• 제목/요약/키워드: Population differentiation

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Characterization of CEBPA Mutations and Polymorphisms and their Prognostic Relevance in De Novo Acute Myeloid Leukemia Patients

  • Sarojam, Santhi;Raveendran, Sureshkumar;Vijay, Sangeetha;Sreedharan, Jayadevan;Narayanan, Geetha;Sreedharan, Hariharan
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제16권9호
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    • pp.3785-3792
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    • 2015
  • The CCAAT/enhancer-binding protein-alpha (CEBPA) is a transcriptional factor that plays a crucial role in the control of proliferation and differentiation of myeloid precursors. This gene was recognized as the target of genetic alterations and were associated with clinical complexity among AML. We here analyze the frequency and types of CEBPA mutations and polymorphisms in a de novo AML patients from South India and tried to find out associations of these variations with different clinical parameters and the prognostic significance in AML. Study was carried out in 248 de novo AML patients, cytogenetic analysis was performed from the bone marrow samples and was karyotyped. PCR-SSCP analysis and sequencing was performed for the detection of CEBPA gene variations. All the statistical analysis was performed using SPSS 17 (statistical package for social sciences) software. Pearson Chi-square test, Mann-Whitney U test, Kaplan-Meier survival analysis and log rank tests were performed. CEBPA mutations were detected in 18% and CEBPA polymorphisms were detected in 18.9% of AML cases studied. Most of the mutations occured at the C terminal region. Polymorphisms were detected in both N and C terminal region. with most common being, c.584_589dup ACCCGC and c.690G>T. A significant association was not observed for the mutation and polymorphism with respect to clinical and laboratory parameters. Survival advantage was observed for the mutated cases compared to non mutated cases, especially for the normal karyotype groups. Polymorphisms has no effect on the survival pattern of AML patients. CEBPA mutation and polymorphisms were observed with similar frequency and was identified in all the FAB subtypes as well as in cytogenetic risk groups in our study population, but CEBPA mutations alone confer a prognostic value for NK AML patients.

ISSR 분석으로 살펴본 애기등의 유전적 다양성 (Genetic diversity of Millettia japonica in Korea as revealed by ISSR analysis)

  • 김나래;김용인;이정훈;김영동
    • 식물분류학회지
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    • 제43권4호
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    • pp.267-273
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    • 2013
  • 최근 환경부 멸종위기종 급에서 해제된 애기등(Millettia japonica) 집단의 유전적 다양성 분석을 위해 10개 집단(한국 9집단, 일본 1집단) 189개체에 대한 ISSR (Inter-Simple-Sequence-Repeat) 분석을 수행하였다. 조사된 애기등의 유전적 다양성은 같은 과내의 멸종위기종보다 더 높은 것으로 조사되었다(Shannon's information index: I = 0.2689). 집단별 유전적 다양성은 전북 고창(I = 0.2968) 집단과 경남 남해(I = 0.2951), 경북 토함산(I = 0.2823) 집단이 높았으며, 일본 큐슈(I = 0.2487) 집단이 가장 낮았다. 애기등 10개 집단이 공유하는 유전변이의 양은 전체 유전변이의 86.49%로 나타났고, 전체의 13.51%가 집단간 유전적 차이에 의한 것으로 나타났다. 또한 조사된 애기등 집단간 교류를 나타내는 Nm 값(1.8446)이 비교적 높은 것으로 나타났으며, 이에 따라 집단간 유전적 분화가 크게 일어나지 않았음을 알 수 있었다. 본 연구 결과 애기등의 유전자원 보존을 위해서는 유전다양도가 높은 집단을 중심으로 지속적인 자생지 모니터링이 요구되며, 현지외 보존을 위해서는 더 높은 유전적 다양도를 지닌 전북 고창, 경남 남해, 경북 토함산 집단에서 다수 개체를 선발하는 보존 전략이 적절할 것으로 판단된다.

