본 논문에서는 질병과 연관성을 갖는 국소 공간 군집을 검출할 수 있는 벌칙 가능도 방법을 제안한다. 핵심적인 계산 알고리즘은 Tibshirani와 Taylor (2011)에 의해 제안된 일반화된 라소(generalized lasso)에 기반한다. 제안된 방법은 현재 널리 사용되고 있는 국소 공간 군집 방법인 Kulldorff의 기법에 비해 두가지 주요 장점을 가지고 있다. 첫째로, 제안된 방법은 사전에 군집의 크기를 미리 결정해 줄 필요가 없다. 둘째로, 임의의 설명변수를 공간 군집 탐색 기법에 고려할 수 있기 때문에 인구학적인 변수를 보정하였을 때 나타나는 국소 공간 군집을 찾는 것이 가능하다. 우리는 제안된 방법을 서울시 결핵 자료를 사용하여 설명한다.
PEM 알고리즘은 패널티 함수가 초월함수 형태일 때에는 반복알고리즘을 전개할 수 가 없다. 하지만, OSL 알고리즘은 복잡한 초월함수 형태의 패널티 함수가 주어지더라도 쉽게 반복 알고리즘이 유도되는 장점을 갖는다. 그러나 이 알고리즘은 패널티 로그-우도를 증가시키는 평활상수의 수렴영역이 제한적이어서 디지털 화상복원시 다양한 평활상수 값을 부여할 수 없기 때문에 최적의 복원화상을 얻을 수 가 없다. 본 논문에서는 OSL 알고리즘의 단점을 해결하기 위해서, 수렴 허용 범위가 확대된 평활상수를 갖는 알고리즘을 제시하고 그 수렴성질을 밝히며, 화상실험을 통해 제안된 알고리즘의 유용성을 밝힌다.
주어진 회귀자료에 유한혼합회귀모형을 적합하는 경우 적절한 성분의 수를 선택하고 선택된 각각의 회귀모형에서 의미있는 예측변수들의 집합을 선택하며 동시에 편의와 변동이 작은 회귀계수 추정치들을 얻는 것은 매우 중요하다. 본 연구에서는 혼합선형회귀모형에서 성분의 개수와 회귀계수에 벌점함수를 적용하여 적절한 성분의 수와 각 성분의 회귀모형에 필요한 설명변수들을 동시에 선택하는 방법을 제시하였다. 성분에 대한 벌점은 성분들의 로그값에 SCAD 벌점함수를 적용하였고 회귀계수들에는 SCAD와 더불어 MCP 및 Adplasso 벌점함수들을 사용하여 가상자료와 실제자료들에 대한 결과를 비교하였다. SCAD-SCAD 벌점함수 조합과 SCAD-MCP 조합의 경우 기존의 Luo 등 (2008)의 방법에서 문제가 되었던 과적합 문제를 해결함과 동시에 선택된 성분의 수와 회귀계수들을 효과적으로 선택하였으며 회귀계수들의 추정치에 대한 편의도 크지 않았다. 본 연구는 성분의 수가 알려져 있지 않은 회귀자료에서 적절한 성분의 수와 더불어 각 성분에 대한 회귀모형에서 모형에 필요한 예측변수들을 동시에 선택하는 방법을 제시하였다는데 의미가 있다고 하겠다.
고차원 유전체 자료를 사용하는 유전체 연관 분석에서는 벌점 우도함수 기반의 회귀계수 규제화 방법이 질병 및 표현형질에 영향을 주는 유전자를 발견하는데 많이 이용된다. 특히, 네트워크 기반의 규제화 방법은 유전체 연관성 연구에서의 유전체 경로나 신호 전달 경로와 같은 생물학적 네트워크 정보를 사용할 수 있으므로, Lasso나 Elastic-net과 같은 다른 규제화 방법들과 비교했을 경우 네트워크 기반의 규제화 방법이 보다 더 정확하게 관련 유전자들을 찾아낼 수 있다는 장점을 가지고 있다. 그러나 네트워크 기반의 규제화 방법은 그룹 구조를 갖고 있는 고차원 유전체 자료에는 적용시킬 수 없다는 문제점을 가지고 있다. 실제 SNP 데이터와 DNA 메틸화 데이터처럼 대다수의 고차원 유전체 자료는 그룹 구조를 가지고 있으므로 본 논문에서는 이러한 그룹 구조를 가지고 있는 고차원 유전체 자료를 분석하고자 네트워크 기반의 규제화 방법에 주성분 분석(principal component analysis; PCA)과 부분 최소 자승법(partial least square; PLS)과 같은 차원 축소 방법을 결합시키는 새로운 분석 방법을 제안하고자 한다. 새롭게 제안한 분석 방법은 몇 가지의 모의실험을 통해 변수 선택의 우수성을 입증하였으며, 또한 152명의 정상인들과 123명의 난소암 환자들로 구성된 고차원 DNA 메틸화 자료 분석에도 사용하였다. DNA 메틸화 자료는 대략 20,000여개의 CpG sites가 12,770개의 유전자에 포함되어 있는 그룹 구조를 가지고 있으며 Illumina Innium uman Methylation27 BeadChip으로부터 생성되었다. 분석 결과 우리는 실제로 암에 연관된 몇 가지의 유전자를 발견할 수 있었다.
