• 인터넷정보학회논문지
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• 제17권5호
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• pp.111-119
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• 2016

In recent years, the opinion analysis is one of the key research fronts of any domain. Opinion target extraction is an essential process of opinion analysis. Target is usually referred to noun or noun phrase in an entity which is deliberated by the opinion holder. Extraction of opinion target facilitates the opinion analysis more precisely and in addition helps to identify the opinion polarity i.e. users can perceive opinion in detail of a target including all its features. One of the most commonly employed algorithms is a sequence labeling algorithm also called Conditional Random Fields. In present article, recent opinion target extraction approaches are reviewed based on sequence labeling algorithm and it features combinations by analyzing and comparing these approaches. The good selection of features combinations will in some way give a good or better accuracy result. Features combinations are an essential process that can be used to identify and remove unneeded, irrelevant and redundant attributes from data that do not contribute to the accuracy of a predictive model or may in fact decrease the accuracy of the model. Hence, in general this review eventually leads to the contribution for the opinion analysis approach and assist researcher for the opinion target extraction in particular.

• 한국통신학회논문지
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• 제30권8C호
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• pp.775-782
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• 2005

비교정 연속영상(uncalibrated sequence images)에서의 조밀한 데이터로부터 3차원 재구성할 경우, 대량의 대응점 탐색 문제 및 계산시간 문제에 봉착한다. 본 논문에서는 이에 대한 대응책으로, 비교정 영상에서 중요영상 선택법을 제안하고, 이를 이용해 최소한의 영상으로 효율적인 3차원 재구성하는 새로운 방법을 제안한다. 즉 입력된 영상에서 소수만의 영상을 이용해서 작업을 수행하게 된다. 선택된 중요영상에서 대응점을 선택한다. 선택된 대응점은 카메라 교정을 수행하는데 이용된다. 외곽선 이미지를 이용하여 조밀한 형태의 대응점을 추출한다. 조밀한 대응점을 찾기 위한 제안된 알고리즘은 3차원 구조 복원을 효과적으로 수행하는데 이용된다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제45권3호
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• pp.207-216
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• 2018

Solanum berthaultii is one of the wild diploid Solanum species, which is an excellent resource in potato breeding owing to its resistance to several important pathogens. On the other hand, sexual hybridization between S. berthaultii and S. tuberosum (potato) is limited because of their sexual incompatibility. Therefore, cell fusion can be used to introgress various novel traits from this wild species into the cultivated potatoes. After cell fusion, it is crucial to identify fusion products with the aid of molecular markers. In this study, the chloroplast genome sequence of S. berthaultii obtained by next-generation sequencing technology was described and compared with those of five other Solanum species to develop S. berthaultii specific markers. A total sequence length of the chloroplast genome is 155,533 bp. The structural organization of the chloroplast genome is similar to those of the five other Solanum species. Phylogenic analysis with 25 other Solanaceae species revealed that S. berthaultii is most closely located with S. tuberosum. Additional comparison of the chloroplast genome sequence with those of the five Solanum species revealed 25 SNPs specific to S. berthaultii. Based on these SNPs, six PCR-based markers for differentiating S. berthaultii from other Solanum species were developed. These markers will facilitate the selection of fusion products and accelerate potato breeding using S. berthaultii.

• 전자공학회논문지SC
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• 제37권3호
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• pp.1-8
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• 2000

이 논문에서는 NN 필터를 이용한 표적추적을 위한 최적의 신호 강도 및 표적 검출 문턱값을 구하였다. 이를 위하여 먼저 HYCA 방식을 이용하여 NN 필터의 추적성능을 예측할 수 있도록 하고, 이것에 기초하여 예측된 추적성능과 신호 강도 및 표적 검출 문턱값 사이의 관계를 나타내었다. 그리고 이러한 관계를 이용하여 다음과 같은 다양한 비용에 대한 최적 파라미터를 얻었다： (1)위치 추정 오차 분산 합을 최소화하는 최적의 표적 검출 문턱값 순열(sequence)； (2)유효 게이트 면적 합을 최소화하는 최적의 표적 검출 문턱값 순열； (3)표적 신호 강도 합을 최소화하는 최적 표적 신호 강도 및 표적 검출 문턱값 순열.

