• 제목/요약/키워드: Pattern identification

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Polymerase chain reaction에 의한 동물 유래 피부사상균 DNA의 검출 (Detection of DNA from Dermatophytes by Polymerase Chain Reaction)

  • 김영욱;여상건;최원필
    • 대한수의학회지
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    • 제42권3호
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    • pp.363-370
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    • 2002
  • For the development of diagnostic polymerase chain reaction (PCR) to fungal infection by dermatophytes Trichophyton and Microsporum, detection of the fungal DNA by PCR and analysis of the DNA pattern were undertaken in the present study. A total of 15 strains were tested and those consisted of 3 reference strains and 12 isolates such as: reference strains of T mentagrophytes (downy type, ATCC 9533), T rubrum (IFO 6204) and M gypseum (ATCC 9083), and each isolate of T mentogrophytes (powdery type), T mentagrophytes (granular type), T mentogrophytes (purple-red type), T rubrum, T raubitschekii, T tonsurans, T equinum, T ajelloi, T verrucosum, M cookei, M nanum and M gypseum. The DNA were purely isolated from all strains of Trichophyton spp. and Microsporum spp. by a simple method partly consisted of disruption of fungal cells by lyophilization and grinding and extraction of fungal DNA without phenol treatment which is a routine procedure in DNA isolation. For the detection of fungal DNAs, optimal condition of PCR was determined as preheating once at $94^{\circ}C$ for 5 min, 35 cycles of denaturation at $94^{\circ}C$ for 1 min, annealing at $38^{\circ}C$ for 1 min and polymerization at $72^{\circ}C$ for 2 min, and 1 cycle of final extension at $72^{\circ}C$ for 5 min. In PCR using arbitrary primers AP-1 (5' ACCCGACCTG3') and AP-2 (5' ACGGGCCAGT3'), DNAs in various numbers and sizes were detected from different species of Trichophyton and Microsporum, while DNAs in similar size were also detected in all strains of Trichophyton spp. and Microsporum spp. There were unique DNAs observed from certain dermatophytes by AP-1 such as 1,900 bases in T rubrum, 950 and 1,100 bases in T raubitscheldi, 2,100 bases in T equinum, 400 bases in T verrucosum and 1,150 bases in M gypseum. The unique DNAs were also observed by AP-2 such as 1,200 bases in T ajelloi, 250 bases in T verrucosum, 1,150 bases in M cookei and 2,000 bases in M nanum. The results indicated that PCR can detect a specific DNA from certain Trychophyton and Microsporum spp, which can be the information for further development of diagoomc PCR to dennatophytes.

한국형 Streptococcus mutans의 분리 및 동정 (Isolation and Identification of Korean type Streptococcus mutans)

  • 현성희;장성렬;최영길
    • 미생물학회지
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    • 제27권3호
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    • pp.250-258
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    • 1989
  • 한국사람으로부터 치마우식증의 원인규능로 알려진 S. mutans를 분리, 동정하였고, 이들과 기존의 실험실균주간의 생리 및 생화학적 특성과 이들이 합성하는 다당류의 구성당을 비교하였다. 분리배지인 MS. MST와 선택배지인 MSP. MSPT. MSB 그리고 MSBT에서 모두 생장하고, mannitol dehydrogenase를 분비하는 균주 108, 110 및 120이 S. mutans로 분리, 동정되었다. 분리균주와 기존의 실험실균주간의 생리 및 생화학적 특성을 비교한 결과, 본 연구에서 분리한 3균주 모두 기존의 실험실균주와는 달리 hippuraterktnqnsgogyth를 가지고 있었다. 또한 균주 108은 lactose 발효 능력이, 균주 110은 sorbitol, lactose, inulin, melibiose, raffinose 발효능력이 , 균주 120은 inulin. raffinose 발효능력이 없는 것으로 나타나 기존의 실험 실균주와는 물론 이들 각각도 다른 생리 및 생화학적 특성을 나타내었다. 상기의 결과와 같이 분리균주 108, 110 그리고 120은 생리, 생화학적 특성 및 자당으로부터 합성되는 glucan의 양에 있어서도 기존의 실험실균주와 다르게 나타나 이들을 각각 한국형 S. mutans KHC108, KHCH10, KHC120이라 명명하였다.

