• 제목/요약/키워드: Sequence labeling

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Amperometric Detection of DNA by Electroreducation of O2 in an Enzyme-Amplified Two-Component Assay

  • Yoon Chang-Jung;Kim Hyug-Han
    • 전기화학회지
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    • 제7권1호
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    • pp.44-48
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    • 2004
  • The two-component type enzyme amplified amperometric DNA assay is described to use an ambient $O_2$ of the substrate of the DNA labeling enzyme. Although the assay detects DNA only at > 0.5M concentration, a concentration $\~10^6$ fold higher than the sandwich-type enzyme amplified amperometric DNA assay, it can be run with an always available substrate. The assay utilizes screen-printed carbon electrodes (SPEs) which were pre-coated by a co-electrodeposited film of an electron conducting redox hydrogel and a 37-base long single-stranded DNA sequence. The DNA in the electron conducting film hybridizes and captures, when present, the 37-base long detection-DNA, which is labeled with bilirubin oxidase (BOD), an enzyme catalyzing the four-electron reduction of $O_2$ to water. Because the redox hydrogel electrically connects the BOD reaction centers to the electrode, completion of the sandwich converts the film from non-electrocatalytic to electrocatalytic for the reduction of $O_2$ to water when the electrode is poised at 200 mV vs. Ag/hgCl. The advantage or the assay over the earlier reported sandwich type enzyme amplified amperometric DNA assay, in which the amplifying enzyme was horseradish peroxidase, is that it utilizes ambient $O_2$ instead of the less stable and naturally unavailable $H_2O_2$.

A review of Chinese named entity recognition

  • Cheng, Jieren;Liu, Jingxin;Xu, Xinbin;Xia, Dongwan;Liu, Le;Sheng, Victor S.
    • KSII Transactions on Internet and Information Systems (TIIS)
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    • 제15권6호
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    • pp.2012-2030
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    • 2021
  • Named Entity Recognition (NER) is used to identify entity nouns in the corpus such as Location, Person and Organization, etc. NER is also an important basic of research in various natural language fields. The processing of Chinese NER has some unique difficulties, for example, there is no obvious segmentation boundary between each Chinese character in a Chinese sentence. The Chinese NER task is often combined with Chinese word segmentation, and so on. In response to these problems, we summarize the recognition methods of Chinese NER. In this review, we first introduce the sequence labeling system and evaluation metrics of NER. Then, we divide Chinese NER methods into rule-based methods, statistics-based machine learning methods and deep learning-based methods. Subsequently, we analyze in detail the model framework based on deep learning and the typical Chinese NER methods. Finally, we put forward the current challenges and future research directions of Chinese NER technology.

관계 추출에서 사전학습 언어모델의 방향성 예측 분석 (Directional Predictive Analysis of Pre-trained Language Models in Relation Extraction)

  • 허윤아;오동석;강명훈;손수현;소아람;임희석
    • 한국정보과학회 언어공학연구회:학술대회논문집(한글 및 한국어 정보처리)
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    • 한국정보과학회언어공학연구회 2021년도 제33회 한글 및 한국어 정보처리 학술대회
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    • pp.482-485
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    • 2021
  • 최근 지식 그래프를 확장하기 위해 많은 연구가 진행되고 있다. 지식 그래프를 확장하기 위해서는 relation을 기준으로 entity의 방향성을 고려하는 것이 매우 중요하다. 지식 그래프를 확장하기 위한 대표적인 연구인 관계 추출은 문장과 2개의 entity가 주어졌을 때 relation을 예측한다. 최근 사전학습 언어모델을 적용하여 관계 추출에서 높은 성능을 보이고 있지만, entity에 대한 방향성을 고려하여 relation을 예측하는지 알 수 없다. 본 논문에서는 관계 추출에서 entity의 방향성을 고려하여 relation을 예측하는지 실험하기 위해 문장 수준의 Adversarial Attack과 단어 수준의 Sequence Labeling을 적용하였다. 또한 관계 추출에서 문장에 대한 이해를 높이기 위해 BERT모델을 적용하여 실험을 진행하였다. 실험 결과 관계 추출에서 entity에 대한 방향성을 고려하지 않음을 확인하였다.

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Serial Expression of Hypoxia Inducible Factor-$1{\alpha}$ and Neuronal Apoptosis in Hippocampus of Rats with Chronic Ischemic Brain

