Gene expression data is obtained through many stages of an experiment and errors produced during the process may cause missing values. Due to the distinctness of the data so called 'small n large p', genes have to be selected for statistical analysis, like classification analysis. For this reason, imputation and gene selection are important in a microarray data analysis. In the literature, imputation, gene selection and classification analysis have been studied respectively. However, imputation, gene selection and classification analysis are sequential processing. For this aspect, we compare the performance of classification methods after imputation and gene selection methods are applied to microarray data. Numerical simulations are carried out to evaluate the classification methods that use various combinations of the imputation and gene selection methods.
Identifying highly discriminating genes is a critical step in tumor recognition tasks based on microarray gene expression profile data and machine learning. Gene selection based on tree models has been the subject of several studies. However, these methods are based on a single-tree model, often not robust to ultra-highdimensional microarray datasets, resulting in the loss of useful information and unsatisfactory classification accuracy. Motivated by the limitations of single-tree-based gene selection, in this study, ensemble gene selection methods based on multiple-tree models were studied to improve the classification performance of tumor identification. Specifically, we selected the three most representative tree models: ID3, random forest, and gradient boosting decision tree. Each tree model selects top-n genes from the microarray dataset based on its intrinsic mechanism. Subsequently, three ensemble gene selection methods were investigated, namely multipletree model intersection, multiple-tree module union, and multiple-tree module cross-union, were investigated. Experimental results on five benchmark public microarray gene expression datasets proved that the multiple tree module union is significantly superior to gene selection based on a single tree model and other competitive gene selection methods in classification accuracy.
I propose new combined randomized methods for global optimization problems. These methods are based on the Nested Partitions(NP) method, a useful method for simulation optimization which guarantees global optimal solution but has several shortcomings. To overcome these shortcomings I hired various statistical selection methods and combined with NP method. I first explain the NP method and statistical selection method. And after that I present a detail description of proposed new combined methods and show the results of an application. As well as, I show how these combined methods can be considered in case of computing budget limit problem.
Communications for Statistical Applications and Methods
/
제27권5호
/
pp.535-546
/
2020
In genetic association studies, pleiotropy is a phenomenon where a variant or a genetic region affects multiple traits or diseases. There have been many studies identifying cross-phenotype genetic associations. But, most of statistical approaches for detection of pleiotropy are based on individual tests where a single variant association with multiple traits is tested one at a time. These approaches fail to account for relations among correlated variants. Recently, multivariate regularization methods have been proposed to detect pleiotropy in analysis of high-dimensional genomic data. However, they suffer a problem of tuning parameter selection, which often results in either too many false positives or too small true positives. In this article, we applied selection probability to multivariate regularization methods in order to identify pleiotropic variants associated with multiple phenotypes. Selection probability was applied to individual elastic-net, unified elastic-net and multi-response elastic-net regularization methods. In simulation studies, selection performance of three multivariate regularization methods was evaluated when the total number of phenotypes, the number of phenotypes associated with a variant, and correlations among phenotypes are different. We also applied the regularization methods to a wild bean dataset consisting of 169,028 variants and 17 phenotypes.
Communications for Statistical Applications and Methods
/
제9권3호
/
pp.809-824
/
2002
we propose two methods which separate the variable selection step and the split-point selection step. We call these two algorithms as CHITES method and F&CHITES method. They adapted some of the best characteristics of CART, CHAID, and QUEST. In the first step the variable, which is most significant to predict the target class values, is selected. In the second step, the exhaustive search method is applied to find the splitting point based on the selected variable in the first step. We compared the proposed methods, CART, and QUEST in terms of variable selection bias and power, error rates, and training times. The proposed methods are not only unbiased in the null case, but also powerful for selecting correct variables in non-null cases.
Communications for Statistical Applications and Methods
/
제10권3호
/
pp.879-894
/
2003
We evaluated the efficiencies of applying attribute selection methods and prior discretization to supervised learning, modelled by C4.5 and Naive Bayes. Three databases were obtained from UCI data archive, which consisted of continuous attributes except for one decision attribute. Four methods were used for attribute selection : MDI, ReliefF, Gain Ratio and Consistency-based method. MDI and ReliefF can be used for both continuous and discrete attributes, but the other two methods can be used only for discrete attributes. Discretization was performed using the Fayyad and Irani method. To investigate the effect of noise included in the database, noises were introduced into the data sets up to the extents of 10 or 20%, and then the data, including those either containing the noises or not, were processed through the steps of attribute selection, discretization and classification. The results of this study indicate that classification of the data based on selected attributes yields higher accuracy than in the case of classifying the full data set, and prior discretization does not lower the accuracy.
