• 제목/요약/키워드: Shannon diversity index

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가야산국립공원 홍류동 계곡 소나무림의 생태적 특성 및 15년간(1989년${\sim}$2004년) 식생구조 변화분석 (Ecological Characteristics and Change for Fifteen Years($1989{\sim}2004$)of Plant Community Structure of the Pinus densiflora S. et Z. Forest in Hongrudong Valley, Gayasan National Park)

  • 이경재;최진우;최운규;한봉호
    • 한국환경생태학회지
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    • 제20권2호
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    • pp.188-199
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    • 2006
  • 본 연구는 가야산국립공원 홍류동 계곡 소나무림의 생태적 특성 및 기존 소나무림에 대한 15년간 식생구조 변화 실태를 분석하여 소나무림 보전관리방안의 기초자료 제공을 목적으로하였다. 소나무림내에 20개 조사지(단위면적: $500m^2$)를 설정하여 TWINSPAN 분석결과 7개 군집유형으로 구분되었으며 교목층에서는 소나무, 아교목층에서는 서어나무, 굴참나무, 졸참나무, 관목층에서는 조릿대, 진달래, 개옻나무 등이 우점종이었다. 샤논의 종다양도는 $0.6803{\sim}1.2559$이었고 출현종수는 $27{\sim}40$종이었다. 15년간 식생구조 변화 분석결과 상대우점치는 아교목층에서 서어나무, 졸참나무, 굴참나무의 세력이 증대되었다. 샤논의 종다양도는 $0.2608{\sim}1.0124$에서 $0.5547{\sim}1.2567$로 출현종수는 $14{\sim}26$종에서 $26{\sim}34$종으로 증가하였다.

알로자임에 의한 무 씨의 순수성 검증 (Determination of Seed Purity in Radish (Raphanus sativus L.) Using Allozyme)

  • 허만규
    • 생명과학회지
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    • 제18권7호
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    • pp.907-911
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    • 2008
  • 무(Raphanus sativus L.)는 세계적으로 중요한 작물 중의 하나이다. 십자화과 식물 종자 생산에서 원하지 않은 내교잡에 의한 종자 결실로 오염이 발생하므로 씨의 순수성 검증은 매우 중요하다. 재배종 진주 대평 무(R. sativus cv. Daepeng)와 백자 무(R. sativus cv. Backza)의 교잡 분석을 실시하였다. 알로자임으로 상업적으로 이용되는 잡종 제1세대($F_1$) 무에 있어서 씨의 순수성을 평가하였다. 웅성과 자성 양친 360개체에 27개 대립유전자좌위를 조사하였다. 특히 Par-1 ($aa{\times}bb$), Lap-1($aa{\times}bb$), Est-1 ($aa{\times}bb$)에서 명확한 잡종 밴드를 나타내었다. Est-1 대립유전자좌위에서 자성 배우체로부터 기원된 것이 15개체(8.3%)가 발견되었고, 웅성 배우체로부터 기원된 것이 26개체(14.4%)가 발견되었다. 또한 다양도 측면에서 양친 계통에 비해 잡종 계통에서 높은 유전적 다양도를 유지하고 있었다. 샤논의 정보지수(Shannon's index)를 이용한 표현형 다양도는 교잡 계통이 가장 높았다. 알로자임에 의한 무 계통의 교잡에 의한 종자 생성에서 씨에 대한 순수성 검증이 효과적으로 탐지되어 육종 연구에 기여할 수 있을 것으로 판단된다.

I-SSR 분석에 의한 노각나무 천연집단의 유전변이 (Genetic Variation in the Natural Populations of Korean Stewartia (Stewartia koreana Nakai) Based on I-SSR Analysis)

