• 제목/요약/키워드: PPi

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PPI 네트워크를 이용한 SNP 군집화 및 질병 연관성 분석 (SNP Grouping Method Based on PPI Network Information)

  • 이규범;이선원;강재우
    • 한국정보처리학회:학술대회논문집
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    • 한국정보처리학회 2012년도 춘계학술발표대회
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    • pp.923-925
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    • 2012
  • 대용량 고차원의 생물학 데이터가 매우 빠른 속도로 생산되는 현재, 단순히 고전적인 알고리즘들로는 풀 수 없는 문제들을 맞이하게 되었다. 이러한 문제들의 경우 시스템 생물학의 관점으로 다양한 생물 데이터의 융합을 통하여 접근할 경우 효율적으로 Computational Infeasibility(계산 불가능)를 해결함은 물론 그 해석 및 새로운 정보 획득에 매우 유리하다. 인간 DNA의 고차원 SNP 정보들의 군집화 및 질병 발현 패턴 분석은 그 조합의 수가 입력 데이터의 차원수에 따라 지수적(Exponentially)으로 증가하지만 PPI(단백질 상호작용) 네트워크 정보에 결합하여 필요한 중요부위를 선택적으로 이용할 경우 효율적으로 필요 SNP들의 선택 및 이로 인한 공간 축소가 가능하다.

후두 접촉성 육아종의 치료 (Management of Laryngeal Contact Granuloma)

  • 고문희;손영익;장전엽;소윤경;정만기
    • 대한후두음성언어의학회지
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    • 제19권2호
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    • pp.128-132
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    • 2008
  • Background: Laryngeal contact granuloma is an inflammatory hypertrophic granulation tissue arising at around the vocal process of arytenoid cartilage. Various approaches are currently used for the treatment, but a solid guideline has not been established. Objectives: We aimed to compare the each treatment modality in the hope of suggesting a guideline for the successful management of laryngeal contact granuloma. Method: Eighty-seven treatment cases of 56 patients were analyzed. Cases having recent intubation history were excluded from the study. All patients received vocal hygiene education. Proton pump inhibitors (PPI, N = 33) or H2 receptor antagonists ($H_{2}RA$, N =26) were used as a first-line treatment. Among the non-responders to $H_{2}RA$, 11 cases received PPI as a second-line therapy. Eight cases received botulinum toxin injection and 9 cases had laryngomicrosurgical removal. Results: As an initial therapy, response rate to PPI and $H_{2}RA$ was 60.6% and 38.5% respectively, which was not statistically different (p=0.091). Response rate of PPI as the second-line therapy was 36.3% (p=0.162 when compared to that of first-line PPI therapy). Response rate of Botulinum toxin injection was 75%. All cases of surgical removal recurred in a relatively short period (mean 1.9months). Conclusion: In patients having laryngeal contact granuloma, combined therapy with vocal hygiene education and PPI medication would provide more than 60% of therapeutic response. Botulinum toxin injection is highly effective even in non-responders to antireflux therapy. The only indications of surgery are to resolve diagnostic doubt or to treat acute airway compromise.

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자연토양에서의 소수성 유기오염물질의 느린 흡착 (Slow Sorption of Hydrophobic Organic Contaminants in Natural Soils)

  • 신원식;박대효;안태봉;천희동
    • 한국지반환경공학회 논문집
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    • 제2권1호
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    • pp.103-114
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    • 2001
  • 본 연구에서는 근래에 퇴적된 습지토양의 유기물질에 느린 흡착부분이 존재하는지 살펴보기 위해 흡착실험을 행하였다. 최근 퇴적된 민물 습지토양에서의 소수성 유기화합물 (chlorobenzene and phenanthrene)의 흡착 특성을 회분식 흡착법을 사용하여 결정하였다. 유기물질의 나이의 상대 척도로서 산소/탄소 원소비 등을 포함한 여러 방법으로서 평가하였다. 토양의 나이가 유기화합물의 습지토양에서의 흡착에 차이를 유발하는지에 대해 조사하기 위하여 습지 토양의 표층부(상층부 0-2cm, 5년 미만)과 하층부(below 10cm, 20년 이상)에 대한 느린 흡착 특성을 상대적으로 오래된 PPI(Petro Processors, Inc. Superfund site), BM(Bayou Manchac) 토양과 비교하였다. 느린 흡착모델 변수의 비선형성(KF와 N)의 증가로서 느린 흡착부분이 존재함을 알 수 있었다. 느린 흡착모델의 분석결과 상당한 크기의 느린 흡착부분이 존재하였으며 습지 토양의 경우 흡착된 chlorobenzene의 25.4-263%가 phenanthrene의 경우 흡착된 양의 1.4-1.9%(phenanthrene)가 각각 느린 흡착 부분에 해당하였으며, PPI 토양과 BM토양의 경우 흡착된 chlorobenzene의 40.0-55.93%와 흡착된 phenanthrene의 2.9-3.19%가 각각 느린 흡착 부분에 해당하였다. 느린 흡착 부분은 상층부 < 하층부 < PPI < BM 토양의 순으로 증가하였는데 이것은 토양 유기물질의 나이가 증가할수록 느린 흡착부분의 크기가 증가함을 나타낸다.

