• 제목/요약/키워드: Poly(amino acid)

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Light-regulated Translation of Chloroplast Reaction Center Protein D1 mRNA in Chlamydomonas reinhardtii

  • Kim, Jungmook
    • 한국식물학회:학술대회논문집
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    • 한국식물학회 1999년도 제13회 식물생명공학심포지움 New Approaches to Understand Gene Function in Plants and Application to Plant Biotechnology
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    • pp.57-62
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    • 1999
  • Light-regulated translation of chloroplast mRNAs requires nuclear-encoded trans-acting factors that interact with the 5' untranslated region (UTR) of these mRNAs. A set of four proteins (60, 55, 47, and 38 kDa) that bind to the 5'-UTR of the psbA mRNA had been identified in C. reinhardtii. 47 kDa protein (RB47) was found to encode a chloroplast poly (A)-binding protein (cPABP) that specifically binds to the 5'-UTR of the psbA mRNA, and essential for translation of this mRNA, cDNA encoding 60 kDa protein (RB60) was isolated, and the amino acid sequence of the encoded protein was highly homologous to plants and mammalian protein disulfide isomerases (PDI), normally found in the endoplasmic reticulum (ER). Immunoblot analysis of C. reinhardtii proteins showed that anti-PDI recognized a distinct protein of 56 kDa in whole cell extract, whereas anti-rRB60 detected a 60 kDa protein. The ER-PDI was not retained on heparin-agarose resin whereas RB60 was retained. In vitro translation products of the RB60 cDNA can be transported into C. reinhardtii chloroplast in vitro. Immunoblot analysis of isolated pea chloroplasts indicated that higher plant also possess a RB60 homolog. In vitro RNA-binding studies showed that RB60 modulates the binding of cPABP to the 5'-UTR of the psbA mRNA by reversibly changing the redox status of cPABP using redox potential or ADP-dependent phosphorylation. Site-directed mutagenesis of -CGHC- catalytic site in thioredoxin-like domain of RB60 is an unique PDI located in the chloroplast of C. reinhardtii, and suggest that the chloroplast PDI may have evolved to utilize the redox-regulated thioredoxin like domain as a mechanism for regulating the light-activated translation of the psbA mRNA.

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북한산국립공원의 식생개관

  • 임양재
    • 한국식물학회:학술대회논문집
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    • 한국식물학회 1985년도 워크샵 및 심포지엄 북한산국립공원의 식생
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    • pp.7-18
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    • 1985
  • Light-regulated translation of chloroplast mRNAs requires nuclear-encoded trans-acting factors that interact with the 5' untranslated region (UTR) of these mRNAs. A set of four proteins (60, 55, 47, and 38 kDa) that bind to the 5'-UTR of the psbA mRNA had been identified in C. reinhardtii. 47 kDa protein (RB47) was found to encode a chloroplast poly (A)-binding protein (cPABP) that specifically binds to the 5'-UTR of the psbA mRNA, and essential for translation of this mRNA, cDNA encoding 60 kDa protein (RB60) was isolated, and the amino acid sequence of the encoded protein was highly homologous to plants and mammalian protein disulfide isomerases (PDI), normally found in the endoplasmic reticulum (ER). Immunoblot analysis of C. reinhardtii proteins showed that anti-PDI recognized a distinct protein of 56 kDa in whole cell extract, whereas anti-rRB60 detected a 60 kDa protein. The ER-PDI was not retained on heparin-agarose resin whereas RB60 was retained. In vitro translation products of the RB60 cDNA can be transported into C. reinhardtii chloroplast in vitro. Immunoblot analysis of isolated pea chloroplasts indicated that higher plant also possess a RB60 homolog. In vitro RNA-binding studies showed that RB60 modulates the binding of cPABP to the 5'-UTR of the psbA mRNA by reversibly changing the redox status of cPABP using redox potential or ADP-dependent phosphorylation. Site-directed mutagenesis of -CGHC- catalytic site in thioredoxin-like domain of RB60 is an unique PDI located in the chloroplast of C. reinhardtii, and suggest that the chloroplast PDI may have evolved to utilize the redox-regulated thioredoxin like domain as a mechanism for regulating the light-activated translation of the psbA mRNA.

