• 제목/요약/키워드: Target enrichment

검색결과 86건 처리시간 0.018초

Genome-wide identification and analysis of long noncoding RNAs in longissimus muscle tissue from Kazakh cattle and Xinjiang brown cattle

  • Yan, Xiang-Min;Zhang, Zhe;Liu, Jian-Bo;Li, Na;Yang, Guang-Wei;Luo, Dan;Zhang, Yang;Yuan, Bao;Jiang, Hao;Zhang, Jia-Bao
    • Animal Bioscience
    • /
    • 제34권11호
    • /
    • pp.1739-1748
    • /
    • 2021
  • Objective: In recent years, long noncoding RNAs (lncRNAs) have been identified in many species, and some of them have been shown to play important roles in muscle development and myogenesis. However, the differences in lncRNAs between Kazakh cattle and Xinjiang brown cattle remain undefined; therefore, we aimed to confirm whether lncRNAs are differentially expressed in the longissimus dorsi between these two types of cattle and whether differentially expressed lncRNAs regulate muscle differentiation. Methods: We used RNA-seq technology to identify lncRNAs in longissimus muscles from these cattle. The expression of lncRNAs were analyzed using StringTie (1.3.1) in terms of the fragments per kilobase of transcript per million mapped reads values of the encoding genes. The differential expression of the transcripts in the two samples were analyzed using the DESeq R software package. The resulting false discovery rate was controlled by the Benjamini and Hochberg's approach. KOBAS software was utilized to measure the expression of different genes in Kyoto encyclopedia of genes and genomes pathways. We randomly selected eight lncRNA genes and validated them by quantitative reverse transcription polymerase chain reaction (RT-qPCR). Results: We found that 182 lncRNA transcripts, including 102 upregulated and 80 downregulated transcripts, were differentially expressed between Kazakh cattle and Xinjiang brown cattle. The results of RT-qPCR were consistent with the sequencing results. Enrichment analysis and functional annotation of the target genes revealed that the differentially expressed lncRNAs were associated with the mitogen-activated protein kinase, Ras, and phosphatidylinositol 3-kinase (PI3k)/Akt signaling pathways. We also constructed a lncRNA/mRNA coexpression network for the PI3k/Akt signaling pathway. Conclusion: Our study provides insights into cattle muscle-associated lncRNAs and will contribute to a more thorough understanding of the molecular mechanism underlying muscle growth and development in cattle.

국내 원자력시설 및 핵연료 주기에 따른 핵감식 표지물질 활용에 대한 고찰 (A Literature Review on Application of Signature Materials in Nuclear Forensics according to Domestic Nuclear Facilities and Fuel Cycle)

  • 전여령;권다영;한지영;최우철;김용민
    • 한국방사선학회논문지
    • /
    • 제15권1호
    • /
    • pp.37-43
    • /
    • 2021
  • 국내에는 다수의 원자력시설이 존재하며, 지리적으로 비핵화 대상국인 북한을 주변국으로 두고 있다. 변화하는 국제 정세에 따른 선제적 대응으로 대상시설에 대한 핵감식 데이터를 구축할 필요가 있다. 이를 위해 국내 원자력시설 및 핵연료 주기를 고려하여 핵물질 및 기타 방사성물질의 기원 또는 출처를 파악하는데 사용되는 표지물질을 제시하였다. 국내에서는 경수로 및 중수로를 운용하고 있으며 각각 핵연료로 농축 우라늄과 천연우라늄을 사용한다. 국내 선행핵연료주기에서 표지물질은 중수로형 원자력발전소의 연료인 천연우라늄과 우라늄 농축과정의 UF6으로 생각할 수 있다. 국내 후행핵연료주기는 재처리 과정을 제외된 비순환 주기를 채택하고 있어 주요 표지물질은 사용후핵연료가 된다. 해당 물질들에 대해 IAEA 문헌에서 권고하는 표지물질의 시그니처 중요도를 판단하고 조사 항목을 제시하였다. 향후 핵감식에서 핵물질 관리에 대한 무결성 입증과 국가 핵감식 역량을 높이기 위한 핵감식 라이브러리 구축을 위해 국내 원자력시설과 핵연료주기를 고려한 표지물질을 파악하고 해당물질 별 시그니처 데이터를 확보해야 할 것으로 생각된다.

