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Versatile Catabolic Properties of Tn4371-encoded bph Pathway in Comamonas testosteroni (Formerly Pseudomonas sp.) NCIMB 10643

  • Kim, Jong-Soo;Kim, Ji-Hyun;Ryu, Eun-Kyeong;Kim, Jin-Kyoo;Kim, Chi-Kyung;Hwang, In-Gyu;Lee, Kyoung
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • v.14 no.2
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    • pp.302-311
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    • 2004
  • Comamonas testosteroni (formerly Pseudomonas sp.) NCIMB 10643 can grow on biphenyl and alkylbenzenes $(C_2-C_7)$ via 3-substituted catechols. Thus, to identify the genes encoding the degradation, transposon-mutagenesis was carried out using pAG408, a promoter-probe mini-transposon with a green fluorescent protein (GFP), as a reporter. A mutant, NT-1, which was unable to grow on alkylbenzenes and biphenyl, accumulated catechols and exhibited an enhanced expression of GFP upon exposure to these substrates, indicating that the gfp had been inserted in a gene encoding a broad substrate range catechol 2,3-dioxygenase. The genes (2,826 bp) flanking the gfp cloned from an SphI-digested fragment contained three complete open reading frames that were designated bphCDorfl. The deduced amino acid sequences of bphCDorfl were identical to 2,3-dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase (BphC), 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase (BphD), and OrfI, respectively, that are all involved in the degradation of biphenyl/4-chlorobiphenyl (bph) by Ralstonia oxalatica A5. The deduced amino acid sequence of the orfl revealed a similarity to those of outer membrane proteins belonging to the OmpW family. The introduction of the bphCDorfl genes enabled the NT-l mutant to grow on aromatic hydrocarbons. In addition, PCR analysis indicated that the DNA sequence and gene organization of the bph operon were closely related to those in the bph operon from Tn4371 identified in strain A5. Furthermore, strain A5 was also able to grow on a similar set of alkylbenzenes as strain NCIMB 10643, demonstrating that, among the identified aromatic hydrocarbon degradation pathways, the bph degradation pathway related to Tn4371 was the most versatile in catabolizing a variety of aromatic hydrocarbons of mono- and bicyclic benzenes.

Contrast Sensitivity and Glare with Spherical and Toric Soft Contact Lenses in Low-astigmatic Eyes (구면과 토릭 소프트 렌즈로 교정한 약도 난시안의 대비감도와 눈부심)

  • Lee, Min-Ah;Kim, Hyun Jung;Kim, Jai-Min
    • Journal of Korean Ophthalmic Optics Society
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    • v.14 no.1
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    • pp.39-45
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    • 2009
  • Purpose: The purpose of this study is to compare the visual performance by contrast sensitivity (CS) and disability glare (DG) in low astigmatic eyes corrected with toric soft lenses and other optical corrections. Methods: Twenty university students with myopia (-1.00 to -6.50D Sph. with astigmatism up to 1.50 cyl) were enrolled and corrected by five different methods: 1) soft toric lenses; 2) spherical soft contact lenses; 3) RGP lenses; 4) best spectacle corrected visual acuity; 5) spherical equivalent spectacles. All subjects had corrected vision acuity of 20/20 or better. Contrast sensitivity and disability glare were measured using the OPTEC 6500 contrast sensitivity view-in tester included the EyeView Functional Vision Analysis software at photopic or mesopic conditions with glare. Results: At photopic condition, best corrected spectacle wearers had the highest monocular contrast sensitivity at all spatial frequency followed by soft toric lenses, RGP lenses, spherical equivalent spectacles, and spherical soft contact lenses. However, all of them were in normal contrast sensitivity value at photopic condition. At mesopic condition with glare, toric soft lenses were the highest and followed by RGP lenses, spherical equivalent spectacles, best spectacle corrected visual acuity and spherical soft contact lenses. It was observed that spherical soft contact lens wearers demonstrated lower range than normal contrast sensitivity value at mesopic condition with glare. Conclusion: Toric soft lenses gave better visual performance than spherical soft lenses in low astigmatic eyes. Subjects requiring the use of contact lenses under mesophic conditions could benefit from toric soft lenses.

