• 미생물학회지
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• 제28권3호
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• pp.219-228
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• 1990

자연계로부터 분리한 DK1 균주(NI)가 가지고 있는 $Km^r$ plasmid를 유전자조작 기법으로 변형시킨 DKC601 균주 (GEM)를 이용하여 $Km^r$ 유전자의 전이를 무심천의 자연 수계환경에서 실험하였다. $Km^r$ 유전자의 전이 빈도는 NI 균주의 결과와 비교 연구하는 동시에, 전이과정에서 일어나는 plasmid rearrangement를 비교 분석하였다. GEM과 NI의 $Km^r$ 유전자의 전이 빈도는 5-$10^{\circ}C$의 하천수에서는 $9.1\times 10^{-12}~1.8\times 10^{-11}$로 비슷하였으나 20-$30^{\circ}C$에서는 NI 균주가 GEM 균주보다 조금 높았다. 그리고 멸균하천수나 LB broth를 이용한 실험실 환경에서의 $Km^r$ 유전자의 전이 빈도는 하천수에서 보다 다소 높게 나타났다. NI 균주가 가지고 있던 70kb인 $Km^r$ plasmid는 MTl 균주를 recipient로 했을 때에 얻은 transconjugant에서는 수계환경에 관계없이 rearrangement가 많이 일어났으나, GEM 균주에서 얻은 transconJug gant에서는 52 kb인 $Km^r$ plasmid가 안정된 상태로 발견되었다. 그러나 MT2 균주들 recipient로 했을 때에는 NI 뿐만 아니라 GEM 균주로부터 전이된 $Km^r$ plasmid가 모두 rearrangement를 나타냈다. Transconjugant들이 가지고 있는 plasmid의 수는 conjugation의 시간이 길어짐에 따라 사용한 성험균주나 수계환경에 관계없이 감소되었으며, 특히 GEM의 5 52 kb인 $Km^r$ 유전자의 크기는 24시간 후에도 그대로 유지되였다. 이와 같은 결과로 볼 때, $Km^r$ 유전자는 GEM에서나 NI로부터 전이되는 빈도는 recipient 균주에 관계없이 비슷하였으나, conjugation 과정 중 GEM의 $Km^r$ 유전자는 NI의 $Km^r$ 유전자보다 더욱 안정된 상태로 전이되었으며 이 $Km^r$ plasmid의 rearrangement는 수계환경에 관계없이 recipient 균주에 따라 다양하게 나타났다.

• 한국어병학회지
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• 제6권1호
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• pp.57-64
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• 1993

어병 세균으로부터 분리된 R-plasmid의 특성과 그 DNA 구조는 Aeromonas hydrophila, A. salmonicida, Edwardsiella tarda, Enterococcus seriolicida, Pasteurella piscicida, Vibrio onguillarum등 세균의 종류에 따라 다르다. 그러나 A. hydrophila와 E. tarda로부터 그리고 A. hydrophila와 A. salmonicida로부터 분리된 몇몇 R-plasmid는 같은 내성형을 가지면서 유사한 DNA 구조를 보였다, V. anguillarum에서 분리된 R-plasmid는 1977년 이전, 1980년과 1983년 사이 그리고 1989년과 1991년 사이에 분리된 것이 그 DNA 구조에 차이를 보여 각각 그룹 1, 2, 3으로 구분되어졌다. P. piscicida의 경우에는 연도와 지역에 관계없이 동일한 DNA 구조를 갖는 R-plasmid가 분리되었다. Macrolide계 항생제(MLs), lincomycin(LM), tetracycline(TC) 그리고 MLs, LIM, chloramphenicol(CP) 내성을 나타내는 R-plasmid를 갖는 E. seriolicida가 각 지역의 Yellowtail 어장에 분포되어 있었다. P. piscicida의 R-plasmid에는 type I의 chloramphenicol acetyltransferase(CAT)에 의하여 CP 내성을 나타내는 유전자(cat)가, 그리고 E. tarda, A. salmonicida와 1980년 이후에 분리된 V. anguillarum의 R-plasmid에는 CAT type II에 해당하는 car 유전자가 분포되어 있었다. TC 내성 유전자(tet)의 경우에는 1977년 이전과 1980년 이후에 분리된 V. anguillarum으로부터 class B, G의 tet 유전자가 확인되었으나, E. tarda, P. piscicida, A. hydrophila 그리고 1989년 이후에 분리된 V. anguillarum등 어병세균의 R-plasmid에는 class D의 tet 유전자가 널리 분포하고 있는 것으로 나타났다.

