• Genomics & Informatics
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• 제14권1호
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• pp.34-40
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• 2016

Due to advances in omics technologies, numerous genome-wide studies on human samples have been published, and most of the omics data with the associated clinical information are available in public repositories, such as Gene Expression Omnibus and ArrayExpress. While analyzing several public datasets, we observed that errors in gender information occur quite often in public datasets. When we analyzed the gender description and the methylation patterns of gender-specific probes (glucose-6-phosphate dehydrogenase [G6PD], ephrin-B1 [EFNB1], and testis specific protein, Y-linked 2 [TSPY2]) in 5,611 samples produced using Infinium 450K HumanMethylation arrays, we found that 19 samples from 7 datasets were erroneously described. We also analyzed 1,819 samples produced using the Affymetrix U133Plus2 array using several gender-specific genes (X (inactive)-specific transcript [XIST], eukaryotic translation initiation factor 1A, Y-linked [EIF1AY], and DEAD [Asp-Glu-Ala-Asp] box polypeptide 3, Y-linked [DDDX3Y]) and found that 40 samples from 3 datasets were erroneously described. We suggest that the users of public datasets should not expect that the data are error-free and, whenever possible, that they should check the consistency of the data.

• Clinical and Experimental Reproductive Medicine
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• 제33권4호
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• pp.253-263
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• 2006

목 적: 본 연구에서는 EST Clustering 방법을 이용하여 이전의 연구에서 발굴한 B357 EST의 염기서열을 포함하는 유전자를 동정하고, 이 유전자의 발현을 생쥐의 난소와 정소를 포함한 여러 가지 조직들에서 살펴보고자 하였다. 연구방법: EST Clustering으로 얻어진 전체 염기서열을 5-day-ovary-specific gene-1 (5DOS1)이라고 명명하여 GenBank에 등록하였으며 (AY751521), northern blotting, real-time RT-PCR, in situ hybridization, western blotting, immunohistochemistry 등의 방법을 이용하여 생쥐 난소와 고환의 발달단계에 따라 그 발현양상을 관찰하였다. 결 과: 5DOS1의 전사체는 성장한 정소, 뇌, 근육에서 높게 발현하였으며, 난소의 경우에서는 원시난포시기부터 모든 난자에서 발현하였으며 특히 생후 5일째 높게 발현하였고 그 이후로는 점차 감소하였다. 반면 정소의 경우는 발달과 함께 계속 증가하였으며, 정모세포를 제외한 모든 발달단계별 정자에서 발현함을 관찰하였다. 결 론: 본 연구결과는 5DOS1에 대한 발견과 동정에 대한 첫 보고로써, 유전자 및 단백질이 생쥐의 난소 및 정소의 생식세포에서 발현하는 것을 관찰하였다. 앞으로 생식세포 발생 및 분화에 관련된 5DOS1의 기능에 대한 심층 연구가 더 필요하다고 사료된다.

• 생명과학회지
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• 제17권5호
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• pp.664-670
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• 2007

프로폴리스는 꿀벌에 의해 생산되는 천연물질로서, 항미생물, 항산화, 항암 활성이 있는 것으로 알려져 있다. 그러나 프로폴리스에 의한 방사선 방어효과에 대한 특성은 잘 연구되지 않았다. 마우스 정소조직을 대상으로 프로폴리스에 의한 방사선 방어효과를 연구하기 위하여, 프로폴리스를 섭식시키거나 복강 투여한 후 각각 방사선을 조사한 후, 마우스의 정소조직을 광학현미경과 전자현미경을 통해 관찰하였다. 그 결과 방사선에 의해 유도된 세포의 변형이 프로폴리스에 의해 회복됨을 알 수 있었다. 또한 이러한 방사선 회복 효과의 분자기전을 이해하고자 DNA microarray 실험을 수행하였다. 그 결과 방사선만 조사한 마우스에 비해 방사선과 프로폴리스를 동시에 처리한 마우스의 정소에서 2배 이상 증가되는 유전자 65개를 선별하였고, 반대로 2배 이상 감소되는 유전자 진4개를 선별하였다. 이중에서 각각의 유전자군에서 2개의 유전자를 선별하여 RT-PCR을 수행하여 마이크로어레이 결과를 검증하였다. 이러한 결과들은 마우스 모델에서 프로폴리스에 의한 방사선 방어효과의 분자기전을 이해하는데 도움이 될 것으로 기대된다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제25권6호
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• pp.758-763
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• 2012