Communications for Statistical Applications and Methods
/
제30권2호
/
pp.179-189
/
2023
Hybrid sufficient dimension reduction (SDR) methods to a weighted mean of kernel matrices of two different SDR methods by Ye and Weiss (2003) require heavy computation and time consumption due to bootstrapping. To avoid this, Park et al. (2022) recently develop the so-called cross-distance selection (CDS) algorithm. In this paper, two variations of the original CDS algorithm are proposed depending on how well and equally the covk-SAVE is treated in the selection procedure. In one variation, which is called the larger CDS algorithm, the covk-SAVE is equally and fairly utilized with the other two candiates of SIR-SAVE and covk-DR. But, for the final selection, a random selection should be necessary. On the other hand, SIR-SAVE and covk-DR are utilized with completely ruling covk-SAVE out, which is called the smaller CDS algorithm. Numerical studies confirm that the original CDS algorithm is better than or compete quite well to the two proposed variations. A real data example is presented to compare and interpret the decisions by the three CDS algorithms in practice.
이 연구에서는 문서 자동분류에서 분류자질 선정과 가중치 할당을 위해서 일관된 전략을 채택하여 kNN 분류기의 성능을 향상시킬 수 있는 방안을 모색하였다. 문서 자동 분류에서 분류자질 선정 방식과 자질 가중치 할당 방식은 자동분류 알고리즘과 함께 분류성능을 좌우하는 중요한 요소이다. 기존 연구에서는 이 두 방식을 결정할 때 상반된 전략을 사용해왔다. 이 연구에서는 색인파일 저장공간과 실행시간에 따른 분류성능을 기준으로 분류자질 선정 결과를 평가해서 기존 연구와 다른 결과를 얻었다. 상호정보량과 같은 저빈도 자질 선호 기준이나 심지어는 역문헌빈도를 이용해서 분류 자질을 선정하는 것이 kNN 분류기의 분류 효과와 효율 면에서 바람직한 것으로 나타났다. 자질 선정기준으로 저빈도 자질 선호 척도를 자질 선정 및 자질 가중치 할당에 일관되게 이용한 결과 분류성능의 저하 없이 kNN 분류기의 처리 속도를 약 3배에서 5배정도 향상시킬 수 있었다.
Journal of the Korean Data and Information Science Society
/
제25권5호
/
pp.1079-1094
/
2014
상호정보 (mutual information)를 이용한 변수 선택법은 반응변수와 설명변수간의 선형적인 연관성뿐만 아니라 비선형적인 연관성을 감지하며, 설명변수 사이의 연관성도 고려하는 좋은 변수선택 방법이다. 하지만 고차원 자료에서 상호정보를 추정하기가 쉽지 않아 이에 대한 연구가 필요하다. Cai 등 (2009)은 조건부 상호정보를 이용한 전진선택법과 가지치기법을 이용하여 이러한 문제를 해결하였으며, 마이크로어레이 자료와 같은 고차원 자료에서 조건부 상호정보를 이용한 변수 선택법으로 선택된 변수들로 구성된 SVM의 분류 성능이 SVM-RFE 및 기존의 필터링 방법으로 선택된 변수들로 구성된 SVM의 분류 성능보다 뛰어남을 보였다. 하지만 조건부 상호정보를 추정할 때 사용된 Parzen window 방법은 변수의 수가 많아질수록 변수 선택 시간이 길어지는 단점으로 인해 이에 대한 보완이 필요하다. 본 논문에서는 조건부 상호정보 계산 시 필요한 설명변수의 분포를 다변량 정규분포로 가정함으로써 변수선택을 위한 계산시간을 단축시키며 동시에 변수선택의 성능을 향상시키고자 한다. 반면, 설명변수의 분포를 다변량 정규분포로 가정한다는 것은 강한 제약이 될 수 있으므로 이를 완화시킨 Edgeworth 근사를 이용한 조건부 상호정보 기반의 변수 선택법을 제안한다. 실증분석을 통해 본 논문에서 제안한 방법의 효율성을 살펴보았으며, 기존의 조건부 상호정보 기반 변수 선택법에 비해 계산 속도나 분류 성능 면에서 우수함을 보였다.
Objective: In practical breeding, selection is often performed by ignoring the accuracy of evaluations and applying economic weights directly to the selection index coefficients of genetically standardized traits. The denominator of the standardized component trait of estimated genetic evaluations in practical selection varies with its reliability. Whereas theoretical methods for calculating the selection index coefficients of genetically standardized traits account for this variation, practical selection ignores reliability and assumes that it is equal to unity for each trait. The purpose of this study was to clarify the effects of ignoring the accuracy of the standardized component trait in selection criteria on selection responses and economic weights in retrospect. Methods: Theoretical methods were presented accounting for reliability of estimated genetic evaluations for the selection index composed of genetically standardized traits. Results: Selection responses and economic weights in retrospect resulting from practical selection were greater than those resulting from theoretical selection accounting for reliability when the accuracy of the estimated breeding value (EBV) or genomically enhanced breeding value (GEBV) was lower than those of the other traits in the index, but the opposite occurred when the accuracy of the EBV or GEBV was greater than those of the other traits. This trend was more conspicuous for traits with low economic weights than for those with high weights. Conclusion: Failure of the practical index to account for reliability yielded economic weights in retrospect that differed from those obtained with the theoretical index. Our results indicated that practical indices that ignore reliability delay genetic improvement. Therefore, selection practices need to account for reliability, especially when the reliabilities of the traits included in the index vary widely.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.