• 미생물학회지
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• 제32권3호
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• pp.186-191
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• 1994

Staphylococcus aureus로부터 분리한 R-plasmid pSBK203의 복제개시 단백질인 Rep의 작용부위인 ori 및 dsDNA로의 전환을 위해 요구되는 minus origin부위를 밝히고자 시도하였다. Escherichia coli vecotr를 이용하여 pSBK203의 복제관련 부위를 최소한도로 포함하는 재조합 E.coli-Bacillus subtilis shuttle vector를 구성, 분리하고 여기에 포함된 pSBK203부위의 염기 서열을 분석함으로써 ori를 확인하였다. pSBK203의 복제개시 부위 ori는 rep의 구조 유전자 ORF내에서 약 50bp의 크기로 발견되었으며 지금까지 알려진 staphylococcal plasmid들중에서 pT181족 plasmid들의 ori와 높은 상동성을 갖는 것으로 분석되었다. 복제 과정에서 ssDNA로 먼저 만들어진 (+)쇄가 dsDNA로 전환되기 위해 필요한 신호로 작용하는 것으로 알려저 있는 minus origin (M-O)인 긴 palindrome 구조, 즉 pal 부위가 rep 우전자의 상류에서 2개 연이어 존재하는 것이 발견되었다. 이중에서 pOX6, pC194, 및 pE194 등과 같은 다른 staphylococcal plasmid들의 pal 부위와 비교적 높은 상동성을 갖는 paLA 는 plasmid 유지에 별 영향을 미치지 못하는 반면 다른 plasmid에서 유사 서열이 보고되지 않은 palA는 plasmid 유지에 필수적이라는 사실이 밝혀졌다.

• Applied Biological Chemistry
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• 제28권3호
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• pp.149-155
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• 1985

전국(全國) 223개(個) 지역(地域)에서 수집(蒐集)한 두과작물(豆科作物)의 근류(根瘤)에서 총(總) 590주(株)의 근류균(根瘤菌)을 분리(分離)하여 숙주특이성(宿主特異性)에 따라, R. japonicum 218종(種), R. phaseoli 101종(種), R. trifolii 97종(種), R. meliloti 4종(種), R. leguminosarum 1종(種), Rhizobium species 101종(種), 미분류(未分類)된 균주(菌株) 159종(種)으로 분류(分類)하였다. 분리(分離)된 R. japonicum 218종(種)의 근류형성능(根瘤形成能)과 질소고정능(窒素固定能)을 비교(比較)하여. R. japonicum R-138, R-168, R-214 균주(菌株)를 우수균주(優秀菌株)로 하였다. 분리(分離) 선발(選拔)된 R. japonicum 중(中) 질소고정능(窒素固定能)이 우수(優秀)한 균주(菌株)의 plasmid를 확인(確認)한 결과(結果), fast-growing group 균주(菌株)들은 $1{\sim}4$개(個)의 거대(巨大) plasmid를 함유(含有)하고 있었으며 그 분자량(分子量)은 약(約) $35{\sim}300{\;}Md$ 정도(程度)이었다. 반면 대부분(大部分)의 slow-growing group 균주(菌株)들은 plasmid가 검출(檢出)되지 않았다.

• 한국어병학회지
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• 제16권1호
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• pp.61-68
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• 2003

MICs of 8 chemotherapeutic agents against forty streptococcal isolates were determined. These strains were isolated from diseased olive flounder, Paralichthys olivaceus, and showed 2-5 multiple drug resistance against different antibacterial agents including ampicillin, doxycycline (DOXY), erythromycin, florfenicol, flumequine, norfloxacin, oxolinic acid, and oxytetracycline (OTC). In conjugation experiment, we found transferable R plasmids carrying OTC and DOXY resistance determinant in 3 drug resistance strains analyzed. Six out of 40 isolates showed positive signal in colony hybridization with the R plasmid DNA (pST9) as a probe. It suggests that other types R plasmid different from pST9 is also involving in multiple drug resistance of streptococci isolated from olive flounder.

• BMB Reports
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• 제37권3호
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• pp.351-355
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• 2004

Separate protocols are commonly used to prepare plasmid DNA, chromosomal DNA, or total RNA from E. coli cells. Various methods for the rapid preparation of plasmid DNA have been developed previously, but the preparation of the chromosomal DNA and total RNA are usually laborious. We report here a simple, fast, reliable, and cost-effective method to extract total nucleic acids from E. coli by direct lysis of the cells with phenol. Five distinct and sharp bands, which correspond to chromosomal DNA, plasmid DNA, 23S rRNA, 16S rRNA, and a mixture of small RNA, were observed when analyzing the prepared total nucleic acids on a regular 1-2% agarose gel. The simple and high-quality preparation of the total nucleic acids in a singe tube allowed us to rapidly screen the recombinant plasmid, as well as to simultaneously monitor the change of the plasmid copy number and rRNA levels during the growth of E. coli in the liquid medium.

