• 제목/요약/키워드: Percentage of Substitution

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Association between HSP70 Genotypes and Oocytes Development on In vitro Maturation/Fertilization in Pig

  • Wee, M.S.;Park, C.K.;Cho, S.R.;Lee, S.S.;Yeon, S.H.;Kim, C.D.;Cho, C.Y.;Choi, S.H.;Sang, B.D.;Son, D.S.;Li, Z.D.;Jin, H.J.
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제21권10호
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    • pp.1404-1410
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    • 2008
  • This study was performed to clarify whether the variation of stress related heat shock protein 70 (HSP70) (GenBank X68213) gene was associated with the nuclear morphological change of in vitro maturation and in vitro capacitation in oocytes of pig ovaries obtained at the slaughterhouse. The nucleic acid substitution of C to G at the 483rd position was found out in HSP70 K1 (290-512) from X68213. The ovaries were categorized into CC, CG, and GG genotypes using polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) (BsiHKA I). After the second in vitro maturation of immature fresh oocytes, the relation of nuclear morphological change in oocytes with the genotype of HSP70 K1 gene was such that the MII ratios of the genotype GG and CG (46.93% and 42.20%, respectively) were significantly higher than that of the CC genotype (10.71%) (p<0.05). With respect to in vitro maturation of frozen-thawed oocytes by an open pulled straw (OPS) method, the percentage of oocytes matured to MII stage of the CG genotype showed a higher trend than CC and GG genotypes. After the in vitro maturation of immature fresh oocytes and frozen-thawed oocytes by the OPS method, the relation of the pronuclei change in oocytes matured in vitro with HSP70 genotype was assessed, and the result showed that the enlarged sperm heads (ESH) of matured fresh oocytes and frozen-thawed oocytes were 80.0% and 60.0% in the CC genotype, respectively. The CC genotype group had a significantly higher rate of ESH than the CG and the GG genotype group (p<0.05). The ratios of polyspermic invasion were not different among HSP70 of the three genotypes. It was considered that the rate of in vitro maturation of fertilized oocytes was expected to differ according to genotype of the stress related gene.

돼지 심장으로부터 획득한 수리미유사물이 프랑크푸르트 소시지의 품질에 미치는 영향 (Influence of Surimi-like Material (SLM) from Pig Heart on Quality of Frankfurter Sausage)

  • 문성실;강근호;양한술;박구부;주선태
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제48권3호
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    • pp.435-442
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    • 2006
  • 돼지 심장근육으로부터 획득한 수리미유사물을 프랑크푸르트 소시지 제조시 원료육에 5%와 10%로 대체 첨가할 경우 제품의 품질에 미치는 영향을 알아보았다. 대조구와 비교해서 수리미유사물의 대체처리구가 가열 전 페티상태에서의 수분과 지방 함량에 차이를 나타내지 않았지만 단백질 함량은 감소하였다. 대조구의 pH는 수리미유사물 5% 대체 첨가와 유의적인 차이를 보이지 않았지만, 10% 대체 첨가구에 비해 유의적으로(P<0.05) 높게 나타났다. 반면에, 대조구의 가열수율은 수리미유사물 5% 대체 첨가구와 유의적인 차이를 보이지 않았지만, 10% 대체 첨가구에 비해 유의적으로(P<0.05) 낮게 나타났다. 조직감의 비교에서, 수리미유사물의 대체 첨가가 우육과 돈육의 반막양근으로부터 만들어진 소시지의 경도와 씹힘성을 감소시키는 효과를 가진 것으로 나타났으며, 관능평가에서도 연한 것으로 나타났다. 이러한 결과는 제품의 외관, 색, 풍미 등과 함께 평가된 전체적인 기호성의 증가에도 영향을 미치는 것으로 나타났다. 그러나 수리미유사물 5%와 10% 대체 처리구간에는 통계적인 차이를 나타내지 않았다. 이상의 결과를 종합하면 경제적 측면을 감안할 때, 프랑크푸르트 제조시 값비싼 원료육의 비용절감 차원에서 값싼 돼지 심장근육으로부터 수시미유사물을 추출하여 원료육의 10%까지 대체 첨가는 부분적으로 가능한 것으로 사료된다. 반면에 돼지 심장근육으로부터 추출한 수리미유사물을 프랑크푸르트 소시지 제조시 이용할 경우 소 심장근육과 달리 낮은 가열감량을 보였는데 이에 대한 보다 더 많은 연구가 필요할 것으로 판단된다.

