• 제목/요약/키워드: Sequence characteristics

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Pheopolykrikos hartmannii(W. Zimmermann) Matsuoka & Fukuyo 휴면포자와 유영세포: 형태적 특징 및 계통 분류, 발아에 미치는 온도 영향 (Resting cysts and vegetative cells of Pheopolykrikos hartmannii (W. Zimmermann) Matsuoka & Fukuyo(Dinophyceae): Morphology, phylogeny, and effect of temperature on germination)

  • 곽경윤;윤주연;김현정;한경하;;신현호
    • 환경생물
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    • 제40권4호
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    • pp.387-397
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    • 2022
  • 한국 남해역의 퇴적물에서 분리한 Pheopolykrikos hartmannii 휴면포자는 구형으로 밝은 갈색을 띠고 있으며, 표면에는 길고 날카로운 돌기물이 관찰되고 내부에는 원형질과 함께 한개의 붉은색 색소체(red accumulation)가 있다. 이 휴면포자는 5℃를 제외하고, 10℃에서 30℃ 사이의 온도에서 발아하였고, 15℃와 20℃에서 높은 발아율(>90%)을 보였다. 휴면포자로부터 발아한 유영세포는 2개의 세포로 된 콜로니(two-celled colony) 형태로 관찰되었고, 전방세포의 상추구에서 고리 모양의 apical groove가 관찰되었다. 그리고 분자계통 분석 결과, Pheopolykrikos hartmannii는 Polykrikos종과 근연 관계로 확인되었다.

BIM기반 설계를 지원하는 인테리어 패널 자동배치 도구 프로토타입 구현 - 비트맵 이미지 픽셀 패턴의 추출과 패널 표현을 중심으로 - (Prototyping a BIM-enabled Design Tool for the Auto-arrangement of Interior Design Panels - Based on the Pattern Extraction of Bitmap Image Pixels and its Representation -)

  • 황금화;김하얀;이진국
    • 디자인융복합연구
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    • 제15권5호
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    • pp.71-83
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    • 2016
  • 인테리어 패널은 실내 벽체의 마감 디자인에 많이 활용되고 있으며 패널들의 배치로 형성되는 다양한 패턴은 장식적 효과뿐만 아니라 정보전달의 역할도 한다. 설계자가 원하는 디자인에 따라 패널을 배치하는 것은 반복되는 작업을 요구하는데 본 연구는 패널배치 과정의 체계화를 통해 자동화를 지원하는 것을 목적으로 한다. 이에 본 연구에서는 인테리어 패널의 활용 특징을 고려하여 패턴표현에 관한 이론적 고찰을 진행하고 이를 바탕으로 비트맵 이미지 픽셀과 인테리어 패널의 형태 변화를 이용한 세 가지 패널배치 패턴 표현 방법을 제안하였다. 또한 제안한 방법의 실제 적용 가능성 검증을 위해 제안한 세 가지 방법 중 비트맵 이미지 픽셀과 인테리어 패널의 유형속성을 이용한 패턴표현 방법을 적용하여 BIM기반 설계를 지원하는 인테리어 패널 자동배치 도구를 구현 하였다. 이는 물량정보나 패널 배치순서와 같은 시공단계에 활용 가능한 정보의 자동생성도 지원하여 설계자 및 시공자의 작업효율 향상에 도움이 된다. 또한 본 연구에서 제안한 인테리어 패널 자동배치 패턴표현 방법은 바닥 타일과 같은 기본단위의 반복을 요구로 하는 다양한 장식객체의 배치에도 활용 가능할 것으로 기대 된다.

길항세균 Bacillus amyloliquefaciens KBC1009를 이용한 고추 흰비단병의 생물학적 방제 (Biological Control of Stem Rot of Pepper caused by Sclerotium rolfsii using by Bacillus amyloliquefaciens KBC1009)