• 미생물학회지
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• 제29권6호
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• pp.408-415
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• 1991

TOL plsmid size of Flavobacterium odoratum SUB53 was estimated as 83 Md and the optimum concentration of m-toluate degradation by TOL plasmid was 5 mM. $H_{2}$ production by Rhodopseudomonas sphaeroides KCTC1425 was largely dependent on nitrogenase activity and showed the highest at 30 mM malate with 7 mM glutamate as nitrogen source. Nitrogenase activities were inhibited by 0.3 mM $NH_{4}^{+}$ions, to be appeared the decrease of $H_{2}$ production. Conjugation of TOL plasmids from F. odoratum SUB53 and Pseudomonas putida mt-2 to R. sphaeroides showed the optimum at the exponential stage of recipient cells in presence of helper plasmid pRK2013. According to the investigation of catechol-1,2-oxygenase (C-1, 2-O) and catechol-2,3-oxygenase (C-2,3-O) activities of R. sphaeroides C1 (TOL SUB53) and C2 (TOL mt-2), the gene for C-2,3-O is located on TOL plasmid and gene for C-1, 2-O on the chromosome of R. sphaeroides. m-Toluate was biodegraded by TOL plasmid in R. sphaeroides C1 and C2, presumably to be produced $H_{2}$ gas from the secondary metabolites of m-toluate.e.

• 미생물학회지
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• 제25권1호
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• pp.46-51
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• 1987

In order to increase the production of tryptophan by maximizing expression of recombinant trp plasmid, Klebsiella pneumoniae KC 105(pheA tyrA trpE trpR tyrR) was genetically modified. KC 107, inosine monophospate(IMP) auxotroph from KC 105 and KC 108, histidine(His) auxotroph from KC 107 were also derived respectively to increase phosphoribosylpyrophosphate(PRPP) production which is required for tryptophan biosynthesis. From KC 107 phosphoribosylpyrophosphate consumption which is required for tryptophan biosynthesis. From KC 107 and KC 108, KC 109 and KC 110, both arginine auxotrophs were derived respectively. To investigate the expression of recombinant trp plasmid in the selected K. pneumoniae mutants, the auxotrophic mutants were transformed with recombinant trp plasmids pSC 101-$trpE^{FBR}$, pSC 101-trpL(.DELTA.att) $trpE^{FBR}$ (pSC 101-trp-AF). Amount of tryptophan produced and activities of tryptophan synthase of $trpR^{-}$ mutant (KC 100) and $tyrR^{-}$ mutnat(KC 105) containing recombinant plasmid pSC 101-trp operon were increased by 30-40% as compared with KC 99(pheA tyrA trpE) containing recombinant plasmid pSC 101-trp operon. Activities of tryptophan synthase and production of tryptophan of KC 108 ($His^{-}$) and KC 109($Arg^{-}$) containing recombinant plasmid pSC 101-trp operon were increase by two-fold as compared with KC 107 containing pSC 101-trp operon.

• 미생물학회지
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• 제32권2호
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• pp.115-119
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• 1994

Staphylococcus aureus DH1에서 분리된 R-plasmid pSBK203상의 복제개시 인자인 rep 유전자산물의 발현이 어떻게 조절되는가를 밝히기 위해 관련 부위를 확인하고 cloning한 후 그 염기서열을 결정하였으며 이를 같은 계열에 속하는 pT181족 plasmid들의 서열과 그 상동성을 비교 분석하였다. 복제 조절 관련 부위에 염기 삽입 및 염기 결손을 유도함으로써 얻어진 변이체들의 copy수를 측정하여 그 복제 조절 기능에 초래된 변화를 확인하였다.

• 미생물학회지
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• 제29권4호
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• pp.226-229
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• 1991

In our laboratory a R plasmid pKU10 was isolated from Pseudomonas and its characteristics were investigated. In this study, as a basic work to improve its utility as a cloning vehicle, restriction patterns of pKU10 were analyzed for other various restriction enzymes in addition to restriction evdonucleases previously examined. As a result, pKU10 DNA has two cleavage sites for ClaI and HpaI, and three sites for AvaI. The restriction map of pKU10 was supplemented with AvaI, ClaI, and HpaI. From the result of this experiment, the usefulness of PKU10 as a cloning vector in Pseudomonas will be enhanced by constructions of mini-plasmid or hybrid plasmids.