• 정보처리학회논문지:소프트웨어 및 데이터공학
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• 제7권2호
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• pp.51-62
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• 2018

높은 유틸리티 순차 패턴 탐사는 데이터 마이닝에서 중요한 연구 주제로 간주되고 있다. 이 주제에 대해 몇 개의 알고리즘들이 제안되었지만, 그것들은 높은 유틸리티 순차 패턴 탐사의 탐색 공간이 커지는 문제에 부딪히게 된다. 한 시퀀스의 더 엄격한 유틸리티 상한 값은 탐색 공간에서 초기에 유망하지 않은 패턴들을 더 가지치기할 수 있다. 본 논문에서 새로운 유틸리티 상한 값을 제안하는데, 그것은 한 시퀀스와 그 자손 시퀀스들의 최대 예상 유틸리티인 sequence expected utility (SEU)이다. 높은 유틸리티 순차 패턴들을 탐사하는데 필수적인 정보를 유지하기 위해 각 패턴에 대한 시퀀스 유틸리티 리스트를 새로운 자료구조로 사용한다. SEU를 활용하여 높은 유틸리티 순차 패턴들을 찾아내는 알고리즘인 High Sequence Utility List-Span (HSUL-Span)을 제안한다. 서로 다른 영역의 합성 데이터세트와 실제 데이터세트에 대한 실험 결과는 HSUL-Span이 상당히 적은 수의 후보 패턴들을 생성하고 실행 시간 면에서 다른 알고리즘들보다 우수한 것을 보여준다.

• Genomics & Informatics
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• 제7권4호
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• pp.217-219
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• 2009

The primary clue for locating protein-coding regions is the open reading frame and the determination of ORFs (Open Reading Frames) is the first step toward the gene prediction, especially for prokaryotes. In this respect, we have developed a web-based ORF search tool called ORF Miner. The ORF Miner is a graphical analysis utility which determines all possible open reading frames of a selectable minimum size in an input sequence. This tool identifies all open reading frames using alternative genetic codes as well as the standard one and reports a list of ORFs with corresponding deduced amino acid sequences. The ORF Miner can be employed for sequence annotation and give a crucial clue to determination of actual protein-coding regions.

• BMB Reports
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• 제37권1호
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• pp.122-132
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• 2004

The rapid development and characterization of the mouse genome sequence, coupled with comparative sequence analysis of human, has been paralleled by a reinforced enthusiasm for mouse functional genomics. The way to uncover the in vivo function of genes is to analyze the phenotypes of the mutant animals. From this standpoint, the mouse is a suitable and valuable model organism in the studies of functional genomics. Therefore, there have been enormous efforts to enrich the list of the mutant mice. Such a trend emphasizes the random mutagenesis, including ENU mutagenesis and gene-trap mutagenesis, to obtain a large stock of mutant mice. However, since various mutant alleles are needed to precisely characterize the role of a gene in vivo, mutations should be designed. The simplicity and utility of transgenic technology can satisfy this demand. The combination of RNA interference with transgenic technology will provide more opportunities for researchers. Nevertheless, gene targeting can solely define the in vivo function of a gene without a doubt. Thus, transgenesis and gene targeting will be the major strategies in the field of functional genomics.