• 제목/요약/키워드: Science Laboratory

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Establishment of the large-scale longitudinal multi-omics dataset in COVID-19 patients: data profile and biospecimen

  • Jo, Hye-Yeong;Kim, Sang Cheol;Ahn, Do-hwan;Lee, Siyoung;Chang, Se-Hyun;Jung, So-Young;Kim, Young-Jin;Kim, Eugene;Kim, Jung-Eun;Kim, Yeon-Sook;Park, Woong-Yang;Cho, Nam-Hyuk;Park, Donghyun;Lee, Ju-Hee;Park, Hyun-Young
    • BMB Reports
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    • 제55권9호
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    • pp.465-471
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    • 2022
  • Understanding and monitoring virus-mediated infections has gained importance since the global outbreak of the coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic. Studies of high-throughput omics-based immune profiling of COVID-19 patients can help manage the current pandemic and future virus-mediated pandemics. Although COVID-19 is being studied since past 2 years, detailed mechanisms of the initial induction of dynamic immune responses or the molecular mechanisms that characterize disease progression remains unclear. This study involved comprehensively collected biospecimens and longitudinal multi-omics data of 300 COVID-19 patients and 120 healthy controls, including whole genome sequencing (WGS), single-cell RNA sequencing combined with T cell receptor (TCR) and B cell receptor (BCR) sequencing (scRNA(+scTCR/BCR)-seq), bulk BCR and TCR sequencing (bulk TCR/BCR-seq), and cytokine profiling. Clinical data were also collected from hospitalized COVID-19 patients, and HLA typing, laboratory characteristics, and COVID-19 viral genome sequencing were performed during the initial diagnosis. The entire set of biospecimens and multi-omics data generated in this project can be accessed by researchers from the National Biobank of Korea with prior approval. This distribution of large-scale multi-omics data of COVID-19 patients can facilitate the understanding of biological crosstalk involved in COVID-19 infection and contribute to the development of potential methodologies for its diagnosis and treatment.

Anti-inflammatory and Anti-oxidant Activities of Aster Scaber Ethanol Extract

  • Saba, Evelyn;Je, Nayeong;Song, Ji Eun;Shi, Sangwoo;Lee, Juho;Jung, Oneyoung;Han, Beom Jun;Lee, Soo Young;Park, Jongwon;Lee, Yuan Yee;Rhee, Man Hee
    • 대한의생명과학회지
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    • 제28권3호
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    • pp.170-177
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    • 2022
  • In mountainous regions, wild herbs which can also be edible in nature for humans and animals possess a wide array of biologically diversified properties. It is because of the fact that due to the cold weather of mountains; they are enriched in certain kinds of phytochemicals such as anti-oxidants, anti-inflammatory and many more. One such kind of an herb is Aster scaber (AS) in Korean. It is a widely cultivated culinary herb in Korean peninsula and used as a side dish in Korean culinary cuisine. In view of its extensive use in cuisine, we geared to unravel the anti-oxidant and anti-inflammatory effects of AS in murine alveolar macrophage cell line (MH-S). 2,2'-Azino-bis-3-ethylbenzothiazoline-6-sulfonic acid (ABTS) and 2,2-diphenyl-1-picryl-hydrazyl-hydrate (DPPH) assays revealed a dose dependent (7.8~1,000 ㎍/mL) inhibition of oxidation by AS 70% ethanol (ASE) extract as compared to Trolox and Ascorbic acid respectively. Nitric oxide assay (NO) showed a dose dependent decrease (5~40 ㎍/mL) in MH-S cells with ASE when stimulated with Coal Fly Ash (CFA). Moreover, this dose for NO reduction was also found to be least cytotoxic for cells as determined by cellular viability (MTT) assay. The gene expression of pro-inflammatory mediators (iNOS and COX-2) and cytokines (IL-6 and IL-1β) and were also dose dependently inhibited by ASE in MH-S cells through RT-PCR. Therefore, in light of these findings, AS exhibited a strong anti-oxidant and anti-inflammatory agent. These results also justify the extensive use of this mountainous herb in culinary practices for beneficial effects on human health.