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표고균사 갈변과 관련된 BCR (Brown Color Repressor) 유전자 분리 (BCR (Brown Color Repressor) gene isolation related to mycelial browning of Lentinus edodes)

  • 김영호;박수철;전창성;유창현;성재모;공원식
    • 한국버섯학회지
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    • 제10권3호
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    • pp.120-128
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    • 2012
  • 표고균사에서 갈변시기를 조절하고 확인할 수 있는 유전공학적 시스템을 개발하여 톱밥재배용 표고균주를 조기에 선별할 수 있도록 표고균사가 갈변되는 동안 균사상태에서 특이적으로 발현되는 유전자를 분리하기 위하여 갈변되지 않은 균사와 갈변이 완전히 이루어진 균사에서 differential display를 실시하였다. 그 결과 이들 균사로부터 특이적으로 발현되는 두 개의 1.6kb와 1.2kb의 cDNA clone을 선발하여 염기서열을 분석하였다. 이 중 1.6kb의 cDNA단편은 Dugenia polichroa로부터 분리된 microsatellites 유전자와 100%의 상동성을 나타냈다. 그러나 1.2kb의 cDNA 단편은 3'부위에 poly A tail과 5 부위에 partial open reading frame를 가지고 있어 이를 primer로 제작한 후 갈변되지 않은 균사와 갈변이 이루어진 균사에서 RT-PCR을 실시하여 본 결과 갈변이 되지 않은 백색의 균사에서 발현이 확인되었다. 1.2kb의 cDNA 단편의 5' 부위의 염기서열 분석은 110개의 아미노산으로 구성된 partial open reading frame으로 나타났다. 이 유전자를 DNASIS database에서 상동성을 비교해 본 결과 Arabidopsis thaliata에서 분리된 dTDP-glucose 4,6-dehydratases 유전자와 DNA 수준에서는 66.7%, 아미노산 수준에서는 69.2%의 높은 상동성을 나타내었다. 갈변에 관련된 특이 유전자(BCR gene)를 확인하였다. 이 유전자는 산화 stress에 대해 저항성을 나타내는 기능을 가진 것으로 알려져 있어 표고 균사가 갈변될 때 repressor로서 작용할 것으로 생각된다. 따라서 이 유전자를 BCR (Brown Color Repressor) 유전자라고 명명하였다.

보리새우육의 부분동결저장중 단백질 및 아미노산의 조성변화 (Postmortem Changes of the Protein and Amino Acid Composition of Muscles in the Partially Frozen Prawn, Pandalus japonica)