Sequence variation of necdin gene in Bovidae

  • Peters, Sunday O.;Donato, Marcos De;Hussain, Tanveer;Rodulfo, Hectorina;Babar, Masroor E.;Imumorin, Ikhide G.
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제60권12호
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    • pp.32.1-32.10
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    • 2018
  • Background: Necdin (NDN), a member of the melanoma antigen family showing imprinted pattern of expression, has been implicated as causing Prader-Willi symptoms, and known to participate in cellular growth, cellular migration and differentiation. The region where NDN is located has been associated to QTLs affecting reproduction and early growth in cattle, but location and functional analysis of the molecular mechanisms have not been established. Methods: Here we report the sequence variation of the entire coding sequence from 72 samples of cattle, yak, buffalo, goat and sheep, and discuss its variation in Bovidae. Median-joining network analysis was used to analyze the variation found in the species. Synonymous and non-synonymous substitution rates were determined for the analysis of all the polymorphic sites. Phylogenetic analysis were carried out among the species of Bovidae to reconstruct their relationships. Results: From the phylogenetic analysis with the consensus sequences of the studied Bovidae species, we found that only 11 of the 26 nucleotide changes that differentiate them produced amino acid changes. All the SNPs found in the cattle breeds were novel and showed similar percentages of nucleotides with non-synonymous substitutions at the N-terminal, MHD and C-terminal (12.3, 12.8 and 12.5%, respectively), and were much higher than the percentage of synonymous substitutions (2.5, 2.6 and 4.9%, respectively). Three mutations in cattle and one in sheep, detected in heterozygous individuals were predicted to be deleterious. Additionally, the analysis of the biochemical characteristics in the most common form of the proteins in each species show very little difference in molecular weight, pI, net charge, instability index, aliphatic index and GRAVY (Table 4) in the Bovidae species, except for sheep, which had a higher molecular weight, instability index and GRAVY. Conclusions: There is sufficient variation in this gene within and among the studied species, and because NDN carry key functions in the organism, it can have effects in economically important traits in the production of these species. NDN sequence is phylogenetically informative in this group, thus we propose this gene as a phylogenetic marker to study the evolution and conservation in Bovidae.

수산가공공장폐액의 등절점이동 응집처리에 의한 유용성불재회수이용 -3. 회수지방의 가공식품소재로서의 이용- (Recovery and Utilization of Proteins and Lipids from the Washing Wastewater in Marine Manufacture by Isoelectric Point Shifting Precipitation Method -3. Utilization of the Recovered Lipids as the Material for a Processed Food-)

  • 서재수;조순영;손광태;이응호
    • 한국수산과학회지
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    • 제28권2호
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    • pp.157-162
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    • 1995
  • 냉동고기풀 제조공정중 나오는 수세폐액내 잔존지방을 등전점이동응집처리법으로 효율적으로 회수한 뒤, 적절히 정제하여 식품가공소재로서의 이용가능성 타진을 시도하였다. 1. 등전점이동응집처리에 의한 수세폐액내 지방의 회수율은 처리 원료 육내 지방함량 기준으로 $33.6\%$정도이었고, 회수과정중에 다소 지방산화가 진행되었으나 이후의 정제 공정으로 그 산화생성물을 거의 제거할 수 있었다. 2. 회수 정제한 지방의 조성은 모노엔산 $34.0\%$, 폴리엔산 $32.4\%$ 및 포화산 $33.6\%$의 비율이었으며, 주요구성지방산은 $C_{16:0},\;C_{18:0},\;C_{16:1},\;C_{20:5}$$C_{22:6}$ 등이었다. 3. 마요네즈제조시 회수 정제한 기름을 주원료인 대두유에 대해 부분적으로 대체 첨가해 본 결과, 점도, 색조 및 유화안정성면에서 일부 미약하게 느껴지는 어취만 보완한다면 $30\%$까지 대체 첨가가 가능하리라 생각된다. 이상의 결과로 미루어 고등어육 고기풀제조시 필연적으로 나오는 수세액에 대해 등전점이동응집처리를 행하여 잔존유지를 회수하여 정제함으로써 마요네즈 제조용 원료유지의 대체원으로서 충분히 이용가능함을 알 수 있었다