  • 강재곤;이영의;박정찬;정윤우;박창석;강훈석
    • 농업생명과학연구
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    • 제50권4호
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    • pp.27-34
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    • 2016
  • 고추를 비롯한 채소작물에 심각한 피해를 야기하는 흰비단병의 생물학적 방제제를 개발하기 위하여 시설재배 토양에서 분리한 세균 중에서 흰비단병균인 Sclerotium rolfsii의 균사생장을 강하게 억제하는 균주를 선발하였다. 선발된 균주는 형태적, 생리적 분석과 16S rRNA 분석결과를 바탕으로 Bacillus amyloliquefaciens로 동정하였고 최종 선발균주를 Bacillus amyloliquefaciens KBC1009로 명명하였다. Bacillus amyloliquefaciens KBC1009의 배양특성을 조사한 결과 배양온도 30℃, pH 7의 조건에서 72시간동안 배양했을 때 배양 효율이 가장 우수하였으며, 배양에 적정한 영양원은 탄소원 glucose, 질소원 yeast extract를 사용했을 때 가장 높은 균수를 나타내었다. 포장에서 고추 흰비단병에 대한 Bacillus amyloliquefaciens KBC1009의 방제효과를 검정하기 위해 흰비단병원균을 토양에 접종하고 B. amyloliquefaciens KBC1009 배양액(5×108 cfu/ml)을 500배로 희석하여 10일 간격으로 3회 관주 처리한 결과 무처리대비 66.7%의 방제효과를 나타내었다.

"유사 통행행태 집단"의 Trip-chaining을 고려한 통행발생 모형 (A Study on Trip Generation Model considering Trip-chaining by Behavioral Homogeneous Person Group)

  • 이선하;윤진숙
    • 대한토목학회논문집
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    • 제26권5D호
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    • pp.709-716
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    • 2006
  • 최근 들어 싱글족, 맞벌이 부부 증가 등 가구구성 체계에 많은 변화가 발생하였고, 이로 인한 개인들의 일상적인 업무수행의 변화는 통행행태에도 지대한 영향을 미치게 되었다. 이 중 중요한 특징 중의 하나는 예를 들어 출근 중에 자녀들을 등교시키거나, 퇴근 길에 구매 또는 여가활동을 수행하는 다수의 통행목적을 하나의 out-going 통행으로 처리되는 비중이 늘고 있다는 것이다. 따라서 통행을 하나의 목적을 수행하기 위하여 독립적으로 발생하는 것이 아닌 하루 동안 개인이 다양한 활동을 수행하기 위하여 장소를 이동한 activity-based 개념의 통행고리의 형태로 파악하고 이에 기반 한 통행발생 모형의 필요성이 높다. 본 논문은 통행발생 모형에 있어서 직업, 승용차 보유여부 등을 기준으로 "유사한 통행특성"을 갖는 집단을 분류하고, 집단별 구성원들의 평균적인 1일 중 activity diary를 분석하여 업무수행 순서, 통행고리별 발생시간, 이용 교통수단 등 통행특성에 의하여 총 통행량을 추정하는 모형을 개발하였다. 실증적인 검증으로서 공주시 가구통행실태조사를 수행하여 "유사통행행태" 집단의 분류, 집단별 통행행태의 특성과 이에 기초한 교통지구 별 통행발생량을 추정하였다. "유사통행행태" 집단의 구분은 통행발생에 있어서 유의성이 높은 설명인자인 직업과 승용차의 보유여부, 학생인지의 여부를 기준으로 하였다. 분석결과 이와 같은 구분기준이 기존 국내 교통계획모형에서 일반적으로 적용되고 있는 산업군 분류기준에 비하여 비교적 통행특성을 잘 반영하고 있는 것으로 나타났다. 또한 집단별 통행고리 특성에 기반 한 통행발생 추정 결과 교통지구별 통행발생량들이 교통지구별 인구, 직장인수, 자동차 보유율과 인구유입시설 등의 각종 사회 경제지표의 특성 등도 잘 반영하는 것으로 나타났다.