  • 변재형;최영준;김정한;조권옥
    • 한국수산과학회지
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    • 제17권4호
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    • pp.280-290
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    • 1984
  • 부분동결상태하의 선도 변화와 육단백질 조성변화와의 관계를 규명하기 위하여, 보리새우를 시료로하여 부분동결 조건($-3^{\circ}C$)에 저장하여 두고 저장일수의 경과와 더불어 선도 변화의 단계별로 육의 단백질의 조성, 단백질 구성아미노산 및 유리아미노산의 조성 등의 변화를 비교, 분석하였다. 그리고, 단백질의 조성 변화는 이를 엄밀히 검토하기 위하여, 육에서 근형질 단백질과 근원섬유 단백질을 각각 추출하고 선도변화에 따른 각 단백질의 구성 subunit의 변화를 SDS-PAG 전기영동분석에 의하여 검토하였으며, 한편, 근원섬유 단백질에 대하여는 $-3^{\circ}C$$-20^{\circ}C$에 저장하면서 Ca-ATPase 활성도의 변화를 측정하여 변성의 속도정수($K_D$)도 구하였다. 보리새우의 육중에는 약$23\%$ 조단백질을 함유하고 있었으며, 단백질조성을 분석한 결과, 근형질단백질 $31.45\%$, 근원섬유 단백질 $5.04\%$, 세포내잔사단백질 $10.30\%$, 그리고 기질 단백질 $2.17\%$로 이루어져 있었다. 부분동결 저장 중의 선도변화를 선도변화 지표인 K-값, 총휘발성 염기질소량 및 pH의 변화로서 측정한 결과, 저장 26일째에 부패 초기에 접근하는 총휘발성 염기질소량 $25.29mg\%$, K-값 $31.36\%$, pH 8.83에 도달하였다. 부분동결 저장 중에는 저장기간의 경과와 더불어 근원섬유 단백질은 현저한 감소를 보였으며 기질단백질은 조금씩 감소하였다. 그러나 세포내잔사 단백질은 많은 증가를 보였고 근형질 단백질도 조금 증가하였다. 별도로 근원섬유 단백질의 일부를 $-3^{\circ}C$$-20^{\circ}C$에 두고 Ca-ATPase 활성도의 변화를 측정하여 변성속도정수를 구하였더니 $-3^{\circ}C$에서는 $K_D=9.03{\times}10^{-6}sec^{-1}$, 그리고 $-20^{\circ}C$에서는 $K_D=4.42{\times}10^{-6}sec^{-1}$을 보여 $-20^{\circ}C$ 일때가 훨씬 안정하였다. 근형질 단백질과 근원섬유 단백질의 구성 subunit의 변화를 SDS-PAG 전기영동법으로 분석한 결과, 근형질 단백질은 즉살했을때 12개의 subunit 이던것이 부패초기에 가까운 상태를 보인 26일째에는 8개 subunit만이 남았고, 근원섬유 단백질에 있어서는 즉살했을 때 17개 subunit이던 것이 26일이 경과했을 때는 22개 subunit로 증가하였다. 근원섬유 단백질 구성 subunit중에서 저장중에 새로히 출현한 subunit는 30,000, 41,000, 107,000, 136,000, 170,000, 173,000, 185,000 및 198,000 dalton의 각 subunit이었으며, 소멸한 subunit는 19,000, 22,000, 140,000 및 165,000 dalton의 각 subunit였다. 부분동결 저장 중 단백질을 구성하는 아미노산의 조성 변화를 분석한 결과, 대부분의 아미노산은 시일의 경과와 더블어 일률적으로 조금씩 감소하는 경향이었다. 그러나 유리아미노산의 조성 변화에 있어서는 즉살한 보리새우육 중에는 glycine, proline, arginine, alanine 및 taurine 등 5종의 아미노산이 총유리아미노산의 $93\%$를 차지하였다. 저장중에는 taurine, valine, leucine, phenylalanine, serine, Lysine, methionine, isoleucine, histidine 등이 2배 이상 증가하였으나 proline만은 대폭 감소한 것이 특징이었다.

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키토산 분자량과 탈아세틸화도 조절 및 이에 따른 필름 특성 (Controlling of Molecular Weight and Degree of Deacetylation of Chitosan and Its Characteristics in Film Formation)

  • 황권택;박현진;정순택;함경식;유용권;조건식
    • 한국포장학회지
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    • 제5권1호
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    • pp.47-55
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    • 1999
  • 탄수화물에서 유래되는 chitin은 cellulose와 유사한 $poly-{\beta}(1,4)-N-acetyl-D-glucosamine$의 섬유상의 중합체로서 물과 유기용매 녹지 않으나 acetyl amino group 을 탈아세틸화 시키면 키토 산으로 되어 묽은 산 용액에 용해되어 점성이 있는 용액이 되므로 화학, 의학 및 식품 산업분야 등에 다양한 용도로 이용되고 있다. 본 실험에서는 게 가공 폐기물로부터 부가가치가 높은 chitin 및 키토산 을 제조하였으며 침지조건을 달리하여 제조한 키토산의 특성을 조사하였다. 원료인 게껍질의 일반 성분은 수분 8.24%, 지방 3.65%, 단백질 28.73%, 회분 35.5%, chitin 23.55%로 나타났다. chitin의 제조는 5% HCl과 5% NaOH를 침지 온도와 시간을 달리하여 탈회분, 탈단백질하여 제조하였다. 탈회분은 온도에 따라 큰 변화는 없었으며, $30^{\circ}C$에서 30분 반응하였을 때 회분함량이 3.22%, 60분 후 1,07%로 감소했다. $50^{\circ}C$$70^{\circ}C$에서는 30분 처리하였을 때 1.46%, 1.19%를 나타낸 후 시간이 증가하여도 감소량이 뚜렸하지 않았다. 탈단백질은 위와 동일한 조건으로 침지하였으며 시간이 경과함에 따라 감소하였고 $70^{\circ}C$에서 90분 반응하였을 때 chitin의 질소 함량 6.92%에 근접하였다. 키토선 제조는 chitin을 50% Noah에 침지 시간을 달리하여 탈아세틸화하였다. 탈아세틸화도는 2시간 침지 후 82.84%를 나타내었으며 시간이 경과할수록 증가하였다. 한편 침지 후 여액의 NaOH를 다시 사용하였을 때 키토산의 점도 및 분자량은 시간의 경과에 따라 감소하였다. 즉 점도는 2시간 경과함에 따라 95 cps, 4시간 70 cps, 6시간 65cps, 8시간 60cps로 감소하였으며, 분자량은 110,286, 99,000, 96,666, 94,300으로 감소하였다. 횟수에 따른 점도 및 분자량은 시간의 경과에 따라 증가하였다. 반복 사용된 반응용액에서 제조된 키토산은 기계적인 물성변화는 거의 없었고, 각 solvent에서 반응시간 경과에 따라 약간 증가함이 있었고 acetic acid에 용해하여 제조한 chitosan film의 TS가 lactic acid chitosan film보다 우수함을 알 수 있었다. 수증기투과도의 경우 lactic acid에 용해하여 제조한 chitosan film이 acetic acid에 용해하여 제조한 chitosan film보다 큰 수증기 투과도를 보였다.