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Substituting Bakery Waste for Barley Grains in Fattening Diets for Awassi Lambs

  • Hindiyeh, M.Y.;Haddad, S.G.;Haddad, S.K.
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제24권11호
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    • pp.1547-1551
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    • 2011
  • Bakery waste (BW) is much cheaper than barley (20 to 40% the price of barley). Bakery waste and barley grain have similar chemical composition; they contain 99 and 97% organic matter (OM), 1.1 and 1.8% fat, 18 and 15% neutral detergent fibre (NDF) and 14.0 and 14.5% crude protein (CP), respectively (DM basis). The objectives of this study were to determine the effect of substituting BW for barley grain in high concentrate fattening diets for lambs on nutrient intake, growth and carcass characteristics. Forty Awassi lambs (21.75${\pm}$1 kg) weaned at the age of 65 days were assigned randomly to four experimental fattening diets differing in BW ratio in a completely randomized design. The control diet (CON) contained 20, 60, 11, 7, and 2% (DM basis) wheat straw, barley grain, soybean meal, corn grain, and minerals and vitamin mix, respectively. Bakery waste substituted barley grain by 10, 20 and 30% of the diet DM in the LBW, MBW and HBW diets, respectively. The experiment lasted for 56 days. Dry matter intake (DMI) decreased (p<0.05) in LBW diet compared to the CON diet by approximately 10%. No further reduction in DMI was observed with the higher substitution levels. Metabolizable energy intake for the CON diet (3.6 Mcal/d) was also reduced (p<0.05) compared with LBW, MBW and HBW diets (3.4, 3.4 and 3.3 Mcal/d, respectively). Final body weight for lambs fed the CON diet (34.8 kg) was higher (p<0.05) compared with lambs fed the LBW, MBW and HBW diets (30.6, 32.0 and 31.1 kg, respectively). Growth rate for lambs fed the CON diet (232 g/d) was also higher (p<0.05) compared to lambs fed the LBW, MBW and HBW diets (170, 189, and 167 g/d, respectively). Feed to gain ratio was higher (p<0.05) for lambs fed the LBW, MBW and HBW diets (7.2, 6.6 and 7.3, respectively) compared with lambs that consumed the CON diet (5.7). Body weight gain cost was reduced by approximately 8% by the MBW and HBW diets as compared with the CON diet. Dressing percentage, full gut weight, empty gut weight and liver weights were all unaffected by the BW addition to the diets and averaged 48.9%, 6.8 kg, 2.8 kg and 0.444 kg, respectively. However, fat tail weight was increased (p<0.05) with the higher levels of the BW inclusion. In conclusion, substituting BW for barley grain reduced DMI and growth performance. However, when BW substituted barley grain at the 20 and 30% of the diet DM, body weight gain cost was reduced by approximately 8%.

Potential influence of κ-casein and β-lactoglobulin genes in genetic association studies of milk quality traits