Effects of long-term tubular HIF-2α overexpression on progressive renal fibrosis in a chronic kidney disease model

  • Dal-Ah Kim;Mi-Ran Lee;Hyung Jung Oh;Myong Kim;Kyoung Hye Kong
    • BMB Reports
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    • 제56권3호
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    • pp.196-201
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    • 2023
  • Renal fibrosis is the final manifestation of chronic kidney disease (CKD) regardless of etiology. Hypoxia-inducible factor-2 alpha (HIF-2α) is an important regulator of chronic hypoxia, and the late-stage renal tubular HIF-2α activation exerts protective effects against renal fibrosis. However, its specific role in progressive renal fibrosis remains unclear. Here, we investigated the effects of the long-term tubular activation of HIF-2α on renal function and fibrosis, using in vivo and in vitro models of renal fibrosis. Progressive renal fibrosis was induced in renal tubular epithelial cells (TECs) of tetracycline-controlled HIF-2α transgenic (Tg) mice and wild-type (WT) controls through a 6-week adenine diet. Tg mice were maintained on doxycycline (DOX) for the diet period to induce Tg HIF-2α expression. Primary TECs isolated from Tg mice were treated with DOX (5 ㎍/ml), transforming growth factor-β1 (TGF-β1) (10 ng/ml), and a combination of both for 24, 48, and 72 hr. Blood was collected to analyze creatinine (Cr) and blood urea nitrogen (BUN) levels. Pathological changes in the kidney tissues were observed using hematoxylin and eosin, Masson's trichrome, and Sirius Red staining. Meanwhile, the expression of fibronectin, E-cadherin and α-smooth muscle actin (α-SMA) and the phosphorylation of p38 mitogen-activated protein kinase (MAPK) was observed using western blotting. Our data showed that serum Cr and BUN levels were significantly lower in Tg mice than in WT mice following the adenine diet. Moreover, the protein levels of fibronectin and E-cadherin and the phosphorylation of p38 MAPK were markedly reduced in the kidneys of adenine-fed Tg mice. These results were accompanied by attenuated fibrosis in Tg mice following adenine administration. Consistent with these findings, HIF-2α overexpression significantly decreased the expression of fibronectin in TECs, whereas an increase in α-SMA protein levels was observed after TGF-β1 stimulation for 72 hr. Taken together, these results indicate that long-term HIF-2α activation in CKD may inhibit the progression of renal fibrosis and improve renal function, suggesting that long-term renal HIF-2α activation may be used as a novel therapeutic strategy for the treatment of CKD.

Evaluating the activity of N-89 as an oral antimalarial drug

  • Nagwa S. M. Aly;Hiroaki Matsumori;Thi Quyen Dinh;Akira Sato;Shin-ichi Miyoshi;Kyung-Soo Chang;Hak Sun Yu;Takaaki Kubota;Yuji Kurosaki;Duc Tuan Cao;Gehan A. Rashed;Hye-Sook Kim
    • Parasites, Hosts and Diseases
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    • 제61권3호
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    • pp.282-291
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    • 2023
  • Despite the recent progress in public health measures, malaria remains a troublesome disease that needs to be eradicated. It is essential to develop new antimalarial medications that are reliable and secure. This report evaluated the pharmacokinetics and antimalarial activity of 1,2,6,7-tetraoxaspiro[7.11]nonadecane (N-89) using the rodent malaria parasite Plasmodium berghei in vivo. After a single oral dose (75 mg /kg) of N-89, its pharmacokinetic parameters were measured, and t1/2 was 0.97 h, Tmax was 0.75 h, and bioavailability was 7.01%. A plasma concentration of 8.1 ng/ml of N-89 was maintained for 8 h but could not be detected at 10 h. The dose inhibiting 50% of parasite growth (ED50) and ED90 values of oral N-89 obtained following a 4-day suppressive test were 20 and 40 mg/kg, respectively. Based on the plasma concentration of N-89, we evaluated the antimalarial activity and cure effects of oral N-89 at a dose of 75 mg/kg 3 times daily for 3 consecutive days in mice harboring more than 0.5% parasitemia. In all the N-89-treated groups, the parasites were eliminated on day 5 post-treatment, and all mice recovered without a parasite recurrence for 30 days. Additionally, administering oral N-89 at a low dose of 50 mg/kg was sufficient to cure mice from day 6 without parasite recurrence. This work was the first to investigate the pharmacokinetic characteristics and antimalarial activity of N-89 as an oral drug. In the future, the following steps should be focused on developing N-89 for malaria treatments; its administration schedule and metabolic pathways should be investigated.