  • 양병훈;구영본;박용구;한상돈
    • 한국자원식물학회지
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    • 제19권1호
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    • pp.189-195
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    • 2006
  • 본 연구는 우리나라 특산수종이며 조경 및 원예적 가치가 높은 노각나무 유전변이를 조사하기 위해 6개 천연집단을 선발하여 DNA I-SSR 표지자를 사용, 유전다양성 및 유전구조를 조사하였다. 5개의 I-SSR primer(#813, 815, 818, 820, 823)에서 총 61개의 증폭산물을 관찰할 수 있었으며, 유전 다양성을 나타내는 P(Percentage of polymorphic loci)값과S.I.(Shannon's information Index)가 남쪽에 분포하는 오봉산(P=88.5%, S.I.=0.467), 금산(P=86.9%, S.I.=0.427), 바랑산(P=83.6%, S.I.=0.425)집단이 높았으며, 북쪽(내륙)에 분포하는 소백산(P=80.3%, S.I.=0.396), 지리산(P=77.1%, S.I.=0.368), 가야산(P=75.4%, S.I.=0.358)집단은 낮았다. 전체 유전변이 중 11.8%만이 집단간에 기인하는 것으로 나타났고, 나머지 88.2%는 집단내 개체간의 차이에서 기인하였다. 유전거리를 이용하여 UPGMA법에 의한 유집분석을 실시한 결과 지리적 분포에 대한 뚜렷한 경향은 나타나지 않았다.

Assessment of the Distribution of the Street Trees of Suwon City for Biodiversity

  • Choi, Sun A;Kim, Shin Won
    • KIEAE Journal
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    • 제14권5호
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    • pp.49-57
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    • 2014
  • This research is about analysis and evaluation of biodiversity of Suwon's street tree, then understanding the problem of it and finally finding a solution. Because the increasing damage of the street trees by disease and insects, insecticide is applied to prevent further damage. However, this insecticide is found to be cancer genic and causing hygienic threat to civilians. Therefore, by gathering Suwon's internal statistics about Suwon's street tree, the trees are divided into three categories, tall evergreen trees, deciduous trees, shrubs following Frank's 30-20-10 theory(1990). Also, according to species diversity index, the problem of disease and insect is researched in terms of biodiversity, and here we suggests solutions to counter such problems. According to the results, the trees planted in Suwon was found to be 31 families, 43 genus and 58 species. The most used kinds, almost 85% of the whole species, are found to be Rhododendron indicum (L.) Sweet, Buxus koreana Nakai ex Chung & al, Euonymus japonicus Thunb, Ligustrum obtusifolium Siebold & Zucc. Besides these, the rest of 15% of street trees had little variety. Therefore, it is necessary to plant tree variously and equally in terms of biodiversity. If this Frank's 10-20-30 solution is not enough to completely solve coulure problem, then further research will be done on soil properties, and local features for improvement of Suwon street tress.

제주도 개가시나무의 유전구조와 유전적 다양성 (Genetic Diversity of Quercus gilva in Je-ju Island)

  • 김고운;장경수;임형우;김은혜;이계한
    • 한국산림과학회지
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    • 제107권2호
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    • pp.151-157
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    • 2018
  • 본 연구는 제주도에 생육하고 있는 개가시나무(Quercus gilva Blume)에 대한 유전적 다양성을 분석하여 보전전략을 수립하기 위한 기초데이터 마련을 목적으로 하였다. 제주도 내 5집단 80개체를 대상으로 ISSR (Inter Simple Sequence Repeat) 분석을 시행하였다. 총 6개의 ISSR 프라이머를 이용하여 72개의 증폭산물을 관찰하였으며 그 중 67개의 증폭산물이 다형성이 있는 것으로 나타났다. 집단 수준에서의 다형적 유전자좌의 비율은 93%로 나타났으며, S.I. (Shannon's information index)=0.237, h (Nei's genetic diversity)=0.156로 나타났다. AMOVA 분석 결과 $F_{st}$는 0.169의 값을 보여 집단 간 분화가 큼을 나타냈다. 전체 유전변이의 17%가 집단 간 차이, 나머지 83%는 집단 내 개체 간에 존재하는 것으로 보여 집단 간의 변이보다 집단 내 변이가 더 큰 것으로 나타났다. 이와 같은 연구결과를 바탕으로 개가시나무 서식지의 산림유전자원보호구역 지정 및 지속적인 모니터링, 생육환경의 개선을 통한 치수의 생장력 강화, 현지 외 유전자원 보전 및 현지 외 개체군과의 환경적 유전적 차이 비교를 통한 보전방안을 마련해야할 필요성이 있을 것으로 사료된다.

