본 논문에서는 사회관계구조에 초점을 맞춘 사회관계망 분석을 고려한다. 사회관계망은 많은 사회집단으로 구성되어 있으며, 사회관계 구조 특성으로 인하여 같은 사회집단 내의 노드들은 서로 강한 유대관계를 가지고 있으며 다른 사회집단에 속한 노드와는 상대적으로 약한 유대를 가지게 된다. 사회관계망에서의 사회관계구조 검출은 사람들의 행동 및 상호작용의 분석과 예측을 가능하게 한다. 본 논문에서는 사회관계구조와 사회집단을 검출하기 위하여 사람들이 소지하는 스마트기기의 실제 블루투스 접촉 데이터를 이용한다. 네트워크 노드 간 유대를 추정하기 위한 다양한 유사도 측정 방식과 클러스터링을 기반으로 하는 사회관계구조 검출 방안을 제시한다. 제안하는 방안을 검증하기 위하여 교유관계 특성을 이용하는 성능측정방안을 이용한다.
Do, Hackwon;Yun, Ji-Sook;Lee, Chang Woo;Choi, Young Jun;Kim, Hye-Yeon;Kim, Youn-Jung;Park, Hyun;Chang, Jeong Ho;Lee, Jun Hyuck
Molecules and Cells
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제38권12호
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pp.1086-1095
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2015
The psychrophilic organism Colwellia psychrerythraea strain 34H produces extracellular polysaccharide substances to tolerate cold environments. Sedoheptulose 7-phosphate isomerase (GmhA) is essential for producing $\small{D}$-glycero-$\small{D}$-mannoheptose 7-phosphate, a key mediator in the lipopolysaccharide biosynthetic pathway. We determined the crystal structure of GmhA from C. psychrerythraea strain 34H (CpsGmhA, UniProtKB code: Q47VU0) at a resolution of $2.8{\AA}$. The tetrameric structure is similar to that of homologous GmhA structures. Interestingly, one of the catalytic residues, glutamate, which has been reported to be critical for the activity of other homologous GmhA enzymes, is replaced by a glutamine residue in the CpsGmhA protein. We also found differences in the conformations of several other catalytic residues. Extensive structural and sequence analyses reveal that CpsGmhA shows high similarity to Escherichia coli DnaA initiatorassociating protein A (DiaA). Therefore, the CpsGmhA structure reported here may provide insight into the structural and functional correlations between GmhA and DiaA among specific microorganisms.
상대적 소속 함수(RMF)에 기반을 둔 새로운 유사성 측도를 제안한다. 본 논문에서는 RMF는 퍼지 부분 집합간의 상대성을 쉽게 나타내기 위해 제시되었다. 이러한 RMF의 형태는 매개변수값들에 따라 결정되기 때문에 매개변수 값들만을 조정해 줌으로써 퍼지 부분 집합간의 상대성을 쉽게 나타낼 수 있다. 그러므로 퍼지 부분 집합을 이용해 주관성을 표현할 때 개인이나 문화차이간의 상대성을 쉽게 반영해 줄수 있다. 이 경우이들 매개변수들은 퍼비 부분 집합의 구조를 결정해 주는 특징점들이라고 할수 있다. 결과적으로 퍼지 부분 집합간의 유사성 정도가 RMF의 매개변수들을 이용해서 빠르게 계산될 수 있다. RMF에 의해 퍼지 부분 집합간의 유사성 정도를 계산하기 위해 유클리디안 거리를 사용한다. 한편, 제안된 유사성 측도의 응용 분야로 새로운 언어 근사 방법을 제시하고 수치적인 예를 보여준다.
특정 분야의 용어를 표현하는 전문용어 사이의 계층관계를 학습하는 방법은 규칙기반학습방법, 통계기반학습방법 등이 있다. 본 논문에서는 문서에서 추출된 퍼지용어 정보를 바탕으로 한 온톨로지 구조를 카테고리화하여 퍼지용어의 전문성을 이용하여 주어진 퍼지용어의 상위어 후보를 레벨화한 후 퍼지용어 의미유사도를 계산하여 선택된 후보들 중에서 최적의 상위어후보를 결정한다. 즉, 퍼지용어의 전문성을 레벨화하기 위한 확장된 AHP방법은 퍼지용어사이의 비교를 통해 가중치나 상대적 중요성을 결정한 후 퍼지집합의 Min연산자와 다이스계수, Min+다이스계수방법들을 비교한다. 이 방법들은 퍼지용어 의미유사도에 따라 문서들이 가지는 의미론적 내용과 관계의 식별을 바탕으로 보다 더 정확하게 문서를 분류할 수 있고 자연어처리 등 많은 분야에 활용될 수 있을 것이다.
