• 제목/요약/키워드: Paramagnetic probe

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Backbone assignment of HMGB1 A-box and molecular interaction with Hoxc9DBD studied by paramagnetic probe

  • Choi, Ji Woong;Park, Sung Jean
    • 한국자기공명학회논문지
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    • 제25권2호
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    • pp.17-23
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    • 2021
  • High mobility group protein B1 (HMGB1) is a highly conserved, non-histone, chromatin associated nuclear protein encoded by HMGB1 gene. HMGB1 proteins may be general co-factors in Hox-mediated transcriptional activation that facilitate the access of Hox proteins to specific DNA targets. It is unclear that the exact binding interface of Hoxc9DBD and HMGB1. To identify the interface and binding affinity of Hoxc9DBD and HMGB1 A-box, the paramagnetic probe, MTSL was used in NMR titration experiment. It is attached to the N-terminal end of HMGB1 A-box by reaction with thiol groups. The backbone assignment of HMGB1 A-box was achieved with 3D NMR techinques. The 15N-labeled HMGB1 A-box was titrated with MTSL-labeled Hoxc9DBD respectively. Based on the chemical shift changes we can identify the interacting residues and further map out the binding sites on the protein structure. The NMR titration result showed that the binding interface of HMGB1 A-box is around loop-1 between helix-1 and helix-2. In addition, the additional contacts were found in N- and C-terminus. The N-terminal arm region of Hoxc9DBD is the major binding region and the loop between helix1 and helix2 is the minor binding region.

Iminoxyl Biradical의 합성과 분광학적인 연구 (Synthesis of Iminoxyl Biradical and the Spectroscopic Study)

  • 양정성;채희주;여철현
    • 대한화학회지
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    • 제25권1호
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    • pp.13-20
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    • 1981
  • Iminoxyl biradical은 biradical spin probe로 액체결정에 주입시켜 그 결정의 director분포에 관한 역학적성질을 조사하는데 유용한 물질이다. 새로운 방법으로 iminoxyl biradical을 합성하는 과정에서 각 단계의 합성중간 생성물들을 녹는점측정과 NMR, IR, UV 및 Mass 등과 같은 분광학적인 방법으로 확인하였다. 최종 생성물인 iminoxyl biradical은 EPR 분광법으로 확인하고 두 spin간의 상호작용도 EPR peaks로 고찰하였다.

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PZT 박막의 나노 마멸특성에 관한 연구

  • 이용하;정구현;김대은;유진규;홍승범
    • 한국정밀공학회:학술대회논문집
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    • 한국정밀공학회 2004년도 춘계학술대회 논문요약집
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    • pp.135-135
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    • 2004
  • 21세기 정보화시대에 미디어의 발전은 고저장밀도를 요구하는 정보저장 장치의 개발을 필요로 하게 되었고, 현재 정보저장 장치의 주류를 이루는 magnetic recording 방식에 의한 HDD는 향후 5년 이내에 초자성한계 (super paramagnetic limit)라는 물리적 현상에 직면하여 더 이상 발전이 어려울 깃이다 따라서 이러한 한계를 극복하기 위한 여러 기술 증 Scanning Probe Microscope (SPM)을 이용한 차세대 탐침형 정보저장 기술은 미세한 끝단 반경을 가지는 탐침과 표면의 상호작용을 이용하여 정보를 기록/재생하는 기술로써 수십 nm 크기의 bit를 형성하여 Tbit/in$^2$ 이상의 높은 저장밀도를 가질 수 있으므로 현재 가장 상용화될 가능성이 높다.(중략)

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Mechanisms of Cu(II) Sorption at Several Mineral/Water Interfaces: An EPR Study

  • Cho, Young-Hwan;Hyun, Sung-Pil;Pilsoo Hahn
    • 한국자기공명학회:학술대회논문집
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    • 한국자기공명학회 2002년도 International Symposium on Magnetic Resonance
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    • pp.72-72
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    • 2002
  • In most traditional sorption study in environmental conditions, experimental sorption data have been measured and interpreted by empirical ways such as partition coefficient and sorption isotherms. A mechanistic understanding of heavy metal interactions with various minerals (metal oxides, clay minerals) in aqueous medium is required to describe the behavior of radioactive metal ions in the environment. Various spectroscopic methods provide direct or indirect information on sorption mechanisms involved. We applied EPR (Electron Paramagnetic Resonance) spectroscopy to investigate the nature of metal ion sorption at water/mineral interfaces using Cu(II) as a spin probe. The major sorbed species and their motional state was identified by their EPR spectra. They showed distinct signals due to their strength of binding, local structure and motional state. The EPR results together with macroscopic sorption data show that sorption involved at least three different mechanisms depending on chemical environments (1).

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Myoglobin 시안 단백질에 포함된 Heme에 대한 전자 및 분자구조 규명을 위한 $^{13}C$ NMR분석 ($^{13}C$ NMR Analysis for the Characterization of Heme Electronic/Molecular Structure in Horse Myoglobin Cyanide)

  • 이강봉;권지혜;이호진;김영만;최영상
    • 분석과학
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    • 제11권1호
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    • pp.73-78
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    • 1998
  • 미오글로빈 시안착물(MbCN) 단백질에 대한 NMR의 HMQC 연구는 수소와 결합된 상자기성 heme 탄소 시그날의 완전한 지정을 가능토록 해준다. 이러한 상자기성 MbCN에 대한 HMQC 실험의 적용은 heme시그날뿐만 아니라 상자기성 아미노산에 대해 결합된 수소와 탄소간의 coherence를 지정하여주며 자연존재량 $^{13}C$시그날의 지정이 모든 low-spin 상자기성 heme단백질에서도 가능하다. 이러한 시그날 지정 전략은 정자기성 영역에서 공명하는 수소 시그날의 지정을 위해 사용되는 NOE에만 의존하는것 보다 훨씬 명확한 시그날지정이 가능하다. 2,4-비닐기의 ${\alpha}$-탄소들과 7-프로피온기의 ${\beta}$-탄소에서 특이한 anti-Curie형태를 보이는 것은 그들이 heme평면에 존재하고 있지 않다는 증거가 된다. Proximal His에 의해 유도된 heme의 전자 및 자성의 비대칭은 heme탄소 시그날공명이 $25^{\circ}C$에서 250 ppm의 범위에 이르도록 한다. 이러한 heme 탄소 시그날 공명은 미오그로빈 heme의 전자구조를 분석하는데 있어서 수소 시그날의 공명보다 더욱 민감한 증거로 작용할수 있다.

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