• 한국정밀공학회지
• /
• 제14권12호
• /
• pp.24-29
• /
• 1997

Recently, Genetic Algorithm(GA), which is a stochastic direct search strategy that mimics the process of genetic evolution, is widely adapted into a search procedure for structural optimization. Contrast to traditional optimal design techniques which use design sensitivity analysis results, GA is very simple in their algorithms and there is no need of continuity of functions(or functionals) any more in GA. So, they can be easily applicable to wide area of design optimization problems. Also, owing to multi-point search procedure, they have higher porbability of convergence to global optimum compared to traditional techniques which take one-point search method. The methods consist of three genetics opera- tions named selection, crossover and mutation. In this study, a method of finding the omtimum size and topology of drilling machine is proposed by using the GA, For rapid converge to optimum, elitist survival model,roulette wheel selection with limited candidates, and multi-point shuffle cross-over method are adapted. And pseudo object function, which is the combined form of object function and penalty function, is used to include constraints into fitness function. GA shows good results of weight reducing effect and convergency in optimal design of drilling machine.

• Pediatric Gastroenterology, Hepatology & Nutrition
• /
• 제7권2호
• /
• pp.137-142
• /
• 2004

목적: 우리 나라 소아에 감염된 H. pylori에서 PCR RFLP를 이용하여 clarithromycin 내성의 원인으로 알려진 23S rRNA의 돌연변이를 찾아내고, cagA, vacA 유전형과 clarithromycin 내성 돌연변이 사이에 연관이 있는지 알아보고자 하였다. 방법: 서울대학교병원 소아과에서 위내시경검사를 통해 H. pylori 위염으로 진단 받은 환아 27명의 내시경 생검 조직에서 H. pylori cagA, vacA 유전자를 증폭하여 유전형을 조사하였다. H. pylori의 23 rRNA V domain을 조사하기 위해 증폭한 후, PCR 산물은 BsaI과 MboII 제한효소로 처리하여 PCR RFLP를 이용하여 돌연변이 여부를 판정하였다. 결과: A2143G 돌연변이가 1명에서, A2144G 돌연변이가 4명에서 발견되어 18.5%가 clarithromycin 내성으로 관찰되었다. cagA 양성이 25명(93%)이었고, vacA s1a/m1이 6명(22%), s1a/m2가 3명(11%), s1c/m1이 16명(59%), s1c/m2가 1명(4%)이었다. clarithromycin 내성 돌연변이를 보이는 경우는 모두 cagA 양성이었고 s1a/m1이 2명, s1c/m1이 2명으로 특정 유전형이 clarithromycin 내성 돌연변이와 연관성을 보이지 않았다. 결론: 위점막 조직에서 PCR-RFLP를 이용한 H. pylori의 clarithromycin 내성 검사는 항생제를 선택하는데 유용하다고 생각된다. Clarithromycin 내성 돌연변이는 cagA, vacA 유전형과 연관성이 없었다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
• /
• 제59권3호
• /
• pp.266-271
• /
• 2005

배 경 : 에탐부톨은 6개월 단기요법 중에 사용되는 1차 항결핵약제 중 하나이다. embB 유전자의 돌연변이는 에탐부톨의 내성과 관련이 있은 것으로 추측 되어왔다. 그러나 최근에 embB 유전자의 돌연변이는 에탐부톨 감수성인 균에서도 발견되어 이 유전자의 돌연변이가 에탐부톨 내성과 관련이 있는 것인지에 대한 논란이 있는 바, 이에 대한 이해를 높이고자 본 실험을 하게 되었다. 방 법 : 약제감수성검사에서 에탐부톨은 감수성이지만 타항결핵약제에 내성을 보인 36균주를 선택하였다. 이 균주들에서 embB 유전자에 대하여 중합효소연쇄반응를 실시한 후에 염기서열분석을 통해 돌연변이 여부를 조사하였다. 돌연변이가 있는 균주에 대하여 과거의 항결핵약제 감수성검사 결과를 비교하였다. 결 과 : 에탐부톨 감수성인 36균주 중에서 3균주(8.3%)만 이 embB 유전자의 codon 306과 codon 406에서 돌연변이를 나타냈다. 이 균주들은 적어도 아이소니아 짓에서도 내성을 가지고 있었고, 에탐부톨 1.0 mcg/ml를 함유한 LJ배지에서 모두 자랐다. 이 균주를 가진 결핵환자들은 꾸준히 치료를 하였음에도 불구하고 3년 동안이나 도말양성을 보였다. 또한 한 균주는 과거의 감수성검사에서 에탐부톨에 내성을 보인 경우도 있었다. 결 론 : 에탐부톨 감수성이지만 embB 유전자의 돌연변이를 가진 균주는 균주 자체의 특성이라기 보다는 일시적으로 생활력이 감소되어 약제 감수성으로 표현 될 수 있는 것으로 보인다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
• /
• 제43권6호
• /
• pp.842-851
• /
• 1996

