Journal of the Korean Data and Information Science Society
/
v.23
no.1
/
pp.1-11
/
2012
When the microarray experiment developed, main interest was limited to detect differentially expressed genes associated with a phenotype of interest. However, as human diseases are thought to occur through the interactions of multiple genes within a same functional category, the unit of analysis of the microarray experiment expanded to the set of genes. For the phenotype of censored survival time, Gene Set Enrichment Analysis(GSEA), Global test and Wald type test are widely used. In this paper, we modified the Wald type test by adopting normal score transformation of gene expression values and developed a parametric test which requires much less computation than others. The proposed method is compared with other methods using a real data set of ovarian cancer and a simulation data set.
Kobet, Robert A.;Pan, Xiaoping;Zhang, Baohong;Pak, Stephen C.;Asch, Adam S.;Lee, Myon-Hee
Biomolecules & Therapeutics
/
v.22
no.5
/
pp.371-383
/
2014
The nematode Caenorhabditis elegans (C. elegans) offers a unique opportunity for biological and basic medical researches due to its genetic tractability and well-defined developmental lineage. It also provides an exceptional model for genetic, molecular, and cellular analysis of human disease-related genes. Recently, C. elegans has been used as an ideal model for the identification and functional analysis of drugs (or small-molecules) in vivo. In this review, we describe conserved oncogenic signaling pathways (Wnt, Notch, and Ras) and their potential roles in the development of cancer stem cells. During C. elegans germline development, these signaling pathways regulate multiple cellular processes such as germline stem cell niche specification, germline stem cell maintenance, and germ cell fate specification. Therefore, the aberrant regulations of these signaling pathways can cause either loss of germline stem cells or overproliferation of a specific cell type, resulting in sterility. This sterility phenotype allows us to identify drugs that can modulate the oncogenic signaling pathways directly or indirectly through a high-throughput screening. Current in vivo or in vitro screening methods are largely focused on the specific core signaling components. However, this phenotype-based screening will identify drugs that possibly target upstream or downstream of core signaling pathways as well as exclude toxic effects. Although phenotype-based drug screening is ideal, the identification of drug targets is a major challenge. We here introduce a new technique, called Drug Affinity Responsive Target Stability (DARTS). This innovative method is able to identify the target of the identified drug. Importantly, signaling pathways and their regulators in C. elegans are highly conserved in most vertebrates, including humans. Therefore, C. elegans will provide a great opportunity to identify therapeutic drugs and their targets, as well as to understand mechanisms underlying the formation of cancer.
Background: Genetic mutation is a significant factor in colon CA pathogenesis. Familial adenomatous polyposis (FAP) is an autosomal dominant hereditary disease characterized by multiple colorectal adenomatous polyps affecting a number of cases in the family. This report focuses on a family with attenuated familial adenomatous polyposis (AFAP) with exon 4 mutation, c.481C>T p.Q161X of the APC gene. Methods: We analyzed 20 members of a family with AFAP. Clinical and endoscopic data were collected for phenotype determination. Genetic analysis was also performed by direct sequencing of the APC gene. Result: Five patients with a phenotype of AFAP were found. Endoscopic polyposis was demonstrated among the second generation with genotype mutation of the disease (age > 50 years) consistent with delayed phenotypic adenomatous polyposis in AFAP. APC gene mutation was identified in exon 4 of the APC gene, with mutation points of c.481C>T p.Q161X. Laparoscopic subtotal colectomy was performed to prevent carcinogenesis. Conclusion: A family with attenuated familial adenomatous polyposis of APC related to exon 4 mutation, c.481C>T p.Q161X, was reported and the phenotypic finding was confirmed by endoscopic examination. Genetic mutation analysis might be advantageous in AFAP for long term colon cancer prevention and management due to subtle or asymptomatic phenotype presentation in early adulthood.
Heo, You Jung;Ko, Jung Min;Lee, Young Ah;Shin, Choong Ho;Yang, Sei Won;Kim, Man Jin;Park, Sung Sub
Annals of Pediatric Endocrinology and Metabolism
/
v.23
no.4
/
pp.220-225
/
2018
Androgen insensitivity syndrome (AIS) is a rare genetic disease caused by various abnormalities in the androgen receptor (AR). The AR is an essential steroid hormone receptor that plays a critical role in male sexual differentiation and development and preservation of the male phenotype. Mutations in the AR gene on the X chromosome cause malfunction of the AR so that a 46,XY karyotype male has some physical characteristics of a woman or a full female phenotype. Depending on the phenotype, AIS can be classified as complete, partial or mild. Here, we report 2 cases of complete AIS in young children who showed complete sex reversal from male to female as a result of AR mutations. They had palpable inguinal masses and normal female external genitalia, a blind-end vagina and absent $M{\ddot{u}}llerian$ duct derivatives. They were both 46,XY karyotype and AR gene analysis demonstrated pathologic mutations in both. Because AIS is inherited in an X-linked recessive manner, we performed genetic analysis of the female family members of each patient and found the same mutation in the mothers of both patients and in the female sibling of case 2. Gonadectomy was performed in both patients to avoid the risk of malignancy in the undescended testicles, and estrogen replacement therapy is planned for their adolescence. Individuals with complete AIS are usually raised as females and need appropriate care.