본 논문에서는 재사용가능한 소프트웨어 부품의 분류 과정을 자동화하여 라이브 러리에 구조적으로 저장하고, 사용자의 요구사항을 만족하는 부품을 효율적으로 검색 하기 위하여 부품들 사이의 의미 유사도를 측정하는 방법을 제안한다. 자연어로 기술 된 부품 설명서로부터 정보를 획득하여 부품의 특성을 표현하는 패싯을 결정하고, 각 패싯에 해당하는 항목을 자동으로 추출하여 부품 식별자를 구성하며, 분류된 부품들 의 유사성에 따라 비슷한 특성을 갖는 부품들을 인접한 위치에 저장한다. 그리고 사 용자의 요구사항을 만족하는 부품들을 검색하기 위하여 질의와 소프트웨어 라이브러 리에 저장된 부품들 사이의 의미 유사도를 측정한다. 재사용가능한 부품의 검색을 위 하여 의미유사도를 이용함으로써 단순히 사용자의 질의를 만족하는 부품들의 집합을 검색할 뿐만 아니라 질의를 만족하는 정도에 따라 검색된 부품들의 상관순위를 부여 하여 사용자들이 요구하는 부품의 검색 시간이 줄어들고 전체적인 검색 효율이 개선 되었다.
많은 사람들이 수화는 청각 장애가 있고 말을 할 수 없는 사람들을 위한 것이라고 생각하지만 물론 그들과 대화하고 싶은 사람들에게 필요하다. ASL(: American Sign Language) 알파벳 인식에서 가장 큰 문제 중 하나는 높은 클래스 간 유사성과 높은 클래스 내 분산이다. 본 논문에서는 이 두 가지 문제점을 극복할 수 있는 유사도 학습을 수행하여 이미지 간의 클래스 간 유사도와 클래스 내 분산을 줄이는 아키텍처를 제안하였다. 제안된 아키텍처는 매개변수(가중치 및 편향)를 공유하는 이중으로 구성된 동일한 컨벌루션 신경망으로 구성하고 또한 이 경로를 통해 유사도 학습과 분산을 줄이는 Keras API를 적용하였다. 이중 동종 CNN을 사용한 유사성 학습 결과는 두 클래스의 좋지 않은 결과를 포함하지 않음으로써 클래스 간 유사성과 변동성을 줄임으로서 정확도가 개선된 결과를 나타내고 있다.
본 연구는 영산강 하구에 위치한 세 호수들에서 식물플랑크톤 군집의 분포 양상 및 호소 간 군집 유사성을 확인하고 군집 구조의 차이에 영향을 미치는 요인들을 확인하고자 2014년 3월부터 2017년 11월까지 분기별 조사를 시행하였다. 조사 결과, 식물플랑크톤의 종 다양성은 영산호에서 가장 높았고, 평균 개체수는 금호호에서 가장 높았으며, 영암호는 다른 호수들에 비해 식물플랑크톤의 종수와 개체수가 낮은 것으로 확인되었다. NMDS 분석 결과, 영산호와 금호호의 식물플랑크톤 군집 분포는 뚜렷한 차이를 나타냈고, 세 호수의 식물플랑크톤 군집 분포에 영향을 미치는 요인은 수온, DO, T-N, NO3-N, 전기전도도 등으로 확인되었다. Random Forest 분석을 통해 각 호수의 식물플랑크톤 군집에 영향을 미치는 요인을 확인한 결과, 세 호수 모두 공통적으로 NO3-N의 영향력이 높았다. Indicator species analysis를 통해 확인된 각 호소별 지표종은 총 24종으로, 영산호에서 13종으로 가장 많았고, 영암호에서 2종으로 가장 적었으며, 호소별 지표종의 분류군이 구별되었다. SIMPER 분석 및 ANOSIM 결과, 영산호와 영암호의 식물플랑크톤 군집은 유사성을 나타내었고, 금호호의 경우 다른 호수와의 식물플랑크톤 군집이 다소 차이가 있는 것으로 확인되었다. 또한 각 호수의 지점별 식물플랑크톤 군집 유사성은 지점에 따라 차이가 있어 식물플랑크톤 군집 형성에 대해 연락수로의 영향력은 낮은 것으로 조사되었다.
