• 제목/요약/키워드: RNA binding specificities

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PKR인산화효소 억제인자인 이중선RNA결합단백질 (RBF)의 RNA결합특이성 (RNA Binding Specificities of Double-Stranded RNA Binding Protein (RBF) as an Inhibitor of PRK Kinase)

  • 박희성;최장원
    • 생명과학회지
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    • 제6권4호
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    • pp.234-240
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    • 1996
  • PKR인산화효소의 억제인자로서 밝혀진 이중선RNA결합단백질 (RBF)의 RNA결합특이성을 정기영도에 의한 RNA 이동변화실험과 여과막결합도실험에 의해 측정하였다. RBF는 바이러스RNA나 stem/loop구조를 지니는 합성 RNA들에 대한 다양한 친화력을 지니는 것으로 나타났으며 충분한 GC가 포함된 11염기쌍으로 이루어진 RNA stem helix RBF가 결합하기 위한 최소한의 RNA구조로 제시되고 있다. 자연적 RNA구조에 대한 RBF의 결합은 poly(I) : poly(C)의 첨가에 의해 반전되었으며 E. coli 5S RNA경우는 효과를 거의 나타내지 않았다.

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Novel TGACG-Motif Binding Protein of Soybean

  • Hong, Jong-Chan
    • 한국식물학회:학술대회논문집
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    • 한국식물학회 1996년도 제10회 식물생명공학심포지움 고등식물 발생생물학의 최근 진보
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    • pp.40-47
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    • 1996
  • The promoters of a variety of plant genes are characterized by the presence of TGACG motif-containing sequences. These genes often exhibit quite diverse expression characteristics and in many case the TGACG-motif has been demonstrated to be essential for expression. Here we report the isolation and characterization of a soybean cDNA that encodes a novel basic/leucine zipper (bZIP) protein, STF1, that specifically interacts with Hex (TGACGTGG) and CRE (TGACGTCA) sequences. This protein contains a bZIP motif at C-teminus and an acidic domain at N-terminus. DNA binding specificities, heterodimer formation, and expression characteristics of STF1 were compared with a soybean TGA1 protein, STGA1. The soybean STF1 interacts with TGACG-sequences containing an ACGT core, while STGA1 requires TGACG as a sufficient binding sequence. The flanking sequences to the TGACG motif affected DNA binding of STF1 siginificantly. The STF1 mRNA is found mainly in dark grown soybean seedling with higher expression in apical and elongating hypocotyl, while STGA1 mRNA is highly abundant in roots of light grown plants. Furthermore, we demonstrate that STF1 heterodimerzes with G-box binding factorss (GBFs) which was not observed with TGA1. The fact that STF1 possesses both distinct DNA binding speficities and heterodimerization properties suggest that STF1 belongs to a new family of plant bZIP proteins which recognize the Hex/CRE motif.

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Anti-DNA Autoantibodies from on MRL/Ipr Mouse

  • Park, Jeong-Soo;Kim, Young-Tai;Lee, Chan-Hee;Youn, Jung-Koo;Jang, Young-Ju
    • Animal cells and systems
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    • 제2권3호
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    • pp.371-375
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    • 1998
  • Twenty-one monoclonal anti-DNA autoantilndies were produced by fusing spleen cells from an autoimmune MRL/lpr mouse with SP2/0 myeloma cells. Hybridomas generated by the fusions were chosen for cloning on the basis of DNA binding by supernatant antibody. Each monoclonal antibody was purified to homogeneity and analyzed for the heavy and light chain isotypes and the binding specificity for single-stranded DNA, double-stranded DNA, and RNA. Sequence specificities and isoelectric points of the antibodies were also examined. All of the antibodies were lgG and tended to bind to both single-stranded and double-stranded DNA with a preference for the double-stranded form. Some of them also bound to RNA. Isoelectric points of the antibodies were shown to be high. The antibodies described in this report have characteristics of pathogenic anti-DNA antibodies.