• Genomics & Informatics
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• 제13권4호
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• pp.137-145
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• 2015

Selective sweep can cause genetic differentiation across populations, which allows for the identification of possible causative regions/genes underlying important traits. The pig has experienced a long history of allele frequency changes through artificial selection in the domestication process. We obtained an average of 329,482,871 sequence reads for 24 pigs from three pig breeds: Yorkshire (n = 5), Landrace (n = 13), and Duroc (n = 6). An average read depth of 11.7 was obtained using whole-genome resequencing on an Illumina HiSeq2000 platform. In this study, cross-population extended haplotype homozygosity and cross-population composite likelihood ratio tests were implemented to detect genes experiencing positive selection for the genome-wide resequencing data generated from three commercial pig breeds. In our results, 26, 7, and 14 genes from Yorkshire, Landrace, and Duroc, respectively were detected by two kinds of statistical tests. Significant evidence for positive selection was identified on genes ST6GALNAC2 and EPHX1 in Yorkshire, PARK2 in Landrace, and BMP6, SLA-DQA1, and PRKG1 in Duroc. These genes are reportedly relevant to lactation, reproduction, meat quality, and growth traits. To understand how these single nucleotide polymorphisms (SNPs) related positive selection affect protein function, we analyzed the effect of non-synonymous SNPs. Three SNPs (rs324509622, rs80931851, and rs80937718) in the SLA-DQA1 gene were significant in the enrichment tests, indicating strong evidence for positive selection in Duroc. Our analyses identified genes under positive selection for lactation, reproduction, and meat-quality and growth traits in Yorkshire, Landrace, and Duroc, respectively.

• 식물조직배양학회지
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• 제24권2호
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• pp.113-117
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• 1997

Simple sequence repeats (SSR)는 진핵생물체에 널리 산재되어 있으며, 큰 다형현상을 나타내고, polymerase chain reaction (PCR)으로 쉽게 분석된다. 이 연구의 목적은 서로 다른 Chlamydomonas reinhardtii계통간의 다형현상과 Chlamydomonas의 SSR 좌위에서의 유전양상을 결정하는데 있었다. C. reinhardtii의 genomic DNA library를 만들어 $^{32}$P로 라벨링한 (AC)$_{11}$ probe를 이용하여 (CA/GT)n 반복서열을 가지는 clone을 선택하기위해 screen하였다. 선택된 clone을 sequencing하여 (CA/GT)n sequence에 인접한 PCR primer set를 제조하였다. PCR은 여러 C. reinhardtii 계통의 SSR 좌위를 증폭하기 위하여 사용하였다. 그 좌위는 및몇 C. reinhardtii 계통에서 다형현상을 보였다. 그러나 그 좌위에서 C. reinhardtii의 6계통중 4계통만 DNA가 PCR 증폭을 하였고 2계통은 증폭을 하지 않았다. C. reinhardtii와 C. smithii의 교배로 생긴 4배체에서 2:2의 분리비를 보여주었는데, 이는 단순한 멘델의 유전양상을 나타낸다. 이러한 결과로 미루어 SSR 다형현상은 Chlamydomonas의 개체 식별, 개체군 연구, 연쇄 분석, 그리고 유전자 지도 작성을 하는데 유용할 것이다.다.

• 정보처리학회논문지D
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• 제15D권1호
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• pp.31-40
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• 2008

유사 시퀀스 매칭에서는 고차원인 시퀀스를 저차원의 점으로 변환하기 위하여 저차원 변환을 사용한다. 그런데, 이러한 저차원 변환은 시계열 데이터의 종류에 따라 인덱싱 성능에 있어서 큰 차이를 나타낸다. 즉, 어떤 저차원 변환을 선택하느냐가 유사 시퀀스 매칭의 인덱싱 성능에 큰 영향을 주게 된다. 이 문제를 해결하기 위하여, 본 논문에서는 하나의 인덱스에서 두 개 이상의 저차원 변환을 통합하여 사용하는 하이브리드 접근법을 제안한다. 먼저, 하나의 시퀀스에 두 개 이상의 저차원 변환을 적용하는 하이브리드 저차원 변환의 개념을 제안하고, 변환된 시퀀스간의 거리를 계산하는 하이브리드 거리를 정의한다. 다음으로, 이러한 하이브리드 접근법 사용하면 유사 시퀀스 매칭을 정확하게 수행할 수 있음을 정형적으로 증명한다. 또한, 제안한 하이브리드 접근법을 사용하는 인덱스 구성 및 유사 시퀀스 매칭 알고리즘을 제시한다. 다양한 시계열 데이터에 대한 실험 결과, 제안한 하이브리드 접근법은 단일 저차원 변환을 사용하는 경우에 비해서 우수한 성능을 보이는 것으로 나타났다. 이 같은 결과를 볼 때, 제안한 하이브리드 접근법은 다양한 특성을 지닌 다양한 시계열 데이터에 두루 적용될 수 있는 우수한 방법이라 사료된다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제14권5호
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• pp.1052-1056
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• 2004