Alternative Immunossays

  • Barnard, G.J.R.;Kim, J.B.;Collins, W.P.
    • 한국가축번식학회지
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    • 제9권2호
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    • pp.133-139
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    • 1985
  • An immunoassay may be defined as an analytical procedure involving the competitive reaction between a limiting concentration of specific antibody and two populations of antigen, one of which is labelled or immobillized. The advent of immunoassay has revolutionised our knowledge of reproductive physiology and the practice of veterinary and clinical medicine. Radioimmunoassay (RIA) was the first of these methods to be developed, which meausred the analyte with good sensitivity, accuracy and precision (1,2). The essential components of RIA are:-(i) a limited concentration of antibodies, (ii) a reference preparation, and (iii) an antigen labelled with a radioisotope (usually tritium or iodine-125). Most procedures invelove isolating the antibody-bound fraction and measuring the amount of labelled antigen. Good facilities are available for scintilltion counting, data reduction nd statistical analysis. RIA is undergoing refinement through:-(i) the introduction of new techniques to separate the antibody-bound and free fractions which minimize the misclassification of labelled antigen into these compartments, and the amount of non-specfic binding. (3), (ii) the development of non-extration for the measurement of haptens (4), (iii) the determination of a, pp.rent free (i.e. non-protein bound) analytes (5), and (iv) the use of monoclonal antibodies(6). In 1968, Miles and Hales introduced in important new type of immunoassay which they termed immunora-diometric assay (IRMA) based on t도 use of isotopically labelled specific antibodies(7) in a move from limited to excess reagent systems. The concept of two-site IRMAs (with a capture antibody on a solid-phase, and a second labelled antibody to a different antigenic determinant of the analyte) has enabled the development of more sensitive and less-time consuming methods for the measurement of protein hormones ovar wide concentration of analyte (8). The increasing use of isotopic methos for diverse a, pp.ications has exposed several problems. For example, the radioactive half-life and radiolysis of the labelled reagent limits assay sensitivity and imposes a time limit on the usefulness of a kit. In addition, the potential health hazards associated with the use and disposal of radioactive cmpounds and the solvents and photofluors necessary for liquid scientillation counting are incompatable with the development of extra-laboratory tests. To date, the most practical alternative labels to radioisotopes, for the measurement of analytes in a concentration > 1 ng/ml, are erythrocytes, polystyrene particiles, gold sols, dyes and enzymes or cofactors with a visual or colorimetric end-point(9). Increased sensitivity to<1 pg/ml may be obtained with fluorescent and chemiluminescent labels, or enzymes with a fluorometric, chemiluminometric or bioluminometric end-point. The sensitivity of any immunoassay or immunometric assay depends on the affinity of the antibody-antigen reaction, the specific activity of the label, the precision with which the reagents are manipulated and the nonspecific background signal (10). The sensitivity of a limited reagent system for the measurement of haptens or proteins is mainly dependent upon the affinity of the antibodies and the smalleest amount of reagent that may be manipulated. Consequently, it is difficult in practice to improve on the sensitivity obtained with iodine-125 as the label. Conversely, with excess reagent systems for the measurement of proteins it is theoretically possible to increase assay sensitivity at least 1000 fold with alternative luminescent labels. To date, a 10-fold improvement has been achieved, and attempts are being made to reduce the influence of other variables on the specific signal from the immunoreaction.

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감나무 열매를 이용한 실크 및 세포에 대한 염색 데이터 확립 (Establishment of Dyeing Data for Silk Fabrics and Cells Using Diospyros kaki Thunb)