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서울 시내 PC방(Internet Cafe)의 세균분포와 항생제 내성 양상 (Bacterial Distribution and Antimicrobial Resistance Pattern of PC Room(Internet Cafe))

  • 윤지희;백한주;진한주;손예원;곽선영;양환진;홍은경;최성숙;하남주
    • 미생물학회지
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    • 제41권3호
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    • pp.183-187
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    • 2005
  • 본 연구는 PC방의 세균 오염 실태를 조사하기 위한 목적으로 2004년 7월${\~}$12월까지 서울시내에 있는 PC방(Internet Cafe)들 중에서 34곳을 표본으로 선정하여 연구를 수행하였다. 총 세균수를 측정한 결과, 키보드에서는 $9.0{\times}10^4$ CFU/ml, 마우스에서는 $2{\times}10$ CFU/ml, 그리고 화장실 손잡이에서는 $5{\times}10^3$ CFU/ml의 세균이 검출되었다. 이는 화장실 손잡이보다 키보드와 마우스에서 세균에 대한 오염정도가 더 심한 것을 의미한다. PC방에서 항생제에 대한 내성을 지닌 7개의 균주를 분리해 내었는데, 2개의 균주는 methicillin과 erythromycin에 대한 내성을 나타내었고, 5개의 균주는 gentamicin, ampicllin, cefotaxim, chloramphenicol에 대해서 내성을 나타내었다. 이들 균주들을 동정한 결과, 2 균주는 Staphylococcus aureus로 동정되었고, 4 균주는 Actinobacillus ureae로 동정되었으며. 나머지 1개의 균주는 Pasteurella multocida로 동정되었다. Pasteurella multocida와 Actinobacillus ureae는 잠재적인 병원균으로 이전에 Pasteurella ureae로 알려졌던 Actinobacillus ureae는 인간의 상부 호흡기에 드물게 공생하는 것으로 알려졌으며, Pasteurella multocida는 많은 가축의 비인두강 안에 존재하는 평범한 정상 균총을 구성하는 세균인 것으로 알려졌다. 항생제 내성에 대한 연구 결과 Staphylococcus aureus는 erythromycin과 methicillin의 혼합제에 대해서 $100\;{\mu}g/ml$ 이상의 높은 항생제 내성을 나타내었고, Pasteurella multocida와 Actinobacillus ureae는 gentamicin, ampicillin 에 대하여 $100\;{\mu}g/ml$ 이상의 높은 항생제 내성이 있음을 알 수 있었다.

조명 정규화를 통한 정맥인식 성능 향상 기법 (A Method for Improving Vein Recognition Performance by Illumination Normalization)

  • 이의철
    • 한국정보통신학회논문지
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    • 제17권2호
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    • pp.423-430
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    • 2013
  • 최근 손등이나 손바닥, 손가락의 정맥 혈관 패턴정보를 이용하여 개인을 인증하는 기술은 훼손, 복제 및 위조가 불가능하다는 장점으로 인해 연구가 활발하게 진행 중이다. 정맥영상은 피부층과 내부 골격등에 의한 빛의 산란 및 불균일한 내부 조직 때문에 정맥 영역이 뚜렷하게 나타나지 않아, 영상처리 방법을 통해 정맥 영역을 정확하게 분리하는 것이 어렵다. 특히 한 장의 영상에서도 밝기가 균일하지 않아서 지역 영역 단위로 다른 이진 임계치를 사용함으로 인해 처리시간이 오래 걸리고 혈관의 불연속면이 발생한다는 문제가 있다. 이를 해결하기 위해 본 논문에서는 조명 정규화 기반의 고속 정맥 영역 추출 방법을 제안한다. 본 연구는 기존의 방법에 비해 다음과 같은 장점을 가지고 있다. 첫째, 정맥영상의 불균일한 조명을 제거하기 위해 저역통과필터를 통해 조명 성분을 취득하고 이를 통해 조명성분이 균일한 영상을 얻었다. 둘째, 조명 정규화 영상으로부터 단일 임계치를 통해 얻어진 이진 영상의 처리를 통해 혈관 경로를 추출함으로써, 처리시간을 단축하였다. 실험을 통해 기존 방법들에 비해 혈관 영역 추출 정확도가 상승하고, 처리속도가 단축된 결과를 얻을 수 있었다.