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Molecular Characterization and Expression Analysis of Nucleoporin 210 (Nup210) in Chicken

  • Ndimukaga, Marc;Bigirwa, Godfrey;Lee, Seokhyun;Lee, Raham;Oh, Jae-Don
    • 한국가금학회지
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    • 제46권3호
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    • pp.185-191
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    • 2019
  • Nucleoporin 210(Nup210)는 근육 및 신경세포의 분화, 자기 면역 질환, 말초 T세포 항상성 등 여러 생리작용에 관여한다. 닭의 Nup210 유전자는 닭 신장조직에서 칼슘 의존성 차별 발현 유전자로 발굴되었으며, 닭의 대사 이상 질환과 Nup210의 관련 연구를 위해 Nup210 유전자의 분자유전학적 특성을 구명하고, 톨-유사수용체 3(Toll-like receptor 3(TLR3)) 자극에 의한 전사 조절을 연구하였다. 닭의 여러 조직과 배아 섬유아세포주인 DF-1 세포에서 Nup210 유전자의 전사 수준을 조사한 결과, 폐와 비장 조직에서 가장 높게 발현되었으며, Nup210의 발현은 TLR3 신호자극에 의해 증가함을 확인하였다. 또한 닭 Nup210 유전자가 코딩하는 단백질의 구조는 조류, 어류, 포유류를 포함한 여러 종과 매우 보존적이나 진화적으로 다른 포유류보다는 오리와 가장 가깝다고 추정되었다. 본 연구의 결과를 통해 닭 Nup210이 TLR3 신호시스템에 관여함을 확인하였고, 추가연구를 통해 바이러스 침입에 대한 닭 면역 메커니즘을 구명할 필요가 있다고 사료된다.

참굴 Crassostrea gigas 인공종묘생산 시 유생의 성장과 체성분 변화 (Larvae Growth and Biochemical Composition Change of the Pacific Oyster Crassostra gigas, Larvae during Artificial Seed Production)