Sphingomonas abietis sp. nov., an Endophytic Bacterium Isolated from Korean Fir

  • Lingmin Jiang;Hanna Choe;Yuxin Peng;Doeun Jeon;Donghyun Cho;Yue Jiang;Ju Huck Lee;Cha Young Kim;Jiyoung Lee
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제33권10호
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    • pp.1292-1298
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    • 2023
  • PAMB 00755T, a bacterial strain, was isolated from Korean fir leaves. The strain exhibits yellow colonies and consists of Gram-negative, non-motile, short rods or ovoid-shaped cells. It displays optimal growth conditions at 20℃, 0% NaCl, and pH 6.0. Results of 16S rRNA gene-based phylogenetic analyses showed that strain PAMB 00755T was most closely related to Sphingomonas chungangi MAH-6T (97.7%) and Sphingomonas polyaromaticivorans B2-7T (97.4%), and ≤96.5% sequence similarity to other members of the genus Sphingomonas. The values of average nucleotide identity (79.9-81.3%), average amino acid identity (73.3-75.9%), and digital DNA-DNA hybridization (73.3-75.9%) were significantly lower than the threshold values for species boundaries; these overall genome-related indexes (OGRI) analyses indicated that the strain represents a novel species. Genomic analysis revealed that the strain has a 4.4-Mbp genome encoding 4,083 functional genes, while the DNA G+C content of the whole genome is 66.1%. The genome of strain PAMB 00755T showed a putative carotenoid biosynthetic cluster responsible for its antioxidant activity. The respiratory quinone was identified as ubiquinone 10 (Q-10), while the major fatty acids in the profile were identified as C18:1ω7c and/or C18:1ω6c (summed feature 8). The major polar lipids of strain PAMB 00755T were diphosphatidylglycerol, phosphatidylethanolamine, sphingoglycolipid, and phosphatidylcholine. Based on a comprehensive analysis of genomic, phenotypic, and chemotaxonomic characteristics, we proposed the name Sphingomonas abietis sp. nov. for this novel species, with PAMB 00755T as the type strain (= KCTC 92781T = GDMCC 1.3779T).

직류전동기 제어기법을 적용한 3상 BLDC 모터 제어에 관한 연구 (A Study of Control for 3 Phase BLDC Motor using Control Methodology of DC Motor)

  • 김진만;남택근
    • 해양환경안전학회지
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    • 제29권6호
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    • pp.704-711
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    • 2023
  • 본 논문은 직류전동기(DC motor)와 전기적인 특성은 유사하지만, 수명과 신뢰성이 향상된 BLDC 모터의 제어기법에 대해 언급하고 있다. BLDC모터는 회전자의 위치 정보를 사용하여 직류전동기의 기계적인 접촉에 의한 정류 장치를 제거함으로써 내구성과 속도 안정성을 향상시킬 수 있다. 본 연구에서는 BLDC모터의 권선에 흐르는 전류가 직류전동기의 전기자에 흐르는 구형파 형태의 전류인 것에 착안하여 직류전동기에 대한 제어기를 설계하고, 설계된 제어기를 3상 BLDC모터에 적용하여 제어기의 유효성을 확인하였다. 이를 위해 3상 BLDC모터의 전기적인 파라미터 값을 가지는 단상 직류전동기의 모델링을 실시하였고, 도출된 시스템에 대해 근궤적법을 적용하여 전동기의 속도제어를 위한 PI 제어기를 설계하였다. DC 전동기의 속도제어 시뮬레이션을 시행하여 제어기의 성능을 확인하였고, 동일한 제어기를 MATLAB으로 구현한 3상 BLDC모터의 속도제어에 적용하였다. DC 전동기와 유사한 제어 결과를 3상 BLDC모터에서 얻을 수 있었고, 이를 통해 연구에서 제안한 제어기법의 유용성을 확인할 수 있었다.

Imaging Assessment of Visceral Pleural Surface Invasion by Lung Cancer: Comparison of CT and Contrast-Enhanced Radial T1-Weighted Gradient Echo 3-Tesla MRI