오랜 운전경험을 가진 택시운전기사들의 해마의 구조와 기능적 변화에 대한 MRI연구 (Structural and Functional Changes of Hippocampus in Long Life Experienced Taxi Driver)

  • 유명원;이동균;이종민;김선미;류창우;김의종;장건호
    • Investigative Magnetic Resonance Imaging
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    • 제16권2호
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    • pp.124-135
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    • 2012
  • 목적: 본 연구에서는 숙달된 택시운전기사들을 대상으로 내비게이션 시스템을 이용하여 운전하는 한국인 대조군에 비교하여 해마의 부피와 모양 그리고 기능적 변화를 알아보고자 하였다. 대상과 방법: 총 8명의 대상군(4명의 숙달된 택시운전기사들과 4명의 같은 나이대 일반인 대조군)에 대해 삼차원 T1강조영상과 혈류산소 수준에 따른 기능성 자기공명영상을 촬영하였다. 해마의 용적과 모양, 기능성 자기공명영상 자료를 분석하여 두 군간에 신경 활성도 차이를 비교하였다. 결과: 해마의 용적은 두 군간에 통계적으로 유의한 차이를 보이지 않았다(p > 0.05). 해마의 모양을 보면, 택시운전기사군의 왼쪽 해마가 대조군에 비해 전체 길이가 약간 길고 머리와 꼬리부분이 약간 더 컸다(p < 0.05, uncorrected). 기능성 자기공명영상에서는 택시운전기사군에서 대조군에 비해 방추상회가 특히 활성화되어 있었다. 결론: 택시운전기사군의 해마가 보이는 이러한 구조적, 기능적 변화는 그들의 직업과 관련하여 공간적 탐색능력을 지속적으로 사용하면서 해마와 관련 뇌영역이 기능적으로 분화했음을 나타내는 소견으로 추측할 수 있겠다.

Genome-wide association study reveals genetic loci and candidate genes for average daily gain in Duroc pigs

  • Quan, Jianping;Ding, Rongrong;Wang, Xingwang;Yang, Ming;Yang, Yang;Zheng, Enqin;Gu, Ting;Cai, Gengyuan;Wu, Zhenfang;Liu, Dewu;Yang, Jie
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제31권4호
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    • pp.480-488
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    • 2018
  • Objective: Average daily gain (ADG) is an important target trait of pig breeding programs. We aimed to identify single nucleotide polymorphisms (SNPs) and genomic regions that are associated with ADG in the Duroc pig population. Methods: We performed a genome-wide association study involving 390 Duroc boars and by using the PorcineSNP60K Beadchip and two linear models. Results: After quality control, we detected 3,5971 SNPs, which included seven SNPs that are significantly associated with the ADG of pigs. We identified six quantitative trait loci (QTL) regions for ADG. These QTLs included four previously reported QTLs on Sus scrofa chromosome (SSC) 1, SSC5, SSC9, and SSC13, as well as two novel QTLs on SSC6 and SSC16. In addition, we selected six candidate genes (general transcription factor 3C polypeptide 5, high mobility group AT-hook 2, nicotinamide phosphoribosyltransferase, oligodendrocyte transcription factor 1, pleckstrin homology and RhoGEF domain containing G4B, and ENSSSCG00000031548) associated with ADG on the basis of their physiological roles and positional information. These candidate genes are involved in skeletal muscle cell differentiation, diet-induced obesity, and nervous system development. Conclusion: This study contributes to the identification of the casual mutation that underlies QTLs associated with ADG and to future pig breeding programs based on marker-assisted selection. Further studies are needed to elucidate the role of the identified candidate genes in the physiological processes involved in ADG regulation.

내원 환자의 MMPI 군집분석과 사상체질과의 상관성 연구 (Study for correlation between MMPI results and Sasang constitutions, in out-patients of Oriental Neuropsychiatry)