  • 허영백;민광식;김태익;이승주;허성범
    • 한국양식학회지
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    • 제21권4호
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    • pp.203-212
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    • 2008
  • 참굴 유생의 최적 성장과 먹이생물의 이용성을 높이기 위해 현재 인공종묘생산에서 많이 이용되고 대량배양이 용이한 미세조류를 대상으로 그 요구조건을 구명하고, 나아가 인공배합사료개발에 요구되는 기초적인 사료 설계 자료를 얻기 위하여 대량 인공종묘생산 시 유생에 축적되는 영양소의 변화를 유생의 발달 단계에 따라 조사하였다. 유생의 일간 각장 성장은 $5.8{\sim}30.8\;{\mu}m$로 중형각정기 유생 이후 최대 성장률을 보였고, 사육 12일째 각장 $311.0\;{\mu}m$의 부착기 유생으로 성장하였다. 습중량, 건중량 및 AFDW는 각각 $0.5{\sim}15.0\;{\mu}g/larva$, $0.2{\sim}6.5\;{\mu}g/larva$$0.1{\sim}2.3{\mu}g/larva$이었다. 각각의 증중량은 D형 유생에서 각장 $100\;{\mu}m$까지는 감소하였고, 사육 8일째까지는 급격한 증가를 보였지만, 부착기 유생으로 발달하면서 감소하였다. 알의 일반성분 조성 중 회분은 7.7%로 전체 유생단계의 $30.3{\sim}39.6%$에 비해 매우 낮은 함량을 보였지만, 조단백질, 조지질 및 탄수화물의 함량은 전 유생단계에 비해 높았다. 유생의 조지질($0.6{\sim}1.1%$), 조단백($6.1{\sim}10.6%$), 탄수화물($1.0{\sim}2.7%$), 아미노산 및 지방산 함량은 포기각정기 유생까지는 감소하였고, 이후 어느 정도 축적되는 경향을 보였다. 알과 유생의 아미노산 조성 비율은 유생의 발달단계와 상관없이 비슷한 조성비로 glutamic acid (5.85%, $1.26{\sim}2.24%$)과 aspartic acid (4.67%, $0.97{\sim}1.70%$)가 가장 놀은 조성을 보였다. 전체 유생기 동안 필수아미노산으로서 leucine ($0.83{\sim}1.26%$), lysine ($0.90{\sim}1.35%$) 및 arginine ($0.92{\sim}1.25%$)이 성장함에 따라 비교적 높게 축적되었다. D형 유생에서 부착기 유생으로 발달하는 과정에서 조화지방산은 65.5% ($54.3{\rightarrow}17.1%$)로 줄어들었고, 단일불포화지방산과 고도불포화지방산은 각각 35.8% ($29.9{\rightarrow}40.6%$)와 484.6% ($7.8{\rightarrow}45.6%$)로 축적되었다. 이 중 palmitic acid ($9.9{\sim}37.0%$), oleic acid ($12.2{\sim}32.3%$) 및 linoleic acid ($2.0{\sim}33.6%$)가 비교적 높은 조성을 보였고, EPA와 DHA은 각각 $2.2{\sim}11.6%$, $2.0{\sim}4.5%$로 나타나, 전체 유생단계에서 EPA가 DHA에 비해 높은 조성비($1.1{\sim}3.5$, EPA/DHA)을 보였다.

작잠(Antheraea pernyi) 아릴포린(Arylphorin) 유전자의 cDNA 클로닝 및 아릴포린 유전자의 발육시기 의존성 발현양상 (cDNA Cloning and Stage-Dependant Expression of Arylphorin Gene from Chinese Oak Silkworm, Antheraea pernyi)

  • 이상몽;황재삼;박남숙;김용균;김근기;손홍주;박현철;진병래
    • 생명과학회지
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    • 제20권8호
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    • pp.1193-1200
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    • 2010
  • 상수리 잎을 먹고 자라는 야생견사곤충의 일종인 작잠의 저장단백질인 아릴포린 유전자의 cDNA를 클로닝하고 발육경과에 따른 유전자발현의 양상을 조사 검토하였다. 작잠의 아릴포린 유전자의 cDNA는 2,112 bp의 ORF(open reading frame)를 포함하여 2,234 bp임을 밝혔다. 작잠 아릴포린 유전자의 cDNA염기서열로부터 아미노산 서열을 검토한 결과 방향족 아미노산인 페닐알라닌(phenylalanine)과 티로신(tyrosine)의 성분이 높은 아미노산 서열구조를 보였으며 ORF로부터 계산한 단백질의 분자량은 83,439 Da 이었다.작잠 아릴포린 저장단백질의 아미노산서열을 다른 곤충의 서열과 그 상동성을 비교 분석한 결과 세크로피아잠(H. cecropia)과는 78%, 담배나방의 알파단량체(M. sexta-$\alpha$ subunit)와는 71%, 담배나방의 베타단량체(M. sexta $\beta$-subunit)와는 62% 그리고 가잠(B. mori)과는 64%의 아미노산서열 상동성을 각각 보였다. 또, Northern blot analysis에서 유충 5령기의 중장, 중부 실샘, 후부 실샘에서는 아릴포린 유전자가 발현되지 않고 오로지 지방체 조직에서만 아릴포린 유전자가 발현되었음을 확인하였다. 아릴포린 유전자는 특히 종령인 5령 유충의 초기에 발현강도가 높았으며 중, 후기로 갈수록 그 강도가 감소하였다. 하지만 번데기시기에는 흔적 정도의 해당 mRNA가 검출되었으며, 이와 같이 검출된 mRNA는 불활성화된 것으로 추정된다. 이상의 결과에서 작잠 아릴포린 유전자의 cDNA가 클로닝되었으며, 이 유전자는 유충기특이적 발현 및 지방체 조직특이적 발현양상을 보인 점이 본 연구에서 확인되었다.