  • Yu Zhang;Woocheol Kwon;Ho Yun Lee;Sung Min Ko;Sang-Ha Kim;Won-Yeon Lee;Suk Joong Yong;Soon-Hee Jung;Chun Sung Byun;JunHyeok Lee;Honglei Yang;Junhee Han;Jeanne B. Ackman
    • Korean Journal of Radiology
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    • 제22권5호
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    • pp.829-839
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    • 2021
  • Objective: To compare the diagnostic performance of contrast-enhanced radial T1-weighted gradient-echo 3-tesla (3T) magnetic resonance imaging (MRI) and computed tomography (CT) for the detection of visceral pleural surface invasion (VPSI). Visceral pleural invasion by non-small-cell lung cancer (NSCLC) can be classified into two types: PL1 (without VPSI), invasion of the elastic layer of the visceral pleura without reaching the visceral pleural surface, and PL2 (with VPSI), full invasion of the visceral pleura. Materials and Methods: Thirty-three patients with pathologically confirmed VPSI by NSCLC were retrospectively reviewed. Multidetector CT and contrast-enhanced 3T MRI with a free-breathing radial three-dimensional fat-suppressed volumetric interpolated breath-hold examination (VIBE) pulse sequence were compared in terms of the length of contact, angle of mass margin, and arch distance-to-maximum tumor diameter ratio. Supplemental evaluation of the tumor-pleura interface (smooth versus irregular) could only be performed with MRI (not discernible on CT). Results: At the tumor-pleura interface, radial VIBE MRI revealed a smooth margin in 20 of 21 patients without VPSI and an irregular margin in 10 of 12 patients with VPSI, yielding an accuracy, sensitivity, specificity, positive predictive value, negative predictive value, and F-score for VPSI detection of 91%, 83%, 95%, 91%, 91%, and 87%, respectively. The McNemar test and receiver operating characteristics curve analysis revealed no significant differences between the diagnostic accuracies of CT and MRI for evaluating the contact length, angle of mass margin, or arch distance-to-maximum tumor diameter ratio as predictors of VPSI. Conclusion: The diagnostic performance of contrast-enhanced radial T1-weighted gradient-echo 3T MRI and CT were equal in terms of the contact length, angle of mass margin, and arch distance-to-maximum tumor diameter ratio. The advantage of MRI is its clear depiction of the tumor-pleura interface margin, facilitating VPSI detection.

Added Value of Chemical Exchange-Dependent Saturation Transfer MRI for the Diagnosis of Dementia

  • Jang-Hoon Oh;Bo Guem Choi;Hak Young Rhee;Jin San Lee;Kyung Mi Lee;Soonchan Park;Ah Rang Cho;Chang-Woo Ryu;Key Chung Park;Eui Jong Kim;Geon-Ho Jahng
    • Korean Journal of Radiology
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    • 제22권5호
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    • pp.770-781
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    • 2021
  • Objective: Chemical exchange-dependent saturation transfer (CEST) MRI is sensitive for detecting solid-like proteins and may detect changes in the levels of mobile proteins and peptides in tissues. The objective of this study was to evaluate the characteristics of chemical exchange proton pools using the CEST MRI technique in patients with dementia. Materials and Methods: Our institutional review board approved this cross-sectional prospective study and informed consent was obtained from all participants. This study included 41 subjects (19 with dementia and 22 without dementia). Complete CEST data of the brain were obtained using a three-dimensional gradient and spin-echo sequence to map CEST indices, such as amide, amine, hydroxyl, and magnetization transfer ratio asymmetry (MTRasym) values, using six-pool Lorentzian fitting. Statistical analyses of CEST indices were performed to evaluate group comparisons, their correlations with gray matter volume (GMV) and Mini-Mental State Examination (MMSE) scores, and receiver operating characteristic (ROC) curves. Results: Amine signals (0.029 for non-dementia, 0.046 for dementia, p = 0.011 at hippocampus) and MTRasym values at 3 ppm (0.748 for non-dementia, 1.138 for dementia, p = 0.022 at hippocampus), and 3.5 ppm (0.463 for non-dementia, 0.875 for dementia, p = 0.029 at hippocampus) were significantly higher in the dementia group than in the non-dementia group. Most CEST indices were not significantly correlated with GMV; however, except amide, most indices were significantly correlated with the MMSE scores. The classification power of most CEST indices was lower than that of GMV but adding one of the CEST indices in GMV improved the classification between the subject groups. The largest improvement was seen in the MTRasym values at 2 ppm in the anterior cingulate (area under the ROC curve = 0.981), with a sensitivity of 100 and a specificity of 90.91. Conclusion: CEST MRI potentially allows noninvasive image alterations in the Alzheimer's disease brain without injecting isotopes for monitoring different disease states and may provide a new imaging biomarker in the future.

