• 식물분류학회지
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• 제38권3호
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• pp.251-270
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• 2008

한국산 족도리풀속 식물을 분류학적으로 재검토하여 7종으로 정리하였다. 이 중 한국 특산종은 Asarum glabrata, A. koreanum, A. maculatum, A. patens, A. versicolor 의 5종이었다. 족도리풀속 식물을 구분하는 유용한 형질은 악통과 악편의 형태, 크기 및 색깔이었으며, 잎 표면의 흰색 반점 유무, 잎의 크기, 색깔 및 두께, 모용의 존재, 주두 돌기의 형태 및 크기, 그리고 악편의 두께 등도 유용한 형질임이 확인되었다. 정확한 종동정을 위해 종검색표와 각 분류군의 기재 및 화부구조의 도해를 제시하였다.

• International journal of advanced smart convergence
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• 제8권3호
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• pp.115-122
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• 2019

Recent and ongoing discoveries of mycoviruses with new properties demand the development of an appropriate research infrastructure to analyze their evolution and classification. In particular, the discovery of negative-sense single-stranded mycoviruses is worth noting in genome types in which double-stranded RNA virus and positive-sense single-stranded RNA virus were predominant. In addition, some genomic properties of mycoviruses are more interesting because they have been reported to have similarities with the pathogenic virus family that infects humans and animals. Genetic information on mycoviruses continues to accumulate in public repositories; however, these databases have some difficulty reflecting the latest taxonomic information and obtaining specialized data for mycoviruses. Therefore, in this study, we developed a bioinformatics-based pipeline to efficiently utilize this genetic information. We also designed a schema for data processing and database construction and an algorithm to keep taxonomic information of mycoviruses up to date. The pipeline and database (termed 'mycoVDB') presented in this study are expected to serve as useful foundations for improving the accuracy and efficiency of future research on mycoviruses.

• Mycobiology
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• 제50권1호
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• pp.55-65
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• 2022

Lichen is a symbiotic mutualism of mycobiont and photobiont that harbors diverse organisms including endolichenic fungi (ELF). Despite the taxonomic and ecological significance of ELF, no comparative investigation of an ELF community involving isolation of a pure culture and high-throughput sequencing has been conducted. Thus, we analyzed the ELF community in Parmotrema tinctorum by culture and metabarcoding. Alpha diversity of the ELF community was notably greater in metabarcoding than in culture-based analysis. Taxonomic proportions of the ELF community estimated by metabarcoding and by culture analyses showed remarkable differences: Sordariomycetes was the most dominant fungal class in culture-based analysis, while Dothideomycetes was the most abundant in metabarcoding analysis. Thirty-seven operational taxonomic units (OTUs) were commonly observed by culture-and metabarcoding-based analyses but relative abundances differed: most of common OTUs were underrepresented in metabarcoding. The ELF community differed in lichen segments and thalli in metabarcoding analysis. Dissimilarity of ELF community intra lichen thallus increased with thallus segment distance; inter-thallus ELF community dissimilarity was significantly greater than intra-thallus ELF community dissimilarity. Finally, we tested how many fungal sequence reads would be needed to ELF diversity with relationship assays between numbers of lichen segments and saturation patterns of OTU richness and sample coverage. At least 6000 sequence reads per lichen thallus were sufficient for prediction of overall ELF community diversity and 50,000 reads per thallus were enough to observe rare taxa of ELF.