  • Zepeda-Batista, Jose Luis;Saavedra-Jimenez, Luis Antonio;Ruiz-Flores, Agustin;Nunez-Dominguez, Rafael;Ramirez-Valverde, Rodolfo
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제30권12호
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    • pp.1684-1688
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    • 2017
  • Objective: From a review of published information on genetic association studies, a meta-analysis was conducted to determine the influence of the genes ${\kappa}-casein$ (CSN3) and ${\beta}-lactoglobulin$ (LGB) on milk yield traits in Holstein, Jersey, Brown Swiss, and Fleckvieh. Methods: The GLIMMIX procedure was used to analyze milk production and percentage of protein and fat in milk. Models included the main effects and all their possible two-way interactions; not estimable effects and non-significant (p>0.05) two-way interactions were dropped from the models. The three traits analyzed used Poisson distribution and a log link function and were determined with the Interactive Data Analysis of SAS software. Least square means and multiple mean comparisons were obtained and performed for significant main effects and their interactions (p<0.0255). Results: Interaction of breed by gene showed that Holstein and Fleckvieh were the breeds on which CSN3 ($6.01%{\pm}0.19%$ and $5.98%{\pm}0.22%$), and LGB ($6.02%{\pm}0.19%$ and $5.70%{\pm}0.22%$) have the greatest influence. Interaction of breed by genotype nested in the analyzed gene indicated that Holstein and Jersey showed greater influence of the CSN3 AA genotype, $6.04%{\pm}0.22%$ and $5.59%{\pm}0.31%$ than the other genotypes, while LGB AA genotype had the largest influence on the traits analyzed, $6.05%{\pm}0.20%$ and $5.60%{\pm}0.19%$, respectively. Furthermore, interaction of type of statistical model by genotype nested in the analyzed gene indicated that CSN3 and LGB genes had similar behavior, maintaining a difference of more than 7% across analyzed genotypes. These results could indicate that both Holstein and Jersey have had lower substitution allele effect in selection programs that include CSN3 and LGB genes than Brown Swiss and Fleckvieh. Conclusion: Breed determined which genotypes had the greatest association with analyzed traits. The mixed model based in Bayesian or Ridge Regression was the best alternative to analyze CSN3 and LGB gene effects on milk yield and protein and fat percentages.

Minimac3와 Beagle 프로그램을 이용한 한우 770K chip 데이터에서 차세대 염기서열분석 데이터로의 결측치 대치의 정확도 분석 (Imputation Accuracy from 770K SNP Chips to Next Generation Sequencing Data in a Hanwoo (Korean Native Cattle) Population using Minimac3 and Beagle)

  • 안나래;손주환;박종은;채한화;장길원;임다정
    • 생명과학회지
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    • 제28권11호
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    • pp.1255-1261
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    • 2018
  • DNA 염기서열의 발전과 많은 단일염기서열변이 정보(Single Nucleotide polymorphism, SNP)의 발굴은 유전 분석을 가능하게 만들었다. 단일염기서열변이 정보가 사람의 유전체뿐만 아니라 가축의 유전체에서도 이용할 수 있게 됨에 따라서 SNP 칩 마커를 통해 유전자형의 분석이 가능하게 되었다. 여러 유전자형 대치프로그램 중에서도 Minimac3 소프트웨어는 비교적 정확성이 높고, 계산의 효율성을 위해 분석을 단순화하여 유전자형의 결측치 대치 분석 시간을 단축시킨다. 따라서 본 연구에서는 Minimac3 프로그램을 사용하여 한우 1,226두 770K SNP 칩 데이터와 311두 차세대 염기서열분석 데이터를 이용하여 유전자형 결측치 대치를 실행해 보았다. 그 결과 염색체별 정확도는 약 94~96%의 정확도를 나타냈으며, 개체별 정확도는 약 92~98%의 정확도를 나타냈다. 유전자형의 결측치 대치의 완료 후, R Square ($R^2$) 값이 0.4 이상인 SNP는 총 SNP의 약 91%였다. $R^2$ 값이 0.6 이상인 SNP는 84%였으며, $R^2$ 값이 0.8 이상인 SNP는 70%였다. 대립유전자형빈도 차이를 기준으로 (0, 0.025), (0.025, 0.05), (0.05, 0.1), (0.1, 0.2), (0.2, 0.3), (0.3, 0.4), (0.4, 0.5)의 7구간에 해당하는 $R^2$ 값은 64~88%였다. 결측치 대치의 총 분석 시간은 약 12시간이 걸렸다. 추후의 유전체 데이터 세트의 크기와 복잡성이 증가하는 SNP 칩 연구에서 Minimac3를 사용한 유전체 결측치 대치법은 한우의 판별에 있어서 칩 데이터의 신뢰도를 향상 시킬 수 있을 것으로 본다.