  • Yu, Chi-Ho;Moon, Chang-Taek;Sur, Jung-Hyang;Chun, Young-Il;Choi, Won-Ho;Yhee, Ji-Young
    • Journal of Korean Neurosurgical Society
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    • 제50권6호
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    • pp.481-485
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    • 2011
  • Objective : The purpose of this study is to investigate serial changes of hypoxia-inducible factor $1{\alpha}$ (HIF-$1{\alpha}$), as a key regulator of hypoxic ischemia, and apoptosis of hippocampus induced by bilateral carotid arteries occlusion (BCAO) in rats. Methods : Adult male Wistar rats were subjected to the permanent BCAO. The time points studied were 1, 2, 4, 8, and 12 weeks after occlusions, with n=6 animals subjected to BCAO, and n=2 to sham operation at each time point, and brains were fixed by intracardiac perfusion fixation with 4% neutral-buffered praraformaldehyde for brain section preparation. Immunohistochemistry (IHC), western blot and terminal uridine deoxynucleotidyl transferase dUTP nick end labeling (TUNEL) assay were performed to evaluate HIF-$1{\alpha}$ expression and apoptosis. Results : In IHC and western blot, HIF-$1{\alpha}$ levels were found to reach the peak at the 2nd week in the hippocampus, while apoptotic neurons, in TUNEL assay, were maximal at the 4th week in the hippocampus, especially in the cornu ammonis 1 (CA1) region. HIF-$1{\alpha}$ levels and apoptosis were found to fluctuate during the time course. Conclusion : This study showed that BCAO induces acute ischemic responses for about 4 weeks then chronic ischemia in the hippocampus. These in vivo data are the first to show the temporal sequence of apoptosis and HIF-$1{\alpha}$ expression.

효과적인 다중 차량 추적을 위한 객체 특징 추출 및 매칭 (Object Feature Extraction and Matching for Effective Multiple Vehicles Tracking)

  • 조두형;이석룡
    • 정보처리학회논문지:소프트웨어 및 데이터공학
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    • 제2권11호
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    • pp.789-794
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    • 2013
  • 차량 추적 시스템(vehicle tracking system)은 교통 흐름 파악, 차량 감시, 사고 감지 등을 통하여 교통 정체에 따른 차량의 이동 경로를 유도할 수 있고, 교통사고를 사전에 방지할 수 있게 하는 시스템이다. 효과적인 차량 추적을 위해서는 먼저 연속된 영상 내의 각 객체의 특징 값을 추출하여 영상 내에 존재하는 차량 객체를 인지할 수 있어야 한다. 다음으로, 검출된 다중 객체에 대하여 영상 간 객체 매칭을 통해 연속된 프레임에 걸쳐 출현하는 동일한 차량을 인식함으로써 각 차량의 움직임을 추적할 수 있다. 본 논문에서는 차 영상의 이진화 및 레이블링(labeling)을 통하여 객체를 검출하고, 검출한 객체의 최소 외접 직사각형(minimum bounding rectangle: MBR)의 중심 좌표와 이 MBR의 가로, 세로 방향에 대한 라인(line)별 1D FFT(fast Fourier transform) 변환 결과의 평균 계수 값을 계산하여 객체의 특징 값을 구한다. 다음으로, 연속된 프레임에 걸쳐 출현하는 객체들 중 유사도가 가장 높은 객체 쌍을 동일한 객체로 인식하여 객체를 추적하는 방법을 제안한다. 실험 결과, 제안한 방법은 객체의 기하학적 특성에 기초한 기존 방법들에 비하여 정확한 추적이 가능함을 보여주었다.

인간 동작 데이타로 애니메이션되는 아바타의 학습 (Training Avatars Animated with Human Motion Data)

  • 이강훈;이제희
    • 한국정보과학회논문지:시스템및이론
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    • 제33권4호
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    • pp.231-241
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    • 2006
  • 제어 가능하고 상황에 따라 반응하는 아바타의 제작은 컴퓨터 게임 및 가상현실 분야에서 중요한 연구 주제이다. 최근에는 아바타 애니메이션과 제어의 사실성을 높이기 위해 대규모 동작 캡처 데이타가 활용되고 있다. 방대한 양의 동작 데이타는 넓은 범위의 자연스러운 인간 동작을 수용할 수 있다는 장점을 갖는다. 하지만 동작 데이타가 많아지면 적절한 동작을 찾는데 필요한 계산량이 크게 증가하여 대화형 아바타 제어에 있어 병목으로 작용한다. 이 논문에서 우리는 레이블링(labeling)이 되어있지 않은 모션 데이타로부터 아바타의 행동을 학습시키는 새로운 방법을 제안한다. 이 방법을 사용하면 최소의 실시간 비용으로 아바타를 애니메이션하고 제어하는 것이 가능하다. 본 논문에서 제시하는 알고리즘은 Q-러닝이라는 기계 학습 기법에 기초하여 아바타가 동적인 환경과의 상호작용에 따른 시행착오를 통해 주어진 상황에 어떻게 반응할지 학습하도록 한다. 이 접근 방식의 유효성은 아바타가 서로 간에, 그리고 사용자에 대해 상호작용하는 예를 보임으로써 증명한다.