  • 정석률
    • 사물인터넷융복합논문지
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    • 제9권3호
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    • pp.27-33
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    • 2023
  • 본 연구에서는 Diospyros kaki Thunb(감)의 염색 패턴으로 분석하여 매염제에 따라 견직물과 세포의 염색 패턴이 어떻게 변화하는지 수치적으로 평가하고자 하였다. 염색된 견직물이 충분히 건조되었을 때 견직물은 엷은 황색을 띠는 것으로 나타났다. 흥미롭게도 철 II 황산염 매염제는 색 변화를 가장 많이 변화시켰고, 견직물은 갈색 또는 암자색에 가까운 색으로 염색되었다. 수치해석을 위해 타르타르산 나트륨과 구연산 및 아세트산 구리에의해 각각 19%와 62.5%의 색상 변화가 유도될 수 있었다. 철 II 황산염은 무처리 매염제보다 88%로 가장 큰 차이를 보였다. 중국 햄스터 난소(CHO) 세포의 약 5% 및 10%는 각각 타르타르산나트륨과 시트르산 및 아세트산구리로 염색되었다. 철 II 황산염에 의해 유도된 염색 효과는 타르타르산 나트륨 + 시트르산에 의한 염색 효과보다 약 2.4배 더 높았다. 기존의 연구들에서는 염색 결과를 육안적으로 확인하여왔다. 하지만, 본 논문의 결과들은 염색을 육안적으로 확인할 뿐만아니라 색상변화를 수치화한 것이다. 특히, 빅데이터에 수치화된 결과들이 계속 집약 된다면 방법에서, 시간, 부피 등을 변화시키더라도 유사한 결과들을 어느 연구자들이 쉽게 얻을 수 있을 것이다. 또한, 본 연구의 수치 데이터는 IoT 구축 및 컴퓨터 분석을 위한 데이터베이스 구축에 중요한 근거가 될 수 있을 것으로 사료된다.

PI3K/Akt 및 MAPK 기전 조절을 통한 Artesunate의 콜라겐 유도의 사람 혈소판 응집 억제효과 (Artesunate inhibits collagen-induced human platelets aggregation through regulation of PI3K/Akt and MAPK pathway)

  • 이동하
    • Journal of Applied Biological Chemistry
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    • 제65권1호
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    • pp.57-62
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    • 2022
  • 혈소판의 과도한 활성화 및 응집은 심혈관계 질환의 주요원인이 된다. 따라서, 혈소판 활성화 및 응집을 억제하는 것은 심혈관계 질환을 예방하고 치료하는데 있어서 매력적인 치료 표적으로 여겨진다. 특히, 혈관 내피세포에서 분비되는 collagen에 의한 강력한 혈소판 활성화와 응집이 혈관질환에서 특징적이다. Artesunate는 Artemisia 또는 Scopolia 속 식물의 뿌리에서 추출한 화합물이며, 항암 및 알츠하이머 병 분야에서 효과가 있다고 보고된 바 있다. 그러나, artesunate가 collagen 유도의 혈소판 활성화와 응집에 미치는 영향과 그 기전에 대해서는 규명된 바가 없다. 본 연구에서는 collagen이 유도하는 사람 혈소판 응집에 있어 artesunate이 미치는 영향을 확인하였고, artesunate의 작용 기전을 명확히 하였다. Artesunate은 혈소판가 활성화 될 때 신호 전달 과정에 작용한다고 알려진 인단백질인 PI3K/Akt 및 MAPK의 인산화를 억제하였다. 또한, artesunate는 TXA2 생성을 감소시켰고, ATP 및 serotonin 방출 등의 혈소판 내 과립 분비를 감소시켰다. 그 결과, artesunate는 혈관 내피세포에서 분비되는 강력한 응집 유도 물질인 collagen으로 유도된 혈소판 응집을 106.41 μM의 IC50로 강력하게 억제하였다. 이 결과들을 통해, artesunate가 혈관 손상을 통해 일어나는 사람 혈소판의 활성화 및 응집을 억제하는 데 유효한 항혈전 물질로 가치가 있음을 제안한다.

영화를 활용한 플립러닝 기반의 학제 간 융합 창의성 증진 프로그램이 대학생의 창의성과 융합인재소양에 미치는 효과 (Educational Effects of Interdisciplinary Creativity Promotion Program Based on Movie-Assisted Flipped Learning of creativity and STEAM literacy indexes in College Students)