The cyclic AMP (cAMP) pathway plays a major role in growth, sexual differentiation, and virulence factor synthesis of pathogenic fungi. In Cryptococcus neoformans, perturbation of the cAMP pathway, such as a deletion in the gene encoding adenylyl cyclase (CAC1), causes defects in the production of virulence factors, including capsule and melanin production, as well as mating. Previously, we performed a comparative transcriptome analysis of the Ras- and cAMP- pathway mutants, which revealed 163 potential cAMP-regulated genes (38 genes at a 2-fold cutoff). The present study characterized the role of one of the cAMP pathway-dependent genes (serotype A identification number CNAG_ 06576.2). The expression patterns were confirmed by Northern blot analysis and the gene was designated cAMP-regulated gene 1 (CAR1). Interestingly, deletion of CAR1 did not affect biosynthesis of any virulence factors and the mating process, unlike the cAMP-signaling deficient cac1$\Delta$ mutant. Furthermore, the car1$\Delta$ mutant exhibited wild-type levels of the stress-response phenotype against diverse environmental cues, indicating that Car1, albeit regulated by the cAMP-pathway, is not essential to confer a cAMP-dependent phenotype in C. neoformans.
Kien, Trinh Hong;Oh, Ji Min;Yang, Paul;Hong, Soon Kwan;Ahn, Sang Nag
Korean Journal of Breeding Science
/
v.42
no.1
/
pp.23-27
/
2010
The objective of this study was to map the gene for reduced embryo size in rice using DNA markers. The reduced embryo size mutant was induced from N-methyl-N-nitrosourea (MNU) treated Taichung 65. Genetic analysis revealed that the phenotype of the reduced embryo was controlled by a single recessive gene, designated as re-1. For mapping the gene controlling embryo size, an $F_2$ population was developed from a cross between the Korean Tongil-type, Milyang 23 (Oryza sativa ssp. indica) and the mutant. The ratio of $F_2$ seeds nearly fitted to 3:1 ratio, indicating that this phenotype was controlled by a single recessive gene. Bulked sergeant analysis was performed with SSR markers. The gene for the reduced embryo size was detected on chromosome 1. The gene was further mapped between two SSR markers, RM315 and RM265 on chromosome 1 (approximately 1.5 Mb interval). The linked markers will facilitate selection of this grain character in a breeding program and provide the foundation for positional cloning of this gene.
The unc-29 region on the chromosome I of Caenorhabditis elegans has been mutagenized in order to obtain lethal mutations. In this screen, the uncoordinated phenotype of unc-29 (e193) mutant was used to identify any lethal mutations closely linked to the unc-29 gene, which encodes a subunit of nicotinic acetylcholine receptors. We have isolated six independent mutations (jh1 to jh6) out of approximately 5,200 ethyl methanesulfonate(EMS) treated haploids. Four of the six mutations demonstrated embryonic lethal phenotypes, while the other two showed embryonic and larval lethal phenotypes. Terminal phenotypes observed in two mutations (jh1 and jh2) indicated developmental defects specific to posterior part of embryos which appeared similar to the phenotypes observed in nob (no back end) mutants. Another mutation (jh4) resulted in an interesting phenotype of body-wall muscle degeneration at larval stage. These mutations were mapped by using three-factor crosses and deficiency mutants in this region. Here we report genetic analysis and characterization of these lethal mutations.
The activity of Rb proteins is controlled by post-translational modifications, especially through phosphorylation. Acetylation of Rb2/p130 was reported recently in NIH3T3 cells but its physiological relevance in cell cycle control and tumorigenesis is still unknown. Efforts are underway to investigate possible interplay between Rb2/p130 phosphorylation and acetylation. Here we hypothesized that Rb2/p130 acetylation, like p53 acetylation, may play a role in development of the tumor phenotype. The proposed hypothesis regarding acetylation of Rb2/p130 in tumor VS normal cells was found to be true in our case study of 36 tumor samples. Statistical analysis of results suggest strong correlation among Rb2/p130 acetylation and cancer phenotype.
Ji, Myung-Goo;Kim, Nam-Hee;Kim, Dae-Seong;Choi, Young-Chul
Annals of Clinical Neurophysiology
/
v.11
no.2
/
pp.59-63
/
2009
Miyoshi myopathy (MM) is caused by the mutations of dysferlin gene (DYSF), which impairs the function of dysferlin protein causing muscle membrane dysfunction. We report a patient showing the MM phenotype who has a sister with LGMD 2B phenotype, along with the results of the immunohistochemical and molecular analyses of the DYSF gene. Immunohistochemical analysis noted negative immunoreactivity against dysferlin. Direct DNA sequencing of whole exons of DYSF gene revealed heterozygous nonsense mutations (c.610C>T + c.2494C>T). To our knowledge, this is the first reported MM case with this very combination of heterozygous mutations.
Familial hypokalemic periodic paralysis is an autosomal-dominant channelopathy characterized by episodic muscle weakness with hypokalemia. The respiratory and cardiac muscles typically remain unaffected, but we report an atypical case of a family with hypokalemic periodic paralysis in which the affected members presented with frequent respiratory insufficiency during severe attacks. Molecular analysis revealed a heterozygous c.664 C>T transition in the sodium channel gene $SCN4A$, leading to an Arg222Trp mutation in the channel protein. The patients described here presented unusual clinical characteristics that included a severe respiratory phenotype, an incomplete penetrance in female carriers, and a different response to medications.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.