A secretion signal sequence-selection vector (pGS40) was constructed based on an $\alpha$-amylase gene lacking a secretion signal and employed for selecting secretion signals from Lactococcus lactis ssp. cremoris LM0230 chromosomal DNA. Six fragments were identified based on their ability to restore $\alpha$-amylase secretion in E. coli, and among these, a fragment, S405, conferred the highest secretion activity (84%) in E. coli. Meanwhile, S407, which conferred poor secretion activity in E. coli, was quite active in L. lactis. The results suggested that the efficiency of a secretion signal depended on the host. All six fragments had an open reading frame (ORF) fused to the reporter gene, and the potential Shine-Dalgamo (SD) sequence and putative promoter sequences were located upstream of the ORF. Deduced amino acid sequences from the six fragments did not show any homology with known secretion signals. However, they contained three distinguished structural features and cleavage sites, commonly found among typical secretion signals. The characterized secretion signals could be useful for the construction of food-grade secretion vectors and gene expression in LAB.

• 한국통신학회논문지
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• 제22권7호
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• pp.1468-1476
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• 1997

상태축약심볼열추정(RSSE: Reduced State Sequence Estimation) 수신기는 비터비 복호기와 채널 추정기로 구성된다. 이동통신과 같이 채널이 변하는 환경에서는 적응 채널추정기(adaptive channel estimator)로 채널의 변화를 계속적으로 추정해야 한다. 일반적으로 사용되는 채널 추정기는 임시결정된 비터비 복호기의 출력을 사용하여 채널을 추정 하는데, 비터비 복호기에서 잘못된 결정을 내릴 경우 이로 인해 오류전파(error propagation)가 발생할 수있다. 본 논문에서는 좀더 정확한 채널 추정과 오류전파를 막기 위해 경로 메모리를 사용하는 새로운 채널추정기를 사용한다. 이 채널 추정기는 비터비 복호기의 여러 경로중에서 가장 작은 경로를 선택하여 그 경로상의 신호를 이용하여 채널 추정을 행한다. 그리고 채널 추정기의 적응 알고리듬으로서 LMS(Least Mean Square)알고리듬과 Recursive Least Square(RLS) 알고리듬을 사용하여 비교한다. 실험 결과를 통해 제안된 채널 추정기를 사용하는 RSSE 수신기가 기존의 채널 추정기를 사용하는 RSSE 수신기에 비해 더 나은 성능을 나타내는 것을 볼 수있으며, 페이딩이 존재하는 이동통신 환경에서는 LMS 알고리듬이 적합하지 않음을 알 수있다.

• Plant Biotechnology Reports
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• 제3권4호
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• pp.309-315
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• 2009

Molecular markers developed from the flanking sequences of two cytoplasmic male sterility (CMS)-associated genes, orf456 and ${\Psi}atp6-2$, have been used for marker-assisted selection of CMS in pepper. However, in practice, the presence of orf456 and ${\Psi}atp6-2$ at substoichiometric levels even in maintainer lines hampers reliable selection of plants containing the CMS gene. In this study, we developed a novel CMS-specific molecular marker, accD-U, for reliable determination of CMS lines in pepper, and used the newly and previously developed markers to determine the cytoplasm types of pepper breeding lines and germplasms. This marker was developed from a deletion in a chloroplast-derived sequence in the mitochondrial genome of a CMS pepper line. CMS pepper lines could be unambiguously determined by presence or absence of the accD-U marker band. Application of orf456, ${\Psi}atp6-2$and accD-U to various pepper breeding lines and germplasms revealed that accD-U is the most reliable CMS selection marker. A wide distribution of orf456, but not ${\Psi}atp6-2$, in germplasms suggests that the pepper cytoplasm containing both orf456 and ${\Psi}atp6-2$ has been selected as CMS cytoplasm from cytoplasm containing only orf456. Furthermore, factors other than orf456 may be required for the regulation of male sterility in pepper.