Conformational Change of Human Annexin I by the Binding of $Ca^{2+}$, ATP and cAMP

  • Lee, Bong-Jin;An, Hee-Chul;Lee, Yeon-Hee;Han, Hee-Yong;Na, Doe-Sun
    • 한국자기공명학회논문지
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    • 제2권2호
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    • pp.141-151
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    • 1998
  • Human annexin I is a member of annexin family of calcium dependent phospholipid binding proteins, which have been implicated in various physiological roles including phospholipase A2(PLA2) inhibition, membrane fusion and calcium channel activity. In this work, the structure of N-terminally truncated human annexin I ({{{{ DELTA }}-annexin I) and its interactions with Ca2+, ATP and cAMP were studied at atomic level by using nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy. The effect of Ca2+ binding on the structure of {{{{ DELTA }}-annexin I was investigated. The addition of Ca2+ to {{{{ DELTA }}-annexin I caused some changes in 13C NMR spectra. Carbonyl carbon resonances of some histidines were significantly broadened by Ca2+ binding. However, in the case of methionine, phenylalanine, and tyrosin, small changes could be observed. We found that ATP and cAMP bind {{{{ DELTA }}-annexin I, and the binding ratio of ATP to {{{{ DELTA }}-annexin I is 1. These results are well consistent with the report that cAMP and ATP interact with annexin I, and affect the calcium channels formed by annexin I. Because {{{{ DELTA }}-annexin I is a large protein with 35 kDa molecular weight, site-specific (carbonyl-13C) labeling technique was used to study the interaction sites of {{{{ DELTA }}-annexin I with Ca2+. NMR study was focused on the carbonyl carbon resonances of tyrosine, phenylalanine, methionine and histidine residues of {{{{ DELTA }}-annexin I because the number of these amino acids is small in the amino acid sequence of {{{{ DELTA }}-annexin I.

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Rapid Origin Determination of the Northern Mauxia Shrimp (Acetes chinensis) Based on Allele Specific Polymerase Chain Reaction of Partial Mitochondrial 16S rRNA Gene

  • Kang, Jung-Ha;Noh, Eun-Soo;Park, Jung-Youn;An, Chel-Min;Choi, Jung-Hwa;Kim, Jin-Koo
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제28권4호
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    • pp.568-572
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    • 2015
  • Acetes chinensis is an economically important shrimp that belongs to the Sergestidae family; following fermentation, A. chinensis' economic value, however, is low in China, and much of the catch in China is exported to Korea at a low price, thus leading to potential false labeling. For this reason, we developed a simple method to identify A. chinensis' origin using allele-specific polymerase chain reaction (PCR). Ten single nucleotide polymorphisms (SNPs) were identified from partial (i.e., 570 bp) DNA sequence analysis of the mitochondrial 16s rRNA gene in 96 Korean and 96 Chinese individual shrimp. Among 10 SNP sites, four sites were observed in populations from both countries, and two sites located in the middle with SNP sites at their 3'-ends were used to design allele-specific primers. Among the eight internal primers, the C220F primer specific to the Chinese A. chinensis population amplified a DNA fragment of 364 bp only from that population. We were able to identify the A. chinensis population origin with 100% accuracy using multiplex PCR performed with two external primers and C220F primers. These results show that the 16S rRNA gene that is generally used for the identification of species can be used for the identification of the origin within species of A. chinensis, which is an important finding for the fair trade of the species between Korea and China.

깊이 카메라를 이용한 움직임 추정 방법 (Motion Estimation Method by Using Depth Camera)

  • 권순각;김성우
    • 방송공학회논문지
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    • 제17권4호
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    • pp.676-683
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    • 2012
  • 동영상 부호화에서 움직임 추정은 구현 복잡도에 가장 크게 영향을 미친다. 본 논문에서는 깊이 카메라와 색상 카메라를 동시에 이용하여 움직임 추정의 복잡도를 줄이는 방법을 제안한다. 깊이 카메라로부터 얻어진 거리 정보로 동영상내 객체 정보를 얻고, 비슷한 거리에 있는 화소들을 그룹화하여 동일한 객체로 라벨링을 수행한다. 라벨링된 현재 및 참조 화면내에서 움직임 추정 블록을 세부분(배경, 객체내부, 경계)의 탐색영역으로 구분하여 적응적으로 판단한다. 현재 블록이 객체내부영역이면 참조 화면에서 객체내부영역에만 움직임 추정을 탐색하고, 배경영역이면 블록은 참조 화면에서 배경영역에만 탐색한다. 모의실험을 바탕으로 전역탐색방법에 비하여 제안된 방법은 움직임 추정 차신호가 동일하게 유지되면서 탐색 복잡도가 크게 줄어듬을 확인할 수 있다.

WiseQA를 위한 정답유형 인식 (Recognition of Answer Type for WiseQA)

  • 허정;류법모;김현기;옥철영
    • 정보처리학회논문지:소프트웨어 및 데이터공학
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    • 제4권7호
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    • pp.283-290
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    • 2015
  • 본 논문에서는 WiseQA 시스템에서 정답유형을 인식하기 위한 하이브리드 방법을 제안한다. 정답유형은 어휘정답유형과 의미정답유형으로 구분된다. 본 논문은 어휘정답유형 인식을 위해서 질문초점에 기반한 규칙모델과 순차적 레이블링에 기반한 기계학습모델을 제안한다. 의미정답유형 인식을 위해 다중클래스 분류에 기반한 기계학습모델과 어휘정답유형을 이용한 필터링 규칙을 소개한다. 어휘정답유형 인식성능은 F1-score 82.47%이고, 의미정답유형 인식성능은 정확률 77.13%이다. 어휘정답유형 인식성능은 IBM 왓슨과 비교하여, 정확률은 1.0% 저조하고, 재현율은 7.4% 높다.