두툽상어 (Scyliorhinus torazame)부터 분리된 항산화 효소 Cu,Zn-superoxide dismutase (Cu,Zn-SOD 또는 SOD1)의 핵산 염기서열 및 추정 아미노산 서열을 대상으로 분자 계통학적 분석을 실시하였다. 종래 알려져 있는 척추동물의 Cu,Zn-SOD 서열들을 포함하여 neighbor-joining (NJ), maximum parsimony (MP), maximum likelihood (ML) 및 Bayesian 분석 등을 포함한 다양한 계통 분석을 수행하였으며, 이를 통해 연골어류인 본 어종의 척추동물 분류군 내에서의 계통적 위치를 추정하고자 하였다. 다양한 분자 계통수로부터 얻어진 대부분의 consensus tree들에서 분석에 사용한 분류군들은 종래 알려진 분류학적 위치와 비교적 잘 일치하였고, 이중 두툽상어는 같은 연골어류종인 blue shark와 높은 유연관계를 나타내면서 보다 진화한 경골어류들과는 확연히 구분되는 분지를 형성하였다. 특히 핵산 염기서열을 바탕으로 한 neighbor-joining 분석에서 두툽상어는 경골어류와 양막동물에 비해 보다 원시형태의 척추동물 Cu,Zn-SOD 유전자의 한 형태를 보유하고 있는 것으로 나타났다.
두툽상어의 간조직 cDNA library의 EST를 통해 중금속의 세포내 농도 조절과 환경으로부터 흡수한 유해 중금속의 해독작용 등의 기능을 수행하는 MT 유전자를 cloning하였다. 염기서열 분석 결과 두툽상어의 MT 유전자는 204bp의 coding 영역과 182bp의 3'UTR 영역으로 구성되어 있었으며, 종결코돈 이후 162bp의 polyadenylatin 신호서열과 이로부터 15bp 이후의 poly(A)서열 등이 확인되었다. 염기서열로부터 유추한 68개의 아미노산 서열에는 다른 척추동물에서와 같이 Cys 잔기가 전체의 29.4%(20/68)로 풍부하였으며, 아미노산 서열수준에서 포유류와는 43~54%, 어류들과는 41~45%의 상동성을 나타냈었다. 특히 20개의 Cys은 어류와 18개가 다른 척추동물과는 19개가 잘 보존되어 있었다. 두툽상어 MT는 특이하게 모든 척추동물에서 잘 보존된 $\beta$-domain 끝 쪽의 9번째 Cys앞에 5개의 아미노산을 더 갖고 있었으며, 경골어류 MT의 특징인 4번째 위치의 gap이 없고, 18번째 Cys의 위치가 어류와 달리 다른 척추동물들과 같았다. 또한 C 말단의 아미노산 잔기가 다른 생물체와는 모두 다른 Ser을 갖는 특징을 나타내었다. 이와 같은 두툽상어 MT유전자의 특징들은 연골어류의 분자적 진화과정을 알 수 있는 분자 표지유전자로 이용할 수 있을 것이다.
Compared to mammal including human, many bioreactive genes that regulate various biological events has not been cloned and characterized yet in fishes, especially shark, Scyliorhinus torazame. In orther to isolate genes that regulate physiological processes in cartilaginors fishes, we performed reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) using the RNA of cartilage tissues of Scyliofhinus torazame. The cloned partial genes were 86%, 80%, 73%, 84%, 75%, 79% identical to $\alpha$- actin, 90-kDa heat-shock protein, methyle-neterahydrofolate dehydrogenase-methenyltertrahydrofolate cyclohudrolase-formyltetrahydrofolate synthetase, ubiquitin, glutamine synthetase and connective tissue growth factor genes of human, respectively. They also have similar nucleotide sequence homologues with those of another species. These partial bioreactive genes elucidated in this study may support to studies of phylogenetic analysis based on evolutionary relationships between shark and other species.