다기관 임상연구를 통해 도출된 중풍변증표준안의 진단프로그램개발에 관한 연구- I (Study for Diagnosing Program of Korean Standard Differentiation of the Symptoms and Signs for the Stroke by Multi Center Trials- I)

  • 박세욱;강병갑;장인수;홍석;한창호;권정남;선승호;전찬용;조기호;박세진;이인;설인찬;최선미
    • 대한한의학회지
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    • 제28권3호통권71호
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    • pp.126-137
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    • 2007
  • Objectives : Standardization of pattern identification for stroke and development of a diagnostic tool for Korean medicine. Methods : We organized a committee for stroke diagnosis standardization of Korean traditional medicine and submitted the Korean standard differentiation of the symptoms and signs for stroke (KSDSS). We collected cases through a multi-center network consisting of twelve university hospitals and one local hospital. We analyzed the data with discriminant function and logistic regression. Results : 321 cases were confirmed by diagnosis of medical specialists and residents. They were divided into qi deficiency 30.84%, dampness & phlegm 25.55%, fire & heat 22.43%, eum deficiency 18.69% and blood stasis 2.49%. The accordance rate between discriminant function and doctor's diagnosis was calculated. Conclusions : To make a stroke diagnostic program, we must raise the accordance rate between doctor's diagnosis and the program.

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6례의 Angiosarcoma 환자에 대한 경과 분석 (A Retrospective Analysis of Six Cases of Angiosarcoma)

  • 송경호;남수봉;김경훈;최치원;오흥찬;최수종;배용찬
    • Archives of Plastic Surgery
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    • 제38권6호
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    • pp.791-797
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    • 2011
  • Purpose: Angiosarcoma is a rare and aggressive malignant soft tissue tumor. Due to a lack of the established optimal treatment modalities, however, an extensive resection followed by an early detection has been reported to be the best treatment of choice. We analyzed the clinical course of six patients, hence attempted to contribute to making a treatment plan for patients with angiosarcoma. Methods: Six patients who have been surgically treated between 2005 and 2010 are included. Through a retrospective analysis of the medical records, we evaluated the pattern of disease detection, a past history, time span between the detection and the primary surgery, surgical treatment modalities, time span between the primary surgery and the recurrence/metastasis, the sites of metastasis and the secondary treatment modalities. Results: The mean age of patients was 70.5 years; all male; and the sites were the scalp. Four patients underwent the reconstruction using a local flap with a skin graft and two patients using a free flap. The mean period elapsed until the primary operation since the identification was 7.3 months and until a recurrence or a metastasis occurred following the primary operation was 12 months. Four patients had pulmonary metastasis. As a secondary therapy, four patients underwent the radiotherapy and one was treated with the chemotherapy. At the present, five patients died and one undergoes a monitoring of the clinical course. Conclusion: It would be mandatory to shorten the length of hospital stay and to return patients to their daily lives as the earliest as possible using relatively simpler surgical methods, thus attempting to give them opportunity to resume their previous normal life.