As a member of a subclass of immunophilins, it is controversial that FKBP38 acts an upstream regulator of mTOR signaling pathway, which control the process of cell-growth, proliferation and differentiation. In order to explore the relationship between FKBP38 and mTOR in the Cashmere goat (Capra hircus) cells, a full-length cDNA was cloned (GenBank accession number JF714970) and expression pattern was analyzed. The cloned FKBP38 gene is 1,248 bp in length, containing an open reading frame (ORF) from nucleotide 13 to 1,248 which encodes 411 amino acids, and 12 nucleotides in front of the initiation codon. The full cDNA sequence shares 98% identity with cattle, 94% with horse and 90% with human. The putative amino acid sequence shows the higher homology which is 98%, 97% and 94%, correspondingly. The bioinformatics analysis showed that FKBP38 contained a FKBP_C domain, two TPR domains and a TM domain. Psite analysis suggested that the ORF encoding protein contained a leucine-zipper pattern and a Prenyl group binding site (CAAX box). Tissue-specific expression analysis was performed by semi-quantitative RT-PCR and showed that the FKBP38 expression was detected in all the tested tissues and the highest level of mRNA accumulation was detected in testis, suggesting that FKBP38 plays an important role in goat cells.

• 한국어병학회지
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• 제16권2호
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• pp.111-118
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• 2003

Androgen plays an important role in the regulation of gonadotropin production in vertebrates . We have investigated the transcriptional pattern of androgen receptor (AR) in a variety of tissues in maturing male and female goldfish by RT-PCR. Specific primer for AR was designed based on goldfish AR gene from the GenBank (accession number AY090897). AR was shown 10 be maturity- and tissue-dependent gene expression pattern in goldfish. In immature male goldfish, significantly higher transcript level of AR was observed in the pituitary und testis , compared [0 brain and liver. Mature male goldfish showed a similar expression pattern to immature male goldfish. Interestingly. when compare to male goldfish, female goldfish showed AR mRNA expression that was found 10 be weak in pituitary, and very low expression in brain. They could not be found 10 have expression in any other tissues. Taken together. the- transcriptional analysis of AR depending on the tissue, sex. and maturity of a goldfish provides the opportunity for the study of goldfish reproductive physiology ,The results provided for the first time a comparison of the tissue distribution of AR mRNA in sexually maturating male and female goldfish.

• 한국발생생물학회지:발생과생식
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• 제4권2호
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• pp.231-236
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• 2000

Gonadotropin-releasing hormone (GnRH)과 그 수용체가 흰쥐의 난소, 정소, 자궁, 태 반 그리고 유선 등의 생식기관에서 발현됨이 알려져 있다. 더욱이, 뇌하수체 전엽에 작용하는 GnRH의 표적 산물로 알려진 luteinizing hormone (LH)이 흰쥐 생식소에서도 발현됨이 알려졌는데, 이는 생식소 내에 GnRH-LH로 이루어진 국부 회로 (local circuit)가 존재함을 시사하는 것이다 본 연구는 LH와 그 수용체 유전자가 흰쥐 유선에서도 발현되는가를 규명한 것이다. 이를 위해 reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR)과 LH 방사면역측정법 (radioimmunoassay, RIA)을 사용하였다. RT-PCR을 시행한 결과 생식 주기중인 임신하지 않은 흰쥐 유선에서 뇌하수체 유형의 LH${\beta}$ 전사체 (exon 1-3)가 증폭되었으나 정소특이적 LH${\beta}$ exon 부분은 검출되지 않았다. 뇌하수체 glycoprotein hormone에서 공통적으로 존재하는 ${\alpha}$-subunit과 LH 수용체에 대한 전사체 역시 흰쥐 유선에 존재함이 확인되었다. 또한 기존의 보고에서 수유중인 흰쥐 유선에서만 발현된다고 알려진 GnRH가 임신하지 않은 흰쥐 유선에서도 발현됨을 확인하였다. LH 방사면역측정법을 시행한 결과 흰쥐 유선조직 추출물에서 immunoreactive LH분자들이 검출되었으며, LH standard curve와 parallelism을 보이므로 흰쥐 유선의 LH가 뇌하수체 형과 동일할 가능성을 확인하였다. 본 연구는 흰쥐 유선에서 LH subunit들과 수용체 유전자가 발현됨을 최초로 보고한 것으로서, 흰쥐 유선이 LH의 생성처이면서 동시에 작용처이며 유선에서 합성된 GnRH의 조절하에 국부적인 인자로 작용할 가능성을 시사한다.