본 논문에서는 실무에서 작성된 교량 상부 구조계산서를 대상으로 문서구조를 분석하고 그 차이점을 찾아낼 수 있는 XML 스키마 매칭 기법을 효율적으로 적용하기 위한 방안을 제시한다. 이를 위해 XML 응용 스키마 매칭 기법의 유사성 측정에 사용되는 요소이름, 부모요소, 형제요소 및 자식요소의 가중치에 대한 매개변수 연구를 30개의 서로 다른 학습용 데이터를 대상으로 수행하여 구조계산서 문서구조 비교에 적합한 가중치를 제시하였다. 또한, 대량의 구성요소를 지니는 구조계산서의 문서구조를 비교할 때 많은 계산시간이 소요되는 단점을 극복하고자 유사성 정량화에 사용할 수 있는 간략 식을 제안하였다. 본 연구에서 제시한 간략 식을 이용한 방법은 그렇지 않은 기존의 연구결과와 비교했을 때 계산시간을 획기적으로 단축시킬 수 있으면서도 거의 유사한 정확도를 나타냄을 알 수 있었으며, 매개변수 연구에서 제시된 최적 가중치를 활용하면 기존 연구성과보다 약 10% 이상 정확도를 향상시킬 수 있음을 확인하였다. 실무에서 사용하는 강교량 상부 구조계산서 20개를 대상으로 실시한 수치실험 결과 본 연구에서 제시된 방법을 이용하는 것은 기존 연구에 비해 문서 구조 파악의 우수한 정확도를 유지하면서 계산시간 측면에서는 구성요소의 수에 따라 4배에서 460배까지 줄일 수 있음을 알 수 있었다.
일련의 새로운 N-치환-phenyl-3,4,5,6-tetrahydrophthalimide 유도체를 합성하여 $R_2=Sub.X$ 치환기들의 변화에 따르는 발아 전, 벼(Oryza sativa L.)와 논피(Echinochloa crus-galli) 의 줄기와 뿌리에 대한 생장 저해활성 $(pI_{50})$과의 관계 (QSAR)는 물론, 기질 유도체와 protox의 기질인 protogen 분자 사이의 구조적인 분자 유사성을 연구하였다. 두 초종간 및 부위별, 생장 저해활성은 비례관계를 보였으며 벼 보다는 논피에 대하여 약간 강한 저해활성을 나타내었다. QSAR식으로부터 논피의 생장 저해활성은 기질 분자중 음으로 하전된 원자들의 표면적이 클수록 증가하므로 $R_2=Sub.X$ 치환기로서 전자 밀게가 치환되어야 할 것으로 추측되었다. 또한, 기질 유도체와 protogen 분자 사이의 유사성을 검토한 결과, 기질 유도체들의 유사성 지수(S)는 대략 0.8 이상으로 비교적 큰 유사성을 나타내었으나 두 초종의 생장 저해활성과의 상관성은 낮은 편이었다.
Background: Heat shock proteins play an important role in protection from stress stimuli and metabolic insults in almost all organisms. Methods: In this study, computational tools were used to deeply analyse the physicochemical characteristics and, using homology modelling, reliably predict the tertiary structure of the blunt snout bream (Ma-) Hsp70 and Hsc70 proteins. Derived three-dimensional models were then used to predict the function of the proteins. Results: Previously published predictions regarding the protein length, molecular weight, theoretical isoelectric point and total number of positive and negative residues were corroborated. Among the new findings are: the extinction coefficient (33725/33350 and 35090/34840 - Ma-Hsp70/ Ma-Hsc70, respectively), instability index (33.68/35.56 - both stable), aliphatic index (83.44/80.23 - both very stable), half-life estimates (both relatively stable), grand average of hydropathicity (-0.431/-0.473 - both hydrophilic) and amino acid composition (alanine-lysine-glycine/glycine-lysine-aspartic acid were the most abundant, no disulphide bonds, the N-terminal of both proteins was methionine). Homology modelling was performed by SWISS-MODEL program and the proposed model was evaluated as highly reliable based on PROCHECK's Ramachandran plot, ERRAT, PROVE, Verify 3D, ProQ and ProSA analyses. Conclusions: The research revealed a high structural similarity to Hsp70 and Hsc70 proteins from several taxonomically distant animal species, corroborating a remarkably high level of evolutionary conservation among the members of this protein family. Functional annotation based on structural similarity provides a reliable additional indirect evidence for a high level of functional conservation of these two genes/proteins in blunt snout bream, but it is not sensitive enough to functionally distinguish the two isoforms.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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