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Function and Molecular Ecology Significance of Two Catechol-Degrading Gene Clusters in Pseudomonas putida ND6

  • Shi, Sanyuan;Yang, Liu;Yang, Chen;Li, Shanshan;Zhao, Hong;Ren, Lu;Wang, Xiaokang;Lu, Fuping;Li, Ying;Zhao, Huabing
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제31권2호
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    • pp.259-271
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    • 2021
  • Many bacteria metabolize aromatic compounds via catechol as a catabolic intermediate, and possess multiple genes or clusters encoding catechol-cleavage enzymes. The presence of multiple isozyme-encoding genes is a widespread phenomenon that seems to give the carrying strains a selective advantage in the natural environment over those with only a single copy. In the naphthalene-degrading strain Pseudomonas putida ND6, catechol can be converted into intermediates of the tricarboxylic acid cycle via either the ortho- or meta-cleavage pathways. In this study, we demonstrated that the catechol ortho-cleavage pathway genes (catBICIAI and catBIICIIAII) on the chromosome play an important role. The catI and catII operons are co-transcribed, whereas catAI and catAII are under independent transcriptional regulation. We examined the binding of regulatory proteins to promoters. In the presence of cis-cis-muconate, a well-studied inducer of the cat gene cluster, CatRI and CatRII occupy an additional downstream site, designated as the activation binding site. Notably, CatRI binds to both the catI and catII promoters with high affinity, while CatRII binds weakly. This is likely caused by a T to G mutation in the G/T-N11-A motif. Specifically, we found that CatRI and CatRII regulate catBICIAI and catBIICIIAII in a cooperative manner, which provides new insights into naphthalene degradation.

건강한 너구리(Nyctereutes procyonoides)들의 심전계 지표에 대한 평가 (Evaluation of Electrocardiographic Index in Healthy Raccoon Dogs (Nyctereutes procyonoides))

  • 홍원우;김종택;양동근;남효승;현창백
    • 한국임상수의학회지
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    • 제30권6호
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    • pp.456-458
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    • 2013
  • 포획된 건강한 너구리들의 심전도의 기준값을 평가하는 것이 본 논문의 주된 목적이다. 41마리의 방목되고 있는 다 자란 너구리들이 강원대학교 야생동물구조센터에 의해 구조되었으며 본 논문에 이용되었다. 어떠한 화학적 보정도 사용하지 않고 6-유도 심전도를 측정하였다. 평균 심박수는 $146.10{\pm}43.31$ 박동수/분 이었다(95% 신뢰구간 132.84~159.36 박동수/분). 평균 호흡수는 $35.73{\pm}11.56$ 호흡수/분 이었다(95% 신뢰구간 32.19~39.27 호흡수/분). 평균 수축기 압력은 $136{\pm}29.26mmHg$ 이었다(95% 신뢰구간 127.99~145.91 mmHg). 모든 너구리들의 심전계의 특징들을 또한 평가하였다. P-파의 평균 너비와 높이는 $38.2{\pm}4.0ms$ (범위 28-40 ms) 와 $0.128{\pm}0.039mV$ (범위 0.09~0.20)이었다. QRS파의 평균 너비와 높이는 $48.5{\pm}7.2ms$ (범위 36-60 ms) 와 $1.330{\pm}0.650mV$ (범위 0.15~2.30)이었다. 평균전기축 (QRS)은 $-91^{\circ}{\sim}+96^{\circ}$ ($10^{\circ}{\sim}60^{\circ}$; 95% 신뢰구간)이었다. 평균 교정 QT 간격(QTc)은 $273.7{\pm}32.7ms$ (범위 212-333 ms)이었고, PR간격은 $76.1{\pm}10.0ms$ (범위 50-82 ms)이었다. 본 논문은 포획된 건강한 너구리들의 심전도(ECG)의 기준값을 제공하는 최초의 논문이다.