9-(4-$[^{18}F]Fluoro-3-hydroxymethylbutyl)$guanine $([^{18}F]FHBG)$의 합성과 헤르페스 단순 바이러스 티미딘 키나아제 이입 간암 세포주에서의 기초 연구 (Synthesis and Preliminary Evaluation of $9-(4-[^{18}F]Fluoro-3-hydroxymethylbutyl)$ Guanine $([^{18}F]FHBG)$ in HSV1-tk Gene Transduced Hepatoma Cell)

  • 문병석;이태섭;이명근;이교철;안광일;전권수;오옥두;지대윤;최창운;임상무;천기정
    • Nuclear Medicine and Molecular Imaging
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    • 제40권4호
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    • pp.218-227
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    • 2006
  • 목적 : 헤르페스 심플렉스 1형 바이러스 티미딘 키나제(Herpes simplex virus type 1 thymidine kinase. HSV1-tk) 유전자는 보고 유전자로서 필요한 조건뿐만 아니라 별도의 치료 유전자를 따로 이입할 필요가 없다는 장점을 가지고 있어 유전자 영상과 치료에서 가장 널리 사용되는 유전자이다. 본 연구에서는 간암세포주에서 HSV1-tk 보고 유전자 발현을 비침습적 PET 영상으로 평가하는데 있어서 $9-(4-[^{18}F]Fluoro-3-hydroxymethylbutyl)$guanine ($[^{18}F]FHBG$)의 유용성을 평가하고자 하였다. 대상 및 방법 : $[^{18}F]FHBG$는 triester로부터 8단계를 거쳐 합성하였다. $[^{18}F]FHBG$는 전구체로 N2-monomethoxytrityl-9-[4-(tosyl)-3-monomethoxytritylmethylbutyl]guanine를 사용하고 kyptofix [2.2.2.]를 이용한 친핵성 반응으로 $120^{\circ}C$에서 20분 동안 반응한 후에 1 N HCl로 보호기를 제거함으로써 합성하였다. HSV1-tk 보고 유전자가 이입되어 있는 세포주인 MCA-tk와 이입되지 않은 MCA 세포주를 이용하여 in vitro 상에서의 $[^{18}F]FHBG$의 섭취 및 방출 실험을 실시하였으며 섭취량과 발현량의 상관성 평가를 위해 세포수 백분율에 따른 섭취실험을 실시하였다. In vivo 상에서의 평가를 위하여 피하 종양 형성 동물모델을 이용하여 microPET생체영상을 획득하였다. 결과: 합성된 $[^{18}F]FHBG$를 역상 HPLC를 사용하여, 머무름 시간 16-18분에서 분리하였다. 반감기를 고려한 방사화학적 수율은 20-25%, 방사화학적 순도는 95% 이상이었으며 비방사능은 55.0 $GBq/{\mu}\;mol$ 이상이었다. HSV1-tk 유전자가 이입된 MCA-tk 세포에서는 특이적인 $[^{18}F]FHBG$의 집적이 발생하였으며 대조군인 MCA에서는 거의 집적이 이루어지지 않았다. 또한, 방출 실험에서 방출 후 1시간 경과까지 86% 이상의 $[^{18}F]FHBG$가 세포내에 잔류하였다. MCA-tk 세포주의 비율이 증가함에 따라 $[^{18}F]FHBG$의 섭취량도 직선적 상관관계($R^2=0.995$)에 따라 증가하여 기질의 섭취량이 유전자 발현량을 잘 반영하고 있음이 확인되었다. MicroPET을 이용한 생체영상에서도 MCA와 MCA-tk 에서 확연한 집적의 차이를 보여주었다. 결론: 간암세포주에서 HSV1-tk 유전자의 발현 정도와 지속성 그리고 위치를 확인하기 위한 비침습적 PET 영상을 위한 기질로서 $[^{18}F]FHBG$는 매우 유용할 것으로 기대된다.