하천에서 분리한 Serratia sp. PDGS120915의 프로디지오신 생산 (Prodigiosin Production From Serratia sp. PDGS120915 Isolated From Daeyeon Stream Water in Busan)

  • 지근호;김영태
    • 생명과학회지
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    • 제34권6호
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    • pp.377-384
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    • 2024
  • 프로디지오신은 Serratia marcescens, Vibrio psychroerythrus, Hahella chejuensis 등이 생산하는 일반적인 pyrrolylpyrromethane 골격을 특징으로 하는 붉은색 색소이다. 프로디지오신은 항암, 면역억제, 항진균, 항말라리아, 살조 활성을 갖는 것으로 보고되어있다. 프로디지오신은 다양한 활성이 비해 생산율이 현저히 낮고, 생합성 조건이 까다롭다. 이로 인해 판매 가격이 높고, 활용성이 낮다. 본 연구는 Serratia의 배양 조건에 따른 생산 효율을 높이기 위한 다양한 연구를 진행하였다. 본 연구에서는 16S rDNA 유전자 서열 분석 및 생리학적 특성을 기반으로 prodigiosin을 생성하는 박테리아 균주 PDGS120915를 부산의 경미하게 오염된 하천수에서 분리하여 Serratia sp.의 균주로 확인하였다. PDGS120915의 붉은색 색소를 산성에탄올을 이용하여 직접 추출하고 특성분석을 실시한 결과 프로디지오신 화합물로 확인되었다. 색소 생성은 25℃, pH 7 및 0% NaCl 농도 조건에서 14시간 동안 배양했을 때 최적을 생성을 보였다. 또한 우리는 fructose와 beef extract 같은 탄소 및 질소원을 처리하면 프로디지오신 생산이 각각 약 6배와 4배 증가한다는 것을 발견하였다. 미네랄에서는 KCl이 프로디지오신 생산 증대에 가장 효과적이었다. 카세인은 또한 프로디지오신 생산에 가장 적합한 공급원이었다.

Technical Feasibility of Quantitative Measurement of Various Degrees of Small Bowel Motility Using Cine Magnetic Resonance Imaging

  • Ji Young Choi;Jihye Yun;Subin Heo;Dong Wook Kim;Sang Hyun Choi;Jiyoung Yoon;Kyuwon Kim;Kee Wook Jung;Seung-Jae Myung
    • Korean Journal of Radiology
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    • 제24권11호
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    • pp.1093-1101
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    • 2023
  • Objective: Cine magnetic resonance imaging (MRI) has emerged as a noninvasive method to quantitatively assess bowel motility. However, its accuracy in measuring various degrees of small bowel motility has not been extensively evaluated. We aimed to draw a quantitative small bowel motility score from cine MRI and evaluate its performance in a population with varying degrees of small bowel motility. Materials and Methods: A total of 174 participants (28.5 ± 7.6 years; 135 males) underwent a 22-second-long cine MRI sequence (2-dimensional balanced turbo-field echo; 0.5 seconds per image) approximately 5 minutes after being intravenously administered 10 mg of scopolamine-N-butyl bromide to deliberately create diverse degrees of small bowel motility. In a manually segmented area of the small bowel, motility was automatically quantified using a nonrigid registration and calculated as a quantitative motility score. The mean value (MV) of motility grades visually assessed by two radiologists was used as a reference standard. The quantitative motility score's correlation (Spearman's ρ) with the reference standard and performance (area under the receiver operating characteristics curve [AUROC], sensitivity, and specificity) for diagnosing adynamic small bowel (MV of 1) were evaluated. Results: For the MV of the quantitative motility scores at grades 1, 1.5, 2, 2.5, and 3, the mean ± standard deviation values were 0.019 ± 0.003, 0.027 ± 0.010, 0.033 ± 0.008, 0.032 ± 0.009, and 0.043 ± 0.013, respectively. There was a significant positive correlation between the quantitative motility score and the MV (ρ = 0.531, P < 0.001). The AUROC value for diagnosing a MV of 1 (i.e., adynamic small bowel) was 0.953 (95% confidence interval, 0.923-0.984). Moreover, the optimal cutoff for the quantitative motility score was 0.024, with a sensitivity of 100% (15/15) and specificity of 89.9% (143/159). Conclusion: The quantitative motility score calculated from a cine MRI enables diagnosis of an adynamic small bowel, and potentially discerns various degrees of bowel motility.