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단백질 기능 흐름 모델 구성 및 평가 기법 (A Method for Protein Functional Flow Configuration and Validation)

  • 장우혁;정석훈;한동수
    • 한국정보과학회논문지:컴퓨팅의 실제 및 레터
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    • 제15권4호
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    • pp.284-288
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    • 2009
  • 단백질 상호작용의 예측 및 실험 결과가 대용량으로 배포되면서 바이오 정보 기술 연구자들은 생명체 내의 단백질 상호작용 네트워크를 구성하기 위해 노력하여 왔다. 일반적으로 대용량의 상호작용 데이터들은 많은 오류를 포함한다고 알려져 있으나, 최근 단백질의 물리 화학적 특성 및 구조를 기반으로 한 방법들이 실제 실험과 병행되어 고화질(High resolution)의 결과를 제공하게 되면서, 특정 종에 대한 단백질 상호작용 네트워크가 점차 완성되고 있다. 그러나, 단순 물리적 링크 수준의 단백질 상호작용 네트워크만으로는 특정 병원체의 발병 메커니즘 규명 등과 같은 응용분야의 활용에 한계가 있다. 본 논문에서는 실험을 통하여 보고된 신호 전달 경로(signaling transduction pathway)를 이용하여 단백질 기능 간의 관계를 방향성이 있는 그래프로 표현한 단백질 기능 흐름 모델을 제시한다. 제안하는 모델은 Gene Ontology에서 정의된 molecular function을 정점(vertex)으로 가지고 이들 사이의 관계를 간선(edge)으로 표현함으로써 특정 기능의 전이를 살펴볼 수 있다. 이러한 기능 흐름 모델은 수 만개의 정점(vertex)으로 구성된 단백질 상호작용 네트워크에서 의미 있는 경로를 추출하는 데에 제약 혹은 참조 조건으로 사용될 수 있어 향후 활용도가 클 것으로 기대한다. 평가는 KEGG에서 제공되는 11개의 인간 신호 전달 경로 각각에 대하여 대상 경로를 제외한 나머지로부터 생성된 모델과의 크론바하 알파 계수(Cronbach's alpha)를 측정하였고(${\alpha}=0.67$), 총 1023개의 흐름 중 ${\alpha}=0.6$ 이상의 신뢰도에 대하여 총 765개의 흐름을 가지는 기능 흐름 모델을 최종 구성하였다.

대학생들의 정신병질에 대한 반사회성과 정서적 공감의 영향: 성차를 중심으로 (Gender Differences in Contribution of Antisocial Personality and Affective Empathy to Psychopathy)

  • 김범준;이은진;김영윤
    • 한국심리학회지:여성
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    • 제14권2호
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    • pp.219-239
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    • 2009
  • 본 연구는 정신병질, 반사회적 성격특징, 공감능력이 어떠한 상관관계를 가지는지 살펴보고, 성별에 따라 다른 양상이 나타나는지 알아보고자 하였다. 이를 위해 남자 대학생 118명과 여자 대학생 97명을 대상으로 정신병질 척도(PPI-R), PAI(Personality Assessment Inventory)의 반사회적 특징 척도(PAI-ANT)와 정서적 공감 척도(EETS)를 실시하였다. 남학생들에 비해 여학생들의 정신병질과 공감 점수 평균이 높았고, 반사회성 특징 점수는 남녀 간의 차이가 유의하지 않았다. 주요변수들 간의 상관분석에서 반사회적 특징은 남녀 모두에서 정신병질 특성과 정적인 상관을 보였으며, 정서적 공감 점수와는 부적인 상관을 나타냈다. 남성의 경우 정서적 공감은 반사회적 특징 척도의 하위요인들과 정신병질 척도들 모두와 부적 상관을 보였고, 정신병질 척도 점수의 대담성의 우세(PPI-FD) 척도를 제외한 모든 척도들과 그 상관이 유의미하였다. 여성의 경우에도 정서적 공감 점수가 다른 변인들과 부적 상관의 경향을 보였으나 반사회적 특징 척도의 반사회성 행동 하위척도 점수와의 상관만이 유의미하였다. 정신병질 특성에 영향을 주는 요인들을 살펴보고자 실시된 단계적 회귀분석결과, 반사회성, 성별, 공감이 유의미한 설명력을 가진 것으로 나타났다. 성별에 따라 반사회성 척도와 공감을 예언변인으로 한 단계적 회귀분석에서 남성들은 반사회성 척도와 공감이 정신병질에 대해 유의미한 설명력을 나타내었으나 여성들에서는 반사회성 총합만이 유의미하였다. 이러한 성별로 인한 차이를 구체적으로 살펴보고자 정신병질 척도 점수의 상위 30%와 하위 30%를 이용하여 정신병질 상위집단과 정신병질 하위집단으로 구분하여 각 변인들의 평균을 비교하였다. 비교결과, 남녀 모두에서 정신병질 상위집단이 반사회적 특징 하위척도들과 총점이 유의하게 높았으며 정서적 공감 점수는 낮은 것으로 나타났다. 본 연구의 제한점들과 의의를 정리하고 추후 연구 방향에 대해 제언하였다

