한국생물정보시스템생물학회 2001년도 제2회 생물정보 워크샵 (DNA Chip Bioinformatics)
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pp.11-28
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2001
The Korean functional Genomics Project focuses on stomach and liver cancers. Specimens collected by six hospital teams are used in BNA microarray experiments. Experimental conditions, spot measurement data, and the associated clinical information are stored in a relational database. Microarray database schema was developed based on EBI's ArrayExpress. A diagrammatic representation of the schema is used to help navigate over marty tables in the database. Field description, table-to-table relationship, and other database features are also stored in the database and these are used by a PERL interface program to generate web-based input forms on the fly. As such, it is rather simple to modify the database definition and implement controlled vocabularies. This PERL program is a general-purpose utility which can be used for inputting and updating data in relational databases. It supports file upload and user-supplied filters of uploaded data. Joining related tables is implemented using JavaScripts, allowing this step to be deferred to a later stage. This feature alleviates the pain of inputting data into a multi-table database and promotes collaborative data input among several teams. Pathological finding, clinical laboratory parameters, demographical information, and environmental factors are also collected and stored in a separate database. The same PERL program facilitated developing this database and its user-interface.
인터넷이 급성장하고 멀티미디어와 같은 대용량 데이터의 사용이 증가함에 따라 스토리지 시스템은 스토리지가 서버에 직접 연결되어 있던 DAS에서. 스토리지를 별개의 전용 네트워크로 연결한 SAN, 그리고 스토리지가 IP 네트워크에 연결되어 파일 서비스 기능만 전담하는 NAS로 발전하게 되었다. 그러나 SAN과 NAS를 독립적으로 사용하면 다양한 기업의 요구를 충족시키지 못한다. 그래서 등장한 것이 SAN과 NAS의 통합이다. 본 연구에서는 SAN과 NAS의 통합 방법의 하나인 MCI(Metadata server and Cluster Interation)를 바탕으로, MCI의 구현과 확장에 따른 비용 증가 문제를 해결하기 위해 GMC(Group Master Cahce)라는 개념을 제안하여 보다 효율적인 데이터 공유 방안을 제시한다. CMC의 기본 개념을 소개하고 기존의 MCI와 새로 제시하는 GMC를 컴퓨터 시뮬레이션을 통해 성능 측면에서 비교 분석하였다.
본 논문에서는 SW 분할 실행을 이용한 데스크탑 가상화 환경에서 데이터 보안 방법을 제안한다. 사용자에게 분리된 가상머신을 할당하는 가상화 환경에서는 하나의 가상머신에서 실행되는 어플리케이션이 다른 가상머신에서 실행되는 어플리케이션과 고립된다는 장점이 있지만, 어플리케이션 가상화 서비스를 위한 분할 실행 기술에서는 서버에서 실행되는 어플리케이션들이 서버의 루트 권한으로 실행되므로 사용자 사이의 고립을 지원하지 않아 데이터 보안에 문제가 발생한다. 본 논문에서는 이 문제를 해결하기 위해서 서버 스토리지 필터, 뷰어 필터 및 파일 매핑 테이블을 이용한 데이터 보안 방법을 제안한다.
본 논문은 한글 문자인식을 위하여 중첩형상데이타에 의한 한글 패턴의 굴곡 특징점과 정점검출에 관하여 논한 것이다. 입력된 2진 문자패턴을 거리변환법에 의한 중첩데이타로 변환하고, 데이터의 특성분석에 의한 변환값의 새로운 파일로 구성하였다. 이 두 데이터 파일로 한글 인식에 유용한 정점들을 검출하는 알고리즘을 제안하였다. 이 알고리즘에서는 오인식의 원인이 되는 돌기부분의 제거, 자소 접촉 부분의 분리, 굴곡 특징 변환값에 따른 코드를 부여하도록 하였따. 여기서의 출력은 한글 문자인식에 활용될 수 있는 형태로 하였다.
