• 제목/요약/키워드: THRASH

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단백질 질량분석을 위한 THRASH 알고리즘 속도 향상 기법

  • 전상현;장형수;오한빈
    • 한국정보과학회:학술대회논문집
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    • 한국정보과학회 2005년도 한국컴퓨터종합학술대회 논문집 Vol.32 No.1 (B)
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    • pp.241-243
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    • 2005
  • Horn et al.에 의하여 개발된 THRASH 알고리즘은 대표적인 단백질 질량분석 플랫폼으로써, 극초분해능(ultra high resolution) Fourier Transform 질량분석법을 통해 얻어지는 고집적 전기분무 (electrospray ionization ESI) 질량 스펙트럼 데이터를 분석하는데 이용되고 있다. 하지만 이 알고리즘은 속도 면에서 부족하여 실시간 분석에 한계점을 보이고 있다. 이를 보완하기 위해 본 논문에서는 THRASH알고리즘의 속도를 향상시키는 기법을 제안하고 실험 결과를 통하여 새로운 기법이 융합된 알고리즘의 수행 속도가 기존 THRASH알고리즘의 속도를 비약적으로 향상시킬 수 있음을 보인다.

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Speed Improvement of an FTICR Mass Spectra Analysis Program by Simple Modifications

  • Jeon, Sang-Hyun;Chang, Hyeong-Soo;Hur, Man-Hoi;Kwon, Kyung-Hoon;Kim, Hyun-Sik;Yoo, Jong-Shin;Kim, Sung-Hwan;Park, Soo-Jin;Oh, Han-Bin
    • Bulletin of the Korean Chemical Society
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    • 제30권9호
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    • pp.2061-2065
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    • 2009
  • Two simple algorithm modifications are made to the THRASH data retrieval program with the aim of improving analysis speed for complex Fourier transform ion cyclotron resonance (FTICR) mass spectra. Instead of calculating the least-squares fit for every charge state in the backup charge state determination algorithm, only some charge states are pre-selected based on the plausibility values obtained from the FT/Patterson analysis. Second, a modification is made to skip figure-of-merit (FOM) calculations in the central m/z region between two neighboring peaks in isotopic cluster distributions, in which signal intensities are negligible. These combined modifications result in a significant improvement in the analysis speed, which reduces analysis time as much as 50% for ubiquitin (8.6 kDa, 76 amino acids) FTICR MS and MS/MS spectra at the reliability (RL) value = 0.90 and five pre-selected charge states with minimal decreases in data analysis quality (Table 3).

FMCW 레이더용 전압제어 유전체 발진기의 구현 (Implementation of Voltage Control Dielectric Resonator Oscillator for FMCW Radar)

  • 안용복;박창현;김장구;조현식;강상록;한석균;최병하
    • 한국정보통신학회:학술대회논문집
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    • 한국해양정보통신학회 2003년도 추계종합학술대회
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    • pp.398-402
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    • 2003
  • 본 논문에서는 FMCW레이더 시스템에서 안정된 소스원으로 사용할 수 있는 전압제어 유전체 공진 발진기를 구현하였다. 위상 잡음을 개선하기 위하여 저잡음 특성을 가진 MESFET과 높은 선택도의 유전체 공진기를 사용하였고, 안정된 전압 가변을 하기 위하여 Q값이 높고 가변 특성이 좋은 바렉터 다이오드를 사용하였다. 구현된 회로는 최적의 성능을 갖도록 하모닉 발란시스 시뮬레이션을 사용하였다. 제작된 전압제어 유전체 공진 발진기의 특성을 측정한 결과, 중심 주파수 12.0GHz에서 2.22dBm 출력 파워와 -30dBc의 고조파 억압과 중심 주파수 100kHz offest에서 -130dBc의 매우 좋은 위상잡음 특성을 얻었으며, 바렉터 다이오드에 인가되는 전압의 변화에 따른 주파수 가변 범위는 중심주파수에서 $\pm$18.7MHz를 얻었다. 제작된 VCDRO는 FMCW의 국부 발진기로 이용될 수 있음을 확인하였다.

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FMCW 레이더용 전압제어 유전체 발진기의 구현 (Implementation of Voltage Control Dielectric Resonator Oscillator for FMCW Radar)

  • 안용복;박창현;김장구;최병하
    • 한국정보통신학회논문지
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    • 제8권4호
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    • pp.906-911
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    • 2004
  • 본 논문에서는 FMCW레이더 시스템에서 안정된 소스원으로 사용할 수 있는 전압제어 유전체 공진 발진기를 구현하였다. 위상 잡음을 개선하기 위하여 저잡음 특성을 가진 MESFET과 높은 선택도의 유전체 공진기를 사용하였고, 안정된 전압 가변을 하기 위하여 Q같이 높고 가변 특성이 좋은 바렉터 다이오드를 사용하였다. 구현된 회로는 최적의 성능을 갖도록 하모닉 발란시스 시뮬레이션을 사용하였다. 제작된 전압제어 유전체 공진 발진기의 특성을 측정한 결과, 중심 주파수 12.05GHz에서 2.22㏈m 출력 파워와 -30㏈c의 고조파 억압과 중심 주파수 100KHz offest에서 -130㏈c의 매우 좋은 위상잡음 특성을 얻었으며, 바렉터 다이오드에 인가되는 전압의 변화에 따른 주파수 가변 범위는 중심 주파수에서 $\pm$18.7MHz를 얻었다. 제작된 VCDRO는 FMCW의 국부 발진기로 이용될 수 본 논문에서는 FMCW레이더 시스템에서 안정된 소스원으로 사용할 수 있는 전압제어 유전체 공진 발진기를 구현하였다. 위상 잡음을 개선하기 위하여 저잡음 특성을 가진 MESFET과 높은 선택도의 유전체 공진기를 사용하였고, 안정된 전압 가변을 하기 위하여 Q같이 높고 가변 특성이 좋은 바렉터 다이오드를 사용하였다. 구현된 회로는 최적의 성능을 갖도록 하모닉 발란시스 시뮬레이션을 사용하였다. 제작된 전압제어 유전체 공진 발진기의 특성을 측정한 결과, 중심 주파수 12.05GHz에서 2.22㏈m 출력 파워와 -30㏈c의 고조파 억압과 중심 주파수 100KHz offest에서 -130㏈c의 매우 좋은 위상잡음 특성을 얻었으며, 바렉터 다이오드에 인가되는 전압의 변화에 따른 주파수 가변 범위는 중심 주파수에서 $\pm$18.7MHz를 얻었다. 제작된 VCDRO는 FMCW의 국부 발진기로 이용될 수 있음을 확인하였다.