ISSR 분석으로 살펴본 애기등의 유전적 다양성 (Genetic diversity of Millettia japonica in Korea as revealed by ISSR analysis)

  • 김나래;김용인;이정훈;김영동
    • 식물분류학회지
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    • 제43권4호
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    • pp.267-273
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    • 2013
  • 최근 환경부 멸종위기종 급에서 해제된 애기등(Millettia japonica) 집단의 유전적 다양성 분석을 위해 10개 집단(한국 9집단, 일본 1집단) 189개체에 대한 ISSR (Inter-Simple-Sequence-Repeat) 분석을 수행하였다. 조사된 애기등의 유전적 다양성은 같은 과내의 멸종위기종보다 더 높은 것으로 조사되었다(Shannon's information index: I = 0.2689). 집단별 유전적 다양성은 전북 고창(I = 0.2968) 집단과 경남 남해(I = 0.2951), 경북 토함산(I = 0.2823) 집단이 높았으며, 일본 큐슈(I = 0.2487) 집단이 가장 낮았다. 애기등 10개 집단이 공유하는 유전변이의 양은 전체 유전변이의 86.49%로 나타났고, 전체의 13.51%가 집단간 유전적 차이에 의한 것으로 나타났다. 또한 조사된 애기등 집단간 교류를 나타내는 Nm 값(1.8446)이 비교적 높은 것으로 나타났으며, 이에 따라 집단간 유전적 분화가 크게 일어나지 않았음을 알 수 있었다. 본 연구 결과 애기등의 유전자원 보존을 위해서는 유전다양도가 높은 집단을 중심으로 지속적인 자생지 모니터링이 요구되며, 현지외 보존을 위해서는 더 높은 유전적 다양도를 지닌 전북 고창, 경남 남해, 경북 토함산 집단에서 다수 개체를 선발하는 보존 전략이 적절할 것으로 판단된다.

The Ecological Characteristics of Classified Forest Cover Types in the Natural Forest of Sobaeksan

  • Lim, Seon-Mi;Kim, Ji Hong
    • Journal of Forest and Environmental Science
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    • 제31권2호
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    • pp.126-135
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    • 2015
  • This study was conducted to evaluate the ecological characteristics of forest cover types which were classified by cluster analysis in the natural forest of Sobaeksan on the basis of the vegetation data from the point-quarter sampling method. Recognized forest cover types were 1) Mixed mesophytic forest, 2) Taxus cuspidata forest, 3) Fraxinus rhynchophylla-Quercus mongolica forest, 4) Betula ermanii forest, 5) Pinus densiflora forest, 6) Quercus mongolica mixed forest, and 7) Quercus mongolica pure forest. For those of classified types, the species composition was expressed by importance value (IV) to describe the community floristically. The species diversity was quantified using the Shannon's diversity index. The results showed that the forest cover types were characteristically different from one another in growing species and compositional rates, depending upon the type which was formed by a number of similar vegetational sample points. Species diversity indices (H') of total and overstory both were the highest in the mixed mesophytic forest (3.530 and 2.880, respectively), and lowest in the Q. mongolica pure forest (2.122 and 0.000, respectively) with only one canopy species. The highest species diversity in the mixed mesophytic forest may due to the relatively high species richness and evenness in the forest cover types. The description on ecological characteristics were suggested to understand the formation and development of forest cover types in this study area.

Assessment of genetic diversity and distance of three Cicuta virosa populations in South Korea

  • Nam, Bo Eun;Kim, Jae Geun;Shin, Cha Jeong
    • Journal of Ecology and Environment
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    • 제36권3호
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    • pp.205-210
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    • 2013
  • Cicuta virosa L. (Apiaceae) is a perennial emergent plant designated as an endangered species in South Korea. According to the former records, only four natural habitats remain in South Korea. A former study suggested that three of four populations (Pyeongchang: PC, Hoengseong: HS, Gunsan: GS) would be classified as different ecotypes based on their different morphological characteristics and life cycle under different environmental conditions. To evaluate this suggestion, we estimated genetic diversity in each population and distance among three populations by random amplification of polymorphic DNA. Seven random primers generated a total of 61 different banding positions, 36 (59%) of them were polymorphic. Nei's gene diversity and the Shannon diversity index increased in the order of PC < HS < GS, which is the same order of population size. In the two-dimensional (2D) plot of first two principal components in principal component analysis with the presence of 61 loci, individuals could be grouped as three populations easily (proportion of variance = 0.6125). Nei's genetic distance for the three populations showed the same tendency with the geographical distance within three populations. And it is also similar to the result of discriminant analysis with the morphological or life-cycle factors from the previous study. From the results, we concluded that three different populations of C. virosa should be classified as ecotypes based on not only morphology and phenology but genetic differences in terms of diversity and distance as well.