CHO Jung Jong;LEE Jae Hyung;LEE Sang-Jun;LIM Woon Ki;KIM Yung-Jin;KIM Kyu-Won;KIM Young Tae
한국수산과학회지
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제30권6호
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pp.984-991
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1997
New tumor suppressor gene, snm23, homologous to human nm23/NDP kinase (human nucleoside diphosphate kinase) gene whose product has a tumor metastasis inhibitory activity, was first cloned from Korean tiger shark (Scyliorhinus forazame) skin cDNA library constructed by using a $\lambda$ ZAP-II cDNA synthesis kit. About $1\times10^5$ plaques were screened and several positive plaques were isolated and confirmed by second screening. The phagemid containing a positive clone from the Uni-Zap XR vector was excised in vivo and the gene containing the tumor metastasis suppressor protein was named as snm23. Cloned gene, snm23, was sequenced with ABI-PRISM 310 Genetic Analyzer. The nucleotide and deduced amino acid sequences of snm23 have shown an open reading frame consisting of 450 base pairs that correspond to a protein of 150 amino acid residues, with a calculated molecular mass of 16.8 kDa. Sequence comparison of snm23 with human nm23/NDP kinase was performed by using Blast protein data base of National Center for Biotechnology Information. In order to determine tissue specificity, reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) was used. Good expression level of snm23/NDP kinase was detected at the tissues from skin, cartilage, and liver of Korean tiger shark.
In order to obtain the fundamental data about the behavior of sharks by underwater audible sound, this experiment was carried out to investigate the auditory characteristics of tiger shark Scyliorhinus torazame which was caught in the coast of Jeju Island by heart rate conditioning method using pure tones coupled with a delayed electric shock. The audible range of tiger shark extended from 80Hz to 300Hz with a peak sensitivity at 80Hz including less sensitivity at 300Hz. The mean auditory thresholds of tiger shark at the frequencies of 80Hz, 100Hz, 200Hz and 300Hz were 90dB, 103dB, 94dB and 115dB, respectively. The positive response of tiger shark was not evident after the sound projection of over 300Hz. At the results, the sensitive frequency range of tiger shark is narrower than that of fish that has swim bladder. In addition, it is assumed that the most sensitive frequency in auditory thresholds of Chondrichthyes is lower than that of Osteichthyes. Critical ratios of tiger shark measured in the presence of masking noise in the spectrum level range of about 60-70dB (0dB re $1{\mu}Pa/\sqrt{Hz}$) increased from minimum 27dB to maximum 39dB at test frequencies of 80-200Hz. The noise spectrum level at the start of masking was distributed at the range of about 65dB within 80-200Hz.
두툽상어의 위장관 내분비세포의 부위별 분포, 출현빈도 및 세포의 종류를 밝히고자 면역조직화학적 방법으로 관찰하였던 바, 5종의 면역반응세포가 동정되었다. 5-HT 면역반응세포는 최고의 빈도로, somatostatin 면역반응세포는 소수의 위부위와 극소수의 장부위에 걸쳐 각각 전장관에서 관찰되었다. Glucagon과 BPP 면역반응세포는 십이지장과 직장을 제외하고 다양한 빈도로 소화관 전체에서 출현하였다. 한편 Gas/CCK 면역반응세포는 소장부위에서 국한하여 소수 분포하였다. 이상에서 두툽상어의 위장관 내분비세포는 부위별 분포에 있어서 다른 종과 유사하였으나, 출현빈도는 다소 낮게 나타났음을 알 수 있었다.