제21번 염색체의 종양억제유전자 발굴 (Identification of Tumor Suppressor Genes on Chromosome 21)

  • 이응배;최진은;장진성;박재용
    • Journal of Chest Surgery
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    • 제42권2호
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    • pp.141-147
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    • 2009
  • 배경: 폐암의 암화과정에 관여하는 21번 염색체 장완에 존재하는 종양억제유전자를 발굴하고자 하였다. 대상 및 방법: 21q11.2 구역의 USP25, 21q21.2 구역의 NCAM2, ADAMTS1, 그리고 21q22.1 구역의 Claudin-8 (CLDN8), Claudin-17 (CLDN17), TIAM1 유전자를 대상으로 비소세포폐암 세포주에서 이들 유전자의 발현 정도와 돌연변이 및 촉진자 메틸화 유무를 조사하였다. 결과: 13가지 비소세포폐암 세포주 가운데 7가지 세포주(L132, H157, H358, H522, H1299, H1703, HCC2108)에서 CLDN8, CLDN17의 발현이 유의하게 감소되었고, ADAMTS1의 경우 6가지 세포주(A549, SW900, H1299, H1373, H1703, H1793)에서 발현양이 유의하게 감소되었다. 유전자 발현의 감소가 있는 세포주와 그렇지 않은 세포주간의 PCR-SSCP의 band pattern의 차이가 없으며 염기서열의 분석에서도 genetic alteration은 관찰되지 않았다. 발현이 감소되어 있는 세포주에 5-Aza-CdR을 처리한 경우 유전자의 발현양이 유의하게 증가되었다. 결론: ADMTS1, CLDN8, CLDN17 유전자는 폐암의 암화과정에 관여하는 종양억제유전자일 가능성을 시사하며, 유전자의 발현 감소는 유전자 촉진자 부위의 methylation에 의함을 시사한다.

Trichoderma harzianum 유래 ${\beta}$-mannanase에 의한 Locust Bean Gum 가수분해 올리고당의 동정 및 Bifidobacterium spp.에 대한 생육활성 (Identification and Growth Activity to Bifidobacterium spp. of Locust Bean Gum Hydrolysates by Trichoderma harzianum ${\beta}$-mannanase)

  • 김유진;박귀근
    • Applied Biological Chemistry
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    • 제48권4호
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    • pp.364-369
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    • 2005
  • Trichoderma harzianum이 생산하는 ${\beta}-mannanase$의 최적 사면배지조성은 2.0% malt extract, 2.0% glucose, 0.1% peptone, 2.0% agar로, 효소생산 배지조성은 3.0% cellulose, 3.0% C.S.L, 1% $KH_2PO_4$, 0.2% $(NH_4){_2}SO_4$로 결정되어 $28^{\circ}C$, 130 rpm, 진탕배양법으로 조효소액을 생산하였다. ${\beta}-mannanase$의 최적 pH와 최적온도는 pH 4.5, $60^{\circ}C$에서 최대 상대활성을 나타내었다. Locust bean gum에 대한 효소적 가수분해 pattern을 TLC에 의해 검토한 결과 반응초기부터 반응말기까지 주요 생성물은 단당류, 중합도 4와 7의 올리고당으로 확인되었다. 중합도별 올리고당을 조제하기 위하여 activated carbon column chromatography에 250 ml/hr유속으로 tube당 20 ml씩 ethanol $0{\sim}50%$의 gradient법으로 분리 회수하였고, 분리된 각각의 올리고당 중 중합도4는 TLC $R_f$ value상으로 ${\beta}-1,4-mannotetraose$로, 중합도 7은 Methylation method에 의해 M-M-M-M-M 구조로 //G-G 동정되었다. (G-와 M-은 각각 ${\alpha}-1,6-D-galactosidic,\;{\beta}-1,4-mannosidic$ 결합을 나타냄). Bifidobacterium longum에 대한 생육활성을 기존의 MRS media와 탄소원으로 중합도 4와 7의 올리고당으로 대체하였을때 3.4배, 4.3배의 생육활성이 증가하였고, Bifidobacterium bifidum에 대해서는 1.2배, 1.1배의 낮은 활성을 나타내었다.