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Screening and Development of DNA Aptamers Specific to Several Oral Pathogens

  • Park, Jung-Pyo;Shin, Hye Joo;Park, Suk-Gyun;Oh, Hee-Kyun;Choi, Choong-Ho;Park, Hong-Ju;Kook, Min-Suk;Ohk, Seung-Ho
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제25권3호
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    • pp.393-398
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    • 2015
  • Aptamers are composed of single-stranded oilgonucleotides that can selectively bind desired molecules. It has been reported that RNA or DNA could act as not only a genetic messenger but also a catalyst in metabolic pathways. RNA aptamers (average sizes 40-50 bp) are smaller than antibodies and have strong binding capacities to target molecules, similar to antigenantibody interactions. Once an aptamer was selected, it can be readily produced in large quantities at low cost. The objectives of this study are to screen and develop aptamers specific to oral pathogens such as Porphyromonas gingivalis, Treponema denticola, and Streptococcus mutans. The bacterial cell pellet was fixed with formaldehyde as a target molecule for the screening of aptamers. The SELEX method was used for the screening of aptamers and a modified western blot analysis was used to verify their specificities. Through SELEX, 40 kinds of aptamers were selected and the specificity of the aptamers to the bacterial cells was confirmed by modified western blot analysis. Through the SELEX method, 40 aptamers that specifically bind to oral pathogens were screened and isolated. The aptamers showed possibility as effective candidates for the detection agents of oral infections.

Insulin-like Growth Factor Systems의 생식기능에서의 역할;자궁편 (Roles of the Insulin-like Growth Factor System in the Reproductive Function;Uterine Connection)

