• 제목/요약/키워드: Quantitative Approaches

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Functional characterization and expression analysis of c-type and g-like-type lysozymes in yellowtail clownfish (Amphiprion clarkii)

  • Gaeun Kim;Hanchang Sohn;WKM Omeka;Chaehyeon Lim;Don Anushka Sandaruwan Elvitigala;Jehee Lee
    • Fisheries and Aquatic Sciences
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    • 제26권3호
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    • pp.188-203
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    • 2023
  • Lysozymes are well-known antibacterial enzymes that mainly target the peptidoglycan layer of the bacterial cell wall. Animal lysozymes are mainly categorized as g-type, c-type, and i-type based on protein sequence and structural differences. In this study, c-type (AcLysC) and g-like-type (AcLysG-like) lysozymes from Amphiprion clarkii were characterized in silico via expressional and functional approaches. According to in silico analysis, open reading frames of AcLysC and AcLysG-like were 429 bp and 570 bp, respectively, encoding the corresponding polypeptide chains with 142 and 189 amino acids. Elevated expression levels of AcLysC and AcLysG-like were observed in the liver and the heart tissues, respectively, as evidenced by quantitative real-time polymerase chain reaction assays. AcLysC and AcLysG-like transcript levels were upregulated in gills, head kidney, and blood cells following experimental immune stimulation. Recombinant AcLysC exhibited potent lytic activity against Vibrio anguillarum, whereas recombinant AcLysG-like showed remarkable antibacterial activity against Vibrio harveyi and Streptococcus parauberis, which was further evidenced by scanning electron microscopic imaging of destructed bacterial cell walls. The findings of this study collectively suggest the potential roles of AcLysC and AcLysG-like in host immune defense.

Transcriptome and proteome analysis of pregnancy and postpartum anoestrus ovaries in yak

  • Chen, Zhou;Wang, Jine;Ma, Junyuan;Li, Shuyuan;Huo, Shengdong;Yang, Yanmei;Zhaxi, Yingpai;Zhao, Yongqing;Zhang, Derong
    • Journal of Veterinary Science
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    • 제23권1호
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    • pp.3.1-3.12
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    • 2022
  • Background: Domestic yaks are the most important livestock species on the Qinghai-Tibetan Plateau. Adult female yaks normally breed in the warm season (July to September) and enter anestrous in the cold season (November to April). Nevertheless, it is unclear how ovarian activity is regulated at the molecular level. Objectives: The peculiarities of yak reproduction were assessed to explore the molecular mechanism of postpartum anestrus ovaries in yaks after pregnancy and parturition. Methods: Sixty female yaks with calves were observed under natural grazing in Haiyan County, Qinghai Province. Three yak ovaries in pregnancy and postpartum anestrus were collected. RNA sequencing and quantitative proteomics were employed to analyze the pregnancy and postpartum ovaries after hypothermia to identify the genes and proteins related to the postpartum ovarian cycle. Results: The results revealed 841 differentially expressed genes during the postpartum hypoestrus cycle; 347 were up-regulated and 494 genes were down-regulated. Fifty-seven differential proteins were screened: 38 were up-regulated and 19 were down-regulated. The differential genes and proteins were related to the yak reproduction process, rhythm process, progesterone-mediated oocyte maturation, PI3K/AKT signaling pathway, and MAPK signaling pathway categories. Conclusions: Transcriptome and proteomic sequencing approaches were used to investigate postpartum anestrus and pregnancy ovaries in yaks. The results confirmed that BHLHE40, SF1IX1, FBPX1, HSPCA, LHCGR, BMP15, and ET-1R could affect postpartum hypoestrus and control the state of estrus.

다변량 시계열 이상 탐지 과업에서 비지도 학습 모델의 성능 비교 (A Survey on Unsupervised Anomaly Detection for Multivariate Time Series)

  • 임주완;이재구
    • 정보보호학회논문지
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    • 제33권1호
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    • pp.1-12
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    • 2023
  • 다변량 시계열 이상 탐지 과업에서 정답 값이 존재하는 데이터를 얻는 것은 매우 시간 집약적인 일이다. 따라서 최근 정답 값이 필요 없는 비지도 학습법(unsupervised learning)에 관한 많은 연구가 진행되었다. 하지만 다변량 시계열 이상 탐지 과업에 특화된 주요 구조와 세부적인 특성에 대한 심화 있는 논의는 이루어지지 않았다. 본 논문에서는 비지도 학습 기반의 다변량 시계열 이상 탐지 모델과 특장점을 포괄적으로 분석하여 분류하였다. 전력 계통(power grid) 또는 Cyber Physical System(CPS)과 같은 현실 세계 데이터 집합에서 현실적인 이상 상황을 고려하여 학습을 진행하였고, 실험 결과를 바탕으로 각 모델의 정량적 성능을 비교 분석하였다. 성능 지표로는 정밀도(precision), 재현율(recall)과 F1 점수를 사용하여 성능을 측정하였다.