Kim, Yoo Jinie;Choi, Sung Hwan;Oh, Sohee;Sohn, Jin A;Jung, Young Hwa;Shin, Seung Han;Choi, Chang Won;Kim, Ee-Kyung;Kim, Han-Suk;Kim, Beyong Il;Lee, Jin A
Neonatal Medicine
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제25권4호
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pp.161-169
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2018
Purpose: We assessed the influence of antenatal corticosteroid (ACS) on the inhospital outcomes of intrauterine growth restriction (IUGR) infants. Methods: A retrospective study was conducted with singletons born at $23^{+0}$ to $33^{+6}weeks$ of gestation at Seoul National University Hospital from 2007 to 2014. We compared clinical outcomes between infants who received ACS 2 to 7 days before birth (complete ACS), at <2 or >7 days (incomplete ACS), and those who did not receive ACS in IUGR and AGA infants. Multivariate logistic regression using Firth's penalized likelihood was performed. Results: 304 neonates with 91 IUGR neonates were eligible. Among AGA neonates, mortality (adjusted odds ratio [aOR], 0.13; 95% confidence interval [CI], 0.02 to 0.78), hypotension within 7 postnatal days (aOR, 0.20; 95% CI, 0.06 to 0.64), and severe bronchopulmonary dysplasia (BPD) or death (aOR, 0.24; 95% CI, 0.07 to 0.77) were lower in complete ACS group after adjusting for pregnancy induced hypertension and uncontrolled preterm labor. Mortality (aOR, 0.18; 95% CI, 0.04 to 0.78), hypotension (aOR, 0.26; 95% CI, 0.09 to 0.70), and severe BPD or death (aOR, 0.33; 95% CI, 0.12 to 0.92) were also lower in the incomplete ACS group. Among IUGR infants, after adjusting for birth weight and 5-minute Apgar score, inhaled nitric oxide use within 14 postnatal days was lower in both complete ACS (aOR, 0.07; 95% CI, 0.01 to 0.67) and incomplete ACS (aOR, 0.04; 95% CI, 0.01 to 0.37) groups. Conclusion: ACS was not effective in reducing morbidities in IUGR preterm infants.
Seong Bin Youn;Gyojun Hwang;Hyun-Gon Kim;Jae Seong Kang;Hyung Cheol Kim;Sung Han Oh;Mi-Kyung Kim;Bong Sub Chung;Jong Kook Rhim;Seung Hun Sheen
Journal of Korean Neurosurgical Society
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제66권5호
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pp.536-542
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2023
Objective : Surgical site infection is the most detrimental complication following cranioplasty. In other surgical fields, intrawound vancomycin powder application has been introduced to prevent surgical site infection and is widely used based on results in multiple studies. This study evaluated the effect of intrawound vancomycin powder in cranioplasty compared with the conventional method without topical antibiotics. Methods : This retrospective study included 580 patients with skull defects who underwent cranioplasty between August 1, 1998 and December 31, 2021. The conventional method was used in 475 (81.9%; conventional group) and vancomycin powder (1 g) was applied on the dura mater and bone flap in 105 patients (18.1%; vancomycin powder group). Surgical site infection was defined as infection of the incision, organ, or space that occurred after cranioplasty. Surgical site infection within 1-year surveillance period was compared between the conventional and vancomycin powder groups with logistic regression analysis. Penalized likelihood estimation method was used in logistic regression to deal with zero events. All local and systemic adverse events associated with topical vancomycin application were also evaluated. Results : Surgical site infection occurred in 31 patients (5.3%) and all were observed in the conventional group. The median time between cranioplasty and detection of surgical site infection was 13 days (range, 4-333). Staphylococci were the most common organisms and identified in 25 (80.6%) of 31 cases with surgical site infections. The surgical site infection rate in the vancomycin powder group (0/105, 0.0%) was significantly lower than that in the conventional group (31/475, 6.5%; crude odds ratio [OR], 0.067; 95% confidence interval [CI], 0.006-0.762; adjusted OR, 0.068; 95% CI, 0.006-0.731; p=0.026). No adverse events associated with intrawound vancomycin powder were observed during the follow-up. Conclusion : Intrawound vancomycin powder effectively prevented surgical site infections following cranioplasty without local or systemic adverse events. Our results suggest that intrawound vancomycin powder is an effective and safe strategy for patients undergoing cranioplasty.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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