• Journal of Ecology and Environment
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• 제46권2호
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• pp.126-135
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• 2022

Background: Pollinators are important ecological elements due to their role in the maintenance of ecosystem health, wild plant reproduction, crop production and food security. The pollinator-plant interaction supports the preservation of plant and animal populations and it also improves the yield in pollination dependent crops. Having knowledge about the plant-pollinator interaction is necessary for development of pesticide risk assessment of pollinators and conservation of endangering species. Results: Traditional methods to discover the relatedness of insects and plants are based on tracing the visiting pollinators by field observations as well as palynology. These methods are time-consuming and needs expert taxonomists to identify different groups of pollinators such as insects or identify flowering plants through palynology. With pace of technology, using molecular methods become popular in identification and classification of organisms. DNA metabarcoding, which is the combination of DNA barcoding and high throughput sequencing, can be applied as an alternative method in identification of mixed origin environmental samples such as pollen loads attached to the body of insects and has been used in DNA-based discovery of plant-pollinator relationship. Conclusions: DNA metabarcoding is practical for plant-pollinator studies, however, lack of reference sequence in online databases, taxonomic resolution, universality of primers are the most crucial limitations. Using multiple molecular markers is preferable due to the limitations of developed universal primers, which improves taxa richness and taxonomic resolution of the studied community.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제39권3호
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• pp.99-113
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• 2023

The nudibranch is one of the most colorful gastropod species found in oceans worldwide. Unlike many other gastropod groups, the nudibranch loses an external shell in the adult stage, but instead develops various chemical defense systems. More than 2,500 nudibranch species have been reported worldwide, and 73 species are currently recorded in Korean waters. In this study, we present morphological descriptions, DNA barcode information of mtDNA cox1 sequence, and taxonomic review for five nudibranch species: Apata pricei (MacFarland, 1966), Doto rosacea Baba, 1949, Janolus toyamensis Baba and Abe, 1970, Polycera abei (Baba, 1960), and Trinchesia sibogae (Bergh, 1905). Of these, we also provide in-depth discussion of taxonomic issue of A. pricei that was previously subdivided into two subspecies, A. pricei pricei and A. pricei komandorica. Our morphological examination and molecular analyses of the mtDNA cox1 sequences indicate that these two subspecies are not taxonomically warranted. The phylogenetic information for the other nudibranch species from mtDNA cox1 sequence analysis is also included, providing a molecular basis for species identification and inferring their local phylogenies within each of the species groups discussed herein.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제4권4호
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• pp.166-178
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• 1976

서로 다른 11주의 Bacillus coagulans와 13종의 Bacillus 속 14주를 deoxyribonucleic acid(DNA)-DNA hybridization method에 의해서 분류학적인 연구를 하였다. 사용한 B. coagulans 11주중 6주는 흙에서(일본 오사까교외) 분리했고, 나머지 5주는 ATCC, IFO에서 authentic strains을 얻어서 사용했다. 사용된 B. coagulans는 Bergey's Manual(8th ed)에 의거 Gordon씨들의 방법으로 동정한 결과 B. coagulans로서 확인되었다. 이렇게 동정된 B. coagulans을 분자 생물학적 차원에서 지금까지의 Conventional taxonomic study와의 관계를 연구하기 위해서 사용한 11주의 B. coagulans중 ATCC 7070을 $^3$H labeled input 즉 standard로 해서 사용했을 때 B. coagulans 내의 intraspecific DNA homology indexes는 76% 이상으로 나타났다. 이와같은 발견은 Bergey's Manual에 의거한 conventional taxonomic study의 결과와 잘 일치하고 있었음으로 새로 분리한 6주와 authentic sources로부터 받은 5주는 같은 group의 B. coagulans라는 사실을 입증해 주었다. 그리고 B. coagulans와 다른 species의 Bacillus 속 즉 B. pumilus(168), B. licheniformis (IFO 12107), B. pumilus(IFO12110), B. firmus(ATCC 14575), B. lentus(ATCC 10840), B. circulans(ATCC 4513), B.macelans(ATCC 8244), B.polymyxa, (ATCC 842), B.sphaericus(ATCC 14577), B.brevis(ATCC 8246, IFO 12334), B.laterosporus(ATCC 64), B. pantothenticus(ATCC 14576) interspecific DNA homology indexes가 각각 2～4%을 보임으로써 B. coagulans는 molecular level면에서 이들 Bacillus 속과는 상동성 관계가 적음을 나타내었다. 반면에 B. coagulans(ATCC 7050)와 E. coli(F-12)와의 상동성은 1%이하였다.

