇌척수액 검체를 대상으로 하였다. 뇌척수액 검체에서 HPeV 특이 5' untranslated region을 역전사 중합효소연쇄반응(reverse transcription polymerase chain reaction)으로 증폭하여 HPeV 감염을 진단하고, HPeV의 viral protein 3/1 (VP3/VP1) region의 염기서열을 분석하여 유전자형을 확인했다. 이들의 임상 및 진단검사적 특징을 후향적 의무기록분석을 통해 평가하고, 같은 시기에 뇌척수액 GeneXpert (Cepheid)검사로 진단된 장바이러스(enterovirus [EV]) 수막염 환자군과 비교하였다. 결과: 총 102개의 뇌척수액 검체를 분석하였다. 이 중 HPeV 양성인 검체는 6개(5.9%)였고, 21개의 EV양성 검체 중 2개에서 HPeV가 함께 검출되었다. HPeV는 2013년 6월과 2014년 5월에서 7월 사이에 수집된 검체에서 나타났고, 모두 HPeV3형이었다. HPeV 양성인 환자 중 2명이 3개월 이하의 영아였고, 나머지 4명은 1세 이상이었다(19-180개월). 1세 이하의 HPeV 환자들은 특별한 신경학적 증상 없이 발열과 같은 비특이적 증상을 보였으나, 1세 이상의 HPeV 환자들에서는 발열과 함께 뇌전증, 의식소실과 같은 중증 신경학적 증상이 동반되었다. EV 양성인 뇌척수액 검체의 대다수(73.7%)에서 뇌척수액 내 백혈구 증다증이 관찰된 반면, HPeV의 경우 연령 대비 정상 범위를 보였다. 결론: HPeV에 의한 중추신경 감염증은 주로 3개월 이하의 영아에서 호발하는 것으로 알려져 있으나, 본 연구에 의하면 영아기 이후의 소아청소년에서도 HPeV 감염이 발생할 수 있다. 특히, 영아기 이후의 소아청소년에서 신경학적 증상을 동반한 발열이 있으나 정상 뇌척수액 검사 소견을 보이는 경우 HPeV를 병원체의 하나로 고려할 필요가 있겠다. 국내 소아 전반에 있어서 HPeV 감염의 역학과 임상적 특징을 밝히기 위해 향후 추가 연구가 필요하다.

제주도 소아에서 2000년 4월부터 6월까지 발생한 장 바이러스 감염의 임상 양상 및 장 바이러스 71형 감염의 특징 (Clinical Characteristics and Epidemiology of Nonpolioenteroviral infections, including Enteroviruis 71 in Children in Jeju-do, Korea between April and June 2000)

  • 윤소희;김의종;홍정연
    • Pediatric Infection and Vaccine
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    • 제16권1호
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    • pp.73-79
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    • 2009
  • 목 적: 장 바이러스 감염은 소아에서 중요한 바이러스 감염중 하나이며 우리 나라에서도 최근 장 바이러스 71형의 감염이 산발적으로 보고되고 있기에 장 바이러스 감염 환아들의 임상양상을 분석하고, 또한 그 중 장 바이러스 71감염으로 확인된 환아들의 임상양상과 장 바이러스 71형이 아닌 장 바이러스 감염 환아들의 임상양상을 비교 분석하고자 하였다. 방 법: 2000년 4월 1일부터 6월 30일까지 제주의료원 소아과 외래를 방문하거나 입원한 소아 239명을 대상으로, 바이러스를 확인하기 위하여 바이러스 배양검사와 RT-PCR 방법을 사용하였고 EV71 확인을 위해서 VP1 유전자의 유전자 분석을 시행하였다. 환자들의 의무기록 분석을 통하여 성별, 연령, 발병 시기 및 임상 양상을 조사하였고 환자들을 주된 진단명에 따라 A군(피부 발진이나 구협염 등의 장 바이러스 감염 증세를 보이면서 식욕부진, 복통, 구토와 설사등 급성 위장관염 증세가 주된 환자들), B군(피부 발진이나 구협염 등의 장 바이러스 감염 증세를 보이면서 하기도 감염 증세가 주된 환자들), C군(상기도 감염증세와 함께 구내 궤양이나 피부 발진 등을 보이는 환자들), D군(주로 두통, 마비, 수막염 증세 등 신경학적 증상을 보이는 환자들)으로 나누어 임상양상을 분석하였다. 결 과: 전체 87명 중 A군은 16명(18%), B군은 21명(24 %), C군은 42명(48%), D군은 8명(9%)이었으며 전체(87명)적으로 포진성 구협염은 63명(71%), 발진은 40명(46%), 발열 증상은 50명(57%)에서 있었고 평균 발열 기간은 3.3일이었다. 장 바이러스 71형 양성 반응 환자 11명에서 A군이 1명, B군이 2명, C군 7명, D군이 1명이었으며 피부 발진 8명(73%), 포진성 구협염 9명(82%), 발열 증상이 8명(73%)로 나타났고 평균 발열기간은 2.71일이었다. 위장관 증상은 8명(73%)에서 나타났고 신경학적 증상을 보인 환자는 2명 있었다. 결 론: 2000년 4월부터 6월까지 3개월 동안 제주도 소아에서 발생한 장 바이러스 감염은 특징적인 장바이러스 감염의 임상 소견을 보인 수족구병이나 구협염 및 무균성 수막염 외에도 하기도 감염, 급성 위장관염, 등과 함께 많은 경우에 동반되었다. 장바이러스 중 심한 중추신경계 감염으로 치명적인 결과를 자주 초래하는 EV71 감염도 드물지 않게 관찰되었으나 다른 장바이러스 감염과의 임상양상의 중증도에는 차이를 보이지 않는 특징을 보였다.

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