  • 김진형;양희숙;국윤재;노임선;이성근;장현호;김태헌;유영수;강형원
    • 동의신경정신과학회지
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    • 제15권1호
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    • pp.175-185
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    • 2004
  • Objective : For investigating correlation among diagnostic types, MMPI results and Sasang constitutions, in out-patients of Oriental Neuropsychiatry. Method: We got the following result by comparing the out-patients' MMPI and QSCCII from 2000/12/1 to 2001/12/30 at Sanbon Hospital of Oriental Medicine, Wonkwang University. Result and Conclusion: 1. A specific character of population for study's objects was that female (128, 68.4%) was twice bigger that the male(59, 31.6%). And their education levels were 52 of college graduate (27.8%), 40 of high school graduate (21.4%), and 14 of middle school graduate (14 %). A distribution of the occupation, there are 62 of labors (33.2%), 62 of white collars (33.2%), 30 of sales (16%), 16 of students (8.6%). Their marrige statuses were 144 of married (77%), 31 of single (16.6%), 4 of divorced (2.1%), and 1 of bereavement (0.5%). 2. In the physical constitutions there were 70 of Soeumin(37.4%), 56 of Soyangin(29.9%) 55 of Taeumin (29.4%), 6 of others (3.2%). A differentiation with their diagnosis, there were 55 of palpitations (29.4%), 45 of depression (24.1%), 18 of women's diseases (9.6%), 14 of insomnia (7.5%), 13 of headache (7%), 8 of pain (4.3%), 8 of hwabyung (4.3%), 7 of psychosis (3.7%), 4 of dizziness (2.1%), and 15 of others(8%). 3. A result of groupling MMPI, we could classify into 4 different groups. Group 1 is a profile of trasition in a neurosis. Group 2 is a proflie of a mental disease. Group 3 is a proflie of $'{\wedge}'$ type neurosis. And group 4 has normal profile. 4. Regarding each group with physical constitution and a distribution of diagnosis, Group 1 is found out 36.4 % of Soeumin, 34.10 % of palpitations. And group 2 showed 43.6% of Soyangin, 25.6% of depression. Group 3 showed 46.4% of Soyangin, 31.90% of palpitations. Group 4 showed the most in 34.3% of Soyangin, and 31.40% of palpitations 5. A result of the study using Chi-square test is that there is no correlation between the 4 different groups and the Sasang physical constitution.

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뿌리 스트레스를 유발하는 agar농도에 따른 Kalanchoe pinnata의 체세포 배 형성 변화 (The change of somatic cell embryogenesis in Kalanchoe pinnata because of agar concentration in stimulating root stress)

  • 박종범;김진석;김동균
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제44권3호
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    • pp.320-324
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    • 2017
  • 현대적인 농업기계발달과 그에 따른 집약농업 발달은 토양압축을 야기하고 뿌리에 압박 스트레스를 가하여 생육을 저하시킨다. 뿌리에 압박스트레스를 작용하여 식물 생장발육에 영향과 생식의 변화 양상을 연구하기 위해 Kalanchoe pinnata를 사용하였다. K. pinnata는 잎의 가장자리에서 무성생식이 가능한 체세포 배를 형성하는 것으로 알려져 왔다. Kalanchoe pinnata의 뿌리 압박 효과를 고농도 agar 농도를 사용하여 외부 스트레스 요인에 따른 체세포 배 형성 및 기관분화 경향의 변화를 관찰하고 이러한 현상을 조직학적으로 연구 하였다. 스트레스 요인으로 배양배지에서 agar의 농도를 0.5%에서 1.5%까지의 범위로 조성하여 뿌리에 압박효과를 야기하였고, 이후 K. pinnata의 줄기와 잎 등을 microtechnique 방법으로 조직의 변화를 연구하였다. In vivo에서 K. pinnata는 수분부족 및 과도한 광조건에 의해 잎 가장자리에서 $2^{nd}$, $3^{rd}$ plantlet이 생성이 되는 것을 확인하였다. 기내배양 연구에서 agar의 농도가 낮을수록 개체 수의 증가 및 생체량의 증가가 빠르지만 잎 만곡부에서 plantlet의 발생은 나타나지 않는 경향을 나타냈다. 반면에 agar의 농도가 증가할수록 개체수의 증가가 낮은 경향을 나타났다. 또한 agar 1.5%의 배지에서만 잎에서 plantlet 발생현상이 나타났다. Agar 농도의 차이는 K. pinnata의 뿌리에 스트레스 요인으로 작용하여 무성생식의 양상이 뿌리에서 포기 나누기 방법에서 잎에서 소식물체 형성으로 변화하는 경향을 나타났다. 이는 뿌리 압박 효과가 스트레스로 작용하여 식물 생식 양상을 변화 시킬 수 있게 되는 것으로 사료된다.