연구배경: Rifampicin(RFP)은 항결핵 단기지료의 근간이 되는 약제로서 RFP에 대한 내성을 다제약제내성의 지표로 보기도 한다. rpoB유전자는 RFP이 결합하여 약리작용을 나타내는 RNA poly-merase의 ${\beta}$-subunit을 coding하는 유전자이다. 다른 보고들에 의하면 RFP내성균주에서 rpoB유전자의 돌연변이가 관찰되고 특히 점돌연변이가 중요한 기전임이 알려지고 있다. 이에 저자는 rpoB유전자의 점돌연변이를 쉰게 관찰할 수 있는 PCR-SSCP법 을 이용하여 신속하게 RFP에 대한 내성여부를 확인할 수 있는지에 대하여 알아보았다. 방법: 전통적인 약제내성검사상 RFP에 내성을 보이는 25 배양균주와 RFP에 감수성인 27 배양균주 그리고 표준균주인 H37Rv를 대상으로 하였다. TR8, TR9 primer를 이용하여 rpoB 유전자의 511 codon에서 533 codon 부위를 포함하는 157bp의 DNA를 증폭한 후 폴리 아크릴아마이드젤 전기영동으로 PCR-SSCP를 시행하여 band의 이동양상을 비교하였다. 그리고 H37Rv 와 다른 band의 양상을 보인 균주에서 direct sequencing을 시행하여 H37Rv의 염기서열과 비교하였다. 또한 임상결과를 추적할 수 있었던 19예에서 임상결과와 전통적인 감수성검사 결과, 그리고 PCR-SSCP결과를 비교하였다. 결과: 1) PCR-SSCP결과로 RFP감수성 27균주 모두에서 H37Rv와 동일한 band의 양상을 보였고, RFP내성 25균주 모두에서 H37Rv와 다른 band의 양상을 보여서 전통적인 RFP 감수성검사와 rpoB유전자의 PCR-SSCP 사이에 100% 일치하는 결과를 보여주었다. 2) rpoB 유전자 돌연변이의 주된 기전은 점돌연변이였다. 3) rpoB 유전자의 PCR-SSCP 결과는 전통적인 RFP감수성검사나 항결핵치료의 임상경과와 잘 일치하였다. 결론: 결핵균 rpoB 유전자의 PCR-SSCP에 의한 돌연변이의 확인은 RFP내성 결핵균의 신속한 진단에 아주 유용한 검사로 기대된다. 향후 직접임상검체를 대상으로 한 연구가 필요하리라 사료된다.

