• 제목/요약/키워드: Random effects covariance matrix

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임의효과를 이용한 충남지역 소나무림의 바이오매스 모형 개발 (The Development of Biomass Model for Pinus densiflora in Chungnam Region Using Random Effect)

  • 표정기;손영모
    • 한국산림과학회지
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    • 제106권2호
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    • pp.213-218
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    • 2017
  • 본 연구의 목적은 임의효과(random effect)를 이용하여 충남지역 임령-바이오매스 모형을 개발하고 임의효과의 적용성을 평가하는데 있다. 충남지역 소나무림의 임령에 따른 바이오매스 모형 개발을 위해 임분 구조를 고려하여 전국의 중부지방소나무 임분에서 30개소(150그루)를 조사하고 임령과 바이오매스 자료를 수집하였다. 모형 개발에서 중부지방소나무의 임령-바이오매스 관계는 고정효과(fixed effect)이고 지역간 차이를 임의효과로 설정하였다. 임의효과에 따른 모형의 적합도를 검정하기 위해 아카이케의 정보기준(Akaike Information Criterion, AIC)을 참고하고 지역간 차이에 따른 분산-공분산 행렬과 오차항을 추정하였다. 추정된 공분산은 -1.0022, 오차항은 0.6240이고 분산-공분산 행렬을 이용한 임의효과 모형의 AIC는 377.7을 나타내어 선행 연구와 이질적인 차이는 없었다. 이러한 결과는 범주형 자료의 임의효과가 모형 개발에 반영된 결과로 판단된다. 본 연구의 결과는 임의효과를 이용하여 일부지역에 국한되어 개발되었던 바이오매스 모형 연구에 활용이 가능하다.

The Usage of an SNP-SNP Relationship Matrix for Best Linear Unbiased Prediction (BLUP) Analysis Using a Community-Based Cohort Study

  • Lee, Young-Sup;Kim, Hyeon-Jeong;Cho, Seoae;Kim, Heebal
    • Genomics & Informatics
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    • 제12권4호
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    • pp.254-260
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    • 2014
  • Best linear unbiased prediction (BLUP) has been used to estimate the fixed effects and random effects of complex traits. Traditionally, genomic relationship matrix-based (GRM) and random marker-based BLUP analyses are prevalent to estimate the genetic values of complex traits. We used three methods: GRM-based prediction (G-BLUP), random marker-based prediction using an identity matrix (so-called single-nucleotide polymorphism [SNP]-BLUP), and SNP-SNP variance-covariance matrix (so-called SNP-GBLUP). We used 35,675 SNPs and R package "rrBLUP" for the BLUP analysis. The SNP-SNP relationship matrix was calculated using the GRM and Sherman-Morrison-Woodbury lemma. The SNP-GBLUP result was very similar to G-BLUP in the prediction of genetic values. However, there were many discrepancies between SNP-BLUP and the other two BLUPs. SNP-GBLUP has the merit to be able to predict genetic values through SNP effects.

유체-구조물 상호작용을 고려한 면진구조물의 추계학적 응답해석 (Stochastic Analysis of Base-Isolated Pool Structure Considering Fluid-Structure Interaction Effects)

  • 고현무;김재관;박관순;하동호
    • 대한토목학회논문집
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    • 제14권3호
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    • pp.463-472
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    • 1994
  • Random 지반운동에 대한 면진수조구조물 응답의 추계학적 해석방법을 연구하였다. 유연한 벽체와 내부유체간의 유체구조물 상호작용은 유체운동의 유한요소 모델링에 의하여 얻어지는 부가질량행렬 형태로 고려되었다. 정상(定常)(Stationary)지반운동으로는 수정된 Clough-Penzien Spectral Model이 사용되었으며, 비정상(非定常)(Nonstationary)지반운동으로는 상기모델에 포락함수를 적용한 모델을 사용하였다. 운동을 지배하는 Lyapunov Covariance Matrix 미분방정식의 해를 구하여 두 종류 면진시스템의 정상응답 및 비정상응답을 해석하였다.

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선형혼합모형을 활용한 생물학적 동등성 분석 (Bio-Equivalence Analysis using Linear Mixed Model)

  • 안형미;이영조;유경상
    • 응용통계연구
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    • 제28권2호
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    • pp.289-294
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    • 2015
  • 생동성 시험과 같은 임상약리학분야의 연구는 일반적으로 한 개체 내에서 반복하여 측정된 자료구조를 사용하므로 선형혼합모형을 이용하여 분석하는 것이 보편적이다. 이러한 모형에서 랜덤효과는 개체 내 관측 자료 사이의 상관관계를 설명하고, 공분산행렬은 개체-내 변동을 설명한다. 생동성 분석은 두 약물의 약동학적 변수인 Cmax와 AUC의 기하평균비에 대한 90% 신뢰구간이 동등성 한계인 [0.8, 1.25] 범위에 드는지 알아보는 분석으로, 고정효과에는 시기, 순서군, 치료효과를, 랜덤효과에는 개체효과를 가지는 선형혼합모형을 이용하여 분석한다. 이러한 분석이 적용된 실제 예를 살펴보기 위하여 레보플록사신 연구의 자료를 활용하였다.