  • 김병만;윤정진;김성원
    • 예술인문사회 융합 멀티미디어 논문지
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    • 제7권7호
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    • pp.37-47
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    • 2017
  • 본 연구는 영화를 활용한 플립러닝 기반의 학제 간 융합 창의성 증진 프로그램이 대학생의 창의성과 융합인재소양에 어떠한 효과를 미치는지 확인하는 데 목적이 있다. 이를 위해 부산광역시에 소재한 D대학교의 '영화로 만나는 창의적 융합' 교양강좌에 수강한 대학생 44명과 비수강 대학생 45명 총 89명을 대상으로 총 15회기의 프로그램을 실시하였다. 수집된 자료는 SPSS 23.0프로그램을 사용하여 독립표본 t-검증으로 내용을 분석하였으며, 이에 대한 연구결과는 다음과 같다. 첫째, 영화를 활용한 플립러닝 기반의 학제 간 융합 창의성 증진 프로그램은 대학생의 창의성 하위영역에서 인내/집착, 유머감, 자기확신, 상상, 개방성, 독립성, 호기심의 순으로 유의미한 효과가 높게 나타났고, 창의성 전체에서도 유의미한 효과가 나타났다. 둘째, 영화를 활용한 플립러닝 기반의 학제 간 융합 창의성 증진 프로그램은 대학생의 융합인재소양의 하위영역에서 융합, 배려, 소통, 창의의 순으로 유의미한 효과가 높게 나타났고, 융합인재소양 전체에서도 유의미한 효과가 나타났다. 이상과 같은 연구결과를 통해 영화를 활용한 플립러닝 기반의 학제 간 융합 창의성 증진 프로그램의 교육적 효과를 확인할 수 있었고, 교육학을 기반으로 한 융합연구 분야에 의미 있는 방향설정과 시사점을 제공하였다.

영화 기반 교양교과 수업 활동 탐색 - 영화 「언터처블: 1%의 우정」 중심으로 (Recognition of General arts classes based on movie - Focused on the movie "Untouchables: 1% friendship")

  • 김성원;윤정진
    • 예술인문사회 융합 멀티미디어 논문지
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    • 제7권6호
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    • pp.63-72
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    • 2017
  • 본 연구는 대학에서 영화를 기반으로 한 교양교과 수업에 실제 적용한 사례를 중심으로 이루어졌다. 이에 영화를 기반으로 교양교과 수업에 대한 인식을 알아보고자 하였다. 특히 영화 6편 중 '언터처블: 1%의 우정' 중심으로 수업 활동을 분석하여 전개하였다. 본 연구대상은 부산광역시에 소재한 D대학 2016년 1학기에 개설된 교양과목 '영화로 만나는 창의적 융합' 강좌에 수강한 대학생 44명을 대상으로 하였다. 본 연구에서는 전통적인 수업방식에서 탈피한 창의성 수업으로 영화를 감상하고 퀴즈를 온라인을 통해 선행학습한 이후 과제, 발표, 실험, 체험 등을 정규 수업시간에 수행하는 교육방법으로 15주 동안 진행하였다. 본 연구에서 영화를 활용한 교양수업에 대한 인식결과는 다음과 같다. '움직임이 살아있는 교양수업이다', '영화를 다양한 시각으로 보게 하는 교양수업이다', '나를 알게 하는 교양수업이다' 로 나타났다. 이는 일상생활에서 쉽게 접할 수 있는 영화라는 교육매체와 틀에서 벗어난 공간에서 활동하는 교양수업이 대학생들에게는 호기심을 자극하고 재미를 더해주는 것으로 인식하고 있음을 시사하고 있다.

Waelz Kiln 슬래그로부터 고품위 철 농축산물의 생산을 위한 최적 물리적 처리공정 (The Optimal Physical Treatment Process for Production of High-grade Iron Concentrate from Waelz Kiln Slag)

  • 한요셉;김성민;한성수;김영재
    • 자원리싸이클링
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    • 제32권2호
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    • pp.3-11
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    • 2023
  • 본 연구에서는 Waelz Kiln(WK) 공정에 의해 발생되는 슬래그로부터 물리적 처리에 의해 60% 이상의 품위를 가지는 철 농축산물을 얻고자 하였다. 대상 WK 슬래그는 수 mm 크기의 조립자로서 슬래그의 T-Fe 함량은 40.24%, ZnO 함량은 1.03%으로 확인되었다. WK 슬래그는 실험실 로드밀을 이용하여 다양한 분쇄시간 동안 분쇄하였으며, 분쇄된 시료는 우선 저자력(0.05 T) 세기에서 선별되었다. 그 결과, 10분 분쇄된 시료에서 가장 높은 철 품위를 나타내었으며, 20분 분쇄시료를 대상으로 자력세기에 따라 실험한 결과, 보다 고자력인 0.8 T에서 가장 높은 품위 및 최고 수준의 회수율이 관측되었다. 앞선 결과들을 바탕으로 본 연구에서는 최적의 관련 물리적 처리공정을 제안하였으며, 최적 공정에 의해 얻어진 철 농축산물의 품위 그리고 농축율은 각각 61.34% 그리고 1.52으로 평가되었다.