• 제목/요약/키워드: Similarity sampling

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수동천에서의 종속영양세균 군집에 대한 수리학적 분석 (Numerical Analysis of Heterotrophic Bacterial Community in the Sudong Stream)

  • 최성찬;김상종
    • 미생물학회지
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    • 제25권4호
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    • pp.318-327
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    • 1987
  • 북한강의 지류인 수동천 수층에서 세균 군집의 구성 맺 다양성을 통계학적으로 조사하였다. 4계절에 걸쳐 분리된 282개의1 균주를 계통분류한 결파, 진 정점에서 FLavob$\alpha$cten$\mu$m, Aero,pmas와 Enterobacterianae가 50% 이상으후 주종을 이루었다. 각 쟁점별로 분리된 세균들은 수리학적 분석을 행하여 각가 다른 형태학적, 생화학적 및 생리학적 특정을 나타내는 15-28개 집단으로 분류되어다. 각각의 수리학적 세균 집만은 계통분류에 의한 세균 집단(속병)들과 반드시 일치하지는 않았으며, 특히 독특한 당 분해능을 지닌 균주들은 수리학직 분석에 의하면 각각의 균주가 옥딩된 씌침-집만을 이음으로써 인관적인 관년상을 보이지 않았다. 80%의 유사도 수준에서 나위어진 각각의 집단을 하나의 종으로 하여 세균 다양성 지표(dlversity mdex:H)를 구한 결과, 2.37-3.149의 범위로 계산되어 조사 대상 지역은 밴영양-중영영 상태의 다양성을 갖는 세균 군집이 존재함이 밝혀졌다. 유기물질이나 세균 집단의 대량 유입 영향을 직접 받는 정선에서 세균 군집의 다양성 지표가 가장 높았으며 이러한 유입 현상이 전 수동천 생태계에서의 세균균집의 분포에 가장중요한 요인으로 작용함이 관찰되었다.

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Butterfly Diversity, Distribution, and Abundance in the University of Port Harcourt River State, Nigeria

  • Efenakpo, Ogaga Dean;Zakka, Usman;Omanoye, Dokubo ThankGod
    • Journal of Forest and Environmental Science
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    • 제37권3호
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    • pp.243-250
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    • 2021
  • Information on butterflies in the Niger Delta Region is relatively scanty because monitoring of their activities and distribution has not been fully documented and these are paramount to establish their conservation protocols. The study therefore aimed at evaluating the species richness distribution pattern, and relative abundance of butterflies in the University of Port Harcourt. The University Park was purposively selected for this study. The park was stratified into three different habitat types (secondary forest, farmland, and residential/garden). A sampling of each stratum was done three times; twice in the morning between 8:00 am and 12:00 pm as well as once in the evening between 4:00 pm and 6:00 pm along a 100 m line transects for 16 months (May 2017-August 2018). Data collected were analyzed for species diversity indices, evenness, and similarity index. A total of 1,932 individual butterflies belonging to 28 species, 18 genera, and five 5 families were identified in the study area. Species diversity and evenness were higher on farmland (1-D=0.909; H'=2.615; E=0.833), and least in the residential area/gardens (1-D=0.744; H'=1.975; E=0.659). The family Nymphalidae (39.0%) had the highest number of species occurrence while Hesperidae (0.4%) had the lowest composition. Anthene larydas (24.12%) had the highest relative abundance in the entire study area, followed by Acraea serena (17.49%). The study, therefore, recommends continuous monitoring of butterfly species diversity and composition also in other regions.

Diversity and Phorophyte Preference of Vascular Epiphytic Flora on Avenues within the University of Port Harcourt, Nigeria

