• 제목/요약/키워드: Seed Vector

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SVM과 위치 기반의 자질을 이용한 MicroRNA 목표 유전자 예측 (MicroRNA Target Prediction using a Support Vector Machine and Position based Features)

  • 김성규;장병탁
    • 한국정보과학회:학술대회논문집
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    • 한국정보과학회 2005년도 한국컴퓨터종합학술대회 논문집 Vol.32 No.1 (B)
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    • pp.286-288
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    • 2005
  • MicroRNA (miRNA)는 작은 크기의 RNA분자로서 동식물의 유전자 발현 과점을 직접적으로 조절하는 인자로 알려져 있다. MiRNA는 보통 목표 유전자의 3'-UTR 영역에 상보성을 갖고 결합함으로써 작용하며 특히 miRNA의 5'부분의 8 nt 정도가 seed로서 중요하다고 알려져 있다. 반면 최근의 연구에 따르면 seed 부분의 서열의 조성 및 양상이 변화함에 따라 특이도가 결정됨을 알 수 있지만 기존의 컴퓨터를 이용한 miRNA 목표 유전자 예측 방법들은 이러한 정보를 활용하지 못한다. 본 논문에서는 열역학적인 수치와 서열의 조성뿐 아니라 miRNA:mRNA pair의 위치에 기반한 정보들을 학습에 자질로서 포함하여 목표 유전자를 예측한다. 그 결과는 위치 기반 자질이 학습 성능 향상에 중요하게 기여함을 보여준다.

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Study of Hollow Letter CAPTCHAs Recognition Technology Based on Color Filling Algorithm

  • Huishuang Shao;Yurong Xia;Kai Meng;Changhao Piao
    • Journal of Information Processing Systems
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    • 제19권4호
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    • pp.540-553
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    • 2023
  • The hollow letter CAPTCHA (Completely Automated Public Turing test to tell Computers and Humans Apart) is an optimized version of solid CAPTCHA, specifically designed to weaken characteristic information and increase the difficulty of machine recognition. Although convolutional neural networks can solve CAPTCHA in a single step, a good attack result heavily relies on sufficient training data. To address this challenge, we propose a seed filling algorithm that converts hollow characters to solid ones after contour line restoration and applies three rounds of detection to remove noise background by eliminating noise blocks. Subsequently, we utilize a support vector machine to construct a feature vector for recognition. Security analysis and experiments show the effectiveness of this algorithm during the pre-processing stage, providing favorable conditions for subsequent recognition tasks and enhancing the accuracy of recognition for hollow CAPTCHA.

Optical flow 이론을 이용한 움직이는 객체의 자동 추출에 관한 연구 (A study on automatic extraction of a moving object using optical flow)

  • 정철곤;김경수;김중규
    • 대한전자공학회:학술대회논문집
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    • 대한전자공학회 2000년도 하계종합학술대회 논문집(4)
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    • pp.50-53
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    • 2000
  • In this work, the new algorithm that automatically extracts moving object of the video image is presented. In order to extract moving object, it is that velocity vectors correspond to each frame of the video image. Using the estimated velocity vector, the position of the object are determined. the value of the coordination of the object is initialized to the seed, and in the image plane, the moving object is automatically segmented by the region growing method. As the result of an application in sequential images, it is available to extract a moving object.

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Occurrence of Apple stem grooving virus in commercial apple seedlings and analysis of its coat protein sequence

  • Han, Jae-Yeong;Park, Chan-Hwan;Seo, Eun-Yeong;Kim, Jung-Kyu;Hammond, John;Lim, Hyoun-Sub
    • 농업과학연구
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    • 제43권1호
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    • pp.21-27
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    • 2016
  • Apple stem grooving virus (ASGV), Apple chlorotic leaf spot virus (ACLSV), and Apple stem pitting virus (ASPV) have been known to induce top working disease causing economical damage in apple. Occurrences of these three viruses in pome fruit trees, including apple, have been reported around the world. The transmission of the three viruses was reported by grafting, and there was no report of transmission through mechanical contact, insect vector, or seed except some herbaceous hosts of ASGV. As RNA extraction methods for fruit trees, Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) and multiplex RT-PCR techniques have been improved for reliability and stability, and low titer viruses that could not be detected in the past have become detectable. We studied the seed transmission ability of three apple viruses through apple seedling diagnosis using RT-PCR. Nineteen seeds obtained from commercially grown apple were germinated and two of the resulting plants were ASGV positive. Seven clones of the amplified ASGV coat protein (CP) genes of these isolates were sequenced. Overall sequence identities were 99.84% (nucleotide) and 99.76% (amino acid). Presence of a previously unreported single nucleotide and amino acid variation conserved in all of these clones suggests a possible association with seed transmission of these 'S' isolates. A phylogenetic tree constructed using ASGV CP nucleotide sequences showed that isolate S sequences were grouped with Korean, Chinese, Indian isolates from apple and Indian isolates from kiwi.