Proton Pump Inhibitors and Helicobacter Pylori-Associated Pathogenesis

  • Hagiwara, Tadashi;Mukaisho, Ken-Ichi;Nakayama, Takahisa;Hattori, Takanori;Sugihara, Hiroyuki
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제16권4호
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    • pp.1315-1319
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    • 2015
  • The fact that long-term use of proton pump inhibitors (PPIs) aggravates corpus atrophic gastritis in patients with Helicobacter pylori infection has been proven clinically and experimentally. Corpus atrophic gastritis is a known risk factor for gastric cancer. Therefore, gastric neoplasia might be associated with the long-term use of PPIs. One of the causes of worsening corpus atrophic gastritis, leading to the development of adenocarcinoma, might be bacterial overgrowth under conditions of hypochlorhydria. The production of potentially carcinogenic N-nitrosocompounds by nitrosating organisms under conditions of hypochlorhydria might be associated with carcinogenesis. Interactions between bile acids, pH, and H. pylori might also contribute to carcinogenicity, especially in patients with gastro-esophageal reflux disease (GERD). The concentration of soluble bile acids, which have bactericidal or chemorepellent properties toward H. pylori, in gastric contents is considerably higher in patients undergoing continuous PPI therapy than in healthy individuals with normal acid production. Under these circumstances, H. pylori might colonize the stomach body rather than the pyloric antrum. Hypergastrinemia induced by PPI administration might promote the development of gastric cancer. Because the main cause of corpus atrophic gastritis is H. pylori infection, and not PPI administration, H. pylori infection should be eradicated before starting long-term PPI therapy.

Lactobacillus rhamnosus GG Usage in the Prevention of Gastrointestinal and Respiratory Tract Infections in Children with Gastroesophageal Reflux Disease Treated with Proton Pump Inhibitors: A Randomized Double-Blinded Placebo-Controlled Trial

  • Dziechciarz, Piotr;Krenke, Katarzyna;Szajewska, Hania;Horvath, Andrea
    • Pediatric Gastroenterology, Hepatology & Nutrition
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    • 제23권3호
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    • pp.251-258
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    • 2020
  • Purpose: Proton-pump inhibitors (PPIs) are frequently used to treat gastroesophageal reflux disease (GERD) in children, but recent evidence suggests a potential association between PPI treatment and some types of infections. The aim of this study was to assess the effectiveness of Lactobacillus rhamnosus GG (LGG) for the prevention of gastrointestinal and respiratory tract infections in children with GERD treated with PPI (omeprazol). Methods: Children younger than 5 years with GERD were assigned by a computer-generated list to receive LGG (109 colony-forming units) or placebo, twice daily, concomitantly with PPI treatment for 4-6 weeks; they were followed up for 12 weeks after therapy. The primary outcome measures were the percentage of children with a minimum of one episode of respiratory tract infection and the percentage of children with a minimum of one episode of gastrointestinal infection during the study. Results: Of 61 randomized children, 59 patients (LGG n=30; placebo n=29, mean age 11.3 months) were analyzed. There was no significant difference found between the LGG and placebo groups, either for the proportion of children with at least one respiratory tract infection (22/30 vs. 25/29, respectively; relative risk [RR] 0.85, 95% confidence interval [CI] 0.66-1.10) or for the proportion of children with at least one gastrointestinal infection (9/30 vs. 9/29, respectively; RR 0.97, 95% CI 0.45-2.09). Conclusion: LGG was not effective in the prevention of infectious complications in children with GERD receiving PPI. Caution is needed in interpreting these results, as the study was terminated early due to slow subject recruitment.