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Etiological Properties and Coat Protein Gen Analysis of Potato Virus Y Occuring in Potatoes of Korea (우리나라 감자에 발생하는 PVY의 병원학적 특성 및 외피단백질 유전자 분석)

  • ;Richard M. Bostock
    • Proceedings of the Korean Society of Plant Pathology Conference
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    • 1995.06b
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    • pp.77-96
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    • 1995
  • To obtain basic informations for the improvement of seed potato production in Korea, some etiological properties of potato virus Y(PVY) distributed in the major seed potato production area(Daekwanryeong) were characterized, and the nucleotide and amino acid sequences of the coat protein gene of the PVY strains isolated were analyzed. PVY strains in Daekwonryeong, an alpine area, were identified to be two strains, PVYo and PVYN by symptoms of indicator plants, and their distribution in potato fields was similar. Major symptom on potato varieties by PVY was grouped as either mosaic alone or mosaic accompanied with veinal necrosis in the lower leaves. The symptom occurrence of the two symptoms was similar with Irish Cobbler, but Superior showed a higher rate of mosaic symptom than the other. The PVY strain which was isolated from potato cv. Superior showing typical mosaic symptoms produced symptoms of PVY-O on the indicator plants of Chenopodium amaranticolor, Nicotiana tabacum cv. Xanthi nc and Physalis floridana, but no symptom o Capsicum annum cv. Ace. Moreover, results from the enzyme-linked immunosorbent assay with monoclonal and polyclonal antibodies showed that the isolated PVY reacts strongly with PYV-O antibodies but does not react specifically with PVY-T antibodies. The purified virus particles were flexious with a size of 730$\times$11nm. On the basis of the above characteristics, the strain was identified to be a PVY-O and named as of PVY-K strain. The flight of vector aphids was observed in late May, however, the first occurrence of infected plants was in mid June with the bait plants surrounded with PVY-infected potato plants and early July with the bait plants surrounded with PVY-free potato plants. PVY infection rates by counting symptoms on bait plants (White Burley) were 1.1% with the field surrounded with PVY-free potato plants and 13.7% the fields surrounded with PVY-infected potato plants, showing the effect of infection pressure. The propagated PVY-K strain on tobacco(N. sylvestris) was purified, and the RNA of the virus was extracted by the method of phenol extraction. The size of PVY-K RNA was measured to be 9, 500 nucleotides on agarose gel electrophoresis. The double-stranded cDNAs of PVY-K coat protein(CP) gene derived by the method of polymerase chain reaction were transformed into the competent cells of E. coli JM 109, and 2 clones(pYK6 and pYK17) among 11 clones were confirmed to contain the full-length cDNA. Purified plasmids from pYK17 were cut with Sph I and Xba I were deleted with exonuclease III and were used for sequencing analysis. The PVY-K CP gene was comprised of 801 nucleotides when counted from the clevage site of CAG(Gln)-GCA(Ala) to the stop codon of TGA and encoded 267 amino acids. The molecular weight of the encoded polypeptides was calculated to be 34, 630 daltons. The base composition of the CP gene was 33.3% of adenine, 25.2% of guanine, 20.1% of cytosine and 21.4% of uracil. The polypeptide encoded by PVY-K CP gene was comprised of 22 alanines, 20 threonines, 19 glutamic acids and 18 glycines in order. The homology of nucleotide sequence of PVY-K CP gene with those of PVY-O(Japan), PVY-T(Japan), PVY-TH(Japan), PVYN(the Netherlands), and PVYN(France) was represented as 97.3%, 88.9%, 89.3%, 89.6% and 98.5%, respectively. The amino acid sequence homology of the polypeptide encoded by PVY-K CP gene with those encoded by viruses was represented as 97.4%, 92.5%, 92.9%, 92.9%, and 98.5%, respectively.

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Dramaturgische und Aufführungs-analyse von Romeo und Julia -Shakespeares Drama und Oh, Tae-suks Aufführung- (<로미오와 줄리엣>의 드라마투르기적 분석 및 공연분석 -셰익스피어의 드라마와 오태석의 공연-)