의사결정트리 기법을 이용한 터널 보조공법 선정방안 연구 (A Study on the Effective Selection of Tunnel Reinforcement Methods using Decision Tree Technique)

  • 김종규;사공명;이준석;이용주
    • 대한토목학회논문집
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    • 제26권4C호
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    • pp.255-264
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    • 2006
  • 터널 시공시 지반상황이 불량하거나 불확실한 지질정보로 인한 붕락사고를 방지하기 위하여 지보재와 병용하여 터널보조공법을 사용한다. 현재 보조공법에 관련된 전문가 시스템은 인공신경망, 퍼지추론 등의 연구가 진행되었고 터널 기술자에게 보조공법을 결정하는데 많은 도움을 주고 있는 상황이나 보조공법을 결정하는데 있어 정량적인 평가항목을 정하는데 어려움이 많은 것으로 파악되고 있다. 따라서, 본 연구에서는 사회과학, 의료, 금융, 농업 등 다양한 분야에 걸쳐 데이터분석에 이용되는 데이터마이닝 기법을 공학분야에 적용시켜 보조공법 설계자료를 바탕으로 보조공법의 의사결정 규칙을 추론하고 PDA를 적용한 전문가 시스템을 구축하였다.

A novel analytical evaluation of the laboratory-measured mechanical properties of lightweight concrete

  • S. Sivakumar;R. Prakash;S. Srividhya;A.S. Vijay Vikram
    • Structural Engineering and Mechanics
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    • 제87권3호
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    • pp.221-229
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    • 2023
  • Urbanization and industrialization have significantly increased the amount of solid waste produced in recent decades, posing considerable disposal problems and environmental burdens. The practice of waste utilization in concrete has gained popularity among construction practitioners and researchers for the efficient use of resources and the transition to the circular economy in construction. This study employed Lytag aggregate, an environmentally friendly pulverized fuel ash-based lightweight aggregate, as a substitute for natural coarse aggregate. At the same time, fly ash, an industrial by-product, was used as a partial substitute for cement. Concrete mix M20 was experimented with using fly ash and Lytag lightweight aggregate. The percentages of fly ash that make up the replacements were 5%, 10%, 15%, 20%, and 25%. The Compressive Strength (CS), Split Tensile Strength (STS), and deflection were discovered at these percentages after 56 days of testing. The concrete cube, cylinder, and beam specimens were examined in the explorations, as mentioned earlier. The results indicate that a 10% substitution of cement with fly ash and a replacement of coarse aggregate with Lytag lightweight aggregate produced concrete that performed well in terms of mechanical properties and deflection. The cementitious composites have varying characteristics as the environment changes. Therefore, understanding their mechanical properties are crucial for safety reasons. CS, STS, and deflection are the essential property of concrete. Machine learning (ML) approaches have been necessary to predict the CS of concrete. The Artificial Fish Swarm Optimization (AFSO), Particle Swarm Optimization (PSO), and Harmony Search (HS) algorithms were investigated for the prediction of outcomes. This work deftly explains the tremendous AFSO technique, which achieves the precise ideal values of the weights in the model to crown the mathematical modeling technique. This has been proved by the minimum, maximum, and sample median, and the first and third quartiles were used as the basis for a boxplot through the standardized method of showing the dataset. It graphically displays the quantitative value distribution of a field. The correlation matrix and confidence interval were represented graphically using the corrupt method.

한국인의 행복개념에 대한 분석 (The folk psychology of happiness in Korea)