Characterization of the Nickel Resistance Gene from Legionella pneumophila: Attenuation of Nickel Resistance by ppk (polyphosphate kinase) Disruption in Escherichia coli

  • Hahm, Dae-Hyun;Yeon, Mi-Jung;Ko, Whae-Min;Lee, Eun-Jooh;Lee, Hye-Jung;Shim, In-Sop;Kim, Hong-Yeoul
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제12권1호
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    • pp.114-120
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    • 2002
  • A 1,989-bp genomic region encoding nickel resistance genes was isolated from Legionella pneumophila, a pathogen for legionellosis. From a sequencing and computer analysis, the region was found to harbor two structural genes, a nreB-like protein gene (1,149 bp) and a nreA-like protein gene (270 bp), in a row. Both genes exhibited a significant degree of similarity to the corresponding genes from Synechocystis sp. PCC6803 ($54\%$ amino acid sequence identity) and Achromobacter xylosoxidans 31A ($76\%$). The gene was successfully expressed in E. coli MG1655 and conferred a nickel resistance of up to 5 mM in an LB medium and 3 mM in a TMS medium including gluconate as the sole carbon source. E. coli harboring the nickel resistance gene also exhibited a substantial resistance to cobalt, yet no resistance to cadmium or zinc. Since the extracellular concentration of nickel remained constant during the whole period of cultivation, it was confirmed that the nickel resistance was provided by an efflux system like the $Ni^2+$permease (nrsD) of Synechocystis sp. strain PCC6803. Since polyphosphate (poly-P) is known as a global regulator for gene expression as well as a potential virulence factor in E. coli, the nickel resistance of a ppk mutant of E. coli MG 1655 harboring the nickel resistance gene from L. pneumophila was compared with that of its parental strain. The nickel resistance was significantly attenuated by ppk inactivation, which was more pronounced in an LB medium than in a TMS medium.

소의 CSRP3, APOBEC2, Caveolin 유전자들의 단일염기다형 분석 (Analysis of SNPs in Bovine CSRP3, APOBEC2 and Caveolin Gene Family)

  • 삼술부이얀;유성란;김관석;윤두학;박응우;전진태;이준헌
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제49권6호
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    • pp.719-728
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    • 2007
  • CSRP3, APOBEC2, CAV1, CAV2 및 CAV3 유전자들은 포유동물에서 도체와 육질 형질에 중요한 역할을 하는 것으로 보고되고 있다. 따라서, 이 유전자들의 단일염기다형(Single nucleotide poly- morphism; SNP)을 8개의 다른 소의 품종에서 확인한 결과 coding region에서 caveolin family 유전자에서 9개의 SNP, CSRP3유전자에서 1개의 SNP 및 APOBEC2 유전자에서 3개의 SNP가 존재함을 확인하였다. 이 coding region의 SNP들은 PCR-RFLP 방법에 의해 재확인하였으며 이들 유전자의 intronic region에서도 9개의 SNP가 존재함을 확인할 수 있었다. 8개의 다른 품종 소에 각 유전자들의 SNP들을 이용하여 유전자 빈도를 확인한 결과 CAV2, CAV3, CSRP3 및 APOBEC2 유전자의 SNP 중에서 5개가 품종간에서 유의적으로 차이가 있음을 확인할 수 있었다. 이 SNP들은 차후 검증작업을 통하여 육질관련 형질 마커로 이용될 수 있을 것으로 사료된다.