Mathematical Models to Predict Staphylococcus aureus Growth on Processed Cheeses

  • Kim, Kyungmi;Lee, Heeyoung;Moon, Jinsan;Kim, Youngjo;Heo, Eunjeong;Park, Hyunjung;Yoon, Yohan
    • 한국식품위생안전성학회지
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    • 제28권3호
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    • pp.217-221
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    • 2013
  • 본 연구는 가공치즈에서 Staphylococcus aureus의 생장을 예측하기 위한 수학적 모델을 개발하였다. 모짜렐라 슬라이스 치즈와 체다 슬라이스 치즈에 S. aureus 혼합균액(ATCC13565, ATCC14458, ATCC23235, ATCC27664, NCCP10826) 0.1 ml (log CFU/g)을 접종한 후 $4^{\circ}C$ (1440 h), $15^{\circ}C$ (288 h), $25^{\circ}C$ (72 h), and $30^{\circ}C$ (48 h)에 저장하면서 총 세균수와 S. aureus 세균수를 tryptic soy agar와 mannitol salt agar를 이용해 각각 확인하였다. S. aureus의 세균 수를 Baranyi model로 분석하여 생장률(${\mu}_{max}$; ${\log}CFU{\cdot}g^{-1}{\cdot}h^{-1}$), 유도기(LPD; h), 초기 세균 수(log CFU/g), 최대 생장 세균수(log CFU/g)를 계산함으로써 1차 모델을 개발하였다. 또한 저장온도와 S. aureus의 ${\mu}_{max}$, LPD의 관계를 분석하기 위해 square root model과 exponential decay model을 이용하였고 이를 통해 2차모델을 개발하였으며 개발된 모델의 평균제곱근 편차(RMSE)를 계산하여 적합성을 검증하였다. $4^{\circ}C$에서는 모든 가공치즈에서 황색포도상구균의 생장이 관찰되지 않았으나 $15^{\circ}C$, $25^{\circ}C$, $30^{\circ}C$에서는 모짜렐라 슬라이스와 체다 슬라이스 치즈에서 황색포도상구균이 생장하였으며($R^2=0.785-0.996$) 저장온도가 높아짐에 따라 생장률은 증가한 반면 유도기는 감소하였다($R^2=0.879-0.999$). 또한 개발된 모델의 RMSE 값은 0.3500-0.5344로 적합하였다. 따라서 본 연구결과는 가공치즈에서 황색포도상구균의 생장 예측에 유용하게 사용될 것이다.

흑염소 사육농가의 질병발생 실태조사 (A Survey of Disease Occurrence in Korean Black Goats)

  • 최창용;강다원;최순호;조창연;정병열;손준규;류일선;허태영;정영훈;강석진;도윤정;김의형;박용상;손동수
    • 한국임상수의학회지
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    • 제29권2호
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    • pp.160-164
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    • 2012
  • 우리나라에서 흑염소는 오랫동안 육용 및 약용으로 널리 사육되어 오고 있다. 흑염소 산업이 발달함에 따라 사육농가에서 복잡 다양한 질병이 발생되고 있는 형편이다. 본 연구에서는 전북 임실, 순창과 경남 함양, 사천에 소재한 6개 흑염소 전업농가를 대상으로 흑염소에서의 질병 발생 양상을 분석하고, 우리나라에서 흔들이병의 발생현황을 확인하였다. 질병의 발병율은 성축에서 2.0% ~ 9.8%를 나타낸 반면, 자축에서는 2.9% ~ 68.3%를 나타내어 어린 가축에서 높은 발병율을 나타내었다. 발생된 질병중 신생축의 대사성 산증에 의해 유발되는 흔들이병이 전체 발생질병중 40.0%로 가장 높은 비율을 차지하였고, 다음으로 설사병 37.7%, 호흡기질환 16.0%, 피부질환 1.9%의 비율을 나타내었다. 질병에 의한 폐사율은 성축에서 0.7% ~ 10.0%를 나타낸 반면, 자축에서 2.2% ~ 24.9%로 성축에 비해 높은 폐 사율을 나타내었으며, 질병별 폐사비율로는 흔들이병이 38.3%로 가장 높았으며, 이외 설사병 28.9%, 호흡기질환 10.0%를 나타내었다. 결론적으로, 우리나라에서 사육하는 흑염소에서 가장 많이 발생하고, 폐사되는 질병으로 신생자축의 흔들이병으로 조사되었는데, 이를 기반으로 흔들이병을 포함한 흑염소에서 발생되는 질병의 정확한 발생기전과 치료 및 예방대책에 대한 연구가 지속적으로 수행되어야 될 것으로 사료된다.