Feed Intake Patterns and Growth Performance of Purebred and Crossbred Meishan and Yorkshire Pigs

  • Hyun, Y.;Wolter, B.F.;Ellis, M.
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제14권6호
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    • pp.837-843
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    • 2001
  • Two experiments were conducted to compare the feed intake patterns and growth performance of Meishan and Yorkshire growing pigs. Experiment 1 was carried out over a 6-wk period and used 48 barrows with equal numbers of purebred Meishan (M) and Yorkshire (Y). Pigs were allocated to four groups of 12 pigs consisting of equal numbers of M and Y. Initial BW were $36.4{\pm}0.32kg$ and $42.1{\pm}1.41kg$ for M and Y, respectively. Experiment 2 was carried out over a 5-week period and used 48 pigs consisting of equal numbers of both barrows and gilts and of crossbred Meishan$\times$Yorkshire (MY) and purebred Yorkshire (Y) animals. Pigs were allotted to 6 pens of 8 pigs, with 4 single- and 2 mixed-genotype groups (initial $BW=28.5{\pm}0.99kg$). In both experiments, pigs were given ad libitum access to a grower diet (17% crude protein, 0.9% lysine, 3365 kcal/kg ME) via feed intake recording equipment (F.I.R.E.). Pigs carried an ear-tag transponder with an unique identification which allowed the time, duration, and size of individual meals to be recorded. In Exp. 1, Y had higher ADG (721 vs 353 g, p<0.01), daily feed intake (DFI; 2.338 vs 1.363 kg, p<0.01), made more frequent visits to the feeder per day (NFV; 18.5 vs 7.7, p<0.01), had a shorter feeder occupation time per visit (FOV; 7.4 vs 12.9 min, p<0.01), and ate less feed per visit (FIV; 130 vs 177 g, p<0.01) than M pigs. Feed consumption rates (CR) were greater for Y compared to M (19.3 vs 14.8 g/min, p<0.01). Feeder occupation time per day (FOD) was longer for Y than M (114.3 vs 82.8 min/pig, p<0.01). Yorkshire pigs visited the feeder more frequently between 0800 and 1100 h. Meishan pigs showed more frequent feeder visits between 0600 and 0800 h, and between 1600 and 2100 h when feeding competition with Y was reduced. In Exp. 2, there was no effect of genotype or group composition on DFI, ADG or gain:feed ratio. Crossbred pigs (MY) made fewer feeder visits (12.6 vs 17.7, p<0.01), and had greater FIV (124 vs 98 g/visit, p<0.01), and longer FOV (8.11 vs 7.24 min/visit, p<0.01) and FOD (112 vs 100 min, p<0.05) than Y pigs. Results of this study suggest substantial genetic variation in feeding patterns as well as in growth performance.

청국장으로부터 분리한 Poly(γ-glutamic acid)를 생산하는 균주 Bacillus subtilis GS-2의 분리 및 γ-PGA의 확인 (Isolation of Bacillus subtilis GS-2 Producing γ-PGA from Ghungkukjang Bean Paste and Identification of γ-PGA)

  • 방병호;정은자;이문수;김용민;이동희
    • Journal of Applied Biological Chemistry
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    • 제54권1호
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    • pp.1-6
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    • 2011
  • Poly-${\gamma}$-glutamic acid (${\gamma}$-PGA)는 청국장이 발효할 때 생성되는 점질성 물질의 하나로, monomer glutamic acid의 ${\alpha}$-아미노기와 ${\gamma}$-카르복실기 사이의 amide linkage에 의해 결합된 D(-)와 L(-) glutamic acid repeat units로 이루어진 homopolymer이다. 주로 Bacillus sp.에 의해 생산된다. ${\gamma}$-PGA는 수용성, 음이온성, 무독성, 생분해성, 생체적 합성, 식용 등의 다양한 특성을 가지고 있기 때문에 여러 분야에서 응용되고 있다. 본 실험에서 ${\gamma}$-PGA를 생산하는 균주를 우리나라의 전통발효식품인 청국장으로부터 분리하였다. 분리균주의 형태 및 배양학적, 생리학적 특성, API kit 및 16S rRNA 서열을 사용하여 동정한 결과, 분리균주 GS-2는 B. subtilis와 가장 유사하여 B. subtilis GS-2로 명명하였다. 분리 정제된 ${\gamma}$-PGA의 동정은 TLC, HPLC, FTIR 그리고 $^1H$-NMR spectroscopy를 통하여 확인하였다.