Immunological benefits by ginseng through reciprocal regulation of Th17 and Treg cells during cyclosporine-induced immunosuppression

  • Heo, Seong Beom;Lim, Sun Woo;Jhun, Joo Yeon;Cho, Mi La;Chung, Byung Ha;Yang, Chul Woo
    • Journal of Ginseng Research
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    • 제40권1호
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    • pp.18-27
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    • 2016
  • Background: It is not clear whether ginseng affects cyclosporine A (CsA)-induced desirable immunosuppressive action. In this study, we evaluated the immunological influence of combined treatment of ginseng with CsA. Methods: Using CD4+ T cells from mouse spleens stimulated with the T cell receptor (TCR) or allogeneic antigen-presenting cells (APCs), we examined the differentiation of naïve T cells into T helper 1 (Th1), Th2, Th17, and regulatory T cells (Tregs), and their cytokine production during treatment by Korean Red Ginseng extract (KRGE) and/or CsA. The influence of KRGE on the allogeneic T cell response was evaluated by mixed lymphocyte reaction (MLR). We also evaluated whether signal transducer and activator of transcription 3 (STAT3) and STAT5 are implicated in this regulation. Results: Under TCR stimulation, KRGE treatment did not affect the population of CD4+interferon gamma ($IFN{\gamma}$)+ and CD4+interleukin (IL)-4+ cells and their cytokine production compared with CsA alone. Under the Th17-polarizing condition, KRGE significantly reduced the number of CD4+IL-17+ cells and CD4+/phosphorylated STAT3 (p-STAT3)+ cells, but increased the number of CD4+CD25+forkhead box P3 (Foxp3)+ cells and CD4+/p-STAT5+ cells compared with CsA alone. In allogeneic APCs-stimulated CD4+ T cells, KRGE significantly decreased total allogeneic T cell proliferation. Consistent with the effects of TCR stimulation, KRGE reduced the number of CD4+IL-17+ cells and increased the number of CD4+CD25+Foxp3+ cells under the Th17-polarizing condition. Conclusion: KRGE has immunological benefits through the reciprocal regulation of Th17 and Treg cells during CsA-induced immunosuppression.

착상 및 태반 발달과정에 따른 영양막세포의 역할 (Role of Trophobolast in Implantation and Placenta Development)

  • 김기진
    • Clinical and Experimental Reproductive Medicine
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    • 제37권3호
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    • pp.181-189
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    • 2010
  • 태반 (placenta)은 임신기간 동안에만 존재하는 태아유래 일시적인 기관으로, 모체와 태아간의 정확한 조절 기전을 통해 태아의 발달을 수행하는 중요한 기관이다. 영양막세포 (trophoblast)는 임신 초기 빠른 분열 및 분화 과정을 거쳐 태반을 형성하는 주요 세포이다. 영양막세포의 역할은 초기 배아 착상 시기부터 40주간의 임신기간 동안 태반의 형성 과정에서 다양하게 변화된다. 착상은 모체 자궁내막층으로의 포배의 가장 밖에 존재하는 분화된 영양막세포(예, 합포영양막세포)의 침윤에 의해 이루어진다. 또한, 영양막세포은 임신기간 동안 배아의 성숙과 발달에 필요한 영양분과 노폐물 등을 모체와 태아 양방향으로 적절하게 전달할 뿐 아니라 태반 내에서 침윤과 다양한 물질들의 합성 혹은 분비에 관련된 대사작용에 관여한다. 이 기간 동안 영양막세포의 기능 이상은 태아의 선천적인 기형뿐 아니라 자간전증 등을 포함하는 다양한 산과질환을 유발하기도 한다. 그러므로, 영양막세포는 태반과 태아의 발달에 결정적인 요인으로 작용한다. 본 고찰에서는 다양한 영양막세포들의 기능을 이해하기 위해 분류 및 그 종류별 특징 등을 살펴보고, 착상 단계와 태반 발달에 따른 영양막세포의 고유한 역할에 대해 알아보고 향후 활용될 수 있는 연구 분야에 대해 알아보고자 한다.