우리나라 공공도서관의 통합검색 서비스 특성에 관한 연구: 서울시 자치구 통합도서관을 중심으로 (A Study on the Characteristics of Integrated Search Services in Public Libraries in Korea: Focusing on the Integrated Libraries of Local Autonomous Entities of Seoul City)

  • 이수상
    • 정보관리학회지
    • /
    • 제40권3호
    • /
    • pp.1-23
    • /
    • 2023
  • 이 연구는 우리나라 지자체가 운영하는 통합도서관들을 대상으로 통합검색 서비스의 기능적 특성을 분석하는 것을 목적으로 한다. 분석대상은 서울시의 25개 지자체에서 운영하는 통합도서관들이며, 분석항목은 통합검색과 관련된 12가지 영역의 서비스 기능들로 선택하였다. 연구의 결과는 다음과 같다. 첫째, 통합도서관은 자치구 내 공공도서관과 작은도서관의 연합체이며, 통합검색 서비스를 제공하고 있다. 제공되는 통합검색 서비스의 기능, 서지정보의 항목과 패싯의 유형이 다양하지 못하다. 둘째, 검색결과의 레코드는 타이틀 형식이 아니라, 대부분 아이템 형식이었다. 셋째, 도서정보를 보완하는 보강정보는 책에 대한 소개와 연관정보, 책과 관련된 키워드, 대출관련 정보 등으로 구성된다. 넷째, 통합검색이 디스커버리형 검색보다, 통합목록DB를 기반으로 하는 통합OPAC의 형태를 나타내고 있다. 자치구 내 공공도서관이나 작은도서관들에 분산되어 있는 소장목록DB들에 대한 통합검색을 제공하는데 집중하고 있다. 다섯째, 대부분의 통합도서관은 유사한 서비스 형태를 제공한다. 이 결과를 바탕으로 국내 공공도서관들이 디스커버리형 통합검색 서비스를 기대할 수 있는 개선방안을 제안하였다.

네트워크 기반 약리학 분석 및 분자 도킹을 통한 천궁의 항암 효과 예측: 천연물에 대한 탐구 (Discovering the Anti-cancer Effects of Ligusticum Chuanxiong through Network-based Pharmacology Analysis and Molecular Docking: An Inquiry into Natural Products)

  • 한도경;손지원;성의숙;김윤숙;안원근
    • 생명과학회지
    • /
    • 제33권11호
    • /
    • pp.876-886
    • /
    • 2023
  • 두경부암(HNC)의 경우, 외과적 개입은 환자의 삶의 질에 심각한 영향을 미칠 수 있으며, 화학요법을 병행하게 된다. 그러나 화학요법에는 현저한 부작용이 있으므로 환자의 고통을 최소화하기 위한 보조 방법의 개발이 필요하다. 천궁(Ligusticum chuanxiong)은 동양 의학에서 뇌혈관 장애 및 두통에 사용되는 천연 허브이다. 본 연구에서는 네트워크 기반 약리학 및 분자 도킹 분석을 통해 천궁의 근본적인 항암기전을 예측하였다. 본 연구에서 HNC와 관련된 천궁의 공통 유전자를 밝혀내어 신경 활성 리간드의 대사 및 신경 전달 물질 경로와의 연관성을 확인했다. 본 연구는 천궁의 성분 중 하나인 (Z)-ligustilide 가 암세포 활성화에 관련된 heat shock protein 90의 ATP 결합 부위를 공유함을 입증했다. 이 결과는 천궁이 보조 항암제 개발을 위한 유망한 후보임을 시사하며, 향 후 더욱 새롭고 안전한 항암제의 연구개발에 과학적 근거를 제시하는 새로운 발견이다.

토양수의 자구화학특성에 따른 금속폐광산 광미야적장주변 토양오염평가: 덕음광산 (Geochemical Characteristics of Soil Solution from the Soil Near Mine Tailing Dumps and the Contamination Assessment in Duckum Mine)