감자바이러스 매개진딧물 밀도조사(I) (A Survey of the Aphids in Sulchon Area (I))

  • 윤순기;최성식
    • 한국응용곤충학회지
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    • 제9권1호
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    • pp.43-48
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    • 1970
  • To investigate provincial seed Potato Production farms, a Preliminary survey on the local population of the aphids was made in Sulchon alphine area, Mooju-Goon, Chollapuk-Bo where the climatic conditions were almost same as those of Taegwanryong Kangwon-Do, where Alpine Experimental station is located. This area stands from 650 to 900 metres above the sea level and divided three location of A. B, C, by altitude. A stands at 900 metres above the sea level. B at 750 metres and C at 650 metres. A and B divided three points: Al, A2, A3, and Bl, B2, B3- and divided four points-Cl, C2, C3, C4- at the distance of 300 metres apart each other. The traps were operated from July 21 to October 31, 1969. Otherwise, the traps established at Suwon (inland) and Taegwanryong where Alpine Experimental Station. A total of some 70 species including five virus vector species were identified. The Numbers of species at 10 locations, Suwon and Taegwanryong are as follows; Al-34, A2-38, A3-29, B1-25, B2-26, B3-29, C1-27, C2-14, C3-32, C4-37, species (Table 1), Suwon-49 species (including 5 virus vectors species), Taegwanryong-22 species (including 4 virus vector species). The aphids are shown in Table 1 and the Vectors are as follows: 1. Aphis gossypii Glover 2. Aulacorthum solani (Kaltenbach) 3. Lipaphis erysimi (Kaltenbach) 4. Myzus persicae(Sulzer) 5. Phorodon humuli (Schrank) Numbers of vectors versus total aphid at each locations, including inland (Suwon) and alpine area (Taegwanryong) where Alpine Experimental Station are as Fig. 1. Of a total 8,902 aphids, 6,400 $(80\%)$ were Tetraneura sp. The number of aphids devoid of the number of Tetraneura sp. are as follows; (Numbers means mean of each locations) A; 215. B; 115, C; 176 and Suwon; 2,952, Taegwanryong; 247. Densities of aphids at the locations is lower :han those at Suwon and Taegwanryong. And density of vectors at the locations, at ranged from 11 to 37, is love. than those at inland (Suwon; 197) and alpine area (Taegwanryong; 90). Thus, this area is suitable for seed potato production as Multiplication field.

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단일 비트플립 오류정정 기능을 갖는 증강된 Quantum Short-Block Code (Augmented Quantum Short-Block Code with Single Bit-Flip Error Correction)

  • 박동영;서상민;김백기
    • 한국전자통신학회논문지
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    • 제17권1호
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    • pp.31-40
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    • 2022
  • 본 논문은 기존 QSBC(Quantum Short-Block Code)의 기능은 보전하면서 파울리 X 및 Y 오류에 의한 단일 비트플립 오류정정 기능을 부가한 증강된 QSBC를 제안한다. 증강된 QSBC는 기존 QSBC에 정보워드 수만큼의 추가적인 보조 큐비트와 Toffoli 게이트를 삽입해 단일 파울리 X 오류의 진단과 자동정정 기능을 부여한 것이다. 본 논문은 종자 벡터를 이용한 증강된 QSBC의 일반적 확장 방법과 확장성을 반영한 단일 비트플립오류 자동정정 함수의 Toffoli 게이트 실현 방법도 제시하였다. 본 논문이 제안한 증강된 QSBC는 보조 큐비트 삽입으로 인해 코딩률이 최소 1/3과 최대 1/2인 trade-off를 갖는다.

SLI와 벡터 지도 간 합성을 위한 대응 건물 객체 탐색에 관한 연구 (A Study on the Building Object Correspondence Between SLI and Vector Map for Conflation)

  • 가칠오;노건일;허용;이정호;유기윤
    • 대한공간정보학회지
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    • 제21권2호
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    • pp.35-43
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    • 2013
  • 실세계 거리에 대하여 풍부한 시각적 정보를 포함하고 있는 구글 스트리트뷰 등의 위치기반 파노라마 영상(Street-Level Imagery, SLI) 서비스는 타 공간정보 데이터셋과 합성을 통하여 그 활용성이 더욱 향상될 수 있다. 본 연구에서는 이러한 목적을 위해 주요 공간 객체인 건물을 대상으로 보다 정확한 정보 결합을 위하여 가시 건물 단위의 대응을 향상시키는 기법을 제안하였다. 우선, 교차로 매칭을 이용한 위치 조정으로 SLI와 벡터 지도 간에 존재하는 위치 편차를 제거한다. 그리고 건물에 대한 가시 영역을 위치 편차가 제거된 벡터 지도상에서 탐색한 후, 이를 초기 정보로 활용하여 역으로 SLI scene상에서 대응 건물 영역을 탐색하여 최적의 대응 관계를 결정한다. 실험을 통하여 단순히 위치 편차만을 제거한 경우에 비하여 대응 건물 객체들 간에 일치 정확도가 약 8% 향상되는 것을 확인하였다. 따라서 본 연구의 성과는 SLI와 벡터 지도를 연계 활용하는데 있어 유용하게 적용될 수 있을 것이다.