• 식물분류학회지
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• 제37권3호
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• pp.275-308
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• 2007

한국산 부추속 16종 5변종의 총 21분류군에 대하여 성적특성, 지하부의 구조 및 형태, 지상부의 생자양상, 엽신과 화경의 모양 및 내부구조, 화피, 화사 및 암술의 형태 등의 외부형태형질을 재검토하였다. 그 결과를 토대로 각 분류형질의 특수화 및 진화경향성을 고찰하였고, 분류군들간의 유연관계와 계통을 추론하였다. 진화경향성이 있는 형질은 근경과 인경을 포함한 지하부, 잎, 화경, 화서, 화사 및 자방의 모양 등이었다. 근경의 형태는 비후형에서 미세형으로 발달하였고, 인경의 외피는 얇은 막질에서 그물상 섬유질로 진화한 것으로 여겨졌다. 막질의 초상엽은 달래에서만 관찰된 파생형질이였으며, 엽신은 단면이 둥글고 유관속이 환상으로 배열하는 것에서 각진 형태를 거쳐 단면이 납작하고 넓어지면서 유관속이 1열로 배열하는 것으로 분화한 것으로 추정되었다. 화경의 개화 전 생장은 직립하는 것이, 그리고 화사는 치편이 발달하지 않은 것이 원시적이며 자방은 실 당 2개의 배주를 가지는 것에서 1개씩 가지는 것으로 진화한 것으로 여겨졌다. 한편 성적특성, 지하부의 구조, 막질의 초상엽의 존재유무 및 잎의 내부구조는 아속 수준에서, 지하경 및 인경의 형태, 잎의 모양, 화경 및 소화경의 모양은 아속 내 절 수준에서 분류체계를 결정해 주는 좋은 식별형질이었다. 화피와 화사의 모양 및 배열은 자방 및 주두의 모양과 함께 종을 구분해 주는 좋은 식별형질이었다.

• 한국자원식물학회지
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• 제12권1호
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• pp.50-61
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• 1999

한국산 개미취속(Aster) 및 근연의 17분류군을 대상으로 잎의 외부형태학적 형질 및 광학현미경과 주사전자현미경을 이용하여 해부학적 형질을 조사하여 이들의 분류학적 가치를 파악하였다. 잎의 외부형태학적 형질에서 엽형은 타원형, 주걱형, 피침형, 선형, 난상삼각형의 5유형으로 동일분류군내에서는 일정하였으며, 분류군간에는 몇가지 유형으로 뚜렷히 구분되었으므로 분류군의 식별형질로 유용하였다. 엽연의 거치는 전연, 예거치, 치아상거치, 결각상거치의 4유형으로 구분되었으나 일부 분류군들에서 개체간에 변이가 나타나므로 이들 식별형질로는 선별적으로 적용되어야 할 것으로 사료되었다. 해부학적형질에서 표피세포의 크기와 형태, 기공의 크기와 단위면적당 분포수, 표면의 cuticle 침적양상은 분류군 간에 뚜렷한 차이점을 보이지 않으나, 기공의 표면존재여부, 기공의 크기, 단위면적당 기공의 분포수, 표피세포의 크기에 의해 일부 분류군들이 구분되었다. 모용은 형태와 모용표면의 무늬양상 및 구성세포의 배열 등에 의해 단열성 과립상 원추형, 단열성 평활상 원추형, 단열성 평활상 사상형, 구형, 2열성 낭상 두상형의 5유형으로 구분되었으며, 동일분류군내에서 다양한 생육환경에도 불구하고 기본적인 형태가 동일함으로 좋은 식별 형질로 판단되었다.

• 한국응용곤충학회:학술대회논문집
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• 한국응용곤충학회 2004년도 춘계 학술발표회
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• pp.64-64
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• 2004

• Mycobiology
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• 제29권2호
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• pp.120-120
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• 2001