Performances of Prognostic Models in Stratifying Patients with Advanced Gastric Cancer Receiving First-line Chemotherapy: a Validation Study in a Chinese Cohort

  • Xu, Hui;Zhang, Xiaopeng;Wu, Zhijun;Feng, Ying;Zhang, Cheng;Xie, Minmin;Yang, Yahui;Zhang, Yi;Feng, Chong;Ma, Tai
    • Journal of Gastric Cancer
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    • 제21권3호
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    • pp.268-278
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    • 2021
  • Purpose: While several prognostic models for the stratification of death risk have been developed for patients with advanced gastric cancer receiving first-line chemotherapy, they have seldom been tested in the Chinese population. This study investigated the performance of these models and identified the optimal tools for Chinese patients. Materials and Methods: Patients diagnosed with metastatic or recurrent gastric adenocarcinoma who received first-line chemotherapy were eligible for inclusion in the validation cohort. Their clinical data and survival outcomes were retrieved and documented. Time-dependent receiver operating characteristic (ROC) and calibration curves were used to evaluate the predictive ability of the models. Kaplan-Meier curves were plotted for patients in different risk groups divided by 7 published stratification tools. Log-rank tests with pairwise comparisons were used to compare survival differences. Results: The analysis included a total of 346 patients with metastatic or recurrent disease. The median overall survival time was 11.9 months. The patients were different into different risk groups according to the prognostic stratification models, which showed variability in distinguishing mortality risk in these patients. The model proposed by Kim et al. showed relative higher predicting abilities compared to the other models, with the highest χ2 (25.8) value in log-rank tests across subgroups, and areas under the curve values at 6, 12, and 24 months of 0.65 (95% confidence interval [CI]: 0.59-0.72), 0.60 (0.54-0.65), and 0.63 (0.56-0.69), respectively. Conclusions: Among existing prognostic tools, the models constructed by Kim et al., which incorporated performance status score, neutrophil-to-lymphocyte ratio, alkaline phosphatase, albumin, and tumor differentiation, were more effective in stratifying Chinese patients with gastric cancer receiving first-line chemotherapy.

장수명주택 인증을 고려한 OSC공법 주택의 가변형 평면계획 연구 (Flexible Unit Floor Plan of Off-Site Construction Housing Considering Long-Lasting Housing Certification System)

  • 이지은;노정열;권수혜;김승모
    • 토지주택연구
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    • 제12권4호
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    • pp.103-117
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    • 2021
  • 인구 및 기술의 변화속도가 빠른 현재 상황에서 장수명주택인증은 건물의 물리적 및 기능적 수명 연장 견인책이다. 장수명주택 인증요건인 가변성과 수리용이성은 인필요소를 구조와 구분하여 교체 및 변경하도록 유도한다. 이러한 방식은 공업화주택의 특징과도 부합하여 설계 및 시공방법의 변화로 두 가지 주택 유형은 함께 활성화될 수 있을 것이다. 본 연구에서는 이러한 특징을 고려하여 OSC공법을 활용한 공동주택 모델이 장수명주택 인증기준을 충족하도록 계획하였다. 이러한 결과로 평면가변성 및 설비배관의 설치방법, 화장실 공사 방법 등을 습식 공법과는 다른 방식을 적용하여 제시하였다. 가변형 평면은 22m2와 46m2의 두 가지 타입 평면을 확장하여 69m2평면을 만드는 세대통합방법 그리고 가변 가능한 건식패널 벽체를 활용하여 69m2평면을 여러 가지로 계획하는 방법을 제안했다. 이러한 가변성은 9m×10.5m 스팬의 강콘크리트 합성구조 및 일체형 슬래브로 SI시스템 중 서포트 부분을 구성하고 비내력 외벽 및 내벽, 배관 등을 인필부분으로 구분하여 건축구성재를 부품화하는 방식으로 만들 수 있다. 이러한 서포트와 인필 분리 만으로도 시공법과 관련된 기준을 상당부분 충족할 수 있다. 현재 인필요소를 교체 용이하게 하는 기술은 탄소저감 등에서 국가에 편익이 증가할 수 있으므로 활성화를 위해 세제혜택 등의 인센티브 도입을 검토할 필요가 있다.