반복측정의 이가반응 자료에 대한 로짓 모형 (A Logit Model for Repeated Binary Response Data)

  • 최재성
    • 응용통계연구
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    • 제21권2호
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    • pp.291-299
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    • 2008
  • 동일 개체가 여러 시점에서 반복되어 측정될 때, 측정값들 간에 종속성을 예상할 수 있다. 본 논문은 한 개체의 이가 반응변수가 g개 시점에서 관측될 때, 종속적인 g개 이 가변수들의 다변량 분포로부터 각 시점에서의 주변분포의 동질성을 파악하기 위한 로짓모형을 제시하고 자료분석 방법을 제공하고자 한다. 모형과 관련된 가정으로 반복측정이 행해지는 g개 시점은 각기 서로 다른 요인 또는 공변량의 결합수준들로 구성된다고 가정한다. 또한, 모형에서 고려된 처치들이 반복측정에 기인하는 서로 다른 크기의 실험 단위들에 행해질 때 모수들을 추정하기 위한 방법으로 가중최소제곱법을 다루고 있다. 여기서 가중최소제곱법은 반응변수들의 종속성으로 인한 공분산 구조에 근거한 모형내 모수들의 효과를 효율적으로 추론하기 위해 이용된다. 제시된 모형은 주변로짓을 이용함으로써 단순히 주변확률분포의 동질성에 대한 검정뿐만 아니라 모형의 타당성 및 요인들의 수준변화에 따른 효과를 파악하기 위한 효과적인 모형임을 보여준다.

망기반 대류 및 전리층 지연 추출을 위한 칼만필터 모델링 (Kalman filter modeling for the estimation of tropospheric and ionospheric delays from the GPS network)

  • 홍창기
    • 한국측량학회지
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    • 제30권6_1호
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    • pp.575-581
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    • 2012
  • 일반적으로 VRS 데이터 생성 등을 위해 GPS 상시관측망으로부터 대류지연 및 전리층 지연량을 계산하여야 하며 이를 위해 다양한 모델링 기법과 추정 이론을 적용하게 된다. 본 연구에서는 대류 및 전리층 지연량의 계산을 위해 칼만필터를 기반으로 모델링을 수행하였으며 상태벡터의 특성을 고려하여 상태전이행렬 및 분산-공분산 값을 결정하였다. 수신기의 좌표 및 천정방향의 대류지연량과 이중차분전리층 지연량은 각각 random walk 및 first-order Gauss-Markov 프로세스로 모델링을 하였다. 모델링한 필터의 검증을 위해 구현된 칼만필터를 이용하여 상시관측소 데이터를 처리하였으며 그 결과 수신기의 좌표뿐만 아니라 천정방향의 대류지연량 및 이중차분전리층 지연량을 성공적으로 추출할 수 있었다. 따라서 향후 알고리즘을 통해 추출된 대기효과에 VRS 데이터 등의 생성에 유용하게 사용될 수 있을 것이다.

퇴행성 관절염 환자를 대상으로 새로운 진통제 평가를 위한 임상시험자료의 GEE 분석 (Analysis of Repeated Measured VAS in a Clinical Trial for Evaluating a New NSAID with GEE Method)

  • 임회정;김윤이;정영복;성상철;안진환;노권재;김정만;박병주
    • Journal of Preventive Medicine and Public Health
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    • 제37권4호
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    • pp.381-389
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    • 2004
  • Objective : To compare the efficacy between SKI306X and Diclofenac by using generalized estimating equations (GEE) methodology in the analysis of correlated bivariate binary outcome data in Osteoarthritis (OA) diseases. Methods : A randomized, double-blind, active comparator-controlled, non-inferiority clinical trial was conducted at 5 institutions in Korea with the random assignment of 248 patients aged 35 to 75 years old with OA of the knee and clinical evidence of OA. Patients were enrolled in this study if they had at least moderate pain in the affected knee joint and a score larger than 35mm as assessed by VAS (Visual Analog Scale). The main exposure variable was treatment (SKI 306X vs. Diclofenac) and other covariates were age, sex, BMI, baseline VAS, center, operation history (Yes/No), NSAIDS (Y/N), acupuncture (Y/N), herbal medicine (Y/N), past history of musculoskeletal disease (Y/N), and previous therapy related with OA (Y/N). The main study outcome was the change of VAS pain scores from baseline to the 2nd and 4th weeks after treatment. Pain scores were obtained as baseline, 2nd and 4th weeks after treatment. We applied GEE approach with empirical covariance matrix and independent(or exchangeable) working correlation matrix to evaluate the relation of several risk factors to the change of VAS pain scores with correlated binary bivariate outcomes. Results : While baseline VAS, age, and acupuncture variables had protective effects for reducing the OA pain, its treatment (Joins/Diclofenac) was not statistically significant through GEE methodology (ITT:aOR=1.37, 95% CI=(0.8200, 2.26), PP:aOR=1.47, 95% CI=(0.73, 2.95)). The goodness-of-fit statistic for GEE (6.55, p=0.68) was computed to assess the adequacy of the fitted final model. Conclusions : Both ANCOVA and GEE methods yielded non statistical significance in the evaluation of non-inferiority of the efficacy between SKI306X and Diclofenac. While VAS outcome for each visit was applied in GEE, only VAS outcome for the fourth visit was applied in ANCOVA. So the GEE methodology is more accurate for the analysis of correlated outcomes.