  • Alex, Amininim;Chima, Uzoma Darlington;Ugbaja, Uzoamaka Deborah
    • Journal of Forest and Environmental Science
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    • 제37권3호
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    • pp.217-225
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    • 2021
  • This study evaluated the species composition, diversity and phorophyte preference of epiphytes at the University of Port Harcourt located in southern part of Nigeria. Purposive sampling technique was used to select sites representing major avenues in the three campuses (Abuja, Choba and Delta) of the University. Data were collected on species name of phorophytes, number of individuals, diameter at breast height (dbh) and height, and species/number of epiphytes present on them. The points/sections of attachment of epiphytes on phorophytes were also recorded. A total of eight species of epiphyte belonging to six families were recorded in the study. Species diversity was higher in Abuja campus (Simpson 1-D=0.81; Shannon H=1.79), followed by Choba campus (Simpson 1-D=0.73; Shannon H=1.09) and Delta campus (Simpson 1-D=0.56; Shannon H=0.93). Species richness was highest in Abuja campus (n=8) followed by Delta campus (n=4) and Choba campus (n=3). Similarity in epiphyte species composition was highest between Choba and Delta campuses (85.71%), followed by Delta and Abuja campuses (66.67%) and lowest between Choba and Abuja campuses (54.55%). The family-Polypodiaceae, had the highest number of species (n=3). Microgramma owariensis had the highest relative abundance (27%) followed by Platycerium bifurcatum (26%) while Tillandsia utriculata and Peperomia pellucida had the least relative abundance (3%). Epiphyte abundance was weakly correlated with both the dbh and height of phorophytes. However, epiphytes were more abundant on phorophytes with rough/scaly/corky/flaky barks than on those with smooth barks. The planting of avenue tree species with rough barks is recommended to enhance the diversity of epiphytes in the study area.

Prevalence and Characteristics of Salmonella spp. Isolated from Raw Chicken Meat in the Republic of Korea

  • Koh, Youngho;Bae, Yunyoung;Lee, Yu-Si;Kang, Dong-Hyun;Kim, Soon Han
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제32권10호
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    • pp.1307-1314
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    • 2022
  • In this study, we sought to investigate the various characteristics of Salmonella spp. isolated from raw chicken meats available in Korean markets. The data collected, such as food source of isolation, sampling information, serotype, virulence, and genetic profile including sequence type, were registered in the database for further comparative analysis of the strains isolated from the traceback investigation samples. To characterize serotype, virulence and gene sequences, we examined 113 domestically distributed chicken meat samples for contamination with Salmonella spp. Phylogenetic analysis was conducted on 24 strains (21.2%) of Salmonella isolated from 113 commercially available chicken meats and by-products, using pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) and multilocus sequence typing (MLST). Serotyping of the isolated Salmonella spp. revealed S. Enteritidis in 11 strains (45.8%), S. Virchow in 6 strains (25%), S. Montevideo in 2 strains (8.3%), S. Bsilla in 2 strains (8.3%), S. Bareilly in 1 strain (4.2%), S. Dessau in 1 strain (4.2%), and S. Albany in 1 strain (4.2%). The genetic correlation indicated that 24 isolated strains were classified into 18 clusters with a genetic similarity of 64.4-100% between them. Eleven isolated S. Enteritidis strains were classified into 9 genotypes with a sequence identity of 74.4%, whereas the most distantly related S. Virchow was divided into five genotypes with 85.9% identity. Here, the MLST analysis indicated that the major Sequence Type (ST) of the Salmonella spp. isolated from domestic chicken sold in Chungcheong Province belongs to the ST 11 and 16, which differs from the genotype of Salmonella isolated from imported chicken. The differential sequence characteristics can be a genetic marker for identifying causative bacteria for epidemiological investigations of food poisoning.

확률분포 생성을 통한 근사 행렬 곱셈 간소화 방법 (Probability distribution-based approximation matrix multiplication simplification algorithm)

  • 권오영;서경택
    • 한국정보통신학회논문지
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    • 제26권11호
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    • pp.1623-1629
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    • 2022
  • 행렬 곱셈은 과학 및 공학 분야에서 널리 사용되는 기본 연산이다. 딥러닝의 학습 알고리즘에도 행렬 곱셈이 많이 사용된다. 따라서 행렬 곱셈을 효과적으로 수행하기 위한 다양한 알고리즘들 개발하고 있다. 이중 행렬 곱셈의 연산량을 줄이는 방법으로 근사 행렬 곱셈 방법이 있다. 근사 행렬 곱셈은 행렬의 열과 행을 선택하기 위한 적절한 확률 분포를 결정하고, 이 분포에 따라 행렬의 열과 행을 선택하여 근사 행렬 곱셈을 수행한다. 기존의 방법들을 행렬 곱셈에 참여하는 두 개의 행렬 A, B를 모두 고려하여 확률 분포를 생성한다. 본 논문은 행렬 A만을 대상으로 근사 행렬 곱셈에 사용될 행렬의 열과 행을 선택하는 확률 분포를 생성하는 방법을 제안하였다. 기존의 방법들과 제안된 방법들을 사용하여 1000×1000, 2000×2000, 3000×3000, 4000×4000, 5000×5000 행렬에 대하여 근사 행렬 곱셈을 수행하였다. 기존의 방법보다 제안한 방법을 적용한 근사 행렬 곱셈이 평균 0.02%에서 2.34%까지 원래 행렬 곱셈 결과에 더 근접하는 결과를 보였다.