  • 이상훈;정주연
    • 자원환경지질
    • /
    • 제37권1호
    • /
    • pp.61-72
    • /
    • 2004
  • 덕음광산 광미야적장과 인접한 논토양의 토양수를 채취하여 토양분석결과와 함께 오염영향을 조사하였다. 시료는 광미야적장을 기준으로 거리별로 채취하였으며 동일지점에서는 깊이별(0, 30, 50cm)로도 채취하였다. 광미야적장과 거리에 따른 원소농도변화는 토양보다 토양수에서 더 뚜렷이 나타나 토양보다 토양수에서의 반응이 더 빠름을 시사한다. 대부분의 토양시료에서 Cd, Pb, Zn, Cu등은 자연배경농도에 비하여 부화되었으나 As과 Ni은 자연농도한계를 넘지 않았다. 국내 토양환경보전법의 기준에 의하면 Pb만이 농경지 오염정화 기준을 초과하였으나 전체용출방법을 채택한 네덜란드 기준과 비교할 때 일부시료에 대해 Cd, Pb 및 Zn의 경우 intervention value를 Cu의 경우 target value를 초과하여 실제 오염영향이 더 클 수 있을 것으로 평가되었다. 토양과 토양수 모두 광미야적장 가까운 곳의 시료들에서 중금속의 농도가 높으며, 연속추출결과 중금속 농도가 높은 토양의 경우 교환 가능한 형태의 비율이 더 높아 광미에서 토양으로 인입된 오염물질들이 주로 교환가능 또는 산화가능과 같이 쉽게 재 용출될 수 있는 형태로 많이 존재함을 알 수 있었다. Cd, Cu, Pb 및 Ni 등의 중금속 원소들이 토양에서 자연농도에 비해 부화되어 있음에도 불구하고 토앙수내 농도는 일반적으로 매우 낮은 농도를 보인다. 이는 산화/환원 상태의 변화에 따라 중금속의 좋은 흡착제인 환원철 황화물 또는 산화철 등이 형성되어 토양수에 존재하는 미량원소들을 제거하기 때문인 것으로 생각된다. 토양수 중금속은 토양표면에 흡착되거나 교환 가능한 형태 등으로 제거되며 pH, Eh와 같은 지구화학조정인자들의 변화에 따라 다시 토양수로 방출되어 식물체에 흡수될 것으로 예상된다. 지구화학모델링 결과, Pb와 Cu에 대해 농도를 조정하는 고형물질이 존재하는 것으로 예측되며, 반면 Zn와 Cd은 흡/탈착에 의해 농도가 조정될 것으로 예상된다. 따라서 토양수를 통한 오염물의 이동은 표면 흡착과 침전등과 같은 반응으로 제한되어 확산범위는 상대적으로 적을 것으로 생각된다. 그러나 중금속들이 토양과 토양수 사이를 반복적으로 거치면서 주변 생태에 미치는 영향이 지속적인 면은 고려되어야 한다.

경기북부 갈말-영북일대 백악기 홍색 각섬석흑운모화강암의 암석화학 (Petrochemistry of the Pink Hornblende Biotite Granite in the Galmal-Yeongbug Area of the North Gyeonggi)

  • 윤현수;홍세선;김정민
    • 암석학회지
    • /
    • 제15권4호
    • /
    • pp.167-179
    • /
    • 2006
  • 갈말-영북일대의 화강암류은 암상에 의하여 회색 각섬석흑운모화강암(JHBG), 흑운모화강암(JBG)과 홍색 각섬석흑운모화강암(CHBG)으로 분대될 수 있다. 전자는 북부에 소규모로 분포하는 중립질암으로서 미립질 스펜을 함유하며, JBG는 북부-동부일대에 주로 분포하는 담회색-회색의 중립질암이다. 주연구대상인 후자는 대부분 북부-남동부일대에 넓게 발달하는 중-조립질암으로 뚜렷한 홍색을 띠며, 국부적으로 미세 공동구조와 정동구조의 포켓상 페그마타이트질부가 발달된다. 광물연령(K-Ar 법)으로 미루어 JHBG와 JBG는 시기를 달리하는 쥬라기 대보조산운동기의, CHBG는 백악기 불국사변동기의 화성활동산물이다. 이는 야외산상 및 지질 선후관계 해석과도 잘 일치한다. CHBG는 석영, 사장석, 알칼리장석, 흑운모, 각섬석, 갈렴석, 인회석, 져어콘, 일부 방해석과 불투명광물 등으로 구성된다. 이 중에서 알칼리장석은 대부분 퍼다이트질 정장석이며, 드물게 수반되는 방해석은 미세공동의 이차적 충전광물로 보인다. 모우드 분석 및 QAP 삼각도에서 모두 화강암영역에 속하며, 대부분 섬장화강암과 몬조화강암의 경계부에 도시된다. 주원소 변화경향, A/CNK 몰비, $SiO_{2}$$K_{2}O$ 그리고 AMF 관계 등으로 미루어, 이 암은 단일한 화강암질 마그마에서 생성된 산성암, 고-칼륨의 캘크-알카린계열 그리고 과알루미나암질의 분화말기 산물이다. Ba 대 Sr 관계에서도 분화경향을 뚜렷이 이루며, CaO 대 Sr 그리고 $K_{2}O $ 대 Sr 관계로 미루어 Sr이 알칼리장석보다 사장석의 분별결정작용에 더 관여하였다. 희토류원소 표준화도에서 경희토류원소에서 중희토류원소로 갈수록 점진적으로 뚜렷이 결핍되는 양상을 이룬다. 그리고 Eu의 부 이상과 표준화값 등으로 미루어 사장석의 분별결정작용이 이 화강암 전체에 걸쳐 미약하게 일어난 것으로 보인다.