• 농약과학회지
• /
• 제13권4호
• /
• pp.290-297
• /
• 2009

본 연구는 한국에서 발생하고 있는 설포닐우레아계 제초제 저항성 및 감수성 물달개비의 ALS 염기서열 분석에 의한 ALS 유전자의 특성과 제초제 저항성 메카니즘을 구명하기 위하여 실시하였다. 감수성 및 저항성 두 계통의 biotype에서 815개의 염기서열을 분석하였다. 분석된 염기서열에서 감수성 biotype으로부터 4개 clone, 저항성 계통으로부터 15개 clone, 총 19개의 clone들을 크게 4 group으로 분류할 수 있었다. 첫 번째 group은 저항성 및 감수성 biotype의 ALS 유전자 염기서열이 차이가 없었으며, 두 번째 그룹은 아미노산 197번째의 proline이 DNA의 점돌연변이(point mutation)에 의해 serine으로 변화된 부분이다. 세 번째 group은 6곳에서 점돌연변이에 의한 아미노산치환이 발생하였으며, 네 번째 group는 첫 번째 group과 세 번째 group 중간적 특성으로 3곳에서 염기서열 점돌연변이에 의해 아미노산 치환이 있었다. 따라서 하나의 물달개비 식물체에서 여러 가지 형태의 ALS 유전자가 존재할 수 있으며, 물달개비 저항성 biotype의 ALS 유전자는 Domain A 부분에 있는 아미노산 197번째 proline이 염기서열 변화에 의해 serine으로 돌연변이 되었다.

• Journal of Plant Biotechnology
• /
• 제38권1호
• /
• pp.87-93
• /
• 2011

SAMDC는 폴리아민 생합성 과정에서 주효소로 작용하며 항상성을 유지하기위해 정교하게 조절된다. 카네이션 SAMDC 유전자는 5'-leader sequence에 54개 아미노산으로 구성된 small uORF가 존재한다. Translation 과정을 조절하는 uORF의 작용기작을 연구하기 위하여 35S 프로모터에 SAMDC 유전자의 uORF 부위와 GUS 유전자를 재조합한 형질전환 담배 식물체를 이용하였다. 본 실험에서는 SAMDC uORF 염기서열 혹은 SAMDC uORF 단백질에 의해서 downstream GUS ORF의 translation이 억제되었다. 특히 translation 억제는 개시코돈이 point-mutation된 construct에서 효과적으로 이루어졌다. 따라서 이러한 결과는 ribosomal stalling이 translation 억제 과정에 관여한 것으로 사료된다. 개시 코돈과 종결코돈을 가진 SAMDC uORF의 아미노산 서열을 frame shift 시키면 GUS 활성이 증가하였는데 이는 translation inhibitor로서 작용할 때 아미노산 서열이 중요하다는 것을 의미하며, 결국은 SAMDC uORF의 단백질 구조가 중요하게 작용할 가능성을 제시한다. 또한 유식물과 담배 꽃 등의 in vivo 상에서도 GUS 발현을 조직화학적으로 분석했을 때 small uORF가 존재할 경우 GUS 염색이 크게 저하되었지만, 개시코돈이나 혹은 종결코돈이 제거되도록 point-mutation 시킨 construct가 도입된 형질전환식물체에서는 SAMDC uORF의 억제효과가 크게 완화 되었다. 또한 가장 중요한 관찰 결과로는 small uORF 염기서열로부터 in vitro 시스템에서 5.7 kDa의 단백질이 실제적으로 합성되었음을 관찰하였다. 폴리아민 처리 후 GUS 단백질이 억제된 결과는 uORF로부터 합성된 단백질이 폴리아민 뿐 만 아니라 translation 과정에 관여하는 다른 요소들과 상호작용을 이루어 조절될 수 있음을 암시한다.

• 미생물학회지
• /
• 제20권4호
• /
• pp.173-182
• /
• 1982

From FGSC 159 strain of Aspergillus nidulans, temperature sensitive mutants that are defective in growth and differentiation have been isolated by N-methyl-N'-nitroN-nitrosoguanidine (NTG) treatment. The optimum concentration of NTG and incubation time to get the highest mutation frequency was $100{\mu}g$ per ml and 1 hour, respectively. The survival frequency was 1%. Among the isolated mutants, five strains that were affected in early steps of differentiation were selected for further studies and named smK, smY, smB, smF, and smZ. The execution point of each mutant was determined and the growing pattern of each mutant at the restrictive temperature was observed under the microscope. Growth of mutant was arrested near at the execution point. From genetic analysis, each temperature-sensitive mutants was thought to have a single recessive gene. The genes of smK, smY, smB, smF, and smZ are linked to the chromosome VII, IV, VIII, I, and VI, respectively. It can be concluded that the genes controlling the differentiation are widely dispersed in the genome. From the results of mutant, smK, it is considered that a single gene can affect a function (functions) which act(s) at two different steps during differentiation.