  • 이철영
    • Clinical and Experimental Reproductive Medicine
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    • 제23권3호
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    • pp.247-268
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    • 1996
  • 여포와 난포의 성숙, 배란과 착상, 임신의 유지와 태아의 성장 발달, 분만 및 유선발육과 비유 등 일련의 생식현상에서 있어서 성선자극호르몬과 스테로이드 호르몬의 작용이 중추적인 역할을 한다는 사실은 오래 전부터 알려져왔다. 그러나 이러한 일련의 현상에 고전적인 호르몬 외에도 다수의 성장인자가 관여되고 있음이 최근의 연구 결과 밝혀지고 있다. 생식기관에서 성장인자들은 대부분 autocrine/paracrine mode로 작용하여, 성선자극호르몬과 스테로이드 호르몬의 작용을 매개하거나 이들 호르몬 등과 교호적인 작용(synergy)을 한다. 생식기관 내 insulin-like growth factor(IGF) system은 최근 가장 활발히 연구된 분야 중의 하나로 생식현상의 전반에 걸쳐 중요한 역할을 하고 있음이 밝혀졌다. 본 지면에서는 IGF system에 관한 개괄적인 정보를 소개하고 현재까지 보고된 intrauterine IGF system에 관한 연구를 요약하고자 한다. IGF family는 IGF-I과 IGF-II ligands, 두종류의 IGF receptors(수용체), 그리고 지금까지 발견된 6종류의 IGF-binding proteins(IGFBPs)로 이루어져 있다. IGF-I과 IGF-II는 proinsulin과 상동한 구조를 가진 peptide로서 포도당과 아미노산 운반을 자극하는 등 insulin과 유사한 작용을 한다. 이 외에도 IGFs는 세포분열촉진제(mitogens)로서 여러 형태의 세포에 걸쳐 세포증식을 자극하고, 세포의 분화(differentiation)과 세포기능의 발현에 관여한다. IGFs는 간과 주로 messenchymal cells에서 발현되어 endocrine mode는 물론 autocrine/paracrine mode로 거의 모든 조직에 작용한다. IGF 수용체는 두종류가 알려져 있는데 type I IGF receptor는 tyrosine kinase로서 IGF-I과 IGF-II에 공히 high-affinity를 나타내고, 상기한 대부분의 IGFs의 작용을 매개한다. Type II IGF receptor 혹은 IGF-II/mannose-6-phosphate receptor는 두개의 서로 다른 binding sites를 가지고 있는데 IGF-II binding site는 IGF-II에만 high-affinity를 나타낸다. Type II IGF receptor의 주요 역할은 IGF-II를 lysosomal targeting하여 ligand를 파괴하는데 있다. 체액 속의 IGFs는 대부분 IGFBP에 결합되어 있다. IGFBPs는 IGF의 저장/운반체 혹은 IGF 작용을 조절하는 역할을 하는 것으로 알려져 있으나 개개 IGFBP의 역할에 대해서는 지극히 제한된 정보만이 알려져 있다. IGFBPs의 IGF ligands에의 affinity는 IGF receptors의 IGFs에의 affinity보다 크기 때문에 대부분의 in vitro 상황 하에서 IGFBPs는 IGF 작용을 억제한다. IGFBP에 결합되어 있는 IGF가 어떤 기작에 의해 IGFBP로부터 분리되어 IGF receptor에 도달하는지는 알려지지 않고 있으나, 혈액과 조직액에 들어있는 불특정 IGFBP protease activity는 IGF의 방출과정에서 일역을 하는 것으로 믿어지고 있다. 최근 연구보고에 의하면 특정 in vitro 상황 하에서 IGFBP-1, -3, -5 등은 IGF와 무관한 작용도 있다는 증빙이 있어 IGF system의 또 다른 차원을 예고하고 있다. IGF family members의 mRNAs & proteins는 영장류, 설치류 및 가축의 자궁조직과 수태물(conceptus)에서 발현되어 자궁과 태아의 성장 발달에 중요한 역할을 한다. 자궁조직의 IGF system의 발현은 성선호르몬, 국소 생리조절인자 등에 의해 발현시기와 장소의 특이성이 결정되며, 발현된 IGFs와 IGFBPs는 autocrine/paracrine mode로 자궁조직에 작용하기도 하고, 자궁강에 분비되어 수태물의 성장 발달에 관여한다. 착상을 전후하여 수태물에서도 IGF system이 발현되는데 개개 IGF family member의 발현 시기는 모체로부터 유래된 mRNA의 유무, 수태물 자체의 genetic programming, 모체와의 상호작용 등에 의해 결정되고, IGFs의 작용 부위 역시 시간(생리적 상태)과 장소의 특이성이 있다. 이와같이 conceptus IGF system의 발현이 시간적, 공간적으로 조절되고있다는 사실은 IGFs가 수태물의 성장 발달에 일역을 한다는 가설을 간접적으로 지지해 준다. 자궁조직과 수태물에서 발현된 IGFs는 세포의 증식과 분화, 포도당과 아미노산의 운반과 단백질합성, placental lactogen과 prolactin 등과 같은 유선자극호르몬의 생성을 자극하고 스테로이드 호르몬의 합성에도 관여한다. 태아의 성장 발달에 있어서 IGFs의 역할은 embryo의 IGF-I, IGF-II, 혹은 IGF receptor gene을 homologous recombination technique에 의해 파괴(gene targeting)하여을 때의 결과로써 입증되었다. 생쥐의 IGF and/or IGF-II gene 혹은 IGF receptor gene을 파괴했을 때 출생 전후 모두 성장 발달이 지연되며 출생시 무게는 정상치의 30-60% 수준에 머물고, 특히 type I IGF receptor gene 혹은 IGF-I과 IGF-II genes를 모두 파괴했을 경우에는 출생 후 곧 치사한다. 자궁 내의 IGFBPs는 IGF ligands를 자궁 내에 제한시키거나 IGFs의 receptor binding을 억제하는 negative regulators 역할을 하는 것으로 믿어지고 있다. 그러나 영장류의 자궁에서 IGFBP-I과 같은 특정 IGFBP는 IGFs보다 월등히 많은 양이 발현 분비되고 있는 것으로 추산되고 있으며, 또한 이 단백질은 모체탈락막세포에서 분비되는 주요 단백질 중의 하나라는 점을 감안할 때 IGFBP-I이 IGF과 무관한 작용이 있을 가능성도 배제할 수 없다. 따라서 IGFBPs의 역할 규명은 IGF system을 이해하는데 중요한 부분을 차지하고 있어 향후 이 분야의 연구에 많은 기대와 촛점이 모여지고 있다.

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