  • Lee, In-Soon
    • Journal of Korean Theatre Studies Association
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    • no.40
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    • pp.163-206
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    • 2010
  • Um die Jahrhundertwende des 20. Jahrhunderts besinnt sich Theater als ein Kunstwerk auf seine eigene $Realit{\ddot{a}}t$, $K{\ddot{o}}rper$, Raum und Zeit. Die Existenzweise des Theaterkunstwerks ist $Auff{\ddot{u}}hrung$. Die Kennzeichen der $Auff{\ddot{u}}hrung$ ist Transitorik, Unmittelbarkeit und Ereignishaftigkeit. $Auff{\ddot{u}}hrungsanalyse$ der Theaterwissenschaft als Disziplin wird lange Zeit $vernachl{\ddot{a}}ssigt$, weil $Auff{\ddot{u}}hrung$ ein Opfer der Zeit ist. Angesichts der $Auf{\ddot{u}}hrungsanalyse$ $mu{\ss}$ man eine Invariante zur $Verf{\ddot{u}}gung$ stellen, um einen Gegenstand zu analysieren. Die Inszenierung als ${\ddot{a}}sthetischer$ Gegenstand ist einmalig und unwiederbringlich. Das $B{\ddot{u}}hnengeschehen$ ist materielle $Realit{\ddot{a}}t$, die von dem Zuschauer sinnlich - optisch und akustisch - erfahren wird. Die Inszenierung realisiert sich in 'drei $B{\ddot{u}}hnengestalten$': 'Intendierte $B{\ddot{u}}hnengestalt$', 'realen $B{\ddot{u}}hnengestalt$' und 'vermeinte $B{\ddot{u}}hnengestalt$'. Die $Auff{\ddot{u}}hrung$ konkretisiert sich im Kopf des Zuschauers nicht als eine reale $B{\ddot{u}}hnengestalt$, sondern als ein '${\ddot{a}}sthetisches$ Objekt', 'als Abdruck der $B{\ddot{u}}hnenvorg{\ddot{a}}nge$'. Der Platz des $Auff{\ddot{u}}hrungsanalytikers$ ist der des Zuschauers, des Rezipienten. Die ${\ddot{a}}sthetische$ $B{\ddot{u}}hnengestalt$ ist eine Rekonstruktion der selektiven wahrgenommenden $Auff{\ddot{u}}hrung$, die der 'realen $B{\ddot{u}}hnengestalt$' ${\ddot{a}}hnelt$. Diese Rekonstruktion als neue $Sch{\ddot{o}}pfung$ des Rezipienten ist "Simulacrum", das der dem Objekt $hinzugef{\ddot{u}}gte$ Intellekt ist. Der Begriff der $Auff{\ddot{u}}hrungsanalyse$ wird Synonym $f{\ddot{u}}r$ die Interpretation als hermeneutischer $Proze{\ss}$. $F{\ddot{u}}r$ die Methode der $Auff{\ddot{u}}hrungsanalyse$ gibt es Strukturanalyse und Transformationsanalyse. Strukturanalyse geht $ausschlie{\ss}lich$ von der $Auff{\ddot{u}}hrung$ aus. Transformationsanalyse geht von der Transformation des Textes aus. $F{\ddot{u}}r$ diese Arbeit steht dramaturgische Analyse von Shakespeares Romeo und Julia als erste Grundlage. Die Handlungsentwicklung von Romeo und Julia ist klar in '$f{\ddot{u}}nf$ Akte' eingeteilt, die insgesamt aus 24 Szenen bestehen. Die Gesamthandlung von Romeo und Julia baut sich $pyramidenf{\ddot{o}}rmig$ nach dem Schema der steigenden und fallenden Handlung auf: Exposition/ Ausgangssituation (bis zur ersten Begegnung des Liebespaares auf dem Fest), erregendes Moment als Steigerung (von der Verliebtheit bis zur $Eheschlie{\ss}ung$), Wendepunkt/ Peripetie (Mercutios Tod), retardierendes Moment (Julias Scheintod) und Katastrophe (Vereinigung im Grabe). Die Handlung des $St{\ddot{u}}ckes$ gliedert sich in eine Haupt- und eine Nebenhandlung: dominierend ist die Liebeshandlung zwischen Romeo und Julia, daneben steht die Entwicklung der Fehde zwischen den Familien von Montague und Capulet; sie sind 'sich gegenseitig bedingend, steigernd, hemmend und vernichtend'. Parallelisierung und Kontrast der Figurenkonstellation werden in den jeweils sozial oder im Alter entsprechenden Figuren aus den beiden verfeindeten Familien gezeigt. Die Thematik des $St{\ddot{u}}ckes$ kommt in dem