형질전환 담배에서 Amaranthus 저장단백질인 AmA1 유전자의 발현 (Expression of AmA1 Gene Encoding Storage Protein of Amaranthus in Transgenic Tobacco)

  • 김태금;김영숙;권태호
    • 식물조직배양학회지
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    • 제27권3호
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    • pp.169-173
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    • 2000
  • Amaranthus hypochondriacus의 저장 단백질을 encoding 하는 AmA1 유전자를 RT-PCR 방법을 이용하여 분리하고 특성화하였다. AmAl 유전자를 담배에 형질전환 시키기 위해 CaMV 35S promoter와 3'NOS를 가지고 있는 식물 발현 vector에 subcloning 하고 이 재조합 vector를 이용하여 Agrobacterium-mediated형질전환 방법을 이용하여 담배에 도입시켰다 신초는 0.1 mg/L NAA, 1.0 mg/L BA, 100 mg/L kanamycin 그리고 250 mg/L cefotaxime이 첨가된 MS 선발 배지에서 선발했고, 선발된 신초는 식물 생장 조절제를 첨가 하지 않고 200 mg/L kanamycin과 250 mg/L cefotaxime이 첨가된 MS배지에서 뿌리를 유도하였다. 선발된 담배의 게놈내의 AmA1 유전자의 존재는 PCR 방법과 hybridization을 이용하여 확인되었고, AmA1 유전자의 발현은 RT-PCR방법과 Southern blot hybridization을 사용하여 확인되었다.

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바이러스 나병주로부터 얻은 팥의 생육 및 수량 (Growth and Yield of Azukibean Seed from Virus-infected Plant)

  • 허남기;김기식;변학수;하건수;최장경
    • 한국작물학회지
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    • 제40권5호
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    • pp.569-573
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    • 1995
  • 충주팥의 전년산 바이러스 나병주로부터 얻은 종자가 차대 생육 및 수량에 미치는 영향을 구명하기 위하여 관행재배와 바이러스 매개충인 진딧물을 서단한 강실재배와 비교하고 감염된 바이러스의 형태를 관찰한 결과는 다음과 같다. 1. 매개충을 서단했던 강실재배에서는 전년도 나병주로부터 얻은 종자도 바이러스 감염증상을 발견할 수 없었으나 관행재배에서는 생육이 진전됨에 따라서 건전개체나 나병개체로부터 얻은 종자 공히 바이러스가 심하게 나타났다. 2. 관행재배에서는 바이러스 감염으로 인하여 생육이 부진하였으나 강실재배에서 는 심하게 나병된 개체에서 얻은 종자도 건전개체에서 얻은 종자와 같이 나병 주를 발견할 수 없었고 다소 도장되었으나 전반적으로 생육 및 수량성이 양호하였다. 3. 바이러스 감염이 없었던 강실재배는 관행재배에 비하여 협수, 분기수가 많았고 백립중도 무거웠으며 수량도 10a당 202kg으로서 210% 증수되었다. 4. 바이러스에 나염된 모자이크 증상의 엽조직을 50,000배의 전자현미경으로 검경한 결과 사상 모양의 바이러스 입자가 관찰되었다.

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Development of Transgenic Tall Fescue Plants from Mature Seed-derived Callus via Agrobacterium-mediated Transformation

  • Lee, Sang-Hoon;Lee, Dong-Gi;Woo, Hyun-Sook;Lee, Byung-Hyun
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제17권10호
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    • pp.1390-1394
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    • 2004
  • We have achieved efficient transformation system for forage-type tall fescue plants by Agrobacterium tumefaciens. Mature seed-derived embryogenic calli were infected and co-cultivated with each of three A. tumefaciens strains, all of which harbored a standard binary vector pIG121Hm encoding the neomycin phosphotransferase II (NPTII), hygromycin phosphotransferase (HPT) and intron-containing $\beta$-glucuronidase (intron-GUS) genes in the T-DNA region. Transformation efficiency was influenced by the A. tumefaciens strain, addition of the phenolic compound acetosyringone and duration of vacuum treatment. Of the three A. tumefaciens strains tested, EHA101/pIG121Hm was found to be most effective followed by GV3101/pIG121Hm and LBA4404/pIG121Hm for transient GUS expression after 3 days co-cultivation. Inclusion of 100 $\mu$M acetosyringone in both the inoculation and co-cultivation media lead to an improvement in transient GUS expression observed in targeted calli. Vacuum treatment during infection of calli with A. tumefaciens strains increased transformation efficiency. The highest stable transformation efficiency of transgenic plants was obtained when mature seed-derived calli infected with A. tumefaciens EHA101/pIG121Hm in the presence of 100 $\mu$M acetosyringone and vacuum treatment for 30 min. Southern blot analysis indicated integration of the transgene into the genome of tall fescue. The transformation system developed in this study would be useful for Agrobacterium-mediated genetic transformation of tall fescue plants with genes of agronomic importance.