본 연구는 엔진구동형 Ni-Ti 합금 파일의 삭제날 각의 차이가 근관 성형 후 근관 내 절삭 면에 형성되는 도말층의 분포, 형태 및 상아세관 내로의 침투 정도 등에 어떤 차이를 보이는가를 알아보기 위함이다. 건전한 36개의 단근관을 갖는 발치된 사람의 단근치를 선택하고 positive cutting angle을 갖는 HEROShaper 파일과 negative cutting angle로 된 ProFile 파일을 이용하여 근관성형 후 절단면에서의 도말층의 양, 분포 형태 및 상아세관내로의 침투 빈도를 주사전자 현미경을 이용하여 사진촬영 후 다음과 같은 결과를 얻었다. 1. 사용된 엔진구동형 합금 파일의 삭제날 각의 차이에 관계없이 모든 군에서 도말층이 형성되었다. 2. 근관 성형 후 절삭면상에 나타난 도말층 형태는 삭제날 각의 차이에 따라 형태학적인 차이를 보였으며, positive cutting angle과 radial land가 없는 니켈-티타늄 전동통파일에서 상대적으로 적은 양의 도말층 형성을 보였다(p < 0.05). 결론적으로, 본 연구는 삭제날의 각이나 radial land의 유무에 관계없이 사용된 모든 엔진구동형 파일에서 도말층이 형성된 것으로 미루어 근관 성형 시 liquid EDTA와 같은 chealting agent의 사용의 필요성을 시사한다.
차량에서 중요 기능들을 탑재하고 있는 ECU(Electric Control Unit)들 간에 메시지를 주고받는데 하나의 내부 통신망(CAN BUS)으로 연결되어있으나, 이 네트워크는 외부에서 쉽게 접근이가능하여 의도하지 않게 공격자로부터 공격을 받을 수 있게 되면서 이와 관련하여 외부로부터 공격에 대한 가능성을 검증하기 위하여 공격에 사용될 수 있는 도구들을 개발하였다. 그러나 이를 개발하기 위한 시간적 비용이 발생하고, 공격에 사용될 CAN 메시지를 찾기 위하여 실제 자동차에서 분석하는 시간도 발생한다. 본 논문에서는 이러한 문제를 해결하기 위해 공개되어있는 Sulley라는 도구를 이용하여 공격에 필요한 테스트 케이스 생성하는 방법을 제안하면서 공격에 사용될 CAN 메시지 찾는 방법을 설명한다. Sulley에서 제공하는 라이브러리 파일에 CAN 메시지의 데이터 생성 라이브러리 추가시킨 다음 Sulley을 실행시키는 파일과 정의하는 파일을 CAN 통신 환경 설정 및 메시지 규칙에 맞게 작성하여 Sulley을 실행시킨다. 제안한 방법론을 실제 자동차에 적용시켜 실험을 수행한 결과, Sulley을 통한 CAN 메시지 퍼징하여 생성된 테스트 케이스들을 자동차에 보낸 결과 별도의 개발한 도구 필요 없이 자동차를 동작시켰다.
HTTP는 월드 와이드 웹에서 가장 널리 사용되는 프로토콜의 하나로 신뢰성을 제공하기 위해 전송 계층 프로토콜로 TCP를 사용한다. HTTP는 개별적인 파일 요청에 대해 분리된 TCP 연결을 사용하기 때문에 파일 수신에 있어서 불필요한 오버헤드인 헤드-오브-라인 (head-of-line) 블로킹을 유발시킨다. 웹 응용은 일반적으로 전송되는 크기가 작기 때문에 무선 환경에서는 TCP로 인한 핸드오버의 지연이 증가한다. 이에 비해 최근에 제안된 SCTP(stream control transmission protocol)는 멀티-스트리밍과 멀티-호밍과 같은 매력적인 기능을 갖고 있다. SCTP의 이러한 기능들은 TCP의 헤드-오브-라인 블로킹을 제거하고, 무선 환경에서 TCP의 핸드오버 지연을 줄이는 것으로 기대되고 있다. 평균 응답 시간은 대부분의 웹 응용에 있어서 중요한 측정 요소이다. 본 논문에서는 NS-2 시뮬레이터를 이용하여 유무선 인터넷 환경에서 SCTP와 TCP의 평균 응답 시간을 비교하였다. 이를 위해, 유선 환경에서는 패킷 손실률, 대역폭, RTT(Round Trip Time) 및 웹 객체의 개수의 변화에 따른 평균 응답 시간이 비교되었고, 무선 환경에서는 이동속도 및 반경의 크기에 따른 평균 응답 시간과 패킷 손실률이 비교되었다. 시뮬레이션 결과는 SCTP가 TCP의 평균 응답 시간을 감소시키는 것으로 나타났다.