Oxymoron "loving hate" (I.1.175) zum Ausdruck. Shakespeare $l{\ddot{a}}sst$ die Liebeshandlung von Romeo und Julia in der Art der de casibus-$Trag{\ddot{o}}die$ spielen; deren Handlungsmuster ist 'dargestellt im Rad der Fortuna, das einen Menschen $emportr{\ddot{a}}gt$ und wieder $abst{\ddot{u}}rzen$ $l{\ddot{a}}sst$'. Das $St{\ddot{u}}ck$ Romeo und Julia ist eine experimentelle $Trag{\ddot{o}}die$. Es beginnt als $Kom{\ddot{o}}die$ mit $Z{\ddot{u}}gen$ einer Romanze, die sich aus dem Motiv der privaten Liebe und Heirat entwickelt. Pater Lorenzo und die Amme treten mit Lorenzos Wissen von der magischen Kraft der $Kr{\ddot{a}}uter$ und der $Geschw{\ddot{a}}tzigkeit$ der Amme $h{\ddot{a}}ufig$ in der $Kom{\ddot{o}}die$ auf. Die Handlung von Romeo und Julia erreicht mit Mercutios Tod den Wendepunkt, der die komische Welt zur tragischen umwandelt. $F{\ddot{u}}r$ die Sprache gibt es Prosa der Diener wie die Alltagssprache der einfachen Leute und zugleich Verse der Adeligen. Shakespeare verwendet eine kontrastreiche Metaphorik $f{\ddot{u}}r$ Raum und Zeit. Dreimal geschehen am Tag die $K{\ddot{a}}mpfe$ der verfeindeten Familien auf den ${\ddot{o}}ffentlichen$ $Pl{\ddot{a}}tzen$. Der Tag wirft ein Licht auf den Hass und die Gewalt. Die Nacht aber ist die $Sph{\ddot{a}}re$ der Liebe, wo Romeo und Julia ihre heimliche Verbindung verborgen halten $k{\ddot{o}}nnen$. Die Liebenden treffen sich in der Nacht und in dem ummauerten Raum. Oh, Tae-Suks "Romeo und Julia" wird in der Form des Madangguks gestaltet. Die Handlung in Oh, Tae- Suks Textfassung ist also nicht nach dem Prinzip der $Kausalit{\ddot{a}}t$ und Folgerichtigkeit zu lesen wie im Shakespeare-Drama. Wegen dem Ignorieren der $Kausalit{\ddot{a}}t$ des Handlungsablaufes und dem Fehlen der Motivation der Handlung ergibt sich hier keine individuelle psychologische Figurencharakterisierung. Die Figuren sind typisiert. Die koreanische Textfassung mit den extremen textlichen $Verk{\ddot{u}}rzungen$ und den zwei szenischen $Hinzuf{\ddot{u}}gungen$ $pr{\ddot{a}}gt$ die Inszenierung dahingehend, dass an die Stelle der Wortsprache mehr $K{\ddot{o}}rpersprache$ und szenische Bilder treten. Die langen Sprechpartien der Figuren im Shakespeare-Drama werden meistens $gek{\ddot{u}}rzt$ und $beschr{\ddot{a}}nken$ sich entweder auf Informationen ${\ddot{u}}ber$ die Situation oder zur Handlungsentwicklung. Und der Handlungsablauf erfolgt in Episoden sowie Musik, Lied und Tanz; Musik, Lied und Tanz dienen einerseits dem ${\ddot{U}}bergang$ der Szenen, sind aber andererseits auch selbst Teil des Handlungsablaufs. $W{\ddot{a}}hrend$ Shakespeare die Sprache der $W{\ddot{o}}rter$ in den Vordergrund $r{\ddot{u}}ckt$, $st{\ddot{u}}tzt$ Oh, Tae-Suk sich mehr auf die Sprache des $K{\ddot{o}}rpers$, die ja zugleich bildhaft ist. $Daf{\ddot{u}}r$ nimmt die Inszenierung Tanz und Lieder. Oh, Tae-Suks Inszenierung entwirft Shakespeares $Trag{\ddot{o}}die$ in der Form des Madangguks als Spiel und zugleich als erkennentnisorientiertes, nachdenkliches Theater $f{\ddot{u}}r$ den koreanischen Zuschauer, das dem traditionellen koreanischen Theater als Unterhaltungstheater nicht $m{\ddot{o}}glich$ ist, in dem sich das Volk von der Wirklichkeit erleichterte und sich $vergn{\ddot{u}}gte$. Oh, Tae-Suk formt das Publikum zum 'Wir' und zugleich zum 'Ich'. Mit dem Zusammensein der $v{\ddot{o}}llig$ andernen Theaterkulturen schafft der Reigisseur das hybride Theater und dadurch bildet $f{\ddot{u}}r$ die moderne koreanische Gesellschaft eine neue kulturelle $Identit{\ddot{a}}t$ heraus.