발포금속의 열전달 특성에 관한 실험적 연구 (Study on the Heat Transfer Characteristic of Metallic Foam)

  • 김필환;김미화;김영진;정효민;정한식
    • 대한설비공학회:학술대회논문집
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    • 대한설비공학회 2008년도 동계학술발표대회 논문집
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    • pp.618-623
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    • 2008
  • To enhancement heat transfer performance, the metallic foam as heat exchanger was studied rapidly. This was attributed to its high surface area to volume ratio as well as intensive flow mixing by tortuous flow passages. So the experimental study about the heat transfer characteristic of metallic foam is presented in this paper. The material in this experiment was used as FeCrAl which has density of 10 ppi, 20 ppi and 30 ppi respectively. And the results show the heat transfer is rise with permeability Reynolds number increase and the pressure drop metallic foam was increased with the ppi increase.

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DRG 지불제도 도입 후 제왕절개술에서의 의료의 질 변화 (Changes in Quality of Care for Cesarean Section after Implementation of Diagnosis-Related Groups/Prospective Payment System)

  • 권영훈;홍두호;김창엽;김용익;신영수;임준
    • Journal of Preventive Medicine and Public Health
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    • 제34권4호
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    • pp.347-353
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    • 2001
  • Objectives : To determine the impacts of Diagnosis-Related Groups/Prospective Payment System (DRG/PPS) on the quality of care in cases of Cesarean section and to describe the policy implications for the early stabilization of DRG/PPS in Korea. Methods : Data was collected from the medical records of 380 patients who had undergone Cesarean sections in 40 hospitals participating in the DRG/PPS Demonstration Program since 1999. Cesarean sections were peformed in 122 patients of the FFS(Fee-For-Service) group and 258 patients of the DRG/PPS group. Measurements of quality used included essential tests of pre- and post-operation, and the PPI(Physician Performance Index) score. The PPI was developed by two obstetricians. Results : Univariate analysis demonstrated significant differences in PPI scores according to the payment systems. With respect to the mean of PPI scores, a higher score was found in the DRG/PPS group than in the FFS group. However, the adjusted effect did not show significant differences between the FFS group and the DRG/PPS group. Conclusion : This study suggested that the problem of poor quality may not be related to the implementation of DRG/PPS in Cesarean section. However, this study did not consider the validity and reliability of the process measurement, and it did not exclude the possibility of data emission in medical records.

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단삼과 단삼음의 역류성 식도염 억제 효과 및 암세포 이주 억제 효과 (Inhibitory Effects of Dansam and Dansam-eum on Reflux Esophagitis and Migration of Cancer Cells)

  • 권정연;안상현;공경환
    • 대한한방내과학회지
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    • 제43권6호
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    • pp.1162-1185
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    • 2022
  • Purpose: We examined the effects of Dansam (Salvia miltiorrhiza Bunge, SM) and Dansam-eum (DSE) on gastroesophageal reflux disease (GERD) and reflux esophagitis by comparing the inhibitory effects of SM and DSE with the representative treatment of PPI Omeprazole to determine if the effects of the prescription DSE based on Korean medicine are better than those of a single-use of SM. Methods: We performed experiments using both animal models and cancer cells. Results: Comparison of SM and DSE with PPI in the animal model tests revealed that the effects were superior for SM and DSE than for PPI in all categories (8-OHdG, p-IκB, PAR2, COX-1, cathelicidin, p-JNK, Caspase 3, ATP6V1B1, GRPR, serotonin, and NPY). In three categories (COX-1, serotonin, and NPY), SM and DSE showed superior results over the Controls. In the animal model tests, DSE was superior to SM in all categories except for serotonin. The anti-cancer effects observed in cancer cell tests revealed that SM and DSE had meaningful results in terms of cytotoxicity and cell movement rate, as well as in cancer cell apoptosis. Conclusions: We confirmed that SM and DSE can have effects on reflux esophagitis through the regulation of oxidative stress, inflammation, mucosal protection, apoptosis, proton pumping, and the enteroendocrine system in the stomach and esophagus. We also confirmed that SM and DSE have superior effects to those of PPI on all aspects, especially gastric mucosa protection and enteroendocrine system control. We also confirmed that SM and DSE have anti-cancer effects. Above all, we confirmed that DSE has superior effects on almost all aspects compared to using SM alone.