색광에 대한 두툽상어 Scyliorhinus torazame의 행동을 조사하기 위하여, 2가지 서로 다른 색광을 조합하여 수조의 양단에서 동시에 광자극을 가했을 때의 반응을 조사한 결과는 다음과 같다. 1. 수조내에서의 구간별 분포곡선은 대체로 W자형이 되었다. 2. 양색광원쪽에서의 평균분포차는 10.19%(0.17~25.75%)였고, 주간(6.72%)보다 야간(13.66%)에 더 컸다. 3. 두툽상어가 잘 모이는 색광은 주간에는 황색, 백색, 청색, 적색의 순이며, 야간에는 적색, 청색, 백색, 황색의 순으로 나타났다. 4. 조명시간의 경과에 따른 집어율의 변화는 적었으며 비교적 안정하게 변동했는데 주간에 더 안정되었다. 5. 두 가지 색광에 대한 집어율의 차는 조명시간에 관계없이 대체로 뚜렷했는데 주간보다 야간에 더 차가 심했다
The feeding habits of six shark species, Scyliorhinus torazame, Mustelus manazo, Squalus megalops, Isurus oxyrinchus, Alopias pelagicus, and Carcharhinus plumbeus were studied using the stomach contents of 463 specimens collected between January and February 2007 in the southern sea of Korea. They consumed different prey items. S. torazame preyed mainly crustaceans, and M. manazo on crustaceans and fishes. S. megalops, I. oxyrinchus, A. pelagicus, and C. plumbeus consumed predominately fishes. Non-metric multi-dimensional scaling (NMDS) ordination plots emphasized that dietary similarities separated thesix shark species into three trophic groups based on similarities in percentage Index of Relative Importance (%IRI): Group I (crustacean feeders), Group II (fish and crustacean feeders), and Group III (fish feeders).
빛에 대한 어류의 행동을 조사하기 위하여, 볼낙Sebastes inermis과 두툽상어 Scyliorhinus torazame에 빛의 세기가 서로 다른 여섯 가지 백색인공광선으로 광자극을 주어, 그에 대한 반응을 주간과 야간으로 구분 조사한 결과는 다음과 같다. 1. 광자극에 대한 수조내의 구간별 분부는 두 어종이 모두 양단구간에 많이 모여 분부곡선은 대체로 U자형이 되었으나, 어종에 따라 그 형태의 차이가 심했다. 2. 볼낙은 어떤 수중조도 하에서도 광원으로부터 멀리 밀어진 곳에 많이 모이는 경향을 나타냈으며, 주야간에 비슷하였다. 두툽상어는 광원으로부터 멀리 떨어진 곳에 다소 많이 모였으나 구간별 분부차가 적었으며 주야간에 다소의 차가 있었다. 3. 집어율이 최대가 되는 수중조도(적정조도)는 볼낙이 주간에 16.61ux($10.6\sim24.5lux$), 야간에 0.7 lux($0.5\sim1.1lux$)로서 주간에 더 높았다. 두툽상어는 주간에 1.9 lux ($1.2\sim2.9lux$), 야간에 16.61ux ($10.6\sim24.5lux$)로서 야간에 더 높았다. 4. 조명시간에 따른 집어율은 볼낙의 경우 조명시간 중 집어율이 일정한 증감추세를 보이지 않고 불안정하게 변동했으며, 주간보다 야간에 그 변화가 컸다. 두툽상어는 조명시간 중 집어율이 거의 일정하였으며, 주야간의 차이가 뚜렷하지 않았다.
Superoxide dismutase (SOD), an antioxidant enzyme catalyzing the first step for scavenging the reactive oxygen species is important as an early warning indicator to address various biological stresses. For this reason, the monitoring the expressed pattern of SOD gene in fish organs is one of important biomarkers to assess the aquatic pollution caused by many toxic chemicals. Based on the Northern blot hybridization, semi-quantitative and/or realtime RT-PCRs, the alteration of SOD gene transcripts in shark liver was examined during the experimental acute exposures to cadmium. The expression of SOD at mRNA level was up-regulated both by injection (0, 0.5, 1 or 2 mg $CdCl_2/kg$ body weight for 48 hours) and by immersion (0 or $5{\mu}M$ Cd for 0, 1, 4 and 7 days) treatments of cadmium. The transcriptional stimulation of shark SOD gene by cadmium exposure was dependent upon doses and durations: there was a trend toward more increase in higher dose and longer durations of exposure. The hepatic SOD mRNA levels showed also a general agreement with the tissue cadmium concentrations accumulated in immersion exposure. This result may provide useful strategy to develop a fine molecular biomarker at mRNA level for detecting aquatic pollution caused by toxic metals.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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