• Clinical and Experimental Reproductive Medicine
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• 제26권2호
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• pp.157-161
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• 1999

Recent studies clearly demonstrated that the novel expression of LH gene in the rat testis, and suggested the local action of the LH-like molecule. The present study was performed to analyze the expression of LH genes in the rat accessory reproductive organs. Expression of LH subunit genes in the rat uterus and epididymis was demonstrated by reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) and specific LH radioimmunoassay (RIA). The $LH_{beta}$ transcripts in these organs contained the published cDNA structure, the pituitary type exons 1-3, which encoded the entire $LH_{beta}$ polypeptide. Presence of the transcripts for the ${\alpha}$-subunit in the rat reproductive tissues were also confirmed by RT-PCR. In the LH RIA, significant levels of LH were detected in crude extracts from the rat ovary, uterus and epididymis. The competition curves with increasing amount of tissue extracts were parallel with those of standard peptide, indicating that the immunoreactive LH-like materials in these tissues are similar to authentic pituitary LH molecule. In rat epididymis, the highest amount of immunoreactive LH was detected in corpus area. Our findings demonstrated that the genes for LH subunits are expressed in the rat accessory reproductive organs, and suggested that these extrapituitary LH may act as a local regulator with auto and/or paracrine manner.

• 한국동물번식학회:학술대회논문집
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• 한국동물번식학회 2004년도 춘계학술발표대회
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• pp.196-196
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• 2004

By use of RT-PCR coupled with DHPLC technique (WAVE analysis), pattern of isoforms of porcine cytochrome P450 aromatase gene was investigated. Relatively higher expression of aromatase mRNA was observed in testis than in ovary and this result accounted for the previous findings of higher blood estrogen level in male compared with female in this species. (omitted)

• 한국동물번식학회:학술대회논문집
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• 한국동물번식학회 2002년도 춘계학술발표대회 발표논문초록집
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• pp.97-97
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• 2002

Achieving of in vitro development for mammalian premature spermatogenic cells are very difficult. In-vitro culture of spermatogenic cells were then initiated in an effort to try to study in vivo spermatogenesis and to understand its molecular events. Recently, the morphogenetic changes of spermatocytes or spermatid by in-vitro culture system were achieved. (omitted)

• Journal of Gastric Cancer
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• 제5권3호
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• pp.180-185
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• 2005

목적: 정상세포와는 달리 종양세포에서만 비교적 특이적으로 발현되는 것을 tumor specific antigens이라고 하며 대표적인 것은 악성흑색종에서 처음 발견된 MAGE (melanoma antigen)가 있다. 위암조직에서의 MAGE subtype의 발현율은 약 $20{\sim}40%$ 정도로 알려져 있는데 진행성 위암은 전체적으로 예후가 불량하기 때문에 면역치료법과 같은 새로운 치료법을 고려해 볼 수 있다. 본 연구에서는 술 후에 얻은 정상 및 암 조직에서의 MAGE의 발현정도를 각 subtypes에 공통으로 존재하는 유전자를 Primers로 이용하여 조사하였다. 대상 및 방법: 내시경에서 진행성 암으로 진단된 후 수술받은 환자 53명을 대상으로 하였으며, 수술 중 절제된 위에서 정상조직과 암 조직을 얻어 $-70^{\circ}C$에서 보관하였다. 환자는 남자가 35명, 여자가 18명이었고 이들의 평균 연령은 57세였다. 보관된 조직에서 m-RNA를 분리한 후 RT-PCR과 nested PCR로 MAGE의 발현여부를 알아보았다. 기존에 알려진 MAGE gene의 subtypes에 공통으로 존재하는 oligonucleotides를 일차 primers로 이용하여 증폭시켰다. 그 후 또 다른 primers를 이용한 nested RT-PCR을 시행하여 각 조직에서의 발현율을 조사하였다. 결과: 위암환자에서 53예의 암조직 중 13개(24.5%)에서 MAGE gene이 양성으로 나왔고 정상조직에서는 MAGE gene이 모두 음성이었다. 위암의 조직형, ABO type, CEA, CA19-9와 cancer의 위치와는 상관관계가 없었다. 결론: 위암환자의 $20{\sim}30%$에서 MAGE gene이 발현되었으며, 이에 MAGE gene을 이용한 면역치료법의 시도가 필요 할 것으로 생각한다.