희귀식물인 눈향나무(Juniperus chinensis var. sargentii)의 공간분포에 따른 유전구조 및 유전적 다양성 (Spatial Genetic Structure and Genetic Diversity of a Rare Endemic Juniperus chinensis var. sargentii in Mt. Halla, Korea)

  • 최형순;홍경락;정재민;김원우
    • The Korean Journal of Ecology
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    • 제27권5호
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    • pp.257-261
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    • 2004
  • 눈향나무(Juniperus chinensis var. sargentii Henry)는 사할린, 일본 등의 동북아시아와 한반도에서는 전국의 고산지대에서 자라는 상록성 소관목으로서 희귀 및 멸종 위기 식물(산림청)로 지정되어 있다. 본 연구에서는 한라산에 서식하는 눈향나무 집단의 분포형태 및 특성, 유전적 다양성과 공간적 유전구조를 파악하였다. 조사구(40m × 60m)에는 총 131개의 눈향나무 clump가 자생하고 있었으며 이들 전체 본수를 대상으로 군집지수를 계산한 바, 임의분포하고 있음을 확인하였다 모든 개체들에 대하여 ISSR 유전자형을 비교한 결과, 15개체는 클론으로, 나머지는 각기 서로 다른 genet으로 구성 되 어 있었다. 21개 의 ISSR 표지자를 바탕으로 계산한 Shannon의 다양성지수(I=0.463)는 적은 개체수와 제한적 분포에도 불구하고 유전적 다양성이 다른 수종에 비해 비교적 높은 편으로 나타났다. 공간적 자기상관 분석방법을 이용하여 공간적 유전구조를 파악한 결과, 조사지역내의 눈향나무 집단은 8m 이내에서 유전적으로 유사한 군락구조를 갖고 있는 것으로 나타났으며, 클론 번식이 공간적 유전 구조에 미치는 영향은 거의 없는 것으로 판단되었다.

설악산 대청봉 눈잣나무(Pinus pumila (Pall.) Regel) 집단의 유전다양성과 공간적 유전구조 (Genetic Diversity and Spatial Genetic Structure of Dwarf Stone Pine in Daecheongbong Area, Mt. Seorak)

  • 송정호;임효인;홍경낙;장경환;홍용표
    • 한국자원식물학회지
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    • 제25권4호
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    • pp.407-415
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    • 2012
  • 눈잣나무는 동북아시아가 주 분포지로 남한에서는 설악산 고산지역에만 제한적으로 분포한다. 본 연구는 설악산 눈잣나무 집단의 분포형태와 특성, 유전다양성 및 공간분포에 따른 유전구조를 파악하였다. 선발된 9개 I-SSR primer에서 총 78개 I-SSR 증폭산물을 얻었으며, 30개의 단형성 증폭산물을 제외한 48개의 증폭산물을 분석에 이용하였다. 조사구(40 m ${\times}$ 70 m)에는 눈잣나무 65개체가 자생하고 있었으며, 채집한 눈잣나무의 위치자료를 바탕으로 군집지수를 계산한 결과 약하게 집중분포(Aggregation Index = 0.871)하고 있음을 확인하였다. 모든 개체에 대하여 I-SSR 유전자형을 비교한 결과, 65개체 중 유전자형이 서로 다른 40개의 genet이 식별되었다. 유전자형 비율(G/N)은 61.5%, 유전자형 다양성(D)은 0.977, 유전자형 균등도(E)는 0.909로 각각 나타났다. Shannon의 다양성지수(I = 0.567)는 적은 개체수와 제한적 분포에도 불구하고 다른 수종들에 비해 비교적 높은 유전다양성을 나타났다. 공간적 자기상관 분석을 실시한 결과 조사지역 내의 눈잣나무 집단은 12 m 이내에서 유전적으로 유사한 군락구조를 갖고 있는 것으로 나타났다. Mantel 검정 결과 유전적 거리와 지리적 거리간에 낮은 상관관계를 나타내 눈잣나무 집단이 초기에 여러 개의 모수에서 형성된 것으로 추정되었다. 본 연구결과 설악산 눈잣나무 집단의 현지외 유전자 보존을 위한 표본추출 전략은 최소 12 m 이상의 거리를 두는 것이 효율적인 것으로 나타났다.