Log란 프로그램 개발이나 운영 시 시스템의 문제점을 파악하거나 운영상태에서 모니터링 하기 위한 데이터를 의미한다. 시스템 개발 시에는 개발자 및 테스터를 비롯한 소수의 사람들만 로그를 관리하므로 로그 추적이 간단하다. 그러나 운영시점에서는 시스템 특성에 따라 다양한 사용자들이 동시에 사용하기 때문에 로그 추적이 어려우며, 로그 추적을 하지 못해 원인 추적을 포기하는 경우도 자주 발생한다. 본 논문에서는 시스템 운영시 발생할 수 있는 로그 추적의 어려움을 해소하기 위하여 로그백(Logback)에서 제공하는 기능을 이용한 ID/IP기반 런타임 로그 기록 기법을 제안한다. 제안 기법은 데이터베이스에 추적하고자 하는 사용자의 ID/IP를 저장하고, WAS 기동 시 사용자의 ID/IP를 메모리에 적재하여 온라인 서비스가 실행되기 전 interceptor를 통해 로그 파일 적재 유무를 판단하여 특정 사용자가 요청하는 서비스를 별도의 로그 파일에 생성하게 된다. 제안 기법은 모든 서비스가 Interceptor를 거쳐 서비스가 수행되어야 하는 부담이 발생하지만 JVM안에서 연산이 발생하므로 시스템 부하가 크지 않다.
7차 교육 과정은 학교 운영에 학생, 교사, 학부모와 지역 사회의 요구를 적극 수렴하고 이를 반영할 것을 요구하고 있다. 이에 본 연구는 학교 운영을 효율적으로 하기 위한 웹 설문 시스템을 설계하고 구현하고자 한다. 본 연구에서 제시한 웹기반 설문 시스템은 관리자(조사자)와 응답자로 구분하여 설계하고 관리자는 인터넷만 연결되면 설문을 관리하고 결과를 확인할 수 있도록 하였다. 또한 문항별로 관련된 자료 데이터베이스를 제공하여 별도의 프로그램없이 본 시스템 내에서 실시간으로 설문 작성과 통계처리가 되도록 설계하였다. 본 시스템은 학교의 홈페이지에 한 메뉴로 활용하거나 단독 시스템으로 운영이 가능하여 학교 단위의 설문 조사를 쉽고 빠르게 할 수 있도록 해 준다.
의료정보의 전달과정과 저장은 공유를 목적으로 함으로써 기본적인 표준안을 지니고 있어야 한다. 현재 방사선과 판독결과와 관련하여 DICOM SR이 제시되고 있으나, 이를 현실적으로 적용하기가 어려운 것이 사실이다. 무엇보다도 현재 개인평생전자의무기록 관리체계를 구축하려는 시스템에서 표준으로 내세우는 CDA형태의 판독결과지를 필요로 한다. 따라서 본 연구는 방사선과 판독결과지를 PACS내에서 자동으로 CDA로 생성하는 Module을 개발하고 이를 적용시켰으며, 이 결과지 안에는 검사결과뿐만 아니라, 판독에 가장 큰 영향을 미치는 Key Image를 내포하여 파일형태로 전송 저장하게 하였다. 상호 이질적인 시스템이라 할지라도 정보의 분석과 저장이 용이하게 구현하여 적용시켰으며, 고가의 의료장비가 부족한 지역과 대형, 3차 진료기관과의 방사선과 결과 정보의 공유를 통해 의료서비스를 개선시키는데 역할을 할 것으로 사료된다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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