• 제어로봇시스템학회:학술대회논문집
• /
• 제어로봇시스템학회 1996년도 한국자동제어학술회의논문집(국내학술편); 포항공과대학교, 포항; 24-26 Oct. 1996
• /
• pp.1161-1164
• /
• 1996

In this paper, a parameter optimization technique for a mobile robot navigation is discussed. Authors already have proposed a navigation algorithm for mobile robots with sonar sensors using fuzzy decision making theory. Fuzzy decision making selects the optimal via-point utilizing membership values of each via-point candidate for fuzzy navigation goals. However, to make a robot successfully navigate through an unknown and cluttered environment, one needs to adjust parameters of membership function, thus changing shape of MF, for each fuzzy goal. Furthermore, the change in robot configuration, like change in sensor arrangement or sensing range, invokes another adjusting of MFs. To accomplish an intelligent way to adjust these parameters, we adopted a genetic algorithm, which does not require any formulation of the problem, thus more appropriate for robot navigation. Genetic algorithm generates the fittest parameter set through crossover and mutation operation of its string representation. The fitness of a parameter set is assigned after a simulation run according to its time of travel, accumulated heading angle change and collision. A series of simulations for several different environments is carried out to verify the proposed method. The results show the optimal parameters can be acquired with this method.

• 한국환경성돌연변이발암원학회지
• /
• 제19권1호
• /
• pp.20-27
• /
• 1999

In order to know the inhibitory effect of magnesium carbonate(MgCO3) on cytotoxicity, DNA damage, mutagenicity, and cell transforming ability of nickel subsulfide, the inhibition of cell proliferation, DNA-protein crosslinks formation (DPC), HGPRT point mutation, and cell transformation were evaluated. Nickel subsulfide(Ni3S2) and magnesium carbonate as insoluble compounds were used for this study. BALB/3T3 cell, CHO-K1 cell, and C3H10T1/2 cell were used in this experiment. Exposure concentration of nickel subsulfide was 1 $\mu\textrm{g}$/ml. The concentrations of magnesium carbonate in this study were 0.6 $\mu\textrm{g}$/ml, 1.2 $\mu\textrm{g}$/ml, 2.4 $\mu\textrm{g}$/ml and the molar ratio of magnesium to nickel when exposed simultanously were 0.5, 1.0 and 2.0 respectively. The results were as follows; 1. Magnesium carbonate reduced the inhibitory effect of nickel subsulfide on cell proliferation. 2. Magnesium carbonate also reduced the effect of nickel subsulfide on DNA-protein crosslinks formation. 3. HGPRT point mutagenicity of nickel subsulfide was reduced when magnesium carbonate treated simultaneously. 4. Magnesium carbonate reduced cell transforming ability of nickel subsulfide. Conclusively, nickel subsulfide showed cytotoxicity, cell transforming ability, and mutagenicity strongly and magnesium carbonate may have protective roles in these nickel effects.

• KSII Transactions on Internet and Information Systems (TIIS)
• /
• 제9권12호
• /
• pp.4776-4798
• /
• 2015

The location selection of virtual machines in distributed cloud is difficult because of the physical resource distribution, allocation of multi-dimensional resources, and resource unit cost. In this study, we propose a multi-object virtual machine location selection algorithm (MOVMLSA) based on group information, doubly linked list structure and genetic algorithm. On the basis of the collaboration of multi-dimensional resources, a fitness function is designed using fuzzy logic control parameters, which can be used to optimize search space solutions. In the location selection process, an orderly information code based on group and resource information can be generated by adopting the memory mechanism of biological immune systems. This approach, along with the dominant elite strategy, enables the updating of the population. The tournament selection method is used to optimize the operator mechanisms of the single-point crossover and X-point mutation during the population selection. Such a method can be used to obtain an optimal solution for the rapid location selection of virtual machines. Experimental results show that the proposed algorithm is effective in reducing the number of used physical machines and in improving the resource utilization of physical machines. The algorithm improves the utilization degree of multi-dimensional resource synergy and reduces the comprehensive unit cost of resources.