온라인 저지 시스템 지원을 위한 Feature-Wise Linear Modulation 기반 소스코드 문맥 학습 모델 설계 (Learning Source Code Context with Feature-Wise Linear Modulation to Support Online Judge System)

  • 현경석;최우성;정재화
    • 정보처리학회논문지:소프트웨어 및 데이터공학
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    • 제11권11호
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    • pp.473-478
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    • 2022
  • 온라인 저지 시스템 지원하기 위한 표절 검사, 소스코드 분석 및 자동화된 튜터링 기법이 연구되고 있다. 최근 딥러닝 기술 기반의 소스코드 유사도 분석을 통한 표절 감지 기술들이 제안되었으나, 자동화된 튜터링을 지원하기 위한 딥러닝 기반의 연구는 미흡한 실정이다. 따라서 본 논문에서는 자바 바이트코드와 문제정보를 결합하여 학습하고, 학습자가 온라인 저지 시스템에 코드를 제출하기 전에 pass/fail 여부를 예측할 수 있는 GRU 기반의 Input / Output side FiLM 모델을 제안한다. 또한 온라인 저지에 수집되는 데이터의 특성상 비대칭이 발생하기 때문에 밸런스 샘플링 기법을 적용하여 데이터를 균등하게 분포시켜 두 상황을 제안한 모델로 학습하였다. 실험 결과 Input side FiLM 모델이 가장 높은 73.63%의 성능을 보였다. 이를 기반으로 학습자들이 온라인 저지의 평가를 받기 전에 pass/faill 여부를 확인하여 소스코드 개선에 대한 피드백 기능에 적용 가능할 것으로 예상된다.

낙동강 담수 미세조류 군집 분포 변화 (Distribution Changes of Freshwater Microalgae Community in the Nakdonggang River, Korea)

  • 윤석민;권대률;박미례;이창수;이상득
    • 한국물환경학회지
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    • 제39권2호
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    • pp.181-193
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    • 2023
  • Distribution changes in microalgae communities were studied in the Nakdonggang River at two sampling stations (St.1 Gyeongcheongyo Bridge (GB) and St.2 Daedong Wharf (DW)) at monthly intervals from January 2021 to November 2021. A total of 83 taxa included 82 species, 1 forma, belonging to 49 genera, 32 families, 21 orders, and 8 classes. The most important groups were Bacillariophyta and Chlorophyta. The number of species ranged from 5 to 24 in GB, and from 9 to 21 taxa in DW. The contribution of Bacillariophyta to the total species richness was the highest during all survey periods, and Chlorophyta yielded the next highest value in the study area. The dominant taxa were Aulacoseira ambigua, A. ambigua f. japonica, and Ulnaria acus in this study. Cluster analysis and non-metric multidimensional scaling (nMDS) analysis based on Bray- Curtis similarity identified 4 major groups, which corresponded to microalgae assemblages and their characteristic species. Correlation was analyzed through the CCA analysis. It was found that there was a correlation between the microalgae and environmental factors. It was revealed that the divided groups were distinguished because of the differences by the survey period. Therefore, seasonal change was judged as a major factor affecting the distribution of microalgae communities.

원주천의 어류군집 건전화를 위한 하도의 서식구조 특성분석 (Analysis of Channel Habitat Characteristics for Soundness of Fish Community at Wonju-stream)

  • 최흥식;최준길
    • 대한토목학회논문집
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    • 제29권3B호
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    • pp.311-317
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    • 2009
  • 원주천 수환경과 어류군의 조사연구를 기초로 하여 표본 집단 사이의 유사지수를 파악하고 UPGMA 분류법을 사용한 어류군집의 cluster분석을 실시하였다. 원주천의 상류, 중류, 하류의 복원을 위한 지표어종으로 독중개, 갈겨니, 피라미를 선택하였다. 서식환경 향상으로 하수관거의 재정비와 유역관리를 분석을 통한 갈수유량 증대와 그에 따른 수질향상을 분석하였다. 원주천 중류의 복원목표 어종으로 갈겨니를 선택하여 복합 서식적합도를 분석하였다. 갈수유량의 증가는 서식적합도 향상에 매우 중요한 것으로 나타났다. 저수로의 변경에 따른 수심과 유속의 변화가 복합서식적합도의 향상을 가져오지만 지배적인 변수는 아닌 것을 확인하였다. 갈수유량의 증가와 더불어 저수로 폭을 10%씩 줄인 결과는 초기 복합서식적합도 0.1~ 0.25에서 0.37~ 0.78로 약 3배 이상의 향상을 가져와, 이를 원주천 어류군집의 서식 적합한 하천구조 개선방안으로 제시하였다.