  • 최은수;김윤영
    • 한국심리학회지 : 문화 및 사회문제
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    • 제22권2호
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    • pp.165-182
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    • 2016
  • 행복에 대한 연구는 서구 중심의 학자들과 학문적 토대 아래 이루어져 왔다. 서양에서는 행복을 개인적인 성취와 대인관계에서의 긍정적인 정서적 경험으로 개념화하고 있다. 하지만 일본이나 중국 같은 동양권 문화에서 수행되었던 연구에 따르면 행복의 개념이 서양의 개념과 다르다는 것을 제안해준다. 본 연구는 83명의 대학생들을 대상으로 양적 분석 방법과 질적 분석 방법을 사용해 한국인들이 행복을 어떻게 개념화 하고 있는지 알아보았다. Yukiko와 Kitayama (2009)에서 일본인들과 미국인들의 행복개념을 비교 연구할 때 사용한 방법을 이용하여 한국인의 행복개념을 이전의 일본과 미국 데이터와 비교하는 작업을 실시했다. 분석결과, 한국인들은 행복으로 인해 생기는 긍정적인 결과와 부정적인 결과를 모두 고려하는 변증법적인 행복 개념을 가지고 있어 일본인들과 비슷한 행복개념을 보이는 것으로 나타났으며, 행복을 지배적으로 긍정적인 경험으로 지각하는 미국인들과는 차이를 보였다. 또한 한국인들은 정서 상태로서의 행복과 삶의 다른 영역 (대인관계, 일)에 영향을 미치는 기능으로서의 행복으로 분류하는 것으로 나타났다. 본 연구는 한국인들의 행복개념을 체계적으로 분석하는 시도를 통해 한국인이 가지는 행복개념의 특수성을 기존의 서구 중심의 행복 연구와 이론에서 정의하는 행복개념과 함께 고려하는 통합적인 시각이 필요하다는 점을 시사해준다.

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Molecular Characterization of Silicon (Si) Transporter Genes, Insights into Si-acquisition Status, Plant Growth, Development, and Yield in Alfalfa

  • Md Atikur Rahman;Sang-Hoon Lee;Yowook Song;Hyung Soo Park;Jae Hoon Woo;Bo Ram Choi;Ki-Won Lee
    • 한국초지조사료학회지
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    • 제43권3호
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    • pp.168-176
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    • 2023
  • Silicon (Si) has the potential to improve plant growth and stress tolerance. The study aimed to explore Si-involving plant responses and molecular characterization of different Si-responsive genes in alfalfa. In this study, the exogenous supplementation of Si enhanced plant growth, and biomass yield. Si-acquisition in alfalfa root and shoot was higher in Si-supplemented compared to silicon deficient (-Si) plants, implying Si-acquisition has beneficial on alfalfa plants. As a consequence, the quantum efficiency of photosystem II (Fv/Fm) was significantly increased in silicon-sufficient (+Si) plants. The quantitative gene expression analysis exhibited a significant upregulation of the Lsi1, Lsi2, Lsi3, NIP5;1, and NIP6;1 genes in alfalfa roots, while BOR1, BOR4, NIP2, and NIP3 showed no significant variation in their expression. The MEME results further noticed the association of four motifs related to the major intrinsic protein (MIP). The interaction analysis revealed that NIP5;1 and Lsi1 showed a shared gene network with NIP2, BOR1, and BOR4, and Lsi2, Lsi3 and NIP3-1, respectively. These results suggest that members of the major intrinsic proteins (MIPs) family especially Lsi1, Lsi2, Lsi3, NIP5;1, and NIP6;1 genes helped to pass water and other neutral solutes through the cell membrane and those played significant roles in Si uptake and transport in plants. Together, these insights might be useful for alfalfa breeding and genome editing approaches for alfalfa improvement.

비정형 기둥 형상을 가진 나노구조에서의 가스 투과성 실험 연구 (Permeability of the Lateral Air Flow through Unstructured Pillar-like Nanostructures)

  • 김혜원;임혜원;박정우;이상민;김형모
    • Tribology and Lubricants
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    • 제39권5호
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    • pp.197-202
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    • 2023
  • Recently, research on experimental and analytical techniques utilizing microfluidic devices has been pursued. For example, lab-on-a-chip devices that integrate micro-devices onto a single chip for processing small sample quantities have gained significant attention. However, during sample preparation, unnecessary gases can be introduced into the internal channels, thus, impeding device flow and compromising specific function efficiency, including that of analysis and separation. Several methods have been proposed to mitigate this issue, however, many involve cumbersome procedures or suffer from complexities owing to intricate structures. Recently, some approaches have been introduced that utilize hydrophobic device structures to remove gases within channels. In such cases, the permeability of gases passing through the structure becomes a crucial performance factor. In this study, a method involving the deposition and sintering of diluted Ag-ink onto a silicon wafer surface is presented. This is followed by unstructured nano-pattern creation using a Metal Assisted Chemical Etching (MACE) process, which yields a nanostructured surface with unstructured pillar shapes. Subsequently, gas permeability in the spaces formed by these surface structures is investigated. This is achieved by experiments conducted to incorporate a pressure chamber and measure gas permeability. Trends are subsequently analyzed by comparing the results with existing theories. Finally, it can be confirmed that the significance of this study primarily lies in its capability to effectively evaluate gas permeability through unstructured pillar-like nanostructures, thus, providing quantitative values for the appropriate driving pressure and expected gas removal time in practical device operation.

