• 한국동물학회지
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• 제37권4호
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• pp.437-477
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• 1994

The DNA replication of human Iyrnphocvtes was studied using Bromodeo3fyuridine incorporation. The characteristic patterns of dvnamlc banding were analysed. Human chromosomal ONA was synthesized in a segmental but highly coordinated fashion. Each chromosome replicates according to its innate pattern of chromosome structure (bandinsl. R-positive bands are demonstrated as the initiation sites of DNA synthesis, and G-bnads initiate replication after it has been completed in the autosomal R-bands. Many researchers demonstrated that developmental or induced methvlation of DNA can inactivate the associated gene loci. Such DNA methylation can be reversed and specific genes reactivated by treatment with 5-azacvtidine. We treated the hvpomethvlating agent 5-azacvtidine and tested for changes of DNA replication pattern. Treatment with 5-azacytidine causes an advance in the time of replication. These observed changes in timing of replication suggest that DNA methvlation may modify regional groups of genes in concert.

• 대한치과교정학회지
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• 제53권1호
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• pp.16-25
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• 2023

Objective: We aimed to evaluate the cell viability and antimicrobial effects of orthodontic bands coated with silver or zinc oxide nanoparticles (nano-Ag and nano-ZnO, respectively). Methods: In this experimental study, 30 orthodontic bands were divided into three groups (n = 10 each): control (uncoated band), Ag (silver-coated band), and ZnO (zinc oxide-coated band). The electrostatic spray-assisted vapor deposition method was used to coat orthodontic bands with nano-Ag or nano-ZnO. The biofilm inhibition test was used to assess the antimicrobial effectiveness of nano-Ag and nano-ZnO against Streptococcus mutans, Lactobacillus acidophilus, and Candida albicans. Biocompatibility tests were conducted using the 3-(4, 5-dimethylthiazol-2-yl)-2, 5-diphenyltetrazolium bromide assay. The groups were compared using oneway analysis of variance with a post-hoc test. Results: The Ag group showed a significantly higher reduction in the number of L. acidophilus, C. albicans, and S. mutans colonies than the ZnO group (p = 0.015, 0.003, and 0.005, respectively). Compared with the control group, the Ag group showed a 2-log₁₀ reduction in all the microorganisms' replication ability, but only S. mutants showed a 2-log₁₀ reduction in replication ability in the ZnO group. The lowest mean cell viability was observed in the Ag group, but the difference between the groups was insignificant (p > 0.05). Conclusions: Coating orthodontic bands with nano-ZnO or nano-Ag induced antimicrobial effects against oral pathogens. Among the nanoparticles, nano-Ag showed the best antimicrobial activity and nano-ZnO showed the highest biocompatibility.

• 전기전자학회논문지
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• 제24권4호
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• pp.1122-1128
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• 2020

대역 확장(Bandwidth Extension)이란 채널 용량 부족 혹은 이동통신 기기에 탑재된 코덱의 특성으로 인해 부호화 및 복호화 과정에서 대역 제한(band limited)되거나 손상된 협대역 신호(NB, Narrow Band)를 복원, 확장하여 광대역 신호(WB, Wide Band)로 전환 시켜주는 것을 의미한다. 대역 확장 연구는 주로 음성 신호 위주로 대역 복제(SBR, Spectral Band Replication), IGF(Intelligent Gap Filling)과 같이 고대역을 주파수 영역으로 변환하여 복잡한 특징 추출 과정을 거쳐 이를 바탕으로 사라지거나 손상된 고대역을 복원한다. 본 논문에서는 딥러닝 모델 중 오토인코더(Autoencoder)를 바탕으로 1차원 합성곱 신경망(CNN, Convolutional Neural Network)들의 잔차 연결을 활용하여 복잡한 사전 전처리 과정 없이 일정한 길이의 시간 영역 신호를 입력시켜 대역 확장 시킨 음향 신호를 출력하는 모델을 제안한다. 또한 음성 영역에 제한되지 않는 음악을 포함한 여러 종류의 음원을 포함하는 데이터셋에 훈련시켜도 손상된 고대역을 복원할 수 있음을 확인하였다.

• 한국양식학회지
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• 제8권3호
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• pp.209-220
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• 1995

미꾸라지의 간으로부터 핵을 분리하여, 저농도 염추출 및 제한효소 처리로 핵기질(nuclear matrix)을 분리하였다. 분리된 핵기질을 Proteinase K로 분해한 후, phenol-chloroform 추출로 크기가 약 0.3kb-15kb의 분포를 나타내는 핵기질 부착 DNA (nuclear matrix attachment regions : MARs)를 얻었다. 효모 URA 3 유전자를 가진 2.13 kb Eco47 III 단편을 제한효소 Ssp I 으로 절단된 pUC19 플라즈미드 벡타에 결합시켜, ARS (autonomously replication sequence) 클로닝을 위한 pURY19 플라즈미드 벡타를 만들었다. 이 pURY19 벡타는 Saccharomyces cerevisiae내에서 독립적으로 복제할 수 없기 때문에, 물고기의 효율적인 발현 벡타 개발을 위해, 이 system을 이용하여, S. cerevisiae내에서 독립적으로 복제 가능한 미꾸라지의 ARS를 클로닝하고자 하였다. 분리 된 MARs를 pURY19 벡타에 결합시 킨 다음, E. coli $DH5\alpha$에 형질전환시켜 $pURY19N_{l-62}$를 얻었다. MAR Libraries $(pURY19N_{1-62})$를 각각 $Ura^-\;S.\;cerevisiae$에 형질전환시켜, S. cerevisiae내에서 독립적으로 복제 가능한 M. mizolepis 유래의 복제원점들 (ARSs)을 분리하여, Sanger's dideoxy-chain termination method로 염기서열을 분석하였다. 염기서열 분석결과 모든 clones들은 AT-rich하였으며, 특히 $pURY19N_6$에는 ARS concensus sequence, Topoisomerase II consensus, near A-box, 그리고 T-box들이 존재하였다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제48권2호
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• pp.180-190
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• 2000

연구배경: Microsatellite 돌연변이 유발유전자 표현형으로 나타나는 유전자 불안정화는 암 발생에 필요한 유전자 변이의 출현을 조장하는 것으로 알려져 있다. Merlo 등은 원발성 소세포폐암에서 빈번한 microsatellite 불안정화가 관찰됨을 보고하였으나 최근 Kim 등의 또 다른 보고에서는 검사를 시행한 loci중 오직 1%에서만 microsatellite instability가 관찰되어 상반된 결과를 보였다. 따라서 저자들은 종양 발생에 관여하는 원인을 찾는 노력의 일환으로 유전자 불안정화가 원발성 소세포폐암의 발생과 진행에 어떠한 병인적 중요성을 갖는지 확인하고, 외국의 결과와 비교하여 우리나라 환자들에서 유전적 변이의 차이점을 관찰하고자 하였으며, microsatellite 불안정화가 빈번히 관찰된다면 이를 우리나라 소세포폐암 환자들의 분자생물학적 조기 진단 및 환자의 예후 판정에도 활용할 수 있는지 알아보고자 하였다. 대상 및 방법: 연세대학교 의과대학 세브란스병원에서 원발성 소세포폐암으로 진단된 15 명의 남자 환자를 대상으로 하였다. 암조직과 이에 대응하는 정상 조직의 파라핀 포매 블록으로부터 DNA를 추출하였으며, 염색체 1p, 2p, 3p, 5q, 6p, 6q, 9p, 9q, 13q, 17p에 위치한 총 40개의 microsatellite markers를 이용하여 microsatellite 분석을 실시하였다. 결 과: 1) 대상 환자 15예중에서 LOH가 1개라도 관찰된 경우는 13예(86.7%) 이었다. 2) LOH가 관찰된 13예중 3예에서는 염색체 9p의 광범위한 지역에서 결손이 관찰되었다. 3) LOH는 염색체 2p에서 72.7%, 염색체 3p 40%, 염색체 5q 50%, 염색체 9p 46.7%, 염색체 13q 69.2%, 그리고 염색체 17p에서 66.7% 가 관찰되었다(Table 1). 4) 대상 환자 15예중에서 shifted bands가 1개라도 관찰된 경우는 9예(60%)이었다. 5) Shifted bands, 즉 microsatellite 불안정화를 보이는 9예중 altered loci는 2.5~52.5%( 평균 $9.4\pm16.19$)에서 관찰되었다(Table 2). 6) 검사한 총 600개 loci 중에서 shifted bands가 있는 경우는 34 loci로 5.7% 이었다(Table 2). 7) Shifted bands를 보이는 9예에서 LOH는 0~83.3% 까지 관찰되었으며, 중앙생존기간은 35주이었다. Shifted bands를 보이지 않는 6예에서 LOH는 0~83.3%까지 관찰되었으며, 중앙생존기간은 73주이었다(Table 1). 그러나 양군간의 중앙생존기간은 유의한 차이가 없었다(p=0.4712). 결 론: 원발성 소세포폐암 일부에서 여러 종양억제유전자들의 불활성화뿐 아니라 microsatellite 불안정화도 암발생에 관여하는 것으로 생각된다. 그러나 microsatellite 불안정화와 소세포폐암의 임상적 예후와의 연관성은 관찰할 수 없었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제10권3호
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• pp.312-320
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• 2000

Abstract The full sequence of the plasmid pKJ36, which was derived from Bifidobacterium longum KJ, was determined and analyzed to construct shuttle vectors between E. coli and Bifidobacterium. The plasmid pKJ36 was composed of 3,625 base pairs with a 65.1% G+C content. The structural organization of pKJ36 was highly similar to that of pKJ50, and the three major ORFs on pKJ36 showed high amino acid sequence homologies with those of pKJ50. The putative proteins coded by these three ORFs were designated as RepB (32.0 kDa, pI=9.25), MembB (29.0 kDa, pI=12.25), and MobB (39.0 kDa, pI=IO.66), respectively. The amino acid sequence of RepB showed a 57% identity and 70% similarity with that of the RepA protein of pKJ50. Upstream of the repB gene, the so-called iteron sequence was directly repeated four-and-ahalf times and a conserved dnaA box was identified. An amino acid sequence comparison between the MobB and MobA of pKJ50 revealed a 48% identity and 61 % similarity. A conserved oriT sequence with an inverted repeat identical to that of pKJ50 was also found upstream of the mobB gene. A hydropathy analysis of MembB revealed four possible transmembrane regions. The expressions of the repB and membB genes were confirmed by RT-PCR. The in vitro translation reaction of pKJ36 showed protein bands with anticipated sizes with respect to each putative gene product. S 1 endonuclease treatment and Southern hybridization suggested that pKJ36 replicates by a rolling circle mechanism via a single-stranded DNA (ssDNA) intermediate. A shuttle vector between E. coli and Bifidobacterium sp. was constructed using the pKJ36, pBR322, and staphylococcal chloramphenicol acetyl transferase (CAT) gene. The successful transformation of the Bifidobacterium strains was shown by Southern hybridization and PCR. The transformation efficiency differed from strain to strain and, depending on the electroporation conditions, with a range between $1.2{\times}10^1-2.6{\times}10^2{\;}cfu/\mu\textrm{g}$ DNA.X> DNA.

• Molecules and Cells
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• 제24권2호
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• pp.200-209
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• 2007

We generated gene expression data from the tissues of 50 gastric cancer patients, and applied meta-analysis and gene set analysis to this data and three other stomach cancer gene expression data sets to define the gene expression changes in gastric tumors. By meta-analysis we identified genes consistently changed in gastric carcinomas, while gene set analysis revealed consistently changed biological themes. Genes and gene sets involved in digestion, fatty acid metabolism, and ion transport were consistently down-regulated in gastric carcinomas, while those involved in cellular proliferation, cell cycle, and DNA replication were consistently up-regulated. We also found significant differences between the genes and gene sets expressed in diffuse and intestinal type gastric carcinoma. By gene set analysis of cytogenetic bands, we identified many chromosomal regions with possible gross chromosomal changes (amplifications or deletions). Similar analysis of transcription factor binding sites (TFBSs), revealed transcription factors that may have caused the observed gene expression changes in gastric carcinomas, and we confirmed the overexpression of one of these, E2F1, in many gastric carcinomas by tissue array and immunohistochemistry. We have incorporated the results of our meta- and gene set analyses into a web accessible database (http://human-genome.kribb.re.kr/stomach/).

• 대한소아치과학회지
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• 제28권1호
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• pp.129-141
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• 2001

우식치아의 교합면과 정상치아의 교합면에서 균을 채취한 결과, 우식치아의 교합면에서는 $3.43\times10^5$ CFU, 정상치아의 교합면에서는$3.43\times10^3$ CFU가 MSB 배지상에서 검출되었다. API test를 이용하여 당발효 및 생화학적 성상을 관찰한 결과, 우식치면에서 분리된 세균은 20종 모두 S. mutans였으나, 건강한 치면에서는 2개의 세균만 S. mutans로 동정되었다. 우식치면과 정상치면에서 분리된 균주 S. mutans SM1과 S. mutans SM2는 $\alpha-galactosidase$ 활성을 제외하곤 당발효 및 생화학적 성상이 모두 일치하였다. 증식에 있어서, 두 균주 모두 pH 5.5에서 증식이 가장 활발하였고, 자당의 농도는 SM1은 20%일 때 SM2는 5%일 때 최대 증식을 보였다. SM1은 배지의 $CaCl_2$농도가 16mM, KCl농도가 160mM, $MgCl_2$농도가 6.4mM 이었을 때 증식이 가장 활발하였고, SM2는 $CaCl_2$ 농도가 16mM, KCl 농도가 40mM, $MgCl_2$ 농도가 6.4mM 이었을때 증식이 가장 활발하였다. Sodium bicarbonate 완충액과 Sodium phosphate 완충액의 경우, SM1과 SM2 모두 1mM에서 증식이 활발하였다. Tris 완충액의 경우, SM1은 1mM에서, SM2는 10mM에서 증식이 활발하였다. Potassium phosphate 완충액의 경우, SM2는 농도가 증가함에 따라 증식이 억제된 반면, SM1은 100mM 까지는 농도가 증가할수록 증식이 활발하였다. SM1과 SM2의 염색체를 추출한 후 Primer gtfB-F961과 gtfC-R5574를 사용하여 gtf 유전자를 PCR 한결과, 4.6kb의 단일 band를 얻었고 이 band를 분리하여 제한효소로 처리한 결과, EcoR I 처치시 S. mutans GS-5, SM1과 SM2모두 약 0.8kb와 3.8kb의 DNA절편을 보여 같은 양상을 나타냈고, Hind III 처치시 GS-5와 SM1은 잘리지 않았고, SM2의 경우 2.4kb, 1.8kb, 400bp의 3조각의 절편으로 나뉘어 SM1과 SM2의 gtf 유전자의 상사성이 관찰되었다. BamH I처치시 SM1과 SM2는 4조각의 절편으로 절단되어 같은 양상을 보였고, GS톤의 경우는 3조각의 절편으로 절단되었다. Kpn I, Sma I, Xho I 그리고 Pst I에는 절단되지 않았다.