Discovery of 18 previously unrecorded bacterial species in the coastal areas surrounding Korean islands in 2023

  • Yeonjung Lim;Hyeonuk Sa;Minjeong Kim;Minseok Kim;Jisoo Han;Hyerim Cho;Jang-Cheon Cho
    • Journal of Species Research
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    • 제13권3호
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    • pp.318-325
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    • 2024
  • Bacterial communities residing on islands have a significant impact on the functioning and establishment of a unique isolated ecosystem. Notwithstanding, systematic research on the indigenous microbial resources of domestic islands has been lacking. In order to understand the biodiversity and potential bioresources, we conducted sampling in 2023 from coastal waters from various islands off the west coast of the Korean Peninsula, including Baengnyeongdo, Daebudo, Deokjeokdo, Jangbongdo, Yeonpyeongdo Islands, along with Somaemuldo Island along the south coast. The coastal seawater samples were used to unearth microbial resources through the standard dilution plating. In total, approximately 1,600 bacterial strains were isolated from the samples as single colonies and identified using 16S rRNA gene sequence analyses. Eighteen strains, exhibiting ≥98.7% 16S rRNA gene sequence similarity to bacterial species with validly published names but not previously reported in Korea, were categorized as unrecorded bacterial species in Korea. These unrecorded bacterial strains displayed phylogenetic diversity, representing three phyla, four classes, 9 orders, 13 families, and 18 genera. The unrecorded species were assigned to the classes Alphaproteobacteria (Aliiroseovarius, Kiloniella, Maritalea, Palleronia, and Roseobacter), Gammaproteobacteria (Aliamphritea, Aliivibrio, Enterovibrio, Francisella, Leucothrix, Pseudoalteromonas, Psychrobium, Shewanella, and Vibrio), Flavobacteriia (Aquimarina, Pseudofulvibacter, and Tenacibaculum), and Verrucomicrobiae (Roseibacillus). This study presents comprehensive descriptions of the taxonomic attributes of these unrecorded species, covering morphology, biochemistry, and phylogenetic position.

음원 메타데이터 임베딩을 활용한 사용자 플레이리스트 기반 음악 추천 (User Playlist-Based Music Recommendation Using Music Metadata Embedding)

  • 남경민;박유림;정지영;김도현;김현희
    • 정보처리학회 논문지
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    • 제13권8호
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    • pp.367-373
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    • 2024
  • 모바일 기기와 네트워크 인프라의 성장은 음악 산업에 상당한 변화를 초래하였다. 온라인 스트리밍 서비스의 등장으로 시공간의 제약 없이 음악 청취가 가능해졌고 소비자의 음악 창작과 공유 활동의 증가로 방대한 양의 음원 데이터가 축적되었다. 이로써 사용자의 취향에 맞는 추천을 위해 사용자의 행동 데이터를 기반으로 한 개인 맞춤형 음악 추천 모델이 활발히 연구되고 있다. 그러나 신규 사용자의 경우, 데이터가 부족하여 적절한 추천이 어려운 콜드 스타트 현상을 초래할 수 있다. 본 연구에서는 플레이리스트를 활용하여 음원 메타데이터를 Song sentence로 정의하고, 고차원 벡터 공간에 임베딩하여 유사도를 계산한 추천 알고리즘을 제안한다. 성능 평가 결과 가수, 장르, 작곡가, 작사가, 편곡가, 시대, 계절, 감정, 태그 리스트를 모두 활용한 제안하는 음원 추천 알고리즘이 가장 높은 성능을 보임을 알 수 있었다. 제안하는 추천 알고리즘은 사용자의 과거 행동 데이터에 기반한 추천 시스템이 아닌 음원이 자체적으로 보유한 정보에 근거하기 때문에 콜드 스타트 현상과 더불어 정보 편식 현상을 보완하여 사용자에게 보다 편리한 음악 감상 경험을 제공할 수 있을 것으로 기대된다.