마르셀 프루스트에 관한 디지털인문학적 연구 동향분석 (Digital humanities Research Trends on Marcel Proust)

  • 민진영
    • 문화기술의 융합
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    • 제10권3호
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    • pp.181-188
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    • 2024
  • 디지털 전환이라는 시대적 배경에 힘입어 마르셀 프루스트의 탄생 150주년을 맞는 2021년과 서거 100주년을 맞는 2022년에는 프루스트에 대한 다양한 디지털인문학적 연구가 진행되었다. 니콜라 라고노는 문학 웹사이트 '프루스트노믹스'를 운영하여 프루스트와 관련한 온/오프라인의 담론들을 아카이빙하여 분석하고, 『프루스트그래프』를 통해서 프루스트와 관련된 이야기와 『잃어버린 시간을 찾아서』를 둘러싼 다양한 자료들을 수치화하여 효과적으로 시각화하였다. 2021년에 프루스트의 삶과 작품에 관한 다양한 자료를 온라인으로 서비스하는 버팔로 프루스트 프로젝트Buffalo Proust project 2021가 진행되었다. 일리노이 대학의 콜브는 그르노블 대학의 프랑수아즈 르리쉬와 함께 프루스트의 서신을 디지털화하여 온라인으로 서비스하는 작업인 Corr-Proust사업을 진행하였다. 국내의 프루스트에 대한 디지털인문학적 연구는 부재한 상황이라서 지난 60년간 출판된 학술논문의 어휘를 분석하여 2000년 전후 주제면이나 양적인 면에서 많은 발전이 있었음을 어휘빈도와 워드클라우드를 통해 시각화해보았다.

한국 경제지리학의 회고와 전망 (Retrospect and Prospect of Economic Geography in Korea)

  • 이원호;이승철;구양미
    • 대한지리학회지
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    • 제47권4호
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    • pp.522-540
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    • 2012
  • 본 연구는 1950년대 중반 이후 나타난 한국 경제지리학의 연구 성과와 과제를 검토하여 한국 경제지리학의 지향점과 연구 과제를 제시하는데 주안점을 두었다. 20세기 후반 이후 경제지리학은 새로운 이슈, 이론, 방법론 등의 도입과 함께 크게 발전하였다. 이에 따라 한국 경제지리학도 지난 반세기 동안 연구의 양적인 면과 질적인 면에서 크게 발전하였다. 본 논문은 1950년대 중반 이후 한국의 농업지리학, 공업지리학, 상업지리학 등의 문헌을 검토함으로써 한국 경제지리학의 동향을 분석하고자 하였다. 한국 경제지리학은 연구의 주제와 접근방법을 기반으로 네 개 시기- 요람기(1950년대), 정립기(1960~1970년대), 도약기(1980~1990년대 중반), 전환기(1990년대 후기 이후) -로 구분할 수 있다. 1980년대 한국 경제지리학의 연구 관심이 공업지리학으로 옮겨지면서 농업지리학은 크게 쇠퇴하였다. 특히, 1990년대 후반 이후 가치사슬, 혁신 클러스터, 협력과 경쟁 네트워크, 해외직접투자, 유연적 전문화, 벤처 생태계 등과 같은 주요 이슈를 중심으로 새로운 제도적 관점의 이론이 도입되면서 공업지리학은 크게 성장하였다. 상업지리학에서는 1980년대까지 정기시장, 상품 유통, 상가 구조 등에 관한 연구가 주로 이루어졌으나, 1990년대 이후에는 생산자 서비스를 중심으로 한 서비스 산업과 새로운 양식의 출현에 따른 소비 입지 형태와 상권에 관한 연구들이 많이 이루어졌다. 이와 더불어 1990년대 후반 이후 신경제지리학과 관련된 많은 연구와 담론들이 출현하기 시작하였다. 특히, 제도적 관점, 지식과 혁신, 생산 사슬과 혁신 네트워크, 산업 클러스터와 지역혁신체제 등을 중심으로 다양한 경제공간의 변화에 대한 연구가 활발히 이루어졌다. 한국 경제지리학은 1990년대 이후 급격한 양적 질적 성장을 이루었지만, 여전히 대부분의 연구가 몇몇 특정 공간과 이슈에 집중되어 있는 한계를 가지고 있다. 따라서 경제지리학 전반에서 볼 때, 새로운 이론적 및 방법론적 관점과 접근 방식을 보다 적극적으로 도입하여 연구 주제를 다양화 시켜야 할 뿐만 아니라 연구의 공간 범위도 다층화하는 것이 앞으